Prevalence of multiple drug resistance and screening of enterotoxin gene in Salmonella enterica serovars from water sources in Lagos, Nigeria K.O. Akinyemi, B.A. Iwalokun, F. Foli, K. Oshodi, A.O. Coker Public Health, avril 2011 C. Savalle

Contexte (1) Accès à l’eau potable : Conséquences : Besoin urgent dans beaucoup de PED 1,1 milliard Assainissement insuffisant : 2,6 milliards Conséquences : Morbidité et mortalité importante 1/3 pop PED

Contexte (2) Au Nigeria : Pb opérationnel des usines de traitement d’eau Eau impropre à la consommation humaine Région du Lagos : 70% utilisent une autre eau que celle proposée par l’état Épidémies : salmonella typhi et non-typhi Apparition de résistance Nombreux facteurs documentés Expression du gène entérotoxine (stn) Impliqué dans certaines manifestations cliniques

Objectifs Déterminer : Parmi les souches de salmonelles Prévalence, Résistances aux ATB, Portage du gène stn Parmi les souches de salmonelles Isolées dans trois sources d’eau Dans la région du Lagos au Nigeria

Méthodes (1) 3 sources d’eau consommée Puits, canalisations, sachets Différentes zones rurales et péri-urbaines Randomisation des zones Classes socio-économiques moyennes ou basses (représentant 80% de la population) Recueil d’info concernant les sources d’eau : Canalisations : Décharges sauvages les long des canalisations Fuites au niveau des canalisations

Méthodes (2) Puits : Sachets : Appartenant à des particuliers, ouverts à la population Beaucoup ne sont pas couverts Eau puisée par des containers de 5 à 7 litres ou des petits seaux Vieux de 25 ans, en béton et profond de 5 m Jamais vidés ni désinfectés Sachets : Différentes marques achetés au hasard Sur les marchés

Méthodes (3) Échantillons : Prélevés dans les puits et aux robinets avec des bouteilles Neutralisation du chlore présent dans l’eau du robinet – analyse des résidus chlorés Surfaces des sachets nettoyées avec de l’éthanol à 70% – ouvertes avec des ciseaux stériles Eau versée dans des bouteilles Transportés ensuite au laboratoire

Méthodes (4) Analyses bactériologiques : Technique de fermentation de Mackie and McCartney Incubation à 37°C pdt 18-24h Eau stérile distillée utilisée comme témoin 2ème mise en culture des échantillons positifs Suivi d’un culture sur gélose Test de la sensibilité aux ATB : 13 ATB Extraction de l’ADN génomique Détection du gène stn Par PCR

Méthodes (5) Analyse statistique : Test du Chi²

Résultats (1) 200 échantillons 37 + à salmonelle (18,5%) 60 (30%) : puits 60 (30%) : canalisations 80 (40%) : sachets 37 + à salmonelle (18,5%) 21 (56,8%) : puits 11 (29,7%) : canalisations 5 (13,5%) : sachets

Résultats (2)

Résultats (3) 37 souches de salmonelles : 3 = Salmonella typhi 8 = Salmonella typhimurium 5 = Salmonella choleraesuis 9 = Salmonella enteritidis 8 = Salmonella paratyphi 4 = Salmonella arizonaie

Résultats (4) 24 (65%) porteuses du gène stn Risque Relatif : 12 dans de l’eau de puits 9 dans les canalisations 3 dans les sachets Risque Relatif : Déterminé par comparaison de la prévalence de salmonelles avec le gène stn et sans le gène stn RR puits > RR sachets > RR canalisations

Résultats (5)

Résultats (6)

Résultats (7)

Résultats (8)

Résultats (9) Sensibilité aux ATB : Aucune souche résistante à l’ofloxacine > 80% des souches multi-sensibles Entre 45,9% et 80% de souches résistantes à streptomycine, ampicilline, tétracycline, chloramphénicol Sensibilité diminuée à la ciprofloxacine pour 2 souches de S. paratyphi avec le gène stn 13 profils de résistance observés : Résistance à 6 ATB ou + plus fréquente chez souches stn-positives que stn-négatives Pas d’association significative entre production du gène stn et résistance aux ATB (p>0,05)

Résultats (10)

Résultats (11)

Discussion (1) Plusieurs études : Présente étude : Rôle de l’eau dans l’apparition de salmonelloses Implication du gène stn comme facteur de virulence Présente étude : 3 sources d’eau contaminées Prévalence la plus haute = eau de puits (35%) 71% isolés à partir de puits non couverts Suivi par canalisations (18,3%) et sachets (6,3%) Plusieurs sérotypes de salmonelles trouvés : S. enteritidis (24,3%) > S. typhimurim et S. paratyphi (21,6%) En accord avec d’autres études

Discussion (2) Prévalence élevée dans les puits : Eau du robinet : Défaut de systèmes de drainage performants « open defaecation » Grand nombre d’habitations Construction d’égouts près des puits Nombreux puits non couverts Eau du robinet : Supposée être la plus propre État souvent délabré des tuyaux Concentration faible de chlore (pas de résidus chloré retrouvé à l’analyse) => non-conformité aux recommandations de l’OMS

Discussion (3) Sachets : Populairement appelée « eau pure » Présence de salmonelles Pas d’explications évidentes Stockage inadéquat Mauvaises manipulations Infiltration par défaut d’étanchéité Résultats cohérents avec une étude antérieure sur la qualité des sachets Transport manuel : source d’infection microbienne Salmonelles : adhésion et formation de biofilm sur de nombreuses surfaces => facteur majeur de sa survie

Discussion (4) Portage du gène stn : 24/37 souches isolées 12/21 retrouvées dans les puits RR de consommation d’eau contaminée par salmonelles porteuses du gène stn : canalisations > sachets > puits Contradictions : Rozilla et al. : présence du gène stn chez toutes les souches (dans un élevage de volailles) Murugkar et al. : présence du gène stn quel que soit le sérotype (chez des hommes et des animaux) Différences dues aux sources étudiées : ici échantillons d’eau Prise en compte de la perte de virulence possible in vitro

Discussion (5) Résistance aux ATB : > 80% des souches étudiées 2 ATB ou + Problème majeur de santé publique Résultats cohérents avec d’autres études (augmentation du nombre de salmonelles multi-résistantes) Pas d’association significative avec la présence du gène stn Salmonelles stn-positives résistantes à plus d’ATB que salmonelles stn-négatives Diminution de la sensibilité à la ciprofloaxcine observée slt chez les souches de S. paratyphi stn-positives Préoccupation car molécule onéreuse Transmission de cette souche résistante aux pays voisins

Conclusion Augmentation de la contamination de l’eau dans les puits, les canalisations, les sachets Pas d’association significative entre résistance aux ATB et présence du gène stn Mais salmonelles stn-positives résistantes à plus d’ATB que salmonelles stn-négatives Recommandations : Utilisation prudente des fluoroquinolones Nécessité de couvrir les puits De les vider et désinfecter régulièrement Faire bouillir l’eau avant consommation Espoir que les autorités surveillent et réparent les canalisations