Environment Phenotype Information System Ephesis Environment Phenotype Information System Système d’information sur les Interactions entre Génotype et Environnement Cyril pommier - Ephesis

Origine, Objectifs, Attendus URGI Organisation du projet Périmètre scientifique Modèle de données Flux de données Réalisation Planning Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Objectifs et Attendus Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Objectifs Multiorganisme Grandes cultures Légumineuses Plantes Pérennes Plantes Maraîchères Fourragères Vigne aubergine, laitue, melon, piment, pomme de terre et tomate) et des espèces fruitières du genre Prunus (abricotier, pêcher) Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Objectifs Diversité des approches Pratiques culturales Echelles : organe  parcelle agricole EA Analyse de l’impact environnemental Nb covariables environnementales > nb Génotypes GAP Analyse du comportement des génotypes nb Génotypes > nb covariables environnementales Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Attendus Pérennisation, archivage, organisation et tri Type de données : Génotype Phénotype Essai (Traçabilité plan et protocole d’expérience) Environnement (pédoclimatique, biotique, culturale) Intégration des données existantes et futures Visibilité nationale et internationale (Données et Unités) Gestion réseau expérimental : Diversité environnemental Réorganisation et export des données pour analyse Coordination avec les projets existants Phéno Environnement : demandé Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

URGI Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Missions Plateforme Recherche dynamique des génomes (ET) Support à l’annotation Génomique Système d’information en bioinformatique : Végétaux Agresseurs Intégration et croisement de données génétiques et génomiques. Recherche dynamique des génomes (ET) Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

L’URGI Les thématiques GnpArray GnpSeq GnpMap GnpSNP Siregal GnpProt GnpGenome Ephesis Aster Environnement SIReGal Variété GnpMap Carto GnpSNP Polymorphisme Expérimentation Phénotype Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Organisation du projet Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Organisation Comité de pilotage Equipe de développement GAP, EA, BD, SNP, experts biologistes et informaticiens Siregal Ephesis Chef de projet S. Durand Responsable scientifique J.M. Prosperi Chef de projet C. Pommier Responsable scientifique P. Roumet Equipe de développement URGI - 3 personnes 1 fois par semaine Comité pilotage : GAP (AC), EA (AG) , BD (CCH), interop Génotypage (DB), experts PR JMP JYL PV, DR URGI Comité des bioinformaticiens 5 personnes 2 fois par an Comité des utilisateurs 22 personnes 2 fois par an Comité des utilisateurs 10 personnes 2 fois par an Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Comité utilisateurs Composition Diversité des espèces et des pratiques EA (Toulouse, Grignon), Legumineuses (Dijon), Mais (Moulon), Blé dur (Maugio), Maraichères (Avignon), Architecture plante (Montpellier), Vigne (Colmart), Pérène (Bordeaux), Fourragères (Lusignan) Sensibilité : Production de données Analyse/Valorisation de données Consensus sur le modèle de données: Essai Traçabilité, analyse et typologie de l’environnement (Itk, Climatique, …) Suivit du développement des génotypes Phénotypes EA (AG, PB), Legumineuses (Dijon), Mais Moulon, Blé dur Maugio PR, Maraichères (Avignon), Architecture plante (Montpellier), Vigne (Colmart), Pérène (Bordeaux), fourragères (Lusignan) Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Périmètre scientifique des IGxE Génotype / Accession Environnement Phénotype Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Périmètre scientifique StudySubject Référence des notations : Phénotypes Environement Echelle : Dispositif Bloc/Répétition Microparcelle Plante Organe Study Subject Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Périmètre scientifique Génotype / Accession Existant (URGI) Variété : Taxonomie, Généalogie… SIReGal Génotypage : Marqueurs QTL Variabilité GnpMap Carto GnpSNP Polymorphisme GnpArray Expression SIReGal Accession Lot Study Subject Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Périmètre scientifique Environnement GnpMap Carto GnpSNP Polymorphisme GnpArray Expression Géographie Pratique culturale Pédoclimatologie Bioagresseurs Interface avec l’existant: SI environnementaux LIMS, Base Locales SIReGal Accession Lot Study Subject Environnement LIMS Agroclim Infosol Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Périmètre scientifique Phénotype GnpMap Carto GnpSNP Polymorphisme GnpArray Expression Ontologies de phénotypes: Internationales (PO, TO, …) Spécifique projet Spécifique dispositif … Quantitatifs Qualitatifs Complexes Siregal Accession Lot Study Subject Phénotype Environnement LIMS Agroclim Infosol Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Modèle de données Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Ephesis Modèle de données Modèle conceptuel simplifié Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Ephesis : Module Sujet d’étude Type : ontologies Positions : plan d’expérience State : état, stade de développement Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Ephesis : Module environnement SI Environnementaux : liens futur sur le StudySubject Milieu : regroupement de StudySubject (Conduite de culture, …) Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Ephesis : Module Phénotype Trois classes de phénotypage mesurmentUnit : Ontology PhenotypingCampaign : besoin vigne (pérenne ?) Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Intégration de données Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Intégration de données Base de données locale existante Synchronisation entre bases Pas de base de données locales Fichier d’échange Solution de base de données locale URGI Ressources Génétiques Cartographie Ephesis Expression Polymorphisme Phénotypage Haut Débit plateaux champs Phénotypage Manuel champs Saisie ex : Adonis Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Synchronisation entre bases URGI-Extractor Facilite travail d’extraction de données Un fichier de configuration: Requêtes SQL sur la base locale Génération des fichiers de données Envois et intégration à l’URGI Mise en place simple pour les partenaires URGI Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Solution base de donnée locale Demande d’un outil de gestion journalière Etude de l’existant avant dévelopement Evaluation de Labkey Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Labkey de Doriane Caractéristiques Sélection (accessions, lots, généalogie) Labkey Expérimentation (protocoles, essais, phénotypes) Outil de gestion quotidienne (saisie, modification, validation, stocks, essai, …) Toutes les espèces végétales Lignée, Hybride, Population Serveur Windows Multi-utilisateur Interface Excel-like Glisser-coller Labkey Serveur Labkey Marqueurs moléculaires CatchKey Appareils de saisie portables Gestion des accessions, des lots, des protocoles, des expérimentations, phénotypes, généalogie. Liaison avec les appareils de saisie portable via CatchKey. Outil local utilisé par les CRB (et leur réseau) Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Labkey Evaluation 20 ans d’expérience chez les sélectionneurs Logiciel commercial A l’INRA Licence semi-libre (gratuit pour l’INRA) En cours d’évaluation par 5 CRG pilotes et 3 équipes expérimentales Si validé, déploiement en 2010 Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Fichier d’échange Pas de Base de données locale Format en cours de finalisation Essai été 2009 Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Perspectives Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Ephesis version 1.0beta Mise à disposition du CSU en juin Stockage et recherche d’Essais expérimentaux phénotypes accessions Lien web avec Siregal Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Perspectives Eté 2009 : évaluation par le CSU URL privée 1.0 beta Intégration de données Septembre 2009 : Retour utilisateurs sur 1.0 beta au CSU Automne 2009 : Export de données Excel Première mise en production prévue début 2010 Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009

Questions Ephesis champs plateaux champs Cyril pommier - Ephesis AgroClim InfoSol Systèmes d’informations Environnementaux URGI Ressources Génétiques Cartographie Ephesis Expression Polymorphisme Phénotypage Haut Débit Phénotypage Manuel champs Saisie ex : Adonis plateaux champs Internet Visibilité Nationale Internationale Analyses / Validations Modèles Agronomiques, Record Modèles Statistiques Diagvar, R Bases Internationales Tair Echange : Données XRef Cyril pommier - Ephesis 18 juin 2009