Identification of a Novel Circulating Recombinant Form (CRF) 36_cpx in Cameroon That Combines Two CRFs (01_AE and 02_AG) with Ancestral Lineages of Subtypes A and G REBECCA L.R. POWELL, JIANGQIN ZHAO, FRANK A.J. KONINGS, SHIXING TANG, AUBIN NANFACK, SHERRI BURDA, MATEUSZ M. URBANSKI, D.R. SAA, INDIRA HEWLETT, and PHILLIPE N. NYAMBI AIDS RESEARCH AND HUMAN RETROVIRUSES Volume 23, Number 8, 2007

Classification des types et des sous-types du VIH major new outlier sous-types nouvelles formes issues de la recombinaison entre deux sous-types ayant infecté un même individu

HIV 1 groupe M possède le génome le plus diversifié parmi tous les HIV-1 et se caractérise par: - un taux de mutation élevé - des recombinaisons fréquentes (9 à 29 crossovers / cycle de réplication virale) Ces recombinaisons compensent les mutations délétères dues aux erreurs de la RT CRF = Forme Recombinante Circulante - recombinant à l’intérieur d’un sous-type viral, isolé au moins chez 3 individus non liés de point de vue épidémiologique Pouvoir infectieux des CRF plus élevé par rapport à celui des variants dont elle est issue Nouvelle CRF identifiée au Cameroun – HIV CRF36_cpx dont le génome est similaire à: - HIV-1 CRF01_AG (40%) - HIV-1 CRF02_AE (27%) - HIV-1 sous-type A (20%) - HIV-1 sous-type G (13%)

Nouvelle CRF identifiée : CRF01_AEgagCRF02_AGpolAenv Spécimens obtenus à partir des prélèvements cliniques sur des sujets séropositifs asymptomatiques non traités - 00CMNYU830 - Gadji - 00CMNYU1162 - Mboy - 02CM1590LE - Lomie

Matériel et Méthodes Extraction des ARN viraux Amplification par RT-PCR Séquençage Analyse phylogénétique Les séquences des 3 virus montrent de très fortes similarités entre eux La séquence consensus de ces 3 virus est hautement homologue à celle de CRF02_AG

Mboy Lomie 02CM1590LE - Lomie et 00CMNYU1162 – Mboy possèdent tous les deux des portions du génome fortement similaires à des séquences de : - 00CMNYU830 - Gadji (référence) CRF02_AG CRF01_AE

Alignement de CRF36 avec les séquences de tous les sous-types connus segments concernés par la recombinaison La séquence consensus des 3 virus montre des segments communs avec: - HIV-1 sous-type A1 - HIV-1 sous-type G - HIV-1 CRF 01_AE - HIV CRF 01_AG - ainsi que des séquences qui leurs sont propres

En fonction des segments de génome considérés, CRF36 s’apparente à : - CRF01_AE (I, VIII, XII, XIII) - CRF02-AG (II, IV, V, VI, VII, XI) - HIV-1 sous-type A (III) - HIV-1 sous-type G (V, VII) CRF36 présente des séquences : peu similaires aux sous-types A et G (III, V, VII, IX, X) séquences ancestrales

CRF36_cpx est une nouvelle souche recombinante qui comprend des séquences de : - HIV-1 sous-type G - HIV-1 sous-type A - CRF02-AG - CRF01_AE

Blast de CRF36_cpx contre la banque de séquences Los Alamos HIV - haute similarité avec une CRF récemment identifiée – CRF22_cpx

Conclusion Les analyses phylogénétiques permettent de répertorier les 3 nouveaux virus isolés au Cameroun comme appartenant à une nouvelle CRF (CRF36_cpx) Cette nouvelle CRF est composée de séquences provenant de : - sous-type A - sous-type G - CRF01_AE - CRF02_AG cpx (complex) (première CRF comportant autant de fragments différents) Différences génétiques observées entre les 3 représentants de cette CFR CRF36_cpx comporte des séquences ancestrales => produit de multiples évènements de recombinaison entre des lignées plus ou moins anciennes Les ancêtres communs à tous ces sous-types et CRFs ont probablement disparus Conséquences éventuellement importantes de point de vue épidémiologique de l’apparition de nouvelles CRF (pouvoir de réplication et d’infectiosité important ) Etudes supplémentaires nécessaires en vue du développement de stratégies thérapeutiques ainsi que la compréhension du futur phylogénétique du virus