Identification bactérienne: Paramètres de croissance

Milieu de croissance complexe Fait à partir de d’ingrédients riches et complexes Ex. Extraits de protéines de soya Extraits de protéines de lait Produits sanguins Just de tomate, etc. Composition chimique spécifique non connue Peut être sélective et/ou différentielle

Milieu de croissance défini Composition chimique connue Peut contenir jusqu’à 80 ingrédients Peut être très simple Permet la croissance d’un nombre restreint d'organismes Composition hautement variable en fonction du microorganisme Peut être sélective et/ou différentielle

Milieu de croissance sélectif Contient des constituants qui inhibent ou tuent les organismes non-voulus Ex. Un milieu contenant de la pénicilline permet seulement la croissance d’organismes résistants à la pénicilline.

Milieu de croissance différentiel Permet la discrimination de différentes espèces Contient souvent des indicateurs de pH Permet la discrimination de différents métablismes Production de produits alcalins qui donne une couleur rouge au milieu La production de produits acides rendent donne une couleur jaune au milieu

Nutrition Macronutrients C,H,N,O,P,S

Carbone Le carbone est necessaire afin de faire la synthèse de tout produit organique, tel que : Glucides Lipides Protéines Acides nucléiques

Sources de carbone Organique Inorganique Monosaccharides Disaccharides Polysaccharides Protéines Lipides Acides nucléiques Phénols, Etc. Inorganique CO2 CO

Phosphore Nécéssaire afin de faire la synthèse des : Sources: Acides nucléiques Phospholipides ATP Utilisé comme tampon (pH) Sources: Organique and inorganique La forme inorganique est plus souvent utilisée (PO4)

Azote Nécéssaire afin de faire la synthèse des : Sources: Acides aminés Acides nucléiques Peptidoglycanes Sources: Organique: Acides aminés Inorganique: NH3, NO3, & N2

Sulfure Nécéssaire afin de faire la synthèse des : Sources: Acides aminés (Cystéine/Méthionine) Vitamines (thiamine and biotine) Sources: Organique: Acides aminés Cystéine and méthionine Inorganique: S, SO4

Hydrogène et oxygène Nécéssaire afin de faire la synthèse de produits organiques!! Glucides Lipides Protéines Acides nucléiques Sources: Organique: Carbone organique Inorganique: H2 (Methanogènes seulement)

Classification nutritionelle Sources de carbone Hétérotrophes: Produits organiques préformés Autotrophes: Molécules inorganiques CO2 et CO

Classification nutritionnelle (suite) Sources d’énergie Phototrophes: Lumière Chimiotrophes: Oxidation de produits organiques et inorganiques Source d’e- Organotrophes: Molécules organiques réduites Lithotrophes: Molécules inorganiques réduites

Types nutritionnels Autotrophes photolithotrophes Hétérotrophes photoorganotrophes Autotrophes chimio-lithotrophes Hétérotrophes chimio-organotrophes

Paramètres environnementaux Disponibilité d’oxygène pH Température

Exigences d’oxygène Aérobie: Microaérophilique: Besoin absolu d’oxygène afin de survivre Utilisé comme accepteur d’électrons final Utilisé par des bactéries qui ont un métabolisme respiratoire oxidatif ou aérobique Microaérophilique: Besoin absolu d’oxygène à basses concentrations Hautes concentrations sont néfastes

Exigences d’oxygène (suite) Anaérobie/Aérotolérant: Oxygène n’est pas necessaire à la croissance ou survie mais est toléré Anaérobes facultatives : Exigence facultative d’oxygène Peut utiliser l’oxygène ou non Possède un métabolisme dépendant et indépendant à l’oxygène Anaérobie strict ou obligatoire: Oxygène n’est ni utilisé ou toléré; ne peut pas survivre en présente d’oxygène.

Métabolisme bactérien La pluspart des microorganismes utilisent le carbone dans la voie métabolique glycolitique → pyruvate Différentes voies métaboliques sont utilisées afin de métaboliser le pyruvate Respiration/Oxidation Fermentation

Métabolisme bactérien (suite) Respiration Peut se produire aérobiquement ou anaérobiquement Utilisent tous deux un accepteur final d’électron inorganique Respiration aérobique utilise l’O2 Respiration anaérobique utilise des molécules inorganiques différentes de l’O2 (Ex. NO3-) Produit final : H2O

Métabolisme bactérien (suite) Fermentation Pyruvate est métabolisé anaérobiquement Utilise un accepteur d’électrons organiques Plusieurs différents accepteurs d’électrons utilisés par différents microorganismes Différents produits finaux sont générés en function de l’ accepteur final d’electron Très utile afin de faire l’identification microbiale

Fermentations Sous-produits : La pluspart génèrent des sous-produits acides + gaz (CO2) Quelques-uns génèrent seulement de l’acide ou du gaz

Paramètres utilisés lors de l’identification bactérienne -Présence d’enzymes exocellulaires -α-amylase, etc… -Utilisation d’oxygène (anaérobique vs. aérobique) -pentes, etc… -Produits de respiration anaérobique -Nitrate réductase, etc… -Produits de fermentation -Éthanol, etc… -Survie sur un milieu sélectif -Survie en presence d’antibiotiques, etc…