2ème réunion du groupe de travail le 17 janvier 2012

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1 2ème réunion du groupe de travail le 17 janvier 2012
Le SROS- PRS génétique en Ile de France 2ème réunion du groupe de travail le 17 janvier 2012 Dr Florence Muller Modifié le 19 janvier 2012 1 1

2 Ordre du jour Validation de la présentation du 13/12/2011 et du compte-rendu (commentaires, ajouts, corrections…) Validation de la composition du groupe de travail - Définir des sous-groupes de travail - Point d’étape sur l'état des lieux des laboratoires de génétique post-natale en France et en Ile-de-France - Proposition d'un questionnaire afin de recenser les consultations de génétique - Quelques sujets de réflexions : non traités - Comment rendre lisible l'offre actuelle: par niveau, par thématique, les deux? - Description actuelle d'une consultation de génétique, articulation avec les laboratoires, les centres de référence et de compétence...( sous- groupe) - L’organisation actuelle, le parcours du patient: points forts et points faibles  -( Exemples de SROS-PRS génétique dans d’autres régions ) 2 2

3 validation de la composition du groupe de travail (1)
AP-HP : Mme Florence Lalardrie (DPM) ou Mme Julie Grundlinger (DPM) Pr Marc Delpech Pr Michel Goossens Pr Michel Vidaud Pr Jean-Michel Dupont Pr Jean-Pierre Siffroi Pr Michel Vekemans ou Dr Jean-Paul Bonnefont Pr Alain Verloes Pr Alexis Brice ou Pr Florent Soubrier Pr Xavier Jeunemaître Pr Philippe Beaune ou Pr Marie-Anne Loriot Pr Olivier Schischmanoff, Pr Nathalie Charnaux ou Dr Emmanuelle Fabre 3 3

4 validation de la composition du groupe de travail (2)
FHF : Mme Anne Lefebvre ou Dr Etienne Mornet  CH Versailles Pr Judith Melki  CLCC : Pr Dominique Stoppa-Lyonnet ou Dr Etienne Rouleau Dr Brigitte Bressac de Paillerets  Privés : Dr Anne Bazin Dr Sylvie Tapia Dr Marc Nouchy Dr Patrice Clément Usagers : Mme Paulette Morin (Alliance MR- Marfan) ARS : M. Gilles Echardour, Dr Florence Muller Personnes à inviter (suggestion du groupe) : Didier Lacombe FLGH / clinicien / génétique somatique Bordeaux Pierre Laurent Puig pharmacogénétique / oncogénétique HEGP Un conseiller en génétique / Johanna Bengoa (Necker) Un généticien clinicien : consultation handicap mental adulte: Delphine Héron (Pitié) Un épidémiologiste généticien: Françoise Clerget (Paris XI) 4 4

5 Définir les sous-groupes de travail
Réunion de professionnels par grande thématique proposition par les experts de constituer quatre sous-groupes : La génétique constitutionnelle avec La clinique adulte / enfant et l’identification du présymptomatique (risque de développer une maladie) La cytogénétique La génétique moléculaire La pharmacogénétique Sous groupes non retenus Oncogénétique avec les quatre mêmes items (AP-HP et CLCC) La neuro-génétique adulte ( + psychiatrie) Proposition de professionnels dans chaque sous-groupe: cf CR de réunion Avant le lancement officiel des travaux du SROS génétique 5 5

6 État des lieux en France une organisation complexe
Maladies génétiques et maladies rares: Maladie rare touche moins de 1 / 2000 personnes ( 50 / ) 6000 à 7000 maladies rares répertoriées Touche 3 millions de sujets en France 80% des maladies rares sont des maladies génétiques La majorité des maladies génétiques sont des maladies rares Plus de 5000 maladies génétiques différentes dont ayant un gène identifié 1 200 maladies diagnostiquées en France (classification Orphanet*) certaines maladies génétiques ne sont pas rares Les laboratoires se sont spécialisés et 97 / 236 labos français proposent le diagnostic d’une maladie qui n’est développé dans aucun autre laboratoire 665/1200 maladies ne sont diagnostiquées que dans un seul laboratoire en France * Annuaire des maladies rares 6 6

7 État des lieux en France Multiples sources disponibles:
Rapport annuel 2010 de l’Agence de Biomédecine Synthèse Nationale 2009 de l’activité régionale d’AMP, DPN et DPI et génétique post-natale Fiche Régionale 2009 Ile-de-France de l’activité régionale d’AMP, DPN et DPI et génétique post-natale Rapport médical et scientifique de la procréation et de la génétique humaines en France (2010) Site ABM: liste des établissements de santé autorisés au 19 octobre 2011 activités de génétique (activité de cytogénétique CG et/ou génétique moléculaire GM ou génétique moléculaire limitée) liste des praticiens agréés par l’ABM au 06 octobre 2011 activités de génétique Les cahiers d’Orphanet et Plan Maladies rares II - Centres de référence labellisés et centres de compétences désignés pour la prise en charge d’une maladie rare ou d’un groupe de maladies rares/ octobre 2010 N°3 - Liste des consultations de génétique en France classées par région, département, ville / octobre 2009 - L’Ordre des pharmaciens Le Conseil National de l’Ordre des médecins: atlas de la démographie médicale (Situation au 01/01/2011) Nombre de médecins discipline génétique médicale: 67 Ile-de-France/ 208 France Nb de médecins biologistes option génétique 7 7

8 Etat des lieux génétique post-natale en France
Nombre de laboratoires sources ABM: rapport annuel d’activité 2010 des laboratoires (le 06 /10 /2011) et rapport médical et scientifique de la procréation et de la génétique humaine en France (au 10/03/2011) 8 8

9 État des lieux en France
Sur 80 laboratoires ayant une activité limitée 9 9

10 État des lieux en France Activité globale
10 10

11 État des lieux en France
11 11

12 État des lieux en France
12 12

13 État des lieux en France Activité de cytogénétique post-natale
En 2010, analyses ont été réalisés: caryotypes ( dont résultats normaux) et FISH hybridations in situ ( dont résultats normaux) souvent réalisées en complément du caryotype Les indications sont: Les troubles de la reproduction ( caryotypes) Le retard mental, les malformations et anomalies du développement ( ) Les études familiales ( 7 783) Les maladies cassantes ( 269) et autres ( 2 740) Source ABM rapport annuel 2010 13 13

14 État des lieux en France
Activité de cytogénétique selon l’indication sur un total de analyses réalisées en 2010 14 14

15 État des lieux en France Cytogénétique: % d’anomalies
15 15

16 État des lieux en France
Activité de recherche d’une anomalie chromosomique par analyse moléculaire(1) Technique de CGH (hybridation génomique comparative) utilisée par les laboratoires de cytogénétique et de génétique moléculaire indication majoritaire: «  syndrome malformatif avec retard mental » exemple puce liée à l’X 16 16

17 État des lieux en France
Activité de recherche d’une anomalie chromosomique par analyse moléculaire (2) Technique de CGH array post-natale Indication pour toute pathologie inexpliquée 17 17

18 État des lieux en France Activité de génétique moléculaire post-natale
En 2010, analyses ont été rendues°: analyses hors pharmaco dont Les thrombophilies non rares ( ) et l’hémochromatose de type 1(36 226) qui représentent 40% des analyses ( ) analyses de pharmaco Sur diagnostics disponibles, ont été réalisés Sur gènes disponibles, ont été testés Ces chiffres recouvrent un mélange très hétérogène d’analyses qu’il est nécessaire de détailler, les tests réalisés correspondant à une charge de travail très hétérogène (coût très variable) A mettre en cohérence avec les chiffres issus des fiches régionales 2009 de l’ABM °Source Rapport annuel de ABM 2010 18 18

19 État des lieux en France
Activité de génétique moléculaire post-natale Hors pharmacogénétique 19 19

20 État des lieux en France
Activité de génétique moléculaire post-natale Sur analyses hors pharmacogénétique 20 20

21 État des lieux en France Activité de génétique moléculaire post-natale Les 21 maladies les plus fréquemment recherchées sur 950 dg réalisés et par plus de 10 laboratoires en France Seule l’hémochromatose est inscrite à la nomenclature 21

22 État des lieux en France Activité de génétique moléculaire post-natale
22 22

23 État des lieux en France Activité de génétique moléculaire post-natale
23 23

24 État des lieux en France
Activité de génétique moléculaire post-natale Exemple d’une maladie L’activité des laboratoires n’est pas la même pour une même maladie 24 24

25 État des lieux en France Activité de génétique moléculaire post-natale
Exemple d’une maladie 25 25

26 État des lieux en France Activité de pharmacogénétique
Sur 34 laboratoires 26 26

27 État des lieux en France
Activité de pharmacogénétique Les 11 tests les plus fréquemment recherchés sur les 74 tests réalisés 27 27

28 État des lieux en Ile-de-France
Bilan de l’offre: implantation des laboratoires Nombre total de laboratoires* 86 Nombre de laboratoires proposant une activité de cytogénétique 16 Nombre de laboratoires proposant une activité de génétique moléculaire 73 - avec une activité à autorisation non limitée 43 - avec une activité à autorisation limitée 30 Tableau GENPOST2.° Résumé des activités des laboratoires de génétique postnatale en Ile-de-France en 2009 N source Fiches Régionales 2008 ABM Certains laboratoires proposent une activité de génétique moléculaire et de cytogénétique 28 28

29 État des lieux en Ile-de-France
Bilan de l’offre: implantation des laboratoires Tableau GENPOST2.° Résumé des activités des laboratoires de génétique postnatale en Ile-de-France en 2010 N * source Fiches Régionales 2009 ABM édition octobre 2011 extraction des données mars 2011 Certains laboratoires proposent une activité de génétique moléculaire et de cytogénétique Il existe quelques écarts de chiffres avec le rapport précédent et une erreur de total en gén. moléculaire Nombre total de laboratoires* 84 Nombre de laboratoires ayant eu une activité de cytogénétique 16 Nombre de laboratoires ayant eu une activité de génétique moléculaire 62 - avec une activité à autorisation non limitée 34 - avec une activité à autorisation limitée 26 29 29

30 État des lieux en Ile-de-France
Bilan de l’offre: implantation des laboratoires Tableau GENPOST2.° Résumé des activités des laboratoires de génétique postnatale en Ile-de-France en 2010 N Nombre total de laboratoires* (1/3 de France) 84 / 236 Nombre de laboratoires ayant eu une activité de cytogénétique (1/5 de France) 16 / 75 Nombre de laboratoires ayant eu une activité de génétique moléculaire (1/3 de France) 62 / 188 - avec une activité à autorisation non limitée (>1/3) 34 / 108 avec une activité à autorisation limitée (<1/3) 26 / 80 * source Fiches Régionales 2009 ABM édition octobre 2011 extraction des données mars 2011 Certains laboratoires proposent une activité de génétique moléculaire et de cytogénétique Il existe quelques écarts de chiffres avec le rapport précédent 30 30

31 Nombre d'anomalies équilibrées Nombre d'anomalies déséquilibrées
État des lieux en Ile-de-France Bilan de l’offre: activité° Tableau GENPOST3 Activité de cytogénétique postnatale en 2010 selon l'indication °Fiche Régionale 2009 Ile-de-France de l’activité régionale d’AMP, DPN et DPI et génétique post-natale Edition octobre extraction des données mars 2011 Indications Techniques Nombre d'analyses Nombre d'anomalies équilibrées Nombre d'anomalies déséquilibrées Retard mental/malformation Caryotype 7226 79 522 FISH 2665 112 385 Troubles de la reproduction 20487 265 252 1225 197 154 Maladies cassantes 69 3 9 20 2 1 Etudes familiales 2656 329 23 959 286 43 Autre 940 13 25 110 11 27 Total région IdF =42%de France Caryotype(44.2%) 31378 689 831 FISH (36%) 4979 608 610 Total France 70997 1810 2330 13928 1204 1933 31

32 État des lieux en Ile-de-France
Tableau GENPOST4 Activité de CGH array postnatale en Ile-de-France en 2010 selon l'indication (=analyse pangénomique cf p17) Indications Nombre de dossiers rendus Nombre de dossiers positifs rendus % de dossiers positifs Syndrome malformatif avec retard mental 1618 259 16.0% Syndrome malformatif sans retard mental 31 13 41.9% Retard mental isolé 107 20 18.7% Autisme 55 3 5.5% Autre 265 19 7.2% Total région Ile-de-France = 18.5% 2076 314 15.1% Total France 11211 2004 17.9% 32 32

33 État des lieux en Ile-de-France
Tableau GENPOST5. Activité de Génétique moléculaire postnatale en Ile-de-France en 2010 Près des ¾ des diagnostics et des gènes sont disponibles et peuvent être réalisé .en Ile-de-France Ile-de-France France Nombre de diagnostics - disponibles 766 ( 71%) 1084 - réalisés 636 (68%) 930 Nombre de gènes 900 ( 74%) 1212 - testés 766 ( 72%) 1069 Nombre d'analyses rendues 81195 ( 42%) ?? - dont hémochromatose et facteur II facteur IV 22361 ( 36%) 62053 Nombre d'analyses rendues en pharmacologie 4508 (39%) 11564 33 33

34 État des lieux en Ile-de-France
Activité d’oncogénétique en Ile-de-France en 2009* Nombre de laboratoires 5 à l’AP-HP (hôpital Bichat, Beaujon, Pitié, Cochin et HEGP) 3 dans les CLCC (Institut Curie, IGR, centre René Huguenin) ( 28 laboratoires en France) Nombre de consultations d’oncogénétique 12 9 à l’AP-HP (hôpital Bichat, Pitié, Cochin, HEGP, et Tenon, Saint Antoine, Saint Louis, A. Paré, K. Bicêtre) 3 dans les CLCC (107 sites de Cs dépendant de 49 établissements répartis dans 72 villes, proposent des consultations en France) * Source INCa synthèse de l’activité d’oncogénétique en 2009 publication novembre 2010, pas de nouvelle publication 34 34

35 État des lieux en Ile-de-France Bilan de l’offre: les consultations
Consultations de génétique à recenser (lieux de consultation, activité) Plusieurs sources disponibles Questionnaire aux établissements à valider 35 35

36 État des lieux en Ile-de-France Bilan de l’offre de consultation
. Liste des consultations de génétique° 48 consultations en Ile-de-France dont . 25 à Paris . 17 en oncogénétique dont 10 à Paris Quatre types de consultations: génétique, cytogénétique, conseil génétique et oncogénétique °Les cahiers d’Orphanet / liste des consultations de génétique en France classées par région, département, ville / octobre 2009 . Les « centres de génétique clinique » ne sont pas encore identifiés 36 36

37 État des lieux en Ile-de-France
Bilan de l’offre: les filières maladies rares° .131 centres de référence maladies rares en France - dont 88 en Ile-de-France°° - les consultations des centres de référence°°: 168 consultations en Ile-de-France dont la plupart sont orientées pour des maladies d’origine génétique nécessité d’extraire les maladies d’origine génétique et d’ identifier les consultations de génétique rattachées à ces centres de maladies rares .501 centres de compétence en France - dont 7 en Ile-de-France .répartis en 18 groupes de maladies °Plan Maladies rares II °°Les cahiers d’Orphanet Centres de référence labellisés et centres de compétences désignés pour la prise en charge d’une maladie rare ou d’un groupe de maladies rares/ octobre 2010 N°3 37 37

38 État des lieux en Ile-de-France Bilan de l’offre: les consultations
.Site internet de l’AP-HP: - 134 consultations « génétique » - dans 19 hôpitaux - 55 services médicaux « génétique » 38 38

39 les consultations de génétique (1)
questionnaire Questionnaire de recensement des consultations de génétique constitutionnelle en Ile-de-France: proposition à valider le questionnaire sera modifié suite aux échanges avec le groupe-expert Le document « martyr » sera testé avant diffusion Dans le cadre de l’élaboration du SROS-PRS génétique, il est demandé de recenser les consultations de génétique pré- et post-natale en Ile-de-France afin de structurer l’offre de soins en articulation étroite avec celle des laboratoires de biologie médicale*. Ce questionnaire est adressé aux établissements privés et publics d’Ile-de-France. Il est attendu un retour des questionnaires à l’adresse suivante: * Selon le guide méthodologique DGOS pour l’élaboration du SROS-PRS 39 39

40 les consultations de génétique (2)
questionnaire Définition: la consultation de génétique s ’entend comme un recours au diagnostic et/ou au conseil génétique y compris apparenté DPN et DPI, à l’exclusion des consultations de suivi et de prise en charge thérapeutique - Site de la consultation de génétique : - coordonnées de la (ou des) structure(s): adresse principale et dénomination Nom de l’hôpital, pôle, service/UF, … - coordonnées de la (ou des) structure(s): adresse de consultation avancée (hôpitaux périphériques, hors métropole…)       - Consultation effectuée sur le site d’un laboratoire (dénomination) : - de génétique post-natale       - de génétique prénatale       - Lien avec un ou des laboratoires (cytogénétique):       - Nombre de consultations par site :      - par an 40 40

41 les consultations de génétique (3)
questionnaire - Type de consultation : type de spécialisation : 1 tableau /18+2 / volume de cs par an/ délai de RDV en post-natal filières maladies rares . oncogénétique . cytogénétique - Le personnel médical et paramédical : dans le même tableau si possible - médecins : nombre de médecins et ETP effectuant des consultations et nombre de 1/2j de consultations par semaine dans le service ou la structure       - nombre de conseillers en génétique (avec ETP)     - nombre de psychologues ( avec ETP)      - nombre de travailleurs sociaux ( avec ETP) - nombre de secrétaires ( avec ETP)      - Appartenance à un : (à inclure dans le tableau ) - Centre de référence labellisé: intitulé  - Centre de compétence               41 41

42 Calendrier Prochaine réunion Mardi 14 février 2012
Mardi 13 mars 2012 à confirmer à 14h30 au Millénaire 1 Salle 2008 42 42

43 Les modalités de la concertation
Transmission des documents Les documents seront mis à dispositions des membres des instances sur un espace de partage virtuel Lien de téléchargement : 43 43

44 Merci de votre attention
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