Le problème de la conformation
Les forces en jeu Interactions purement ioniques : pas sûr! Pensez à la RNAse modifiée par l’octapeptide poly-ala sur ses 10 lys de surface et son NH 2 terminal Van der Waals: Ces forces sont assez petites et ne se manifestent qu’à de très courtes distances Liens hydrogène : s’établissent localement
Les forces en jeu Force hydrophobe Côtés externe (polaire) et interne (hydrophobe) d’un feuillet de la concanavaline Hélice à fort moment hydrophobe dans la myoglobine
Les forces en jeu Ponts S-S Le cas de la RNAse
PDI … accessoire au repliement
Cela ne fonctionne pas toujours L’insuline est dénaturée par la PDI
Cas de la BPTI
Chemin(s) vers la forme native
Chaperones moléculaires
Prévisibilité de la structure 24 N-term de l’adénylate kinase
Une séquence possible d’événements
Il y a des choses qui ne sont pas simples La structure parfois peut dépendre plus du contexte que de la séquence
Structure caméléonique ! 23-AATAEKFVFQY EWTYDDATKTF-52 AWTVEKAFKTF 7 5
Caractère local de l’organisation
La séquence ne reflète pas toujours la structure GB1Rop Janus Modification avec 50% homologie 40% homologie
Horreur, une protéine prion! PRION PROTEIN DOMAIN PRP( ) FROM MOUSE (PDB 1AG2)
Modélisation du repliement