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Laboratoire I: Introduction & pré-traitements Jean-Sébastien Provost, Ph.D Centre de Recherche, Institut Universitaire de Gériatrie de Montréal & Université

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Présentation au sujet: "Laboratoire I: Introduction & pré-traitements Jean-Sébastien Provost, Ph.D Centre de Recherche, Institut Universitaire de Gériatrie de Montréal & Université"— Transcription de la présentation:

1 Laboratoire I: Introduction & pré-traitements Jean-Sébastien Provost, Ph.D Centre de Recherche, Institut Universitaire de Gériatrie de Montréal & Université de Montréal RAD6005 – Introduction à lIRMf

2 Mes coordonnées Jean-Sébastien Provost Courriel: Tél.: (514) poste 4030

3 Laboratoires Laboratoire I: 27 février 2013 Laboratoire II: 13 mars 2013 Laboratoire III: 20 mars 2013 Laboratoire IV: 27 mars 2013 Laboratoire V: 3 avril 2013 Examen: Voir avec Oury

4 Laboratoires Cinq laboratoires Laboratoire 1 – Introduction & prétraitements de données Laboratoire 2 – Le modèle linéaire général (GLM) Laboratoire 3 – Déconvolution/Analyse de groupe/normalisation Laboratoire 4 – Scripts et détection de pics Laboratoire 5 – Construction dun protocole IRMf et analyse complète Examen 30%

5 Logistique Vous pouvez enregistrer tout ce que vous voulez ramener chez vous (apportez une clé USB) Sachez quà la fin de chaque cours, tout ce que vous avez fait va être effacé des ordinateurs Vous pouvez prendre des notes avec le logiciel TextEdit que vous trouverez dans Applications (je vais vous montrer où tout ce trouve dans quelques instants)

6 Logistique Logiciels pour analyse IRMf: BrainVoyager, fmristat, SPM, neurolens, FSL… Pour les laboratoires, cest FSL ! Et… Cest sur Mac !!! Si vous nêtes pas familier avec lenvironnement Mac, nhésitez pas à me le dire

7 Sondage Combien dentre vous ont déjà été participant à une étude IRMf ? Combien dentre vous sont en train de se monter une étude IRMf ? Combien dentre vous ont déjà fait une étude IRMf ? Combien dentre vous ont déjà assisté à des ateliers/conférences sur lIRMf ? Soyez honnête, avez-vous vraiment compris quelque chose ???

8 Analyse IRMf Ici, on va vous montrer les étapes dune analyse typique Noubliez jamais de faire le lien entre les différentes étapes de traitement et vos images/expériences !!! On va découper un scan, loptimiser, pour finalement le reconstruire en isolant nos périodes dintérêt

9 Analyse IRMf Cinq étapes Prétraitements Correction du mouvement Lissage spatial Le modèle linéaire général (GLM) Extraction de nos événements dintérêt Normalisation Mettre les données dans un espace standardisé Analyse intra-sujet Compiler les données dun même sujet Analyse inter-sujet Compiler les données de différents sujets

10 Analyse IRMf Lors dune acquisition quelconque Le cerveau est scanné au complet plusieurs fois On doit donc superposer les différentes images du cerveau ensemble On va acquérir en tranche (slice) pour former des volumes (frames) Lacquisition des tranches/volumes va dépendre de vos paramètres initiaux de vos acquisitions (on en reparle plus tard)

11 Logistique Avant de commencer, découvrons ensemble lenvironnement Mac pour les néophytes


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