BIN 1001 TP1 Outils sur ESIBAC Assemblage S é ance aux ordinateurs
Disponibilit é Julie : Lundi 16h-17h Marie Pier : Jeudi 14h-15h
Alignement multiple ClustalW MUSCLE T-Coffee
Phylog é nie MrBayes PHYML, Tree-Puzzle PHYLIP NJPLOT
Logiciels statistiques Maple MATLAB R
Dynamique mol é culaire et structure 3D Gromacs DSSP PYMOL
Motifs d ’ ARN RNA motif tRNAscan ERPIN
Cr é ation de base de donn é es mySQL dia
GUIDE DES RESSOURCES INFORMATIQUES DEPARTEMENT DE BIOCHIMIE Section Logiciels: –Tous les logiciels disponibles sur ESIBAC –Exemple : EMBOSS
Phred/Phrap/Consed Le logiciel phred assignent aux sequences ADN des fichiers de traces une valeurs de qualit é. Le logiciel phrap assemblent les traces Le logiciel Consed permet de voir l ’ assemblage Documentation:
TP d ’ aujourd ’ hui S é quence de SARS D é sassembler la s é quence (reads) de diff é rentes fa ç ons Assembler les reads avec PhredPharp Visualiser les contigs avec Consed Assemblage de g é nome: 1 seul contig
TP d ’ aujourd ’ hui PPC chromat_dirphd_diredit_dir Séquence SARS desassembler.pl preparPPC
Remise Faire une remise é lectronique de votre fichier reponse.txt : –remise bin1001 tp1 reponse.txt