L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banque de données Type de banque Nom de la banque Méthodes utilisées Banques de données construites ►Cancer et altérations génétiques ►Données cytométriques et cancer ►CGH, FISH, CGH array Banques de données en ligne ►The Cancer Genome Anatomy Project ►Genexplorer ►Score Santé ►Méthode SAGE ►Puces à ADN ►Epidémiologie

L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banque de données Type de banque Nom de la banque Méthodes utilisées Banques de données construites ►Cancer et altérations génétiques ►Données cytométriques et cancer ►CGH, FISH, CGH array Banques de données en ligne ►The cancer Genome Anatomy Project ►Genexplorer ►Score Santé ►Méthode SAGE ►Puces à ADN ►Epidémiologie

L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banque de données construites Nom de la banque Adresse du site Méthode utilisée ► Cancer et altérations génétiques ►Mise en ligne à venir sur http://acces.inrp.fr/acces/equipes/dyna/travaux/accueil ►CGH, FISH, CGH array ► Données cytométriques et cancer ►ftp://ftp.inrp.fr/home/acces/dynacell/outils/winmdi/html/cancercyto.htm ► cytométrie

L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banque de données construites Nom de la banque Adresse du site Méthode utilisée ► Cancer et altérations génétiques ►Mise en ligne à venir sur http://acces.inrp.fr/acces/equipes/dyna/travaux/accueil ►CGH, FISH, CGH array ► Données cytométriques et cancer ►ftp://ftp.inrp.fr/home/acces/dynacell/outils/winmdi/html/cancercyto.htm ► cytométrie

Banques construites : Cancer et Altérations Génétiques L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banques construites : Cancer et Altérations Génétiques Informations sur le phénotype macroscopique du patient Définitions de certains termes Choix du patient

Banques construites : Cancer et Altérations Génétiques L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banques construites : Cancer et Altérations Génétiques Affichage du caryotype + Éventuellement images Polyploïdie Amplification Translocation

Banques construites : Cancer et Altérations Génétiques L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banques construites : Cancer et Altérations Génétiques Rubrique « phénotype chromosomique » Image CGH + Courbes CGH localisation d’une région chromosomique amplifiée ou perdue

Banques construites : Cancer et Altérations Génétiques L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banques construites : Cancer et Altérations Génétiques Rubrique « génotype » Résultat du CGH array Détermination d’un locus amplifié ou perdu Hypothèse concernant un gène impliqué repérage du locus amplifié ou perdu Carte génique du chromosome impliqué

Banques construites : Cancer et Altérations Génétiques L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banques construites : Cancer et Altérations Génétiques Accès à une banque de chromosomes (localisation d’oncogènes, de gènes suppresseurs de tumeur, d’autres gènes) Accès à un lexique (définitions des principaux termes utilisés dans la banque : pathologies, mécanismes… ) Accès à une banque de techniques (permettant l’obtention des différentes images présentées : FISH, CGH, CGH array, peinture 24 couleurs) retour

Banques construites : Cytométrie et cancer L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banques construites : Cytométrie et cancer Un outil… …en affichant un graphique où : chaque point représente une cellule sa position dépend de la densité de marqueurs à sa surface …qui permet d’utiliser des données cytométriques…

Banques construites : Cytométrie et cancer L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banques construites : Cytométrie et cancer Des données issues d’une série de 36 cas de patients atteints de leucémie ou de lymphome… …utilisables avec le logiciel WinMDI afin de déterminer le niveau d’expression des marqueurs à la surface des cellules sanguines

Banques construites : Cytométrie et cancer L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banques construites : Cytométrie et cancer La comparaison d’une moelle normale et de la moelle d’un patient… …permet de déterminer les marqueurs anormalement sous-exprimés ou sur-exprimés et donc de déterminer la nature des cellules ayant proliféré

Avantages Outils et formation L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banques construites : Cytométrie et cancer AVANTAGES ET INCONVENIENTS Avantages Des données triées, sélectionnées Des outils d’utilisation simple Une présentation à finalité pédagogique La maîtrise totale de l’outil par l’enseignant est possible Le travail en autonomie des élèves est envisageable

Banques construites : Cytométrie et cancer L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banques construites : Cytométrie et cancer AVANTAGES ET INCONVENIENTS Inconvénients Peu de données disponibles Champ d’étude réduit Enrichissement long La lourdeur de la construction et de la gestion de telles banques limite leur évolutivité retour

L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banque de données en ligne Nom de la banque Adresse du site Méthode utilisée The cancer Genome Anatomy Project http://cgap.nci.nih.gov Méthode SAGE : Serial Analysis of Gene Expression Genexplorer http://genome-www.standford.edu/ sarcoma/ Puces à ADN Score Santé http://www.fnors.org/Score/accueil.htm Epidémiologie

L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banque de données en ligne Nom de la banque Adresse du site Méthode utilisée The cancer Genome Anatomy Project http://cgap.nci.nih.gov Méthode SAGE : Serial Analysis of Gene Expression Genexplorer http://genome-www.standford.edu/ sarcoma/ Puces à ADN Score Santé http://www.fnors.org/Score/accueil.htm Epidémiologie

Page pour la requête du gène Zone d’inscription du gène

Résultats de la requête Normal Cancer Gradient de couleurs traduisant le niveau d’expression du gène Exemple d’organe pour lequel des données sont disponibles dans le cas normal et en cas de cancer

Niveau d’expression du gène Gène sous exprimé Gène surexprimé Cas des cellules normales Géne faiblement exprimé Gène plus fortement exprimé dans ces différents carcinomes Cas des cellules cancéreuses retour

L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banque de données en ligne GeneExplorer Page d’accueil du site Accès à la banque et signification du code couleur pour les puces à ADN

Champ où taper le nom du gène sur lequel porte la requête L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banque de données en ligne GeneExplorer MENER UNE REQUETE Champ où taper le nom du gène sur lequel porte la requête CDK4

Outils et formation / Banque de données en ligne GeneExplorer L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banque de données en ligne GeneExplorer LIRE LES RESULTATS DE LA REQUETE Liste de différents types de sarcomes Liste des gènes correspondant à la requête Résultats livrés par les puces à ADN (le code couleur traduit le niveau d’expression du gène) Nombre de résultats correspondant à la requête

Outils et formation / Banque de données en ligne GeneExplorer L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banque de données en ligne GeneExplorer LIRE LES RESULTATS DE LA REQUETE Résultats livrés par les puces à ADN Code couleur traduisant la surexpression ou la sous-expression du gène Lignées de cellules cancéreuses Gène sur lequel porte la requête

Les avantages et les inconvénients de ces outils L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banques de données en ligne Les avantages et les inconvénients de ces outils AVANTAGES - une densité importante d’informations - des informations actualisées et régulièrement enrichies

Les avantages et les inconvénients de ces outils INCONVENIENTS L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banques de données en ligne Les avantages et les inconvénients de ces outils INCONVENIENTS Déchiffrage difficile des notations et nomenclatures scientifiques … Complexité des informations Multiplicité des liens …

Les avantages et les inconvénients de ces outils INCONVENIENTS L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banques de données en ligne Les avantages et les inconvénients de ces outils INCONVENIENTS complexité des informations + multiplicité des liens + déchiffrage difficile des notations et nomenclatures scientifiques = des difficultés pour garantir l’autonomie des élèves lors de l’utilisation d’ outils comme Genexplorer ou The Cancer Genome Anatomy Project retour

Page d’accueil de Score Santé L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé Page d’accueil de Score Santé Choix d’un grand thème puis d’un thème

Choix d’un type de cancer L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé Paramétrage de la requête Choix d’un type de cancer

Choix d’un indicateur de santé dans la pathologie retenue L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé Paramétrage de la requête Choix d’un indicateur de santé dans la pathologie retenue

Choix géographique Outils et formation L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé Paramétrage de la requête Choix géographique

Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé Un exemple de résultat de requête : « cancer de l’estomac, nombre de décès chez les hommes dans la tranche d’âge 55-59 ans, dans toutes les régions de France, entre 1995 et 2000 » Le résultat de la requête est un tableau exportable et convertible au format « .xls »

Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé Il est possible sous Excel de projeter sur une carte géographique ces données statistiques.

Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé On peut aussi possible projeter sur une même carte des indicateurs différents dans la perspective d’établir des corrélations. retour

Avantages Outils et formation L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banques construites : Cytométrie et cancer AVANTAGES ET ( INCONVENIENTS) Avantages Des données nombreuses, variées, actualisées - Un outil de présentation simple Des transpositions de données chiffrées sous différentes formes graphiques, des corrélations entre différents indicateurs Le travail en autonomie des élèves est envisageable

MERCI

Les puces à ADN

Méthode SAGE : Serial Analysis of Gene Expression

Peinture 24 couleurs

CGH

FISH

CGH array