La sélection pour la résistance aux maladies Gert Pedersen Aamand Nordic Cattle Genetic Evaluation

Pourquoi sélectionner pour la résistance? Faible héritabilité Coût élevé du système d’enregistrement Toutefois : Grande variabilité génétique Fiabilité raisonnable (grands groupes de filles, sélection génomique) La sélection est un solide outil!

Sélection pour la résistance aux maladies Introduction Cueillette des données Évaluation génétique Objectif d’amélioration génétique Progrès génétique Dernières observations et conclusion

Maladie – santé Dégradation du bien-être animal Pertes économiques pour les agriculteurs en frais additionnels : Traitements vétérinaires Main-d'œuvre Baisse de la production Lait rejeté Réforme involontaire

Maladie - santé L’amélioration de la santé animale est souhaitable : D’un point de vue éthique général Car cela reçoit l’approbation des consommateurs Cela revêt une grande importance économique pour l’agriculteur

Maladie – santé On peut améliorer la santé au moyen de : la gestion et la génétique Il faut un bon système d’enregistrement de ces données pour améliorer à la fois la gestion et la génétique

Fréquence des maladies du pis, Danemark Race 1re lactation Jour 0 à 50 Jour 51 à 305 3e lactation Red Dairy Cattle (RDC) 14,3 10,4 22,2 Holstein 12,1 11,9 25,9 Jersey 18,4 9,2 27,3

Fréquences des maladies des pinces, Danemark Race 1ère lactation 3e lactation RDC 37,2 45,5 Holstein 52,2 56,0 Jersey 25,7 29,7 Il y a place à l’amélioration dans la race Holstein

Enregistrement des données de maladie Il est important d’avoir un système convivial Transfert à partir d’un système de facturation ou au moyen de logiciels de traitement de données électroniques (ordinateurs de bureau, PDA, téléphones intelligents) Vérification des données pour éviter le dédoublement

Enregistrement systématique des maladies en général A commencé avant 1985 en Norvège, en Suède et en Finlande A commencé au Danemark en 1990, en collaboration avec la Fédération bovine du Danemark et la Société vétérinaire du Danemark Après 2006, l’enregistrement a débuté p. ex. en Autriche, au Canada, en France, au R.-U.…

Enregistrement des données sur les maladies des pinces Danemark, Suède, Finlande et Norvège Définition commune des caractères reliés aux maladies des pinces Système d’enregistrement commun (à écran tactile, prêt en 2010) Données entreposées dans les banques de données de ces quatre pays

Mise sur pied d’un système d’enregistrement des maladies L’enregistrement peut améliorer la gestion dès aujourd’hui et garantir la précision de la sélection à l’avenir Rendue possible grâce à la participation assidue des producteurs L’enregistrement des maladies des pinces des pays nordiques (scandinaves) est un bel exemple – lancé en 2010 – adopté aujourd’hui par 40 % de tous les élevages danois

Enregistrement des données de maladies L’enregistrement peut être effectué par Les gérants de troupeaux Les vétérinaires Les pareurs d’onglons

Données pour la gestion Données pour la santé Mesures préventives Train de mesures Banque de données des vaches Service d’IA Service de croisements et de fertilité Analyse de lait  Données d’abattage  Rapports de maladies par vétérinaires  TE  Rapports de maladies par éleveurs  Contrôle laitier Production  Évaluation linéaire  Vêlages, Achats, Réforme, Abattage  Base de données Vaches  R-D Identité Généalogie  Données pour la gestion Ferme laitière  Plans alimentaires  Données pour la gestion Production de lait  Plans de sélection - Population - Troupeau Sélection Évaluation Cheminement des données vers la banque de données

Système d’enregistrement des maladies Plus de 80 codes de maladies différents servent à définir les diagnostics À des fins de sélection, les codes sont regroupés en quatre catégories : Maladies du pis Maladies de la reproduction Maladies du système digestif et du métabolisme Maladies des pieds et membres

Caractères utilisés pour les VÉE concernant la santé du pis Caractères de santé du pis visés par la sélection : Mammite clinique jour – 15 à 50, 1re lact Mammite clinique jour 50 à 305, 1re lact. Mammite clinique jour – 15 à 150, 2e lact. Mammite clinique jour – 15 à 150, 3e lact. Caractères indicateurs de la santé du pis CCS jour du test, de la 1re à la 3e lactation Attache avant du pis Profondeur du pis VÉE de la santé du pis

Santé du pis Paramètres génétiques La mammite clinique démontre une variation génétique substantielle Héritabilités Mammite clinique (MC) 4 % CCS 13 % Conformation du pis 25 %

Santé du pis Paramètres génétiques Corrélations génétiques : MC sur différentes lactations de 0,70 à 0,95 MC - CCS 0,60 MC - conformation du pis de 0,35 à 0,50

Santé du pis Fiabilité (rIA2) Santé du pis en théorie Basée sur la MC - max 100 % Basée sur le CCS - max 36 % (rg2) Santé du pis en pratique (pays scandinaves) 40 % à la première épreuve en même temps que pour la production De 65 à 75 % d’après les données des filles en 1re lactation

Effet de la VÉE pour la santé du pis Pourcentage des filles atteintes de mammite Pères regroupés selon VÉE de la santé du pis 1re parité 3e parité 5 premiers (les plus faibles) 21,7 % 28,9 % 4 premiers 18,3 % 26,0 % 3 premiers (moyens) 15,3 % 23,8 % 2 premiers 13,9 % 21,0 % Premier (meilleur) 10,7 % 17,0 %

Autres caractères reliés à la santé Diagnostics Maladies de la reproduction Maladies métaboliques et du système digestif Maladies des pieds et membres (traitements vétérinaires) 1 à 3 premières lactations utilisées pour les VÉE

Autres caractères reliés à la santé Paramètre génétiques / fiabilité Héritabilité : de 1 à 3 % Corrélations positives modérées entre les caractères liés aux maladies Calculs basés sur les premières filles : rIA2 de 55 à 65 %

Maladies des pinces Reliées aux infections Reliées au métabolisme Dermatite Érosion du bulbe (du talon) Prolifération de la peau Reliées au métabolisme Hémorragie de la sole Ulcère de la sole Séparation de la ligne blanche + sole double Malformation Pinces en tire-bouchon Héritabilité 4 à 6 % Héritabilité 2 à 6 %

Corrélations génétiques Entre Variation Caractères reliés aux infections 0,3 à 0,9 Caractères reliés à l’alimentation 0,2 à 0,9 Entre Variation Caractères reliés aux infections et à l’alimentation - 0,2 à 0,3 Entre Variation Le même caractère, différentes lactations 0,80 à 0,99

Définition des caractères reliés aux pinces et VÉE 7 caractères par lactation 3 lactations Pondération d’après critères économiques pour calculer les VÉE reliées à la santé des pinces 21 caractères

Corrélations entre les VÉE liées à la santé Santé des pinces Résistance à d’autres maladies 0,20 0,29 Santé du pis - 0,25 Années de naissance 2005 à 2007 Corrélations positives entre les caractères reliés à la santé!

Indice de mérite total (NTM) Il faut intégrer les caractères importants du point de vue économique pour garantir un progrès maximal (et équilibré) Il est plus efficace de s’atteler au progrès de nombreux caractères en même temps, que d’obtenir des gains majeurs pour seulement quelques caractères, avec d’autres conséquences négatives

Corrélation entre le NTM et des caractères distincts 1,00 = sélection pour le rendement seulement Rendement 0,62 Croissance 0,12 Fertilité 0,42 Indice à la naissance 0,34 Indice au vêlage 0,25 Santé du pis 0,48 Autres maladies 0,46 Santé des pinces Pieds et membres 0,23 Système mammaire 0,19 Aptitude laitière 0,04 Tempérament 0,03 Longévité 0,68 Réponse positive pour tous les caractères Naissances de 2005 à 2007

+ 25 NTM : Progrès génétique par caractère Holstein Corrélation +25 unités de NTM réponse par caractère Rendement 0,62 15,5 unités d’indice Croissance 0,12 3,0 Fertilité 0,42 6,3 Indice à la naissance 0,34 Indice au vêlage 0,25 8,5 Santé du pis 0,48 12,0 Autres maladies 0,46 11,5 Santé des pinces Pieds et membres 0,23 5,8 Système mammaire 0,19 4,8 Aptitude laitière 0,04 1,0 Tempérament 0,03 0,8 Longévité 0,68 17,0 + 25 NTM : Progrès génétique par caractère

10 ans de sélection efficace des bovins + 25 unités de NTM donnent Caractère kg Lait, kg 496 Gras, kg 26,7 Protéine, kg 18,9

10 ans de sélection efficace des bovins + 25 unités de NTM donnent Caractère Cas de mammite Cas d’autres maladies 1re lactation - 5,8 jour 0 à 50 - 3,4 jour 50 à 305 - 6,2 2e lactation - 8,0 3e lactation - 9,2 - 8,2 26 NTM giver +12 i yversundhed og + 11,5 i andre sygdomme Sans NTM : la fréquence des mammites et autres maladies augmentera!!!

Le NTM convient-il à toutes les fermes? Les valeurs économiques doivent guider les prévisions sur les futures circonstances de production (5 à 10 ans d’avance) Il faut se donner un objectif commun au cheptel et à la race

Le NTM convient-il à toutes les fermes? Les circonstances de production peuvent varier un peu entre fermes : niveau de gestion et conditions de production différents Le NTM garantira un progrès génétique équilibré : les caractères fonctionnels et reliés à la santé ont un effet sur tous les troupeaux!

Effet de la sélection avec le NTM sur les caractères liés à la santé Comparaisons au sein des troupeaux 60 grands troupeaux danois Vaches nées en 2006 et 2007 Séparées en deux groupes selon les NTM en 2008 I NTM sous la moyenne du troupeau II NTM au-dessus de la moyenne Observation des différences de performance de 2009 à 2011

La sélection selon le NTM a des effets positifs sur les caractères liés à la santé Différence entre les groupes NTM au-dessus et sous la moyenne du troupeau. Total de 60 élevages danois. Caractère 1re lact., kg 2e lact., kg Protéine +13 kg +12 kg 1re à dernière insémination – 5 jours – 3 jours Longévité + 5 % + 8 % Mammite – 2 %

Caractères liés à la santé et sélection génomique

Sélection génomique et objectif de sélection Les valeurs des facteurs économiques sont les mêmes avec ou sans sélection génomique Mais la réponse entre les divers caractères sera différente

Fiabilités des VÉE/VÉEG Traditionnelles Taureaux : protéine >> caractères liés à la santé Femelles : protéine >>> caractères liés à la santé Sélection génomique Taureaux : protéine > caractères liés à la santé Femelles : protéine > caractères liés à la santé

Progrès génétique relatif Procédé de sélection Réponse totale Réponse protéine Caractères fonctionnels Test de progéniture 100 SG + Test de progéniture 129 113 161 SG 201 169 273 Buch et al. 2011

Fiabilité des VÉEG pour les caractères liés à la santé Facteurs clés Un bon système d’enregistrement Beaucoup d’animaux de référence avec de l’info Pour le rendre efficace, on doit fournir au nouveau système d’enregistrement les données de femelles génotypées P. ex., les pays scandinaves ont 2000 taureaux de référence pour la santé des pinces, mais > 20 000 pour les caractères liés à la production

Conclusion – caractères liés à santé Économiquement importants Grande variation génétique Corrélation génétique positive entre caractères liés à la santé Dans les objectifs de sélection, il est important de maximiser et d’équilibrer le progrès génétique

Conclusion – caractères liés à santé La sélection génomique peut aider à équilibrer le progrès génétique L’enregistrement précis, par les producteurs, des infos sur les caractères liés à la santé, c’est de l’or – un bon système d’enregistrement est essentiel