Introduction à la bioinformatique « Génomique Nouvelle Génération »

Présentation au sujet: "Introduction à la bioinformatique « Génomique Nouvelle Génération »"— Transcription de la présentation:

1 Introduction à la bioinformatique « Génomique Nouvelle Génération »
BIOLOGISTE  INFORMATICIEN BIF7000 Etienne Lord

2 Avant-Propos La bioinformatique = L’organisation de séquences biologiques dans des bases de données facilement accessibles.

3 Déroulement du cours Les sciences « omiques » La biologie en bref… Les technologies de séquençage Discussion sur le génome à 1000$

4 Les sciences « omiques »
Les sciences « omics » requières des technologies à haut-débit ne recherchant pas la précision/qualité, mais plutôt le nombre de résultats Glossaire anglais disponible à :

5 Le dogme de la biologie ADN  ARNm  Protéine  
Acide DéxoxyriboNucléique Acide RiboNucléique messager ADN  ARNm  Protéine (structure ou enzyme)  

6 Définitions Séquence: On parle de séquence comme une suite de nucléotides (ADN/ARN) ou d’acide aminées (Protéines) complète ou non Génomique: Étude des génomes, donc de l’ADN structurale et fonctionnelle Transcriptomique: Étude des ARNm d’un tissu Protéomique: Étude des protéines d’un tissu Biome: Étude de l’ensemble des génomes ou des séquences dans un échantillon biologique (eau, sol, tissu)

7 BIOMES ET SÉQUENCES SITE
DATA

8 Questions pour un biologiste?
Unité fonctionnelle ARNm Préservation de l’information ADN On compare un tissu malade Protéine a un autre On compare un homme a un autre

9 Le problème Adénine Guanine Thymine Cystosine

10 Le séquençage ( ) Théorie Normal Modifié

11 Le séquençage classique (1975-2005)
Amplification de fragment d’ADN prédéfinis. On séquence un fragment à la fois.

12 Le séquençage classique (1975-2005)
1975-~2000

13 Le séquençage nouvelle génération (2005-2008)
les taux d’erreurs sont en moyenne 10 fois plus élevés que les méthodes de séquençage en capillaires le type d’erreur varie selon la plate-forme - la quantité extraordinaire de séquences offre la possibilité de générer de l’information de séquence à très grande profondeur, ce qui réduit de beaucoup les taux d’erreurs Nature Biotechnology 26, (2008) 1 2 5 3 4

14 Discussion sur le génome
Prix d’un génome proposé : 1000$ À lire pour le prochain cours: twitter/bif7000 -> Article2.pdf Nombre de nucléotides Temps / gigabases Prix $US / 1000 bases Capillary 1000 500 $0.10 454 450 2 $0.02 Illumina 75 0.5 $0.001 SOLiD 50