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Jacim II.1 Initiation 26 novembre 2009 Aude ANDOUCHE Les bases de données du Muséum 1.

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1 Jacim II.1 Initiation 26 novembre 2009 Aude ANDOUCHE Les bases de données du Muséum 1

2 Les bases de données du Muséum : Le petit monde de Jacim Jacim Interface de saisie et de consultation Wiki des collections Accès direct à Jacim Aide en ligne Collections en ligne Visualisation des informations Bases de données sous Oracle 2

3 Les collections en ligne Les bases de données du Muséum : 3

4 Les collections en ligne Les bases de données du Muséum : Recherche sur différents critères 4

5 Les collections en ligne Les bases de données du Muséum : Résultats sous forme de fiche 5

6 Les bases de données du Muséum Le wiki des collections 6

7 Les données Les bases de données du Muséum : 7

8 Schéma des bases de données Le wiki des collections Les bases de données du Muséum : 8

9 Jacim Le wiki des collections Les bases de données du Muséum : 9

10 Les bases de données du Muséum Le wiki des collections 10

11 Jacim II.1 Définitions JACIM = interface Java Application des Collections pour l’Informatisation des Musées « Jacim est une application permettant d'accéder à des données stockées dans des bases de données relationnelles (saisie, recherche, modification, importation, exportation) et de mettre en forme ces données (PDF, HTML, impressions...) »bases de données relationnelles Langage de programmation un système de gestion de bases de données relationnelles Java Oracle Les bases de données du Muséum : 11

12 Jacim II.1 Définitions Les bases de données du Muséum : Base de données Système d'organisation de l'information, conçu pour une localisation et une mise à jour rapide et facile des données. Organise l'information qu'elle contient en tables, en champs (les colonnes) et en enregistrements (les lignes). - Tables - Champs Les tables renferment les champs qui renferment les données un même type d’information ensemble de données 12

13 Jacim II.1 Les bases de données du Muséum : Organisation de l’information Données sur spécimen Table origine Localité pays Table spécimen État N° inventaire détermination Localité X Pays Y État du spécimen N° inventaire Détermination informatisation 13

14 Table ORIGINE Localité Pays Continent Département Province Latitude Longitude originePK Table SPECIMEN N° inventaire État Collection nombre SpecimenPK origine FK PK: Primary Key (clé primaire): unique FK: Foreign Key (clé secondaire) Jacim II.1 Les bases de données du Muséum : Relation entre les tables 14

15 Relation de 1 à 1 1 spécimen vient d’une seule localité Jacim II.1 Les bases de données du Muséum : Relation entre les tables Relation de n à 1 1 localité regroupe plusieurs spécimens Spécimen 1 localité Spécimen 1 Spécimen 2 Spécimen 3 Spécimen 4 Spécimen 5 localité 15

16 16

17 Les bases de données du Muséum Connexion Toujours la dernière version déployée 17

18 Jacim II.1 Les bases de données du Muséum : Pour la connexion, saisir : -Le nom d’utilisateur - le mot de passe Administrateur Utilisateur lambda Consultations uniquement Base test des Crustacés Nom utilisateur : CRUSTATEST Mot de passe : 26novembre Connexion 18

19 Jacim II.1 Les bases de données du Muséum : Ouvrir Possibilité d’ouvrir le dernier modèle de document sur lequel nous avons travaillé 19

20 Tables ex: table « ORIGINE » contient les champs PAYS, CONTINENT, VILLE, LAT, LONG… Correspondent à plusieurs tables environnement de travail avec plusieurs documents Documents Contextes Jacim II.1 Les bases de données du Muséum : Ouvrir 20

21 Jacim II.1 Les bases de données du Muséum : WIKI: « Un modèle de document est un document XML décrivant une perception hiérarchique de la structure d'une base de données relationnelle »document XMLbase de données relationnelle Ouvrir la table ORIGINE Enregistrer le document Création d’un modèle de document Avec une seule table 21

22 22

23 Jacim II.1Les bases de données du Muséum : 5 modes d’affichage pour les tables et documents Disponible à tout moment 23

24 « Configurateur » permet : –de personnaliser la présentation des tables et des documents. « Composeur » permet : –De mettre en forme l’information pour l’impression ou la visualisation « Assistant de saisie » permet : –de saisir de nouveaux enregistrements. « Éditeur » permet : –De visualiser, de corriger, d’ajouter de l’information à des enregistrements. « Tableur » permet : –De créer un formulaire ou un tableau pour effectuer de la recherche, de la saisie ou de l’échange d’information entre Jacim et d’autres applications. Jacim II.1Les bases de données du Muséum : 5 modes d’affichage 24

25 Jacim II.1 : le configurateur Les bases de données du Muséum : Personnaliser son document Aide Copie Format de sortie Nom des champs 25

26 Les bases de données du Muséum : Personnaliser son document Aide Jacim II.1 : le configurateur 26

27 Les bases de données du Muséum : Personnaliser son document Nom des champs Jacim II.1 : le configurateur 27

28 Les bases de données du Muséum : Enregistrement des modifications Jacim II.1 : le configurateur 28

29 Jacim II.1 : le tableur Les bases de données du Muséum : Le Tableur permet de créer des formulaires Rechercher des données dans la BDD récupérer des données sélectionnées Ajouter des données dans la BDD 29

30 Jacim II.1 : le tableur Les bases de données du Muséum : Le tableur Code couleur Rechercher : Bleu Ajouter : jaune Charger : vert Table Tableur Formulaire 30

31 Jacim II.1 : le tableur Les bases de données du Muséum : La barre d’outils Enregistrer le tableur Ouvrir Importer des données Texte Exporter des données Excel Exécuter une action (baguette magique) Ajouter une ligne de recherche Retirer une ligne de recherche Réinitialiser le tableur Importer des url d’images Dédoublonner Outil de gestion des images Accès aux différents modes 31

32 Jacim II.1 : le tableur Les bases de données du Muséum : Créer ou modifier un tableur Ajouter des champs Supprimer des champs Déplacer les champs Mettre à la ligne des champs Réduire ou afficher les fenêtres 32

33 Jacim II.1 : le tableur Les bases de données du Muséum : Effectuer une requête simple Exemple : Mauritanie Pour exécuter l’action 33

34 Jacim II.1 : le tableur Les bases de données du Muséum : Effectuer une requête simple 34

35 Jacim II.1 : l’éditeur Les bases de données du Muséum : Visualisation des résultats de la requête dans l’éditeur FormulaireTexte par défaut 35

36 Jacim II.1 : le tableur Les bases de données du Muséum : Utilisation de l’aide Clic droit dans le champ (ou aide automatique dans le configurateur) uniquement disponible dans la partie formulaire 36

37 Jacim II.1 : le tableur Les bases de données du Muséum : Utilisation de l’aide Utilisation des opérateurs dans l’aide Mauritanie *ritanie Mauri* *aurit* 37

38 Jacim II.1 : le tableur Les bases de données du Muséum : Effectuer une requête simple Exemple : Mauritanie sans la baie du Lévrier 38

39 Jacim II.1 : le tableur Les bases de données du Muséum : Utiliser plusieurs critères de recherche Ajouter des critères en ajoutant des lignes Supprimer des critères en supprimant des lignes 39

40 Jacim II.1 : le tableur Les bases de données du Muséum : Utiliser plusieurs critères de recherche Changer les critères de recherche Ou : tout les cas de figure Sauf : sans ce critère 40

41 Jacim II.1 : le tableur Les bases de données du Muséum : Utiliser plusieurs critères de recherche Changer les critères de recherche Et : à la fois Mauritanie et Cap blanc 41

42 Jacim II.1 : le tableurLes bases de données du Muséum : Réinitialiser le tableur 42

43 Jacim II.1 : le tableurLes bases de données du Muséum : Exercices Recherche « PAYS » avec  Mexique  Indonésie  Congo Recherche avec la ville de « Washington » Navire « Jean Charcot » Mission de l’Astrolabe Origines avec prof max > ou égale à 100m Origines avec prof comprise entre 200 et 500 m 43 Base test des Crustacés Nom utilisateur : CRUSTATEST Mot de passe : 26novembre

44 Jacim II.1 : le tableurLes bases de données du Muséum : Exercices Recherche « PAYS » avec  Mexique 57  Indonésie 178  Congo 28 Recherche avec « Washington » 5 Navire « Jean Charcot » 116 Mission de l’Astrolabe 6 Origines avec prof max > ou égale à 100m 5011 Origines avec prof comprise entre 200 et 500 m 1301 Base test des Crustacés Nom utilisateur : CRUSTATEST Mot de passe : 26novembre

45 Jacim II.1 : le tableurLes bases de données du Muséum : Corrections Recherche « PAYS » avec  Mexique*  *ndon*  *Congo* Recherche avec « Washington » Wash* Navire « Jean Charcot » Jean Charcot Mission de l’Astrolabe *strolabe* prof max opérateur supérieur ou égale 100 prof min opérateur supérieur ou égale 200 et prof max opérateur inférieur ou égal 500

46 Jacim II.1 Les bases de données du Muséum : Base test de malacologie Nom utilisateur : formamal Mot de passe : malaco Création d’un modèle de document Avec plusieurs tables 44

47 Jacim II.1 : le configurateur Les bases de données du Muséum : Création d’un modèle de document Avec plusieurs tables 45

48 Jacim II.1 : le configurateur Les bases de données du Muséum : Document multi-tables En partant de la table Lot, ajoutez les tables Détermination, Localité, Statutype et Nom La 1 ère table dite la table « racine » est importante pour le type de requête… Ici ce document va permettre de faire des recherches sur des spécimens Penser à enregistrer votre modèle de document 46

49 47

50 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : le tableur Requête sur un document multi-tables Enraciné sur la table Lot 48

51 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : le tableur Enregistrer le tableur Réouverture lors d’une autre session Ouverture par défaut de celui-ci s’il porte le même nom que le document 49

52 Jacim II.1 : le tableurLes bases de données du Muséum : Exercices  Holotype en alcool exclusivement  Types en alcool 70 et alcool adn  Types en alcool 70 et alcool adn et de Nouvelle-Calédonie  Coll Lamarck  Murex récoltés à plus de 1000m  Créer un document basé sur la table « localité » et faire les mêmes requêtes 50 Base test de malacologie Nom utilisateur : formamal Mot de passe : malaco

53 Jacim II.1 : le tableurLes bases de données du Muséum : Exercices  Holotype en alcool exclusivement 61  Types en alcool 70 et alcool adn 416  Types en alcool 70 et alcool adn et de Nouvelle-Calédonie 8  Coll Lamarck 53  Murex récoltés à plus de 1000m 1  Créer un document basé sur la table « localité » et faire les mêmes requêtes Base test de malacologie Nom utilisateur : formamal Mot de passe : malaco

54 Jacim II.1 : le tableurLes bases de données du Muséum : Corrections  alcool *  *alcool* et *type*  *alcool* et *type* et *alédonie*  Coll. Lamarck*  champ Ngenerique Murex et PROF2 opérateur supérieur 1000  Créer un document basé sur la table « localité » et faire les mêmes requêtes Pas même résultats car recherche des localités et non des spécimens comme dans les exercices précédent Base test de malacologie Nom utilisateur : formamal Mot de passe : malaco

55 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : l’éditeur L’éditeur va permettre de : Visualiser les données et de les trier Ajouter des informations Changer des informations Corriger les données 51

56 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : l’éditeur La barre d’outils Enregistrer Ouvrir Poubelle pour la sélection Hiérarchie déployée Hiérarchie resserrée Remise à jour Trier Imprimer Ouvrir les composeurs associés au document Exporter en PDF 52

57 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : l’éditeur 3 modes d’affichage Le formulaire (affichage par défaut) 53

58 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : l’éditeur Le composeur par défaut Avec aucune mise en page 54

59 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : l’éditeur le composeur avec mise en page 55

60 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : l’éditeur Développer ou réduire la sélection Permet de visualiser les différentes tables du document développerréduire 56

61 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : l’éditeur Visualiser les différentes tables du document 57

62 Jacim II.1 : l’éditeur Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : l’éditeur Le tri s’effectue dans l’ordre des colonnes sélectionnées (double clic ou sélection et ajouter) Tri ascendant ou descendant (en décochant les cases) Trier la sélection 58

63 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : l’éditeur Si le modèle de tri porte le même nom que le document alors ce tri se fera par défaut Enregistrer le modèle de tri 59

64 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : l’éditeur Attention! Ne pas corriger directement dans les champs car les modifications ne seront pas enregistrées! Corriger ou compléter des données Correction de la localité 60

65 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : l’éditeur Corriger ou compléter des données Rechercher sur le tableur Voir la recherche sur l’éditeur Se positionner au bon niveau dans la liste Cliquer sur CORRIGER Sélectionner la table que nous voulons corriger Corriger 61

66 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : l’éditeur Changer ou corriger des données Ce n’est pas la même chose On peut corriger quand : une information n’est valable que pour un lot comme l’état, la quantité… ou des fautes d’orthographe On doit changer quand : une information peut être valable pour plusieurs lots comme la localité 62

67 Les bases de données du Muséum : localité 1 Spécimen 1 Spécimen 2 Spécimen 3 Spécimen 4 Spécimen 5 Jacim II.1 : l’éditeur Changer ou corriger des données localité 2 Spécimen 8 Spécimen 7 Spécimen 6 localité 2 Spécimen 8 Spécimen 7 Spécimen 6 Spécimen 1 Spécimen 2 Spécimen 3 Spécimen 4 Spécimen 5 localité 2 Spécimen 8 Spécimen 7 Spécimen 6 localité 1 Spécimen 1 Spécimen 2 Spécimen 3 Spécimen 4 Spécimen 5 localité 2 Spécimen 8 Spécimen 7 Spécimen 6 ChangerCorriger Erreur de localité pour le spécimen 2 63

68 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : l’éditeur Changer ou corriger des données 1 er exemple : n°inventaire A10002, en bon état, 1 exemplaire, 2 valves entières, fossile, holotype, collection Jousseaume Vous voulez mettre la coll Lamarck à la place de la coll Jousseaume On peut corriger 64

69 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : l’éditeur Changer ou corriger des données 2 ème exemple : n°inventaire MOLL0002, en bon état, 1 exemplaire, 2 valves entières, holotype, collection Jousseaume Vous voulez mettre Lectotype à la place de Holotype On doit changer 65

70 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : l’éditeur Sur plusieurs enregistrements en même temps Corriger ou compléter des données L’information doit être la même pour tous les enregistrements! Une fenêtre vide apparaît (normal) Les autres informations dans les autres champs ne sont pas effacées 66

71 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : l’éditeur Ils seront supprimés de la sélection mais pas dans la base Effacer des enregistrements de l’éditeur Clic sur la poubelle Sélectionner les enregistrements à supprimer (avec SHIFT ou CTRL) 67

72 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : l’éditeur Créer un PDF 68

73 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : l’assistant de saisie L’assistant de saisie va permettre de rentrer les données étape par étape en recherchant les données déjà inscrites dans la base L’assistant de saisie va dérouler les différentes tables en fonctions de la table racine et des autres tables qui lui sont associées 69

74 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : l’assistant de saisie l’assistant de saisie va à chaque étape proposer de rechercher de l’information existante ou de saisir de l’information 70

75 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : l’assistant de saisie Rechercher si la localité est présente dans la base Taper une information comme « Mauritanie » (on peut s’aider de l’aide) Rechercher pour voir si c’est déjà rentrée Si oui, une nouvelle fenêtre apparait Trier la recherche Choisir, Accepter 71

76 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : l’assistant de saisie Si la localité n’est pas présente dans la base Changement de la couleur de fond du formulaire, bleu en recherche jaune en ajout 72

77 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : l’assistant de saisie L’assistant propose ensuite la table lot La recherche n’est pas disponible pour cette table (fond jaune) 73

78 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : l’assistant de saisie L’aide et la copie Clic droit sur le champ 74

79 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : l’assistant de saisie 75

80 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : le tableur Ajout de données avec le tableur couleur de fond du formulaire, jaune en ajout 76

81 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : le tableur Ajout de données avec le tableur Saisir des données avec le tableur: « AJOUTER » Puis baguette magique pour exécuter le travail 77

82 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : le tableur Ajout des données table par table Procédure identique à l’assistant de saisie 78

83 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : le tableur Exportation de données Peut se faire sous format Excel ou texte Choisir les champs voulus, dans l’ordre Passer dans l’éditeur Revenir dans le tableur Charger Exporter (baguette magique) 79

84 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : le tableur Exportation de données Création du fichier Excel ou texte 80

85 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : le tableur En tête des colonnes: NOM BASE.NOM TABLE.NOM CHAMP Données exportées sous fichier excel 81

86 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : le tableur Importation de données Peut se faire sous format texte En tête des colonnes: NOM BASE.NOM TABLE.NOM CHAMP 82

87 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : le tableur Importation de données Le fichier doit être le plus homogène possible, et respecter le format des champs!! Oe Apostrophe ‘ Guillemet « Pas de formule Pas de caractère spéciaux Pas de touche « entrée » Pas de ligne vide 83

88 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : le tableur Importation de données Importer un fichier texte: « AJOUTER AUTO » Jacim ne demande pas à chaque table votre accord vérifier qu’il n’y a pas de cellule rouge: mauvais format 84

89 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : le tableur Importation de données vérifier dans l’éditeur le nb de lignes enregistrées 85

90 Les bases de données du Muséum : Jacim II.1 : le tableur Recherche de données à partir d’un fichier texte 86


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