Gérer ses références bibliographiques avec EndNote action pilote IST Agropolis Dominique Fournier fournied@supagro.inra.fr 14 février 2008

Déroulement de la journée Matin 1 généralités sur les logiciels de gestion bibliographique 2 prise en main du logiciel Endnote 3 typologie des références bibliographiques 4 alimentation d’une base Endnote 5 importation des références Après-midi 6 rédaction d’un document scientifique en intégrant des références bibliographiques 7 fonctions avancées (styles, term lists, openUrl, travelling library, …) 8 Zotero : une alternative à Endnote ? 14 février 2008

Généralités sur les logiciels de gestion de références bibliographiques

Le chercheur utilise et produit de l’information scientifique et technique … 14 février 2008

Gestion informatisée de vos références bibliographiques: quels avantages ? Au niveau du stockage et de la gestion des références : facilités d’exploitation de gros corpus de références par la structuration en base de données Au niveau de la publication : récupération des références lors de l’écriture d’un texte, formatage automatique des références selon les normes d’écriture et conventions en vigueur ; saisie unique des données et choix d’un format d’édition Au niveau du suivi de la recherche documentaire : lien entre la recherche sur bases de données et la base personnelle Automatisation = gain de temps et facilités d’exploitation du corpus de références 14 février 2008

La gestion bibliographique dans le processus de recherche et de publication Sources de données Périodiques électroniques Bases de données bibliographiques (portail Inra) Autres sources Stockage pdf, URL Bases bibliographiques personnelles Enregistrement & gestion des références Aide à la publication scientifique Edition de documents scientifiques avec liste bibliographique Gestion des documents en texte intégral 14 février 2008

Un logiciel de gestion bibliographique: pourquoi faire ? Conserver dans une base bibliographique les résultats de vos recherches documentaires Par import de références / Par saisie manuelle Retrouver facilement l’information en interrogeant ses bases biblio gain de temps considérable Gérer sa propre documentation références bibliographiques + documents associés aux références (articles pdf, fichier word, …) Editer des listes de références, « à la carte » en respectant les normes éditoriales (styles). Ecrire une publication en gagnant du temps citations dans le texte et liste bibliographique modèles Word (Templates) Exporter ses données sous d ’autres formats (SQL, Excel, …) 14 février 2008

Panorama de l ’offre commerciale Les grands classiques : End Note Reference Manager Procite Thomson ISI http://thomsonisiresearchsoft.com/compare/ BibTex (lien avec LateX) Autres logiciels Biblioscape Bookends Plus (uniquement Macintosh) Bookwhere, Library Master, Papyrus Quelques logiciels libres Bibus (groupe de travail Agropolis) : test 2007-2008 Zotero (groupe de travail Agropolis) : formations prévues en 2008 14 février 2008

Caractéristiques d’EndNote

Vocabulaire de base Library Référence bibliographique Champs et styles Bibliothèque, base de données de références biblio Référence bibliographique identifiant unique : record number format d’enregistrement correspondent à 1 type de documents : Reference type (Journal article, book, book section, …) Informations spécifiques à un type de documents : champs (fields) Champs et styles saisie des informations dans des champs séparés édition « à la carte » selon un ordre et une mise en forme déterminés par le style bibliographique 14 février 2008

Caractéristiques d’EndNote Gestion de références biblio 32000 réf. / Bibliothèques (plus de limites à partir de v.8) Nbre illimité de bibliothèques Grille standard prédéfinie: des types de documents (bibliographiques + multimédia) des champs descriptifs (40-50 / type de document) 64 000 caractères / document (16 p.) Moteur de recherche: interrogation / champs tri, exportation, Création d’une bibliographie (CWYW) lien direct avec Word styles (instructions / revues)  1300 différents (version 9) + possibilité d’en créer des personnels Récupération de références bibliographiques : bases externes filtres de conversion (Filters) fichier de connexion (connection) 14 février 2008

Les fichiers et répertoires du logiciel EndNote (.enf) (.ens) (.enz) (.dot) Edit > Preferences… > Folder Locations 14 février 2008

Infos sur les versions plus récentes Attention ! Pas de « compatibilité descendante » / versions antérieures d’Endnote Restriction de compatibilité (OS, traitement de texte) Version 8 – 9 (et X) gestion du format unicode, taille des bases illimités, nouveaux types de références, nouveaux champs, gestion des préférences 14 février 2008

EndNote Web Express Depuis décembre 2006, développement d’une version gratuite pour les utilisateurs du Web of Knowledge (INRA, IRD, CIRAD, CEMAGREF…)  Version complètement intégrée à la plateforme ISI Web of Knowledge - possibilité de sauvegarder jusqu’à 10 000 réf. - plusieurs centaines de styles pour éditions - compatible avec Endnote et Word Nécessité de créer un Profil sur WOK Accès direct sur http://myendnoteweb.com Présentation Audio : http://www.brainshark.com/brainshark/vu/view.asp?pi=908656274 14 février 2008

Liens utiles Supports de cette formation: site officiel : http://www.endnote.com manuel EndNote7 (français - 55 p.): http://www.nantes.inra.fr/ aide-mémoire (2 pages): http://www.bordeaux.inra.fr/ Ce que l’on peut faire avec Endnote 7 (Cemagref 40 diapos) : http://ist.cemagref.fr/ FAQ Endnote (IRD) : http://www.mpl.ird.fr/documentation/ Supports de cette formation: http://www.montpellier.inra.fr/documentation/ >> Gérer sa bibliographie ou Adresses utiles 14 février 2008

Le logiciel EndNote sur le campus Inra Montpellier SupAgro Version 6, 7, 9 et X (PC et Mac) Inscription préalable auprès de l’UIC formulaire à remplir en ligne Installation (paramétrage du poste de travail + lien avec word) W:\Biblio\EndNote7\Netsetup.exe Dans certains cas, fichiers .dll et .dot à copier dans le répertoire de démarrage de word (outils > options > répertoire par défaut) Lancement de l’application W:\Biblio\EndNote7\EndNote7.exe 14 février 2008

Prise en main d’EndNote

Travail sur la librairie Paleo (exemple) W:\Biblio\Endnote7\Examples\Paleo.enl Ouverture - Fermeture - Personnalisation Fermeture (sauvegarde) 14 février 2008

Description d’une bibliothèque W:\Biblio\Endnote7\Examples\Paleo.enl 14 février 2008

Description d’une référence bibliographique Nom de la référence (auteur, année, n°) Navigation entre références Type de document Champs 14 février 2008

Prévisualisation d’une référence bibliographique et notion de style Écran de prévisualisation d’une référence, mise en forme avec un style par défaut (ou préalablement sélectionné) Style Style: fichier spécifique à Endnote, contenant la nature des champs et leurs caractéristiques de mise en forme dans Word, pour obtenir une certaine présentation des citations et des références bibliographiques 14 février 2008

STYLES - compléments Ils sont localisés dans le répertoire W:/Biblio/Endnote7/Styles - 1012 styles dans la version 7 - 1383 styles dans la version 9 Ils utilisent des modèles qui déterminent pour chaque type de document quels champs sont utilisés, dans quel ordre et sous quelle forme Auteur (nom prénom), Année. Titre. Revue, volume, page. Pour sélectionner un style Select Another Style .. 14 février 2008

Exercice : Prévisualiser une référence bibliographique avec différents styles Sélectionner dans le Style Manager les styles correspondant aux revues Cell, Science et Nature Prévisualiser une référence avec ces 3 styles différents Écran de prévisualisation d’une référence, mise en forme avec un style par défaut (ou préalablement sélectionné) Author-Date Cell Nature Science 14 février 2008

Créer et alimenter une base de références Type de références Saisie manuelle Aide à la saisie

Créer une bibliothèque ( = une librairie) Create a new Endnote library OK Les fois suivantes : Open an existing EndNote library Browse... Astuce + rapide : Cancel File Open Dans : C:\Bureau\Endnote Nom : formation Type: EndNote Library (*.enl) Enregistrer 14 février 2008

Création d’une nouvelle référence References > New Reference Sélection du type de document 14 février 2008

Sélection d’un type de Reference : Reference Types Il existe 25 types de documents prédéfinis (34 dans version 9) possibilité d’en créer des nouveaux (3 Unused) Computer program Electronic source Audiovisual material Film or Braodcast Artwork Map Patent Hearing Bill Statute Case Figure Chart or table Equation Unused  Unused2 Computer program Electronic source Audiovisual material Film or Braodcast Artwork Map Patent Hearing Bill Statute Case Figure Chart or table Equation Unused  Unused2 Generic Journal Article Book Book section Manuscript Edited book Magazine article Newspaper article Conference proceeding Thesis Report Personnal communication Generic Journal Article Book Book section Manuscript Edited book Magazine article Newspaper article Conference proceeding Thesis Report Personnal communication 14 février 2008

Les types de documents et les champs correspondants Chaque type de documents peut être décrit par 40 champs (51 dans version 9) Les champs d’informations disponibles varient en fonction du type de document choisi, mais on retrouve une certaine logique sur une même ligne (auteur, date, lieu = de colloque, de soutenance, d’édition, …) Edit > Preferences … > Reference Type > Modify Reference Types … Ces modifications concernent la configuration d’Endnote sur votre ordinateur (ne sont pas attachées à la librairie !) Possibilité de tout modifier sauf le type Generic qui sert de référence pour la dénomination des champs (dans les menus de recherche, …) 14 février 2008

Principales règles de saisie manuelle 14 février 2008

Exercice : Saisie manuelle de références Ouvrir votre librairie formation.enl Saisir les différents types de documents proposés 14 février 2008

Aide à la saisie - Correction orthographe Endnote peut effectuer la vérification automatique d’orthographe d ’une notice ouverte Tools > Spell Check selon le dictionnaire choisi et la langue Edit >Preferences >Spell Check > Options 14 février 2008

Gestion des PDF avec EndNote

Information à renseigner dans le champ URL Lien vers un document numérique (URL, DOI) Information à renseigner dans le champ URL Si DOI: Dans le champ URL : http://dx.doi.org/… De + en + de revues demandent le DOI des articles cités dans la bibliographie.  mettre l’information dans un champ (exemple : Label) DOI : 10.1104/pp.103.029876 14 février 2008

Lien avec un document (fichier pdf) References Link To …. Select a file to link to the reference (URL, doc, pdf, xls, …)  Lien relatif ! Pour accéder au document attaché : Open Link Ou clic-droit  Rque : Meilleure gestion des fichiers à partir de la version X 14 février 2008

Importer des références dans sa base EndNote

Importer des références Sources de références bibliographiques Méthodes : Connexion directe sur BDD Exportation directe depuis des BDD Importation de fichiers (filtres) 14 février 2008

A partir de quelles sources ? Par quelle méthode ? Fichier texte structuré File Import : Tab delimited (Import option) faire précéder le type biblio par * (ex: *generic) et séparer les champs par <tab> attention : nécessité de préparer le document texte pour séparer les informations dans les champs . Bien estimer le coût-durée de la manip / saisie manuelle Base Endnote File Import : endnote Library (Filter) Sources externes périodiques électroniques, bases de données bibliographiques Import du fichier sauvegardé pour export vers un logiciel bibliographique > File Import : sélection du Filtre correspond à la source interrogée Téléchargement direct (Filtre & transfert automatique) Connection à la base de donnée à partir d’Endnote (Connexion) 14 février 2008

Importer des références en se connectant directement à la BDD à partir d’Endnote Tools Connect … Rechercher les publications 2007 des chercheurs INRA Montpellier en se connectant à PubMed à partir d’Endnote en utilisant fichier de connexion PubMed(NLM) 14 février 2008

Importer des références par transfert de fichier Faire la recherche dans la base de données bibliographiques Sauvegarder les références dans un format lisible par Endnote (txt) Importer les références dans la base Endnote en utilisant un Filtre d’import File Import 14 février 2008

Exemple : PubMed Display Medline Send to File  pubmed-result.txt http://www.pubmed.com/ Recherche avancée Display Medline Send to File  pubmed-result.txt Importation sous EndNote avec le filtre PubMed(NLM) 14 février 2008

Importer des références automatiquement Comme les sites de périodiques, de nombreuses bases de données proposent l’export « automatique » des références vers Endnote (et/ou autres logiciels de gestion biblio) Exemple : portail Inra : toutes les bases du WOK à l’exception de CAB (import indirect + filtre Cab_Wok) 14 février 2008

Importer des références à partir de périodiques électroniques En général, l’export se fait de façon quasi-automatique à partir des sites des éditeurs BioMed Central est une maison d'édition indépendante qui défend activement le principe du libre accès à l'intégralité d'articles originaux en biologie et en médecine. Ces articles de recherches sont accessibles gratuitement et très rapidement sur les sites Internet des revues de BioMed Central. Ils sont en même temps archivés de manière à garantir leur sauvegarde à perpétuité. BioMed Central s'engage à faire respecter ce principe, convaincu que les communications scientifiques doivent être largement et facilement accessibles et non pas soumises à des abonnements coûteux. BioMed Central s'engage à assurer un contrôle qualité efficace grâce à une évaluation par les pairs intégrale et rigoureuse. Les articles de recherche, ainsi que la plupart des autres articles publiés par BioMed Central, sont au préalable rigoureusement évalués par un comité de lecture. Le choix du mode d'évaluation est laissé aux rédacteurs-en-chef de chaque revue [détails]. Dans certains cas, en particulier pour les revues médicales de la collection BMC, il sera demandé aux « referees » de signer leurs évaluations. L'historique de pré-publication (manuscrits soumis, rapports des « referees », réponses des auteurs) sera alors affiché sur le site, conjointement à l'article auquel il se rapporte. BioMed Central publie une importante collection de revues et autres services Parmi les nombreuses revues que nous publions vous trouverez la collection électronique BMC [détails] qui couvre l'ensemble des domaines biologiques et médicaux, ainsi que bien d'autres revues en format électronique ou électronique et imprimé, dont Journal of Biology, Genome Biology et Arthritis Research & Therapy [détails]. BioMed Central publie aussi Faculty of 1000, leader parmi les outils d'évaluation de la littérature scientifique [détails]. 14 février 2008

Recherche dans ScienceDirect de 20 articles récents sur votre sujet de recherche http://www.sciencedirect.com 14 février 2008

Récupération des références à partir des BDD de la plateforme Inra 14 février 2008

Récupération des références à partir des BDD de la plateforme Inra (2) 14 février 2008

Récupération dans le Web of Science des 20 publications les + citées sur votre sujet de recherche Dispositif revelec > WOS > GENERAL SEARCH 14 février 2008

Autres sources … Tableau récapitulatif - Documentation / Inra Montpellier http://www.montpellier.inra.fr/documentation/importation_endnote.htm Biomed Central Agricola Google scholar Alertes e-mail à partir du WoS, … 14 février 2008

Gestion des références bibliographiques dans une base EndNote recherche tri copie impression

1 – opérations sur les références Recherche de doublons et suppression References Find Duplicates References > Delete References Suppression d’une référence References Delete references Visualisation de toutes les références Show All 14 février 2008

Recherche dans une liste de termes 2 - Recherche dans une librairie Ctrl+1 Recherche dans une liste de termes References > Search References Recherche multi-champs Opérateurs logiques entre champs (And, Or, Not) Pas d’opérateurs logiques à l’intérieur d’une case de recherche plusieurs mots = expression Recherche sur l’ensemble / sous-ensemble des références (recherche précédente) Respect de la casse Sauvegarde du profil de recherche (Save) Rappel d’un profil précédemment sauvegardé (Load) Ajout possible de cases d’énoncés 14 février 2008

Exercice : recherche dans une librairie Rechercher dans Paleo.enl tous les articles écrits par Billoski entre 1990 et 1998 14 février 2008

3 - sélection manuelle de références choix multiple des notices Ctrl + click souris 4 - tri des références References > Sort References 14 février 2008

5 – Affichage des colonnes et tri des références Tri rapide des références double-clic ou References > Sort References Affichage des champs (Auteur, Date, Titre par défaut) Edit >Preferences>Display Fields 14 février 2008

6 – opérations sur les références (+ exercices) Copier le contenu d’un champ  autre champs References Change and Move Fields Changement de champs Label  custom1 14 février 2008

7 – opérations sur les références (+ exercices) Ajout de termes pour un ensemble de références References Change and Move Fields Ajouter dans le champ la source (TP) pour les références importées de Paleo 14 février 2008

8 – opérations sur les références (exercices) Changement global : pour un ensemble de références Edit Change text Dans le champs Notes, remplacer TP par TP n°4 14 février 2008

5 – Copier et Imprimer des références Vers une autre base EndNote « copier - coller » classique  Edit > Copy puis Edit > Paste Vers une imprimante File > Print Selected References Vers un fichier texte (Word) Edit > Copy formatted puis dans Word Edition > Coller Exercice : Copier les références de Billoski (Paleo.enl) dans votre bibliothèque personnelle 14 février 2008

EXERCICE N°4 : Editer une liste de publications, la sauvegarder dans Word pour l’imprimer Rechercher  les doublons dans votre base Rechercher les références depuis 2005 Les trier par année décroissante, et auteurs (AZ) Les importer dans un fichier RTF References > Find Duplicates Delete Selected References References > Search References Year « is greater or equal than » 2005 References > Sort References Year (ZA) and Author (AZ) File > Export > format *RTF Edit > Copy formatted puis dans Word Edition > Coller 14 février 2008 Remarque : dans word, les modalités de tri dépendent du style

Rédiger des documents scientifiques intégrant des références bibliographiques

Rédiger des documents intégrant des références bibliographiques 1 - Utiliser un modèle (Template) 2 - Edition d’une liste bibliographique simple 3 – Edition de Bibliographie par sujet 4 – Module « Cite While you Write » CWYW 14 février 2008

1 - Ecrire une publication en utilisant un modèle Aide à la structuration de l’article, prédéfinition des marges, pagination, … selon règles éditoriales Sous Endnote: Tools Manuscript Templates Exercice - rédaction d’un article selon les normes éditoriales de la revue CELL 14 février 2008

2 - Edition de liste de références bibliographiques liste simple, non évolutive (sortie papier, …) Exportation dans un fichier texte: Sélection des références Sélection du style (qui détermine l’apparence de la liste) Exporter au format TXT, RTF, HTML, XML, File Export Copie des références / Coller dans Word ou envoi vers imprimante - Sélection des références Sélection du style (qui détermine l’apparence de la liste) Copy Formatted ou File Print > selected references 14 février 2008

3 – Création de bibliographie par sujet Une bibliographie par sujets est faite de petites listes de références apparaissant sous une entête distincte :  sujets : keywords  auteurs = Authors  titre de périodique = Journal Title  équipe d’une unité = custom1 Sélectionner les références à inclure dans une biblio / sujet Menu Références … Search references ou sélection manuelle Identifier les sujets de la biblio / sujet Menu Tools … Subject Bibliography Subject Fields : choisir 1 ou plusieurs champs List each author separately : le nom de chaque auteur deviendra un sujet In other fields, list each entry … : si on souhaite séparer un champ en plusieurs sujets (par défaut, les keywords sont toujours listés en entrées individuelles) OK 14 février 2008

Création de bibliographie par sujet (2) Une fenêtre Subject terms affiche les termes trouvés et le nombre de références (records) Sélectionner les termes que vous souhaitez inclure comme sujets (Select all, …) Une fenêtre Subject Bibliography – nom de la base de donnée s ’ouvre Output Style Layout : options pour le formatage (Tri, Titre, Terms : accès à la liste de termes pour ajouter ou retirer Print preview, Print, … 14 février 2008

EXERCICE - édition d’une bibliographie par titre de revue (pour les 7 principaux titres de revues dans lesquelles les chercheurs de l’Inra de Montpellier ont publié) Tools … Subject Bibliography 14 février 2008

EXERCICE - édition d’une bibliographie classée par type de documents (cas d’un dossier d’évaluation), chapitres de thèse Tools … Subject Bibliography 14 février 2008

4 - Rédaction d’une publication avec des citations automatiques Le principe : 1 ) Insertion de références brutes dans son texte à partir de références de sa bibliothèque Endnote 2 ) formatage à partir d’un style souhaité, 3 ) les références citées se trouvent automatiquement mises en forme à la fin du texte références brutes : [Lauri, 1998#34] Citation : (Lauri, 1998) ou [1] Référence citée : Lauri PE, 1998, Titre de l’article, Titre de la revue Vol(issue) : pagination. 14 février 2008

Étape 1 : Insertion de citations dans un document Word Dans Word, différentes commandes apparaissent dans le menu Outils en pratique, il est commode de travailler avec les 2 applications ouvertes Possibilité d’effectuer une recherche pour retrouver la référence à citer (recherche dans tous les champs) Positionner le curseur à l ’endroit où vous désirez citer la/les référence(s) Insert selected citation Astuce: « copier - coller » classique 1er auteur, année #N° de la référence dans la base EndNote 14 février 2008

Etape 2 : Formatage de la bibliographie automatique Outils > Endnote7 > Cite While You Write manuelle Outils > Endnote7 > Format Bibliography 14 février 2008

Les cas particuliers par rapport au texte En fonction du style utilisé, il est possible de personnaliser le format des citations dans le texte Edit > Output Style Edit Nature - Cell Citations > Templates (Dupond, 2002) cette étude1 montre En fonction du contexte de la phrase, il est possible d’ajouter du texte, avant ou après les champs auteurs et année, de supprimer les parenthèses…. se positionner sur la citation Edit Citation(s) Préfix et Suffix Lauri (2003) a montré … (Voir Lauri, 2003, p. 34) 14 février 2008

Quelques recommandations Insérer des citations à partir d’une seule bibliothèque Endnote Ne faire aucune modification sur les références formatées (si nécessaire, déformater au préalable, modifier la référence dans Endnote puis reformater: les modifications seront alors prises en compte) Supprimer les codes-champs introduits par Endnote dans le texte avant envoi à un tiers, à l’éditeur …(risque de non-lisibilité) Outils > Endnote7 > Remove Fields codes 14 février 2008

EXERCICE - Insérer des références biblio dans un article en cours de rédaction … Travail sur le document        insérez les références à partir de la base formation.enl éditez la liste des références bibliographiques (Format bibliography) en utilisant le style Cell puis Science 14 février 2008

Fonctions avancées Personnalisation des styles Personnalisation de la grille de saisie Liste de termes SCAN RTF Librairie de voyage OpenURL

1 - les STYLES  fichier spécifique à Endnote, contenant la nature des champs et leurs caractéristiques de mise en forme dans Word, pour obtenir une certaine présentation des citations et des références bibliographiques Rappel : Aperçu du style disponible dans le panneau de prévisualisation dans le répertoire W:/Biblio/Endnote7/Styles pour pouvoir le personnaliser : C:/Endnote/Style (dans ce cas, modifier dans Preferences/Folder Location …) 1 ) Pour sélectionner un style éditorial parmi les existants Edit > Output Styles Open Style manager Les styles sont classés par grandes catégories: Name Category Find : accès à la liste des catégories (exple Science) More info : style info - style preview (journal, book, book section) x pour activer un style: cliquer le nom du style 14 février 2008

Les STYLES - caractéristiques 2 - Comprendre la grille d’un style (Nature) Edit > Output Styles Open Style manager Nature Edit Les 4 premières options (about this style, anonymous works, page numbers, journal names) s ’appliquent à la fois aux citations, bibliographies et notes de bas de pages Une option Template permet de définir les champs et la ponctuation à inclure dans le formatage Citations Bibliography 14 février 2008

Les STYLES - Bibliography L ’option Templates définit pour chaque type de documents - les intitulés des champs présents dans les références dont les contenus apparaîtront dans la bibliographie - la ponctuation - des signes conventionnels propres à Endnote et réservés au formatage Style [Nature] Journal Article Author. Title. Revue.°Volume|:°Pages|°(Year)|. Caractères spécifiques 4 règles de base: la dépendance : Volume (Issue) la prépondérance du champs précédent : Volume:Issue Pages L ’espace et le champ : Author. Title Le texte indépendant : Year, Publisher ed. 14 février 2008

Les STYLES - Bibliography Style [Nature] Journal Article Author. Title. Revue. °Volume|:°Pages|° (Year)|. Caractères spécifiques Les caractères spéciaux pour le formatage: texte dépendant de la présence d ’un champ : ° Alt+Ctrl+Space (Link adjacent text) vol. °Volume si pas de volume ---> séparation forcée : (séparer des infos dépendantes) | Alt Gr +6 (Forced Separation) Volume.Issue (Year) si pas d ’issue -----> 62. (2000) Volume|. Issue| (Year) si pas d ’issue -----> 62 (2000) Pages|. (. Final indépendant de la présence de l ’information Pages) ^ : séparer les versions singulier / pluriel des étiquettes qui sont liées à certains champs Editor, Ed.^Eds. 14 février 2008

Les STYLES - Bibliography - autres options Bibliography Layout : permet d ’insérer du texte avant et après chaque référence Insert Field Sort Order: instructions paramétrant l ’ordre des références dans la bibliographie Les STYLES - Footnotes (bas de pages) Templates : idem Bibliography Repeated citations : Paramétrage des citations répétées dans le bas de page 14 février 2008

Modification d’un style ou création d’un style personnel Il vaut mieux modifier un style existant (copie cell+ nouveau nom = perso) Edit > Output Styles Edit perso Bibliography Templates Reference Type : pour ajouter un type de document Insert Field : pour ajouter un champ 14 février 2008

Importation de nouveaux STYLES Sur le site de l’éditeur d ’Endnote ou de la revue Mise à jour des styles sur le style de l ’éditeur http://www.endnote.com/support/enstyles.asp Ne pas oublier dans quel répertoire EndNote va chercher les Styles Edit > Preference > Folder Location 14 février 2008

Exercices : modification de styles insertion du résumé à la suite de la référence biblio (exemple : fiche de lecture) Costes, E. and E. Garcia-Villanueva (2007). "Clarifying the effects of dwarfing rootstock on vegetative and reproductive growth during tree development: A study on apple trees." Annals of Botany 100(2): 347-357. Background and Aims Despite the widespread use of dwarfing rootstocks in the fruit-tree industry, their impact on tree architectural development and possible role in the within-tree balance between growth and flowering are still poorly understood, in particular during the early years of growth. The present study addressed this question in apple trees, through a detailed analysis of shoot populations, i.e. both vegetative and flowering shoots, during tree development. création d’un style personnel pour une bibliothèque (exemple : fiche ouvrage) Bibliothèque de l’UMR DAP < 777 > - Abricot: les variétés mode d'emploi, guide pratique Lichou, J., et al. (1998), Ctifl, 256 p. 14 février 2008

2 - Personnalisation de la grille de saisie Possibilité de : - modifier l’intitulé d’un champ ou d’un type de document, - supprimer un champ - masquer un type de document . .Manuscript Edit > Preferences … > Reference Type > Modify Reference Types … Ces modifications concernent la configuration d’Endnote sur votre ordinateur (ne sont pas attachées à la librairie !) 14 février 2008

EXERCICE : Modification de la grille saisie Ouverture de votre base formation.enl Ne conserver que 6 types de documents Article Ouvrage Chapitre Communication à des colloques Thèse Brevet Simplifier la grille de saisie pour les articles (suppression de champs inutiles, termes en français) Auteur, Année, Titre Revue, Volume, Issue, Pages Mots-clés, Résumé Créer 1 champ CSS (custom1) mots-clés « anglais » (custom2) 14 février 2008

3 - Les listes de termes (term lists) Endnote complète automatiquement l’entrée des termes à l ’aide d ’index (Term Lists) Par défaut: Authors, Journals, Keywords Tools > Open Term Lists Création d ’autres listes de contrôle à la saisie (UMR, équipe, etc…) Tools > Define Term Lists Create List… lui donner un nom (par exemple UMR) Update List… choisir les champs qui vont alimenter cette liste (Custom1 = UMR) Import List… importer une liste en format texte (. Txt) revues scientifiques 3 listes proposées (W:/) répertoire Term Lists: Medical.txt, chemical.txt, humanities.txt autres listes (format txt) Link List … relier les champs à cette liste de termes 14 février 2008

EXERCICE : Importation de listes de termes Ouvrir votre librairie formation.enl - Importer une liste de journaux > Journal Term List Lists > Import list… liste_agro.txt Évite de renseigner Alternate Journal 14 février 2008

EXERCICE - Importation de listes de termes - Créer une liste (CSS) et importer le fichier CSS.txt (typologie des publications écrites pour l’évaluation des chercheurs INRA) > Tools > Define Term List > Create List > Import List > Link Lists (custom1   CSS) - Caractériser les publications que vous avez saisi manuellement 14 février 2008

4 - RTF Document Scan Dans Endnote : Tools > RTF Document Scan La fonction "Scan" permet de mettre en forme des fichiers sauvegardés au format RTF afin de créer des bibliographies dans n’importe quel traitement de texte : StarOffice, OpenOffice, AppleWorks, FrameMaker. Il est également possible de copier/coller des références depuis une bibliothèque EndNote dans ces traitements de texte. Dans Endnote : Tools > RTF Document Scan Sélectionner le document .rtf et le style ad hoc 14 février 2008

5 – Travelling Library Librairie de voyage Chaque citation formatée est enregistrée avec des codes spéciaux qui caractérisent la référence (sauf résumé, notes). Le document est associé à une sorte de bibliothèque de voyage comprenant l’ensemble des référénces citées. Si la bibliothèque source Endnote n’est pas ouverte ou indisponible, Endnote utilise les données de cette traveling library. Ce fonctionnement permet à plusieurs auteurs de travailler sur le même document sans nécessairement utiliser la même bibliothèque Endnote et/ou de récupérer dans Endnote toutes les références citées dans un document word Outils > Endnote7 > Export Traveling library Attention : ne pas revenir au stade « citations non formatées » car cela nécessite l’ouverture de la bibliothèque endnote originale 14 février 2008

Activation de l’Open URL (resolveur de liens) Cette fonctionnalité vous permet de vérifier la disponibilité du texte intégral d'une référence bibliographique contenue dans votre base EndNote, dans les ressources documentaires conformes à la norme OpenURL (ressources électroniques Inra, catalogues de ressources papier, …) Edit > Preferences > OpenURL X Enable OpenURL http://oasis.versailles.inra.fr:3210/sfxtst3 vider ou laisser vide la fenêtre "Arguments" (facultatif) valider en cliquant sur Appliquer ou OK Ouvrir une référence References > OpenURL Link 14 février 2008

Exercice - Accéder au texte intégral de l’article de Fourcroy et al 14 février 2008