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UE ISSM 7.30 Méthodologies de la recherche médicale et chirurgicale GC Faure 08/10/09 Faculté de Médecine et CHU Laboratoire dImmunologie, EA 4369 Chargé.

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1 UE ISSM 7.30 Méthodologies de la recherche médicale et chirurgicale GC Faure 08/10/09 Faculté de Médecine et CHU Laboratoire dImmunologie, EA 4369 Chargé de mission à la documentation UHP

2 Filière Médicale Francophone Nancy-Wuhan 2008 Un nouveau diplôme universitaire (DU) associant Nancy et Wuhan

3 Diplôme dUniversité (DU/DIU) Méthodologies de la recherche médicale et chirurgicale Intégré dans le cursus de Master Objectifs: Acquérir ou conforter les connaissances de base des méthodologies utiles à la pratique de la recherche médicale

4 DU: Thèmes abordés 3 modules de base Information scientifique et techniques de communication Bases de données, publications, projets de recherche Méthodes en biologie moléculaire, génomique, protéomique ADN, ARN, gènes, protéines… Méthodes en biologie cellulaire, dorganes et dorganisme Isolement, imagerie, cellulaire, de tissus, modèles animaux

5 DU: Illustration par le biais de projets en cours à Nancy 3 modules applicatifs Applications en recherche médicale Hémato-oncologie, Nutrition, Pathologies du vieillissement (cardiovasculaire, articulaire) Pathologies inflammatoires aigues et chroniques Applications en recherche chirurgicale Chirurgie robotique, coeliochirurgie, microchirurgie Greffes et transplantations Applications dans les biothérapies Thérapies cellulaires et génique Thérapies moléculaires innovantes

6 Programme 2009 (1) 8 octobre GC Faure Introduction, Chercher et Trouver, Lire et écrire J. Mistral Accès à la documentation au SCD 15 octobre C Philippe Génomique B Chenuel Physiologie et Systèmes biologiques 22 octobre C Nemos Transcriptomique/Protéomique J Felblinger Imagerie 29 octobre T Lecompte Hémostase P Rossignol Recherche clinique

7 Programme 2009 (2) 5 novembre MC Béné Cytomique (1) GC Faure Cytomique (2) 12 novembre T Lecompte Recherche clinique dans le SAPL J Hubert, P Eschwège Chirurgie robotique et Urologie 19 novembre C Baumann Santé publique B Namour Biochimie 26 novembre P Gillet Pharmacologie N Tran Chirurgie expérimentale

8 Chercher et trouver Des exemples, des méthodes Quelles recherches Recherche Médicale Recherche Chirurgicale Recherche Clinique Recherche Biologique Recherche Imagerie

9 Où fait-on de la recherche? Universités, Facultés, UFRs EPST (Inserm, CNRS, INRA, Inria…) EA (AERES) CHUs CIC, CEC, CIT, CICancer, CIB CRB, Thèques… Cancéropôles Industrie Laboratoires Pharmaceutiques Laboratoires Biotechnologies, Imagerie

10 Qui soutient la recherche? Les états Les organismes publics Les Ministères (Recherche, Enseignement supérieur, Industrie, Innovation) Les Régions LEurope Les organismes privés Industrie Associations charitables Ligue, ARC, x Associations

11 Que fait-on en recherche médicale et chirurgicale? Faire des expériences? Faire des manipulations? Travailler dans un laboratoire? Travailler avec des animaux? Travailler avec des patients? Travailler dans un service hospitalier? Recueillir des données et faire des statistiques? Lire et écrire

12 Lire… et écrire Accéder à linformation Papier ou numérique Centres de documentation, bibliothèques, En ligne, via internet Sélectionner linformation Stocker linformation Utiliser linformation

13 Information scientifique et technique: Matière première du médecin, du scientifique, du malade, du consommateur Produit fini du médecin, du scientifique, du chercheur Produit à haute valeur ajoutée Produit à valeur stratégique

14 Un peu d histoire L information scientifique et technique un phénomène récent, un siècle environ du « savant fou »... aux équipes pléthoriques de la monographie, à la publication avec plusieurs centaines d auteurs Quel futur au 3ème millénaire?

15 Circulation de linformation scientifique Analogue au circuit de leau dans la nature les récepteurs reçoivent linformation sous forme variée, pluie, neige, grêle... les émetteurs produisent de linformation… celle-ci saccumule dans des réservoirs, mer, lacs, neiges éternelles, glaciers les conservateurs stockent l information

16 Quelques questions Quels outils de recherche dinformation utiliser??? Quelles bases de données? Quels journaux? VULGARISATION SCIENTIFIQUE

17 En images MASSE d'information en croissance exponentielle INTERNATIONALISATION évidente langlais est devenu la langue vernaculaire Influence de la NUMERISATION Evolution des OUTILS daccès à lINFORMATION et des SUPPORTS

18 LES DOCUMENTS PRIMAIRES L'INFORMATION SECONDAIRE LA LITTERATURE GRISE

19 La littérature scientifique Littérature en noir et blanc: les documents primaires Littérature en couleur: journaux et magazines Littérature grise Littérature multicolore: les catalogues commerciaux,

20 LES DOCUMENTS PRIMAIRES JOURNAUX (25 000) ET ARTICLES ARTICLES ORIGINAUX ANATOMIE D'UN ARTICLE SCIENTIFIQUE LETTRES REVUES GENERALES Journaux de REVUES LIVRES ou Book series DIDACTIQUES...TEXTBOOKS

21 Quelles fonctions pour une revue scientifique? La dissémination de linformation Le contrôle de qualité de la recherche la constitution darchives « canoniques » la reconnaissance portée aux auteurs

22 La forme JOURNAL est apparue la plus adéquate Regroupement darticles dans un ensemble diffusé en bloc aux abonnés Parution à dates données, régulières Traitement des articles, qualité typographie, langage non modification après publication garantie de retrouver un article/référence

23 Apprendre à lire, à écrire Ce quon ne nous a jamais appris à la Fac! Apprendre à trouver connaître les bases de données apprendre à interroger ces bases Lire, sélectionner... sur les bases de données: TITRE, auteurs, mots-clés, résumé… Classer et retrouver...

24 Anatomie macroscopique dun article scientifique: Titre «self-explaining» Auteurs (Noms, prénoms, titres...), Adresses Résumé (structuration) Mots Clés (indexation) Abréviations (etc!) Introduction (rationale) Matériel et méthodes (reproductibilité) Résultats (statistiques) Figures et tableaux (légendes, PAO, visibilité) Discussion (des résultats aux hypothèses) Références (normes à respecter) Remerciements (collaborations, financements)

25 Un exemple d article Format pdf, exempleexemple

26 Apprendre à lire, à écrire Lire un article:Désordre de Lecture remerciements!, fin de lintroduction, ou début de la discussion, méthodes, références, légendes des figures et tableaux, introduction ou discussion, résultats Ecrire:..... au maximum 4 pages double interligne à l heure

27 LA PRODUCTION D'INFORMATION Physiologie d'un article scientifique Conception Développement Naissance Vie et Mort Le concept d'EVALUATION

28 Développement et physiologie dun article scientifique Conception Fécondation in vitro ou sexualité de groupe Embryologie beaucoup plus long que chez les éléphants les avortements sont fréquents, et laccouchement difficile beaucoup de partenaires, quelques bonnes fées et des accoucheurs Vie et mort dun article beaucoup dappelés, peu délus

29 Embryologie Bibliothèques et paillasses lecture, expérimentation, observation consignation dans un cahier Ordinateur, postes et publishers rédactions et écritures un manuscrit, soumission, éditeur, Peer Review, referees, refus ou! révisions, manuscrit, éditeur, referees, accepté! imprimeur, bon à tirer, publication, diffusion, bibliothèques

30 Physiologie: Vie, Mort et à quoi ça sert Lieu de naissance Vie personnelle dun article Etre lu par des chercheurs, médecins, journalistes, étudiants Etre compris Etre évalué, être CITE Rester inconnu, être oublié, ressusciter

31 Physiologie: Vie, Mort et à quoi ça sert Vie sociale des articles Etre utile à ses auteurs (DEA, Thèse, Titres et travaux... position) Etre utile à son environnement (équipe, unité, université, ville, hôpital) ETRE EVALUE

32 Le Concept dévaluation Distribution des fréquences de citation des articles scientifiques 1 citation: 56% 2-4: 24% 50-99: 1% cumulé: 99.56% 1000: 1300 / = Facteur dimpact… durée de citation...

33 L'information SECONDAIRE ou TERTIAIRE ou PLUS Journaux Médicaux quotidiens hebdomadaires MAGAZINES d'actualités Journaux non médicaux quotidiens hebdomadaires mensuels autres AUDIO-VISUEL: RADIO, TELEVISION INTERNET: sites spécialisés

34 L information grise Les Thèses Les Brevets et Normes Sites spécifiques Les Rapports publics Les Rapports privés Internet? Trop dinformation tue linformation

35 La littérature multicolore Les catalogues des fabricants ex: SIGMA, R&D Les revues «interface» Les sites internet spécialisés

36 LES ACCES A L'INFORMATION ABONNEMENTS BIBLIOTHEQUES PHOTOCOPIES TIRES A PART SOMMAIRES de Revues Index de Sommaires REVUES de Sommaires... + Résumés (Summaries)

37 Bases de donnéesBases de données: Medline, PuBMeD Pascal Current Contents, Web of Science Scopus

38 PubMed: le site est encore amélioré

39 Les opportunités de l électronique indexation en texte intégral outils de recherche intelligents inclusion de données actives liens hypertextes vers dautres ressources open peer comments…living seminar multimédia utilisation du réseau

40 Numérisation: intérêt pratique A Nancy et ailleurs... des étagères et du PEB aux périodiques en texte intégral… marcher feuilleter «cliquer»

41 Sans bouger de chez soi! Regarder en haut à droite Elsevier, Academic Press,Wiley... Open access

42 Les Revues électroniques Quest ce qui a changé? laccès au réseau, dans les universités, dans les Hôpitaux laccès aux bases de données PUBMED (références, et résumés) laccès aux éditeurs et aux instructions aux auteurs Quest ce qui va changer? le réseau les accès au document primaire ? et son format? les BU /SCD A qui sont ces articles ? QUI PAYE? Quest ce qui ne change pas? les end-users ! les nécessités: de lire davoir des résultats, décrire... dun peer-review

43 LUMVF: Fédération Inter- Universitaire pour lUniversité Médicale Virtuelle Francophone GIP FIU-UMVF MEN, MESR, MEFI JO 13 Aout Universités fo/qui/presentation.html

44 LUMVF: ses missions mettre en œuvre les technologies de linformation et de la communication pour l'enseignement (TICE) de la médecine en formations initiale et continue. Centre de ressources interactif dans le domaine de la santé Centre dinformation et de prévention pour le public Diffusion et de promotion de la science médicale française dans le monde. produire des ressources documentaires venant en complément des cours. Etudiants de 2e cycle préparant les Epreuves Classantes Nationales (ECN)… une banque de donnéesEpreuves Classantes Nationalesbanque de données Plus d'une trentaine de campus numériques disciplinaires soutenue par la Conférence des Présidents dUniversitéConférence des Présidents dUniversité la Conférence Nationale des Doyens des Facultés de Médecine.Conférence Nationale des Doyens des Facultés de Médecine

45 Les Campus Numériques Plus de 45 en fait, Toutes disciplines du premier cycle Histologie- embryologie Microbiologie Statistiques à lECN Néphrologie Neurologie Rhumatologie…

46 ASSIM: RAISIL Réseau daccès à linformation scientifique en ligne Les questions du module 8 Immunologie De 112 à 127 Une structure en briques de connaissance Des cas cliniques Des réponses Pas de QCMs

47 DocUMVF Nouvelle Page ECN items Plus de 2000 documents pédagogiques CISMEF Rouen S Darmoni JP Thirion

48 Autres ressources dintérêt en langue française CNCI Concours Médecins étrangers Annales QCM : 3x120 paris5.fr/medecine/Annales_ETR.html Les pages ECN de lHAS +++ sante.fr/portail/jcms/c_646948/examen-classant- national-ecn-mot-du-president-sommaire-mode-d- emploi sante.fr/portail/jcms/c_646948/examen-classant- national-ecn-mot-du-president-sommaire-mode-d- emploi Mise à jour mensuelle ORPHANET++

49 Aimez vous les vidéos? Utilisez vous les podcast? UMVF: canal U u.tv/themes/sciences_de_la_sante_e t_du_sport u.tv/themes/sciences_de_la_sante_e t_du_sport Au NIH, cela dépasse linternat NIH videocasting and podcasting

50 Les moteurs de recherche Google, Yahoo, Bing… Wikipedia? Nature Medicine 2007;13:

51 Other resources (en anglais) emedicine by WebMD Sur PubMed OMIM Books PubMedCentral (Free archives)

52 Méthodes de travail! À LEcole Programmes… Examen En Recherche Cahier de laboratoire Electronic-lab-book A lUniversité et tout au long de la vie Logbook Portfolio E-portfolio

53 Workplace-Based Assessment Assessing a trainees progress Assessing competences in laboratory procedures and clinical skills Assessing trainees skills in clinical examination Case-based discussions An hindrance: duration (5years) and diversity of training How to help trainees in acquiring skills and competences?

54 Portfolio: old and new words, evolving concepts in training From « Titres et travaux » to portfolio Logbook.. Book Portfolio a tool for training and legitimation

55 E-portfolio: the future Usage of internet and web 2.0 Access anywhere anytime UK: Wales Europe:Elfel project


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