Panorama et évolution des logiciels de gestion de références bibliographiques Marie-Laure Malingre URFIST de Rennes 10 mars 2015

2 1. Repères historiques sur le développement des LGR et panorama de l’offre 2. Quelle(s) typologie(s) ? 3. Pistes pour l’évaluation et le choix des logiciels –Tableaux de fonctionnalités –Enquêtes d’usages –Retours d’expériences 4. Les tendances –Evolution des fonctionnalités –Orientations globales SOMMAIRE

1/ Repères historiques sur le développement des LGR et panorama de l’offre Source : Frédérique Cohen-AdadFrédérique Cohen-Adad

4 Années 70 - Début des années 1980 : quel paysage pour l’information scientifique ? –Grandes bases de données bibliographiques mises en place Après Chemical Abstracts, Medline et Pascal en 1971 –Emergence des serveurs de bases de données et développement des accès en ligne Dialog en 1971 –Premiers ordinateurs personnels – : Protocole TCP-IP et réseau Internet Du côté des LGR : –1983 : Apparition des premiers LGR Sci-MateTM, a user- friendly information storage and retrieval system for micropcomputers / ISIISI ProCite, Personal Bibliographic Software of Ann Arbor, Michigan, repris par Thomson Reuters / ISI en 1996, mais fermé en : Reference Manager, Ernest and Earl Butler, Research Information Systems, repris par Thomson Reuters Repères historiques / Panorama

5 Milieu et fin des années 80 –Développement des accès au texte intégral –Apparition des CD ROM en 1988 –1989 : World Wide Web et développement des dispositifs de recherche et de navigation sur le web Du côté des LGR : –1988 : arrivée d’EndNote sur le marché, actuellement chez Thomson Reuters –= 3 e grand outil de gestion bibliographique avec Procite et Reference Manager Fonction principale : –Constituer des bibliothèques de références interrogeables –Annotation et indexation des références Repères historiques / Panorama

6 Années 90 –Essor des bases de données en texte intégral –développement des portails de revues commerciales et en accès libre (movement de l’open access) 1998 : ScienceDirect 1991 : base de preprint ArXiv –Revues en libre accès 1990 : Psycoloquy Du côté des LGR : –Import automatisé depuis les bases de données –Interfaçage des LGR avec les traitements de texte –Automatisation de la production bibliographique selon une norme appropriée devient un atout important des LGR Leaders : –EndNote et Reference ManagerEndNoteReference Manager D’autres outils : –1998 : Biblioscape Repères historiques / Panorama

7 Années 2000 –Croissance du web –Arrivée du Web « 2.0 » / web social : Plateformes de partage et folksonomies Blogs, wikis Réseaux sociaux –Pour la recherche : ResearchGate et Academia.edu lancés en 2008 –Développement des formats et des langages autour de l’information numériques XML, métadonnées Du côté des LGR : –Développement des applications en ligne –Apparition des logiciels open source –« Bibliographic social bookmarking » Repères historiques / Panorama

8 Essor des LGR : –Refworks > commercial, en ligne (2001)Refworks –BibDesk (2002)BibDesk –JabRef > open source (2003)JabRef –Bibus > open source, local (2004)Bibus –Wikindx > en ligne (2004)Wikindx –CiteUlike > en ligne, propriétaire, gratuit (2004) / Connotea > n’existe plusCiteUlike –Sente (2004) > mac, en local…Sente –EndNote Web (2005)EndNote Web –… Repères historiques / Panorama

9 Essor des LGR : –2006 : Apparition de nouveaux acteurs importants Zotero > open source, en local et en ligneZotero –En même temps que Zotero : Bibsonomy Citavi –2007 : 2collab > interrompu Papers –2008 : Wizfolio > en ligneWizfolio Lancement et succès de Mendeley > en ligne et en local, propriétaire, racheté en suite par Elsevier, une version gratuiteMendeley –2009 : La suite Docear pour la recherche (conjonction avec les fonctions des cartes heuristiques) > open sourceDocear Repères historiques / Panorama

10 Mendeley Repères historiques / Panorama

11 Depuis 2010 –Arrivée du web de données Open Data Linked Data Cloud Computing Du côté des LGR : –Restructuration parmi les grands outils Thomson Reuters : Reference Manager et Procite interrompus, fusion de EndNote et EndNote Web, « Connect with EndNote) (2014) Nature Publishing Group : arrêt de Connotea (2011) Elsevier : arrêt de 2collab (2011), achat de Mendeley (2013) Repères historiques / Panorama

12 –Développement constant de nouveaux outils Colwiz, Qikka (2010)ColwizQikka ReadCube (2011)ReadCube SciRef (2012)SciRef Flow (Proquest, 2013)Flow –Fonctionnalités Développement des fonctions autour de la gestion du texte intégral Fonctionnalités spécifiques : Colwiz intègre des outils de gestion de projet et de planning partagé, Qiqqa l’extraction des concepts, ReadCube la recommandation d’articles Repères historiques / Panorama

13 Colwiz Repères historiques / Panorama

14 ReadCube Repères historiques / Panorama

15 Qiqqa Repères historiques / Panorama

16 Docear Repères historiques / Panorama

17 SciRef Repères historiques / Panorama

2/ Quelle(s) typologie(s) ?

Typologies des LGR … Carte des outils de gestion de données / information bibliographiques

URFIST Rennes20 Les LGR peuvent être : –Libres ou propriétaires –Gratuits ou commerciaux –En ligne ou / et application à installer en local –Outils individuels ou de partage –Outils autonomes ou à forte intégration web –Outils orientés références bibliographiques ou outils intégrant références et signets –Multiplateformes ou PC / Mac / Linux Typologies des LGR

URFIST Rennes 21 Exemples d’outils gratuits (références et / ou signets web) En ligne Bibsonomy CiteUlike WizFolio (version de base) BibMe Mixte Mendeley (version de bureau et serveur) Zotero (en ligne / plugin + Standalone) En local JabRef BibDesk (pour mac) Bibus Typologies des LGR

2/ Pistes pour l’évaluation et le choix des LGR

URFIST Rennes23 Que peut-on comparer ? –Les sources depuis lesquelles il est possible d'importer des références. –Les styles disponibles pour formater automatiquement la bibliographie. –La possibilité de créer ou d'adapter des modèles d'import, de publication. –Les modalités d'interaction avec les traitements de texte. –La prise en compte et la gestion du texte intégral pour le document référencé. –Les possibilités de partage des références et leur gestion en ligne. –Les possibilités d'export et d'échange avec d'autres outils bibliographiques. Pistes pour l’évaluation et le choix

URFIST Rennes24 Différence entre les logiciels sur le critère de l’ouverture à différents formats : – Les formats les plus utilisés pour l’export : BibTex, RIS, Endnote arrivent en premier, les plus partagés par les outils (marqueur XML récurrent) –Formats des fichiers de liste : Html, RDF, texte brut, PDF, RSS, doc, LateX... –Niveau d’ouverture / fermeture Open : partage le plus large possible du format ou logique de fermeture dans les LGR 3 groupes dans les LGR : inclusifs (zotero, docear...), dans la norme (endnote), ceux qui s'ouvrent à très peu de formats La question des formats

URFIST Rennes25 Différence entre les logiciels sur le critère de l’ouverture à différents formats –Niveau d’ouverture / fermeture Open : partage le plus large possible du format ou logique de fermeture dans les LGR –Catégorisation entre formats généralistes ou spécifiques / formats dérivés La question des formats

URFIST Rennes26 XML format ouvert, métalangage, dissémination au sein des LGRB RIS –Format propriétaire proche de BibTeX –Commun à Endnote, Procite, Reference manager BiBteX et RIS : formats de référence –BibTeX à la fois un LGRB et un format, intégrable dans un fichier word, compatible avec LO, devenu un standard > outil de stockage de données complet –Lien RIS / BibTex : compatibilité bibliographique universelle La question des formats

URFIST Rennes27 Reference Manager Overview, Martin Fenner, 19 septembre Licence CC : BY. Source : GOBBLEDYGOOK, PLoS BLOGSGOBBLEDYGOOK, PLoS BLOGS Pistes pour l’évaluation et le choix

URFIST Rennes28 Evaluations comparatives –Frédérique Cohen-Adad : Panorama des logiciels de gestion de références bibliographiques, (nov. 2013) – bibliographiques-nov2013_ pdfhttp://urfist.univ-lyon1.fr/medias/fichier/panorama-logiciels- bibliographiques-nov2013_ pdf Les logiciels de gestion de données bibliographiques (nov 2013) – bibliographiques-nov2013_ pdfhttp://urfist.univ-lyon1.fr/medias/fichier/logiciels- bibliographiques-nov2013_ pdf –« Comparison of reference management software » sur Wikipedia (dernière 7 décembre 2014) _softwarehttp://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management _software Pistes pour l’évaluation et le choix

URFIST Rennes29 Enquêtes et retours d’expériences –Quelques études sur les usages sur une trentaine de références : 4 / 5 enquêtes, professionnels de l'information et chercheurs (retours d'expérience) La plupart des articles issus de professionnels de l’information –Fonctions principales : collecte (construction d'une base) stockage pour lecture hors-ligne organisation citation / écriture partage Pistes pour l’évaluation et le choix

URFIST Rennes30 Enquêtes et retours d’expériences Evolutions récentes > usages en lien avec l’évolution des outils : –outils d'abord plutôt ciblés sur fonctions traditionnelles de citation, puis ouverture sur réseaux sociaux Pratiques personnelles, individualisées Intégration des outils dans la méthodologie pas vraiment réalisée ; Pistes pour l’évaluation et le choix

URFIST Rennes31 Enquêtes et retours d’expériences Etude en STM : –utilisation majoritaire de ces outils par les chercheurs, outils d'analyse indiqués, mais outils pour la revue de la littérature non mentionnés en SHS : –chercheurs traditionnalistes dans la méthodologie, même si innovants par ailleurs. Usages des outils : récupération des références, tags, citation Utilisation tout au long du processus de recherche Pistes pour l’évaluation et le choix

URFIST Rennes32 Enquêtes et retours d’expériences Priorités dans les usages : –écriture de l'article, créer une BD exhaustive, accès au texte intégral des références –Défi majeur : gérer le temps (les chercheurs ont besoin d'une solution de facilité et de rapidité) –Les outils les plus utilisés : Endnote, BibTeX, Refworks, Mendeley, Zotero Pistes pour l’évaluation et le choix

URFIST Rennes33 Enquêtes et retours d’expériences Priorités dans les usages : –Recommandations entre pairs (chercheurs), plus rarement vers étudiants (sauf dans le cas d'une gestion de projet) –Choix plutôt par rapport à la plateforme de travail (OS, logiciels déjà utilisés) –Parfois combinaison d'outils –Gratuité / logiciel libre = critère important –Méfiance / sécurité, légalité stockage –Selon habitude de travail plus que changer pour un meilleur outil Pistes pour l’évaluation et le choix

URFIST Rennes34 En fonction des champs disciplinaires –STM : majorité des réfs en ligne, travail en équipe La base de connaissance est avantage concurrentiel d'où des difficulté de partager ces bases –Sciences biomédicales Recherches précises et complexes, exhaustives, revues de littérature systématiques, méga-analyses –Sciences sociales Bibliothèque individuelle mais vers une évolution de partage en ligne (en lien avec l'évolution des outils) => mutualiser les bibliographies pour constituer des bases de références Moitié des chercheurs, étudiants de + en + utilisateurs –Sciences humaines pas d'usage systématique Moins de références en lignes et une gestion plus manuelle Pistes pour l’évaluation et le choix

4/ Tendances

URFIST Rennes36 Face à la croissance exponentielle des publications et des données de la recherche : –Dispositifs de « lecture augmentée » –Systèmes de filtrage –Outils d’exploration de contenu (textmining) Evolution des LGR à considérer dans le contexte des Big Data –Exemple : Projet « With Criminal Intent », réunit 3 acteurs et 3 dispositifs interconnectés : Old Bailey Online, Zotero, le portail d’analyse de texte Voyant ToolsWith Criminal Intent Tendances

URFIST Rennes37 Evolutions des outils bibliographiques –Développement important des LGR depuis le début des années 2000 –Vers des plateformes Au départ, simples gestionnaires de références Transformation en plateformes, englobant l’ensemble des usages de recherche –Outils communicants : échanges de données avec des logiciels tiers via leurs API Ex : PaperCritic et MendeleyPaperCritic Interactions Applications locales / sites web / applications mobiles Tendances

URFIST Rennes38 Lien web social : –Fonctionnalités collaboratives –Edition de métadonnées (Zotero) –Moteurs de recommandation (ReadCube) Lecture enrichie : Fonctionnalités d’annotation intégrées par les LGR –Surlignage –Annotations : Docear, récupère les annotations faites sur les PDFDocear Plan de classement Carte heuristique –Cartographie / mapping Tendances

URFIST Rennes39 La publication augmentée –Article connecté à : ses jeux de données, ses images, ses sources, aux corpus de documents, hyperliens, ressources autres –Evolution de l'article vers un ensemble de parties interconnectées –Lien avec l’évaluation de la recherche ? –Prise en compte de cette dimension par les LGR Tendances

URFIST Rennes40 Projet Bilbo du CLEO (depuis 2011), –Système de structuration et d’annotation automatique des références bibliographiques –Porte sur l’ensemble des références bibliographiques présentes sur les 4 plateformes –Objectifs : développement de fonctionnalités de lecture et d’écriture Systèmes de navigation et de recommandation > textmining –Au final : fonctions de « crosslinking » (références croisées) Tendances

URFIST Rennes41 Tendances

URFIST Rennes42 Détection et annotation sémantique; avec interrogation de CrossRef Utilisation du DOI (10% des références annotées ont un DOI) Déploiement sur revues.org en 2014 (mars 2014) Tendances

URFIST Rennes43 Tendances

URFIST Rennes44 Seconde étape : Relier les contenus d'OpenEdition –en ajoutant des métadonnées orientées références et liens) Relier contenus d'Hypothèses et Revues avec Livres Travail sur les dates de publication, sur les usages Tendances

URFIST Rennes45 Tendances

URFIST Rennes46 Portabilité des données –retrouver ses bibliothèques sur n'importe quel support L’ouverture des API –Permet à un logiciel d’offrir des services à d’autres logiciels > cf. Zotero et Mendeley –Ex : Scholarley pour Android = client pour Mendeley Papercritic, : utilisation de Menseley pour mettre en place un nouveau type de peer-reviewhttp:// Application Paper Machines sur les références Zotero + textes –Extraction du texte par Paper Machine, puis analyse et représentation (ex : topic modelling > émergence de grands thèmes dans le corpus) Tendances

URFIST Rennes47 Altmetrics et logiciels de gestion de références bibliographiques –Notion d’Altmetrics : métrique du web social : mesurer le retentissement des articles scientifiques dans le web social via des algorithmes > Évaluation des usages (Corrélation faible entre altmetrics et taux de citation) –Réseaux sociaux –Microblogging –Blogs, news –Téléchargement –Outils de gestion de références bibliographiques : sur les plateformes en ligne > Mendeley, Zotero, CiteUlike… > Inclut l’examen de ce qui se passe au niveau des LGR Tendances

URFIST Rennes48 Site AltmetricAltmetric –Bookmarlet à intégrer Pour suivre l’évolution de l’impact d’un article sur les réseaux sociaux. Visualisation de l’activité sur les réseaux comme Mendeley, Twitter, Facebook… Tendances

URFIST Rennes49 Projet Zotero / Altmetrics –Le 21 avril 2014 : sur le blog de zotero, annonce d’un financement, quelques jours l'annonce de la semaine dernière.blog de zotero quelques jours l'annonce de la semaine dernière Bourse de dollars pour soutenir deux ans de recherche sur l'usage de Zotero pour les "altmetrics". = Prise en compte de l’impact des recherches dans les médias sociaux notamment. Partenariat entre les universités de Montréal et de l’Indiana Fourniture par Zotero de jeux de données anonymisés pour : –comparer le lectorat/les utilisateurs de Zotero avec d'autres jeux de données, y compris sociaux et commerciaux. Puis publication par Zotero d’une API : > recherches en bibliométrie et intégration de données bibliométriques en provenance de Zotero dans des programmes tiers. Tendances

URFIST Rennes50 Projet Zotero –Nouvelles fonctionnalités dans le cadre d’une collaboration entre les universités George Mason et Penn State intégration de flux RSS ou Atom dans Zotero. –Par "glisser/déposer", intégration dans la bibliothèque zotero des articles / numéros de revues venant de paraître intégration de zotero avec les dépôts institutionnels en OpenAcces –Perspective d’intégration de HAL-SHS Tendances

51 Ressources Regards sur les logiciels bibliographiques, journée d’étude, Villeurbanne, 17 novembre 2014Regards sur les logiciels bibliographiques –En particulier : Cohen-Adad, Frédérique. » Les logiciels bibliographiques des années 80 à nos jours : chronologie synthétique », Regards sur les logiciels bibliographiques, 2014.Regards sur les logiciels bibliographiques Clavert, Frédéric. « Le futur des logiciels bibliographiques », Zotero francophone, 27 novembre Norman, Frank. « From Sci-Mate to Mendeley – a brief history of reference managers »,Trading Knowledge, 2010.« From Sci-Mate to Mendeley – a brief history of reference managers Altmetric,