30 avril 2009 Marie-Laure Malingre - URFIST de Rennes Introduction aux outils de gestion de références bibliographiques  Stage URFIST de Bordeaux 30 avril 2009 Marie-Laure Malingre - URFIST de Rennes 30 avril 2009

Introduction / Outils de gestion bibliographique Plan 1 - Contexte d’utilisation 2 - Définition et applications 3 - Panorama général 4 – Présentation de quelques outils et méthodologie 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 1 - Contexte A la base de toute recherche : Le travail de citation Confrontation aux énoncés et travaux précédents, concernant le même sujet de recherche ou des sujets connexes crédibilité scientifique Réseau de citations intégrées dans la publication citations dans le texte notes de bas de page bibliographie 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 1 - Contexte Les principales étapes Recherche documentaire et exploration de la littérature scientifique sur le sujet de recherche Bases de données Recherche dans le web Récupération et stockage de références bibliographiques Constitution d’un corpus de références Identification et description précises des documents référencés 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 1 - Contexte Les principales étapes (suite) : Exploitation des références Citations dans le texte de la thèse et notes de bas de page Élaboration de la bibliographie Réutilisation des références pour d’autres travaux : communications à des congrès, articles de revues spécialisées … Mise en forme des références En conformité avec des normes d’écriture et de présentation 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 1 - Contexte Les normes : Normes ISO / AFNOR Norme ISO 690 (Norme AFNOR NF Z 44-005 de 1987 pour les publications imprimées, livres et publications en série, leurs parties composantes et les brevets) Norme 690-2 (Norme AFNOR Z 44-005-2) de 1998, pour les documents électroniques 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 1 - Contexte Les normes : Protocoles spécifiques Style Harvard en Sciences exactes Recommandations de Vancouver en Médecine / Pharmacie Protocole APA (American Psychological Association) Protocole MLA (Modern Language Association of America) Pratiques mises en œuvre par les universitaires et les étudiants dans leurs travaux Usages mis en place par les éditeurs de livres et de revues 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Qu’est-ce qu’un logiciel de gestion de références bibliographiques (LGR) ? Un outil spécialisé qui permet principalement : de stocker des références issues d'une recherche documentaire (par saisie manuelle ou import automatisé) d'organiser et de gérer ces références dans une base de données de formater les références selon un style donné de générer automatiquement dans une publication scientifique les citations et la bibliographie ainsi formatées. 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Typologies des LGR : Libres ou propriétaires Gratuits ou commerciaux En ligne ou à installer en local Outils individuels ou de partage Outils à forte intégration web ou outils à orientation plus bibliographique Outils professionnels ou plus basiques 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Atouts des LGR Pour le stockage et la gestion des références : facilités d’exploitation de gros corpus de références par la structuration en base de données Pour la publication : récupération des références lors de l’écriture d’un texte formatage automatique des références selon les normes d’écriture en vigueur saisie unique des données et choix d’un format d’édition Pour le suivi de la recherche documentaire : liens entre la recherche documentaire et la base personnelle 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique : « Grilles de saisie » regroupant dans des zones différenciées = champs, les éléments nécessaires à la description des documents cités description bibliographique mots clés sujet éventuellement notes de lecture Exemple d’une grille JabRef 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) : Modules de récupération de références depuis des bases de données Filtres Fichiers de connexion Exemple des filtres Refworks 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) : Gestion interne de la base Recherche dans la base Tri des références Modification des références … Exemple de recherche EndNote 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) : Modèles d’édition des références conformes aux normes de publication Styles Exemple des styles Zotero 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) : Éléments complémentaires Gestion d’objets (images, graphiques, tableaux) Passerelles vers les traitements de texte Outils de partage des référence Aides à la saisie Lien vers le texte intégral Possibilités d’annotation, de notes de lecture Fonctionnalités d’export de la base de références … 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications En résumé, pourquoi se servir d’un logiciel bibliographique ? Pour récupérer des références directement des bases de données bibliographiques vers sa base de travail Pour retrouver directement à partir des références stockées le texte intégral du document Pour conserver et utiliser les références trouvées Pour gérer de nombreuses références 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Pour ajouter des notes personnelles à ses références Pour présenter ses références suivant des normes, des standards ou les « notes aux auteurs » données par les revues Pour insérer ses références dans un traitement de texte, sous forme de : Citation dans le texte Note de bas de page Bibliographie 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Pour exporter des références ou des listes bibliographiques suivant le type de document à diffuser (y compris dans le Web) Pour gagner du temps … 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Un grand nombre de produits Développement permanent de nouveaux logiciels Evolution et multiplication des fonctions Des outils multi-plateformes ou non 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Evolution générale : A l’origine, limités à la gestion de références saisies manuellement Saisie, Recherche, Tri Ensuite, multiplication des fonctions : Lien avec la recherche documentaire dans les bases de données scientifiques Formatage des références bibliographiques sélectionnées Proposition de formats d’édition prédéfinis conformes aux normes d’écriture des revues scientifiques Edition de citations et de bibliographies Interface directe avec les logiciels de traitement de texte Orientation web 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Quelques logiciels professionnels (commerciaux) connus et utilisés : EndNote EndNote Web (en ligne) ProCite Reference Manager RefWorks édités par Thomson Reuters + WriteNote http://thomsonreuters.com/products_services/scientific/ResearchSoft/ Logiciel en ligne http://www.refworks.com 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Il existe un grand nombre d’autres logiciels bibliographiques Voir par exemple la liste proposée par Jean-Pierre Lardy (URFIST de Lyon, http://urfist.univ-lyon1.fr/ > Rubrique Ressources pédagogiques): Les logiciels personnels de gestion documentaire Quelques exemples de logiciels gratuits à télécharger ou à utiliser en ligne Voir diapo suivante 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Quelques logiciels de bibliographie personnelle Outils gratuits (références et / ou signets web) En ligne BibMe Bibsonomy CiteUlike Connotea HotReference Wikindx (serveur local) WizFolio (version de base) En local Bibus JabRef Zotero 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Critères de comparaison et de choix proposés par Sandrine Royer-Devaux de l’Institut Pasteur : Formats de références disponibles (et possibilité d’en créer de nouveaux) Possibilité de générer une liste de références à partir d’un traitement de texte Formats d’éditions fournis (et possibilité d’en créer de nouveaux) Possibilité d’importer depuis différentes sources bibliographiques Capacité de la base Outils de recherche et de tri dans les bibliothèques de références Options 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Evaluations comparatives « Comparison of reference management software » sur Wikipedia http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software L’évaluation comparative de Francesco Dell’Orso : http://www.burioni.it/forum/ors-bfs/index.html La page de ressources de Fourmi (URFIST de Paris) sur les logiciels de gestion de références bibliographiques http://www.ext.upmc.fr/urfist/fourmi/fourmibiblio.htm 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Gérer ses références avec : Zotero Bibus CiteUlike Quelques autres outils Plateformes en ligne Connotea Outils en local JabRef, EndNote 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Zotero 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Zotero Depuis octobre 2006 Andrew W. Mellon Foundation Center for History and New Media George Mason University Extension du navigateur Firefox (à partir de la version 2.0) Logiciel libre et gratuit, à télecharger à partir du site http://www.zotero.org Projet de serveur Zotero (outil en ligne) 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Principales fonctionnalités de Zotero Récupération de données et constitution de la base personnelle Références multiples / Référence par référence Intégration dans les « collections » de la bibliothèque personnelle Liste de sites compatibles (ScienceDirect, SUDOC, Google Scholar, PubMed …) > voir sur la page http://www.zotero.org/index.php/translators Capture de documents web (avec métadonnées) et lien au fichier web 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Saisie manuelle de références Gestion de la base personnelle Modification de références Recherche dans la base Tri des notices Ajout de notes de lecture Ajout de tags (marqueurs) Export de la bibliothèque de références Lien de deux notices 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Création d’une bibliographie À partir d’une collection donnée Formatage dans une style donné (16 styles + page Repository pour les styles : http://www.zotero.org/styles ) Passerelle avec les traitements de texte Avec Word et Open Office Choix d’un style Insertion de citations 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Installation de Zotero A partir de la page http://www.zotero.org Avec Mozilla Firefox, version 2 ou 3 Installation complémentaire du module d’interfaçage avec le traitement de texte (Word et Open Office) Redémarrer Firefox Icône Zotero en bas à droite de l’écran (réduire ou développer) + Menu Outils > Zotero Activation / désactivation de Zotero : Menu « Outils > Modules complémentaires » de Firefox 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie L’interface de Zotero : en 3 panneaux La bibliothèque et ses collections La liste des références d’une collection donnée Le détail de la référence sélectionnée + la barre d’action et le panneau des marqueurs 30 avril 2009

Liste des signets / références Bibliothèque et ses collections Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Liste des signets / références Une référence Bibliothèque et ses collections Panneau des marqueurs 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie La barre d’outils 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie La barre d’outils Créer une nouvelle collection (ou une sous-collection) Montrer / cacher le sélecteur de marqueurs Actions : Importer, exporter une bibliothèque, créer une chronologie, gérer les préférences … Nouvel élément : créer un type de document et faire le lien vers le fichier de texte intégral Créer un nouvel élément à partir de la page courante = à partir de la page ouverte dans le navigateur en utilisant les métadonnées du site; une capture d’écran est liée au site 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Enregistrer le lien vers la page courante = juste le lien vers le site sans donnée bibliographique Capturer la page courante = ajouter une capture d’écran (page du site enregistrée sur l’ordinateur personnel) Nouvelle note indépendante = ajoute une note indépendante d’un élément, ajoutée comme référence Recherche avancée = recherche dans la base Passage en mode plein écran 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie La référence : onglets 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie La référence Onglet Info = les différents éléments de la référence Localiser : résolveur de lien Afficher … : la capture d’écran, le fichier, la page Onglet Notes = possibilité d’ajouter une note liée à la référence bibliographique Onglet Fichiers joints = possibilité de joindre un ou plusieurs fichiers à l’élément Onglets Marqueurs = possibilité d’apposer des tags (mots clés libres) sur une référence Onglet Connexe = possibilité de faire un lien entre deux éléments (référence, notes) 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Clic droit Gestion des collections de la bibliothèque Créer une collection / des sous-collections Nouvelle sous-collection Renommer la collection Supprimer la collection Exporter la collection Classer les références 30 avril 2009

Maire - AgroParisTech-Engref, Montpellier Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Importer des références dans sa bibliothèque / sa collection Sites « Zotero compatibles » : voir http://www.zotero.org/translators Ex : ScienceDirect, Google Scholar et Books, PubMed, Amazon, Revues.org, Citeseer, Bases Ebsco Host, SUDOC … Sites partiellement compatibles (ex : HAL) Récupération de références multiples (en cliquant sur le dossier jaune dans barre d’adresse) référence par référence (en cliquant sur l’icône de document) Source des images : Maire - AgroParisTech-Engref, Montpellier 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Import de pages web Création d’un élément à partir de la page web courante Capture d’écran Lien vers page courante Import de fichiers RDF, MODS, BibTex, RIS, Refer/BibIx, Unqualified Dublin Core RDF Choisir la collection adéquate 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Entrée manuelle de nouveaux éléments et modification des éléments importés Modification des éléments 30 avril 2009

Afficher les tags et rechercher par tag Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Annoter ses collections de références Ajouter un tag Afficher les tags et rechercher par tag 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Créer une note indépendante Créer une note liée à un élément 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Recherche dans la bibliothèque de références Fenêtre de recherche avancée, accessible par la barre d’outils Possibilité d’enregistrer la recherche 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Créer une bibliographie En utilisant le menu contextuel à partir de la collection souhaitée 30 avril 2009

Enregistrement en format RTF ou HTML Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Formater sa bibliographie Utilisation des styles fournis par Zotero Voir http://www.zotero.org/styles Enregistrement en format RTF ou HTML 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Citer dans un traitement de texte depuis Zotero Barre d’outils Zotero dans Word Créer la bibliographie Choisir / Modifier le style Insérer une référence Rafraîchir l’affichage des références Editer une référence Editer la bibliographie 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Un autre exemples : Bibus http://bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Page Spécificités : Gratuit (GNU GENERAL PUBLIC LICENSE) MultiOS avec quelques spécificités et plusieurs développements à venir Connexion avec MsWord et OOo Import/export avec format Endnote et Bibtex Orienté « Biomed » (connexion Pubmed et EtBlast…) (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice) 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice) 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Pour télécharge Bibus : http://bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Page double cliquez sur l'icone "bibus" aprés le téléchargement ensuite plusieur fenêtre vont se succéder choisissez "français“ + suivant “j'accepte” + suivant + suivant installer si vous n'avez pas OpenOffice.org (OOo) un msg d'alerte vous prévient (le plus simple, mais ce n'est pas une obligation, c'est peut-être de télécharger ce TTX gratuit qui remplace très largement la suite de MS office : Word, excel, PPT, ...) http://fr.openoffice.org/ Source : Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Démarrez Bibus (menu démarrer sous window > Bibus) des msg d'erreur apparaissent : ("dtBib.getRoot : not such table : bibrefKey"s, ....) ; cliquez OK à chaque fois Vous arrivez devant la fenêtre Bibus; allez dans le menu "Aide" puis > "première connexion“ cochez Word si vous avez word, OpenOffice.org (OOo) si vous l'avez, puis "Next“ "Next" si vous avez word (et si vous avez OOo "Activer", ensuite c'est indiqué) Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice) 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie “next" pour utiliser SQLite (les pros seront quoi faire avec MySql) choissez le nom d'utilisateur (votre nom c'est le plus simple), puis "Next“ Donnez un nom à votre base (exemple : BASE_Votre_Nom, observer aussi le chemin d’accès) puis "ok“ maintenant vous devriez voir une liste dans la colonne de gauche ( Références, Marquées, Toutes, ...) L'installation est vraiment terminée Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice) 30 avril 2009

Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice) Répertoire « Bibus » dans « Program Files » Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie 2 fichiers à observer : Le fichier « base de données » (le nom que vous avez donné à l’installation et si vous avez choisi cet emplacement) Le fichier « bibus.config » … et aussi Le désinstallateur : uninst.exe Tous les « fichiers et répertoires logiciel » Ce répertoire pourra servir aux raccourcis du menu éditeur de ref Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice) 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Insérer une référence à la main Menu Références > Nvelle références Fenêtre « éditeur de références » Choix du type de doc Champ auteur : Nom1, AB;Nom2, CDI;Nom3, XYZ Choix revues : attention aux abréviationx … et à la saisie en générale Editer une ref : double-click Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice) 30 avril 2009

Chercher des références Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Chercher des références Dans la base « Bibus » Dans Pubmed Le principe des tampons Online/import Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice) 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Classement des références les ref (drag & drop) Les différentes catégories existantes Créer des sous catégories Glisser /déposer Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice) 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Supprimer une référence « Fausse » suppression, dans les catégories et sous-cat de « Références » (et « Marquées ») Pas de suppression dans le(s) tampon(s) car « vidé(s) » à chaque nouvel import Pas de suppression dans « Toutes » car multi-utilisateurs possibles Vraie suppression (SQLite database browser et add-on FF: http://sqlitebrowser.sourceforge.net/development.html https://addons.mozilla.org/en-US/firefox/addon/5817 Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice) 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Import / Export Test avec, Science Direct, ProQuest, HAL (CCSD), Google scholar … et d’autres bases ou d’autres sites (citeUlike, connotea) Test via Zotero (utile pour grouper des ref avant export vers Bibus) Echange de Fichier entre utilisateurs : Bibus<>Bibus, EndNote<>Bibus, … Export en HTML > lister une biblio Bien regarder les formats import/export Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice) 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Préférences Edition > Préférences (cocher Pref Avancées) Changer l’affichage des références Gérer les styles d’impression Gérer les champs de recherche dans la base bibus Gérer le contrôle des doublons Gérer les champs de l’éditeur de références Gérer les Raccourcis de l’éditeur de références Déterminer un répertoire de stockage des doc pour gérer les liens (champ URL dans Ed des Pref) Gérer la liaison avec la base (SQLite ou MySQL) Gérer la liaison avec OOo ou MS Word Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice) 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Les champs « Custom » Ajouter des types de doc (BIBbase.NAME_TYPE['CUSTOM1'] = 'BREVET‘ ) Ajouter des champs à une ref (BIBbase.NAME_FIELD['Custom1'] = 'OAIdentifier ) Soit à l’installation Soit en modifiant le fichier de config Fichier de config : C:\Program Files\bibus\bibus.config Quelques bugs observés (pas changement de type de doc dans les Prefs, mais dans l’éditeur de Ref ok) Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice) 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Partage 2 (n) utilisateurs, une même base Fichier > Se connecter, puis choisir un autre nom Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice) 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Lien / traitement de texte Choix à l’installation Pour changer après l’installation Edition > Préférences > Onglet « traitement de texte » ( utiliser l’ascenseur latéral) Choisissez votre TTX Ouvrez votre TTX A partir du menu MsWord ou OOo Insérer une citation Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice) 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Choix des styles Dépend de la communauté scientifique, des revues, de l’éditeur, … Les styles répandus > menu « Styles » Liste de styles créer par d’autres utilisateurs (« Charger »): http://bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Bibus_Styles , http://www-cbd.ups-tlse.fr/imagerie/tech/bibus/index.php Créer son(ses) style(s) Attention à l’emplacement d’enregistrement (valable pour suppression des styles après redémarrage) > « nouveau », « Éditer » Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice) 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Editer son style Penser à chaque type de doc Citations > dans le texte Bibliographie > fin de texte Pour vérifier > liaison avec TTX Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice) 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie CiteUlike 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils / méthodologie CiteUlike http://www.citeulike.org/ créé en 2004 + développements ultérieurs Gestion de références en ligne gratuite (sur inscription) Sauvegarde, recherche, et partage de références d’articles / STM Fils RSS pour mettre en place une veille sur un thème ou un tag Accès possible aux 13 480 revues auxquelles CiteUlike est abonné Voir : Bibliographie collaborative avec Wikindx et CiteUlike, par Carole Giansily http://pistlr.lirmm.fr/IMG/pdf/Giansily-Wikindx-CiteUlike-23-11-07.pdf 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils / méthodologie Intégration des références dans CiteUlike 3 modes d’intégration des références : Intégration automatisée par la bookmarklet à intégrer dans le navigateur Intégration automatisée à partir d’une liste de sommaires dans CiteUlike Intégration manuelle Sources diverses : Sites d’éditeurs commerciaux (ex: Elsevier, Springer) Agrégateurs (ex: Ingenta, JSTOR) Archives ouvertes (ex: ArXiv) Librairies (ex: Amazon) Edition des références dans diverses normes : Harvard, Nature, Elsevier… 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Connotea 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Connotea http://www.connotea.org/ Lancé en 2004 par la revue Nature (Nature Publishing Group) Service en ligne gratuit Création, gestion, partage de sa bibliographie de références en ligne gratuit / accès à l’ensemble des références partagées dans Connotea Partage de signets dans le monde académique Annotation / Tags Extraction automatique de références bibliographiques Abonnement RSS aux listes des autres utilisateurs ou tags spécifiques Export des références 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Import automatique de références possible depuis : Nature.com PubMed PubMed Central Science PloS BioMed Central Supported EPrints repositories Supported Highwire Press publications Blackwell Synergy Import par filtres d’import Wiley Interscience Scitation arXiv.org Smithsonian/NASA Astrophysics Data System Amazon HubMed D-Lib Magazine + autres sources compatibles… 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie WizFolio Web 2.0 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie WizFolio Web 2.0 https://home.wizfolio.com/ Outil de gestion de références en ligne Version de base gratuite = 100 mb ou 200 références Toutes les fonctionnalités propres à un logiciel de gestion de références bibliographiques Récupération de références à la volée (référence par référence) Localisation du texte intégral (PDF) Intégration avec Word / Windows 68 styles bibliographiques Partage des références Intégration des références d’une biliographie depuis le traitement de texte (exportable ensuite au format RIS) 30 avril 2009

Autres exemples : JabRef Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Autres exemples : JabRef Qu’est-ce que JabRef ? Application écrite en Java, utilisant nativement le format Bibtex pour enregistrer ses données Outil gratuit et OpenSource Cf. Fiche technique du Cemagref : http://ist.cemagref.fr/tutoriaux_de_gestion_bibliographique_article363.html 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Principales fonctionnalités de JabRef Saisie des données dans les champs existant dans BibTeX (Ajout possible des champs personnalisés, génération automatique des clés BibTeX, groupement des entrées, gestion partielle des autorités) Fonctions de recherche Recherche par mots-clés Surlignage de certaines entrées Recherche par groupes / sous-groupes 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Imports de données dans JabRef : Dans les formats suivants : BibTeXML, Biblioscape, Biomail, CSA, INSPEC, ISI, JStor (tabulations), Medline, Ovid, REPEC (New Economic Paper), RIS, Refer/EndNote, Scifinder, SilverPlatter, Sixpack Bases : Web of Science (ISI), ScienceDirect et EconLit (RIS), CAB, Francis (SilverPlatter), EndNote (RIS) + recherche sur serveurs distants 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie JabRef : Gestion du lien vers le texte intégral depuis la référence (pdf, ps, url, doi) Export : html, BibTeXML, Harvard RTF, EndNote… Citations : Liens vers éditeurs LaTeX Automatisation de l’attribution d’une étiquette BibTeX de type AuteurDate (icône baguette magique) Insertion de la référence à citer dans un fichier Latex par CTRL-K / CTRL-V {\citeToto2005} Option « Push selection » to WinEdt (éditeur LateX) 30 avril 2009

Créer une base de références Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie JabRef Créer une base de références Import de données Fonctions d’export 30 avril 2009

Saisie manuelle des données Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie JabRef Saisie manuelle des données 30 avril 2009

Choix du type de référence Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie JabRef Choix du type de référence 30 avril 2009

Saisie des données dans les champs Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie JabRef Saisie des données dans les champs 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie présence d’une image Le logiciel EndNote Groupes de références référence Pour voir une référence dans un style donné 30 avril 2009 Nombre de références affichées sur nombre total

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie EndNote Outil commercial, professionnel Outil en local (+ un module Web lié au Web of Science) Édité par Thomson ResearchSoft (ISI) Site http://www.endnote.com Fournisseur français : Ritme, http://www.ritme.com 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Principales fonctionnalités d’EndNote Recherche documentaire et constitution de la base : Connexion directe à des bases de données distantes Intégration automatique de références sous EndNote à partir des interfaces de recherche de bases de données Import des fichiers de résultats issus de bases de données via des filtres d’import Récupération de bibliographies rédigées avec un traitement de texte Récupération de bases élaborées sous d’autres logiciels bibliographiques 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie L’organisation et l’exploitation de la documentation personnelle : Gestion des fichiers de références bibliographiques organisés au sein de bases de données, permettant : La saisie manuelle de références (aides à la saisie) et l’intégration d’objets (tableaux, graphiques); l’import de références Le lien au texte intégral La modification et la mise à jour des références La recherche dans les références Le formatage bibliographique des références L’export des données sous d’autres formats 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie La rédaction et la publication scientifiques : Interface directe avec le traitement de texte Word permettant : de créer des citations dans le texte en cours de rédaction de générer une bibliographie, soit à la suite de l’article rédigé, soit indépendamment de tout texte (possibilité aussi de générer la liste des tableaux, etc.) de choisir un format d’édition déterminé = style (correspondant aux normes de présentation bibliographique des revues scientifiques) 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Rappel de la démarche et des étapes 1/ Créer et alimenter une base de références par saisie manuelle (aidée le cas échéant par des listes de termes) par import de références à partir de banques de données Export automatique et direct des résultats de recherche depuis la base de donnée (bouton « Export citations » ou analogues) recherche dans une banque de données, sauvegarde des résultats et utilisation de filtres d’import connexion directe depuis le logiciel bibliographique à une base distante et rapatriement des références 30 avril 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie 2/ Editer des références formatées en utilisant des styles spécifiques respectant les normes et conventions d’écritures exigées Format de la référence bibliographique Format de la citation dans le texte Format de la note de bas de page Application Intégrer, depuis la base de références, des citations et générer la bibliographie dans un traitement de texte (Word, OpenOffice …) Générer une bibliographie indépendante 30 avril 2009