La présentation est en train de télécharger. S'il vous plaît, attendez

La présentation est en train de télécharger. S'il vous plaît, attendez

Centre d’Expérimentation du Calcul Intensif en Chimie: CECIC Responsable scientifique : Serge Pérez Responsable technique : Pierre Vatton.

Présentations similaires


Présentation au sujet: "Centre d’Expérimentation du Calcul Intensif en Chimie: CECIC Responsable scientifique : Serge Pérez Responsable technique : Pierre Vatton."— Transcription de la présentation:

1 Centre d’Expérimentation du Calcul Intensif en Chimie: CECIC Responsable scientifique : Serge Pérez Responsable technique : Pierre Vatton

2 Pôle de Chimie Calculatoire CECIC Méso informatique Chimie Quantique Méca/Dynamique Moléculaire QSAR/QSPR Matériaux Bio Informatique Besoins Hardware Besoins Software Besoins Connectiques Besoins Humains Enseignement/DEA Spectrométrie de Masse RMN Rayons X Infra Rouge/Raman RPE, µscopie, Champs proches...

3 PÔLE DE CHIMIE CALCULATOIRE CECIC LESPARTENAIRES Laboratoire de Cristallographie (UPR 5031) Laboratoire de Cristallographie (UPR 5031) Laboratoire d’Etudes Dynamiques et Structurales de la Sélectivité (LEDSS, UMR 5616) Laboratoire d’Etudes Dynamiques et Structurales de la Sélectivité (LEDSS, UMR 5616) Centre de Recherches sur les Macromolécules Végétales (CERMAV, UPR 5301) Centre de Recherches sur les Macromolécules Végétales (CERMAV, UPR 5301) Laboratoire d’Electro- chimie Organique et de Photochimie Redox (LEOPR, UMR 5630) Laboratoire d’Electro- chimie Organique et de Photochimie Redox (LEOPR, UMR 5630) Département de Pharmacologie Moléculaire (DPM, EP 811) de l ’UFR de Pharmacie Département de Pharmacologie Moléculaire (DPM, EP 811) de l ’UFR de Pharmacie

4 AXES DE RECHERCHE ET LABORATOIRES IMPLIQUES Conformations bio-actives (CERMAV, DPM, LEDSS) Conformations bio-actives (CERMAV, DPM, LEDSS) Chimie Quantique (Cristallographie, LEDSS) Chimie Quantique (Cristallographie, LEDSS) Bio-Informatique (CERMAV, DPM, LEDSS) Bio-Informatique (CERMAV, DPM, LEDSS) Mécanique-dynamique moléculaire (CERMAV, DPM, LEDSS) Mécanique-dynamique moléculaire (CERMAV, DPM, LEDSS) Matériaux (CERMAV, Cristallographie) Matériaux (CERMAV, Cristallographie) PÔLE DE CHIMIE CALCULATOIRE CECIC

5 LES LOGICIELS Conformations bio-actives Sans connaissance structurale du récepteur (Cerius, Insight/Discover, Sybyl) Avec connaissance structurale du récepteur (Grid) Conformations bio-actives Sans connaissance structurale du récepteur (Cerius, Insight/Discover, Sybyl) Avec connaissance structurale du récepteur (Grid) Chimie Quantique Dalton, Dmol3, Gaussian (94/98) Molcas, Mopac, Saptx Chimie Quantique Dalton, Dmol3, Gaussian (94/98) Molcas, Mopac, Saptx Mécanique-dynamique moléculaire Amber, Cerius, Charmm Insight/Discover, Jumna MM2/3, Sybyl Mécanique-dynamique moléculaire Amber, Cerius, Charmm Insight/Discover, Jumna MM2/3, Sybyl Matériaux Cerius, CCP4/CCP3 O, Turbo Frodo Matériaux Cerius, CCP4/CCP3 O, Turbo Frodo Bio-Informatique ë bases de données commerciales (RMN) ë bibliographiques (Medline) ë et génomiques (GenBank, SwissProt…) Bio-Informatique ë bases de données commerciales (RMN) ë bibliographiques (Medline) ë et génomiques (GenBank, SwissProt…) PÔLE DE CHIMIE CALCULATOIRE CECIC

6 LES BESOINS Calculs intensifs Utilisation de logiciels professionnels (Environnement SGI) Utilisation de logiciels professionnels (Environnement SGI) SOLUTION MIXTE IBM/SGI SOLUTION MIXTE IBM/SGI PÔLE DE CHIMIE CALCULATOIRE CECIC

7 Mésoinformatique = Serveurs de Calculs Création des données Stockage et visualisation des résultats restent à la charges des participants PÔLE DE CHIMIE CALCULATOIRE CECIC

8 Existant Matériels LogicielsSybylIn/Di Cerius Gaussian SGI IBM SGI Préservation de l ’existant + performances 2 types de machines: SGI et IBM PÔLE DE CHIMIE CALCULATOIRE CECIC

9 Exploitation pour 5 partenaires Statuts de fonctionnement –respect de la charte CIMENT –souplesse de gestion –actions concertées –ouverture CECIC : ORGANISATION

10 –organisé autour Directeur Conseil de gestion Conseil des utilisateurs Règlement intérieur CECIC : ORGANISATION

11 CIMENT 1500 KF Partenaires –CERMAV 82 KF –Cristallo 82 KF –LEDSS 82 KF LEDSS 61 KF Total 1807 KF Matériels 1746 KF Infrastructure 61 KF Total 1807 KF CECIC : FINANCEMENT

12 SGI Origin 200 –Quadripro R MHz –4 Go de RAM –2x18Go de disques IBM SP –3 nœuds quadripro Power3-375MHz –8 Go de RAM par nœud –2x18Go de disques par nœud CECIC : FINANCEMENT

13 Mutualisation des licences pour : –Modélisation Moléculaire Cerius Discover Sybyl –Chimie Quantique Gaussian98 CECIC : APPLICATIFS

14 Mutualisation des applicatifs pour : –Modélisation Moléculaire Amber Charmm Jumna MM3, …. –Chimie Quantique Dmol Saptx etc. CECIC : APPLICATIFS

15 CECIC : Les premiers projets Parallélisation et du code DeMON: Programme DFT (pptés électriques matériaux ….caractérisation de leurs états exictés) (Marc Casida, LEDSS) Implémentation d ’AMBER: Programme de dynamique moléculaire bio(macro)molécules. collaboration Implémentation de CHARMM Programme de dynamique moléculaire bio(macro)molécules. collaboration

16 CECIC : Les premiers projets Etude du mécanisme catalytique d’une N-acétylglucosaminyltransférase dont le site actif comprend in ion Mn 2+ : Collaboration : Anne Imberty (CERMAV) - Anne Milet (LEDSS)

17 Mn 1 Accepteur-O-sucre + XDP Accepteur-OH + XDP-sucre Au moins 500 gènes ( % du génome humain traduit ) participeraient à l ’expression structurale et fonctionnelle d ’oligosaccharides GT Les GlycosylTransférases

18 Structure cristallographique d’une glycosyltransférase complexé avec le substrat donneur (UDP-GlcNAc) et un ion Mn ++

19 Détail du site les phosphates sont eclipsés et le cycle glucidique adopte une conformation inhabituelle pour la torsion  Hypothése : la première étape de la catalyse est une déformation du nucléotide-sucre par l’enzyme et le manganese. 

20  Système modèle 1 : Mn ++, eau, et tetrahydropyrane avec un pyrophosphate Système modèle 2 : on a dû ajouter 2 acides aminés pour stabiliser les molécules d’eau. Gaussian 98: DFT B3LYP 5 électrons célibataires 54 atomes, dont Mn ++. Optimisation d ’une géomètrie 4 jours CPU, 4 processeurs espace disque 150 Mo. En prévision: MM / QM But : analyser l’élongation de la liaison C1-O1 et des angles de valence dans cette conformation particulière. Calculer la barrière de torsion conformation inhabituelle pour la torsion  Pour les calculs ab initio

21 CECIC : Conclusions,... IBM SP / SGI Origin 200 / Connectique Partage des ressources ‘ logiciels ’ / Mutualisation des licences Réalisation structurante ( 5 Unités de Recherche) Premières réalisations communes d ’envergure Ouverture vers les autres communautés (IBS, INRIA,…) ….


Télécharger ppt "Centre d’Expérimentation du Calcul Intensif en Chimie: CECIC Responsable scientifique : Serge Pérez Responsable technique : Pierre Vatton."

Présentations similaires


Annonces Google