9° réunion du réseau AChroPuce / DESC Paris, le 24 juin 2015

4) L’EEQ ACPA 2015 Damien Sanlaville, Martine Doco Méthodologie Résultats Programme

Démarche de Certification Signé par tous les experts

Démarche de Certification Remplis par deux laboratoires : fiche de synthèse

Introduction EEQ ouvert à tous en 2015 : prospectif –Conservation du même mode de fonctionnement –Laboratoires publics / privés, ACLF et non ACLF Tous les documents sur le forum : moins de problèmes pratiques

Organisation Trouver un patient acceptant de se faire prélever à nouveau (6 tubes EDTA) (Patient Pr JM Dupont) Nécessité d’une pré inscription (L. Caine) –Préparation quantité suffisante d’ADN –Envoie des ADN Amélioration notice explicative et lettre « clinique » Gestion des laboratoires non ACLF OK Pas de test sur plateforme SNP. Etude microsat mais test par 2 laboratoires Bon déroulement (mois de mai) Merci aux experts pour la rapidité

EEQ Phase de pré inscription : 34 laboratoires (et 5 erreurs : enquête de satisfaction) Envoi de 34 ADN Phase inscription / soumission –20 avril 2015 / 29 mai 2015 Phase d’expertise –29 mai 2015 / 19 juin 2015

Résultats 34 laboratoires ont souhaité participer 34 laboratoires ont soumis 1 laboratoire exclu (pas de CR)

Résultats Expertise par 2 groupes d’experts (2 x 2) 2 Superviseurs 33 rapports a expertiser Un laboratoire exclu (0 l’an dernier)

Pré analytique / qualité Tous les laboratoires ont pu réalisés l’ACPA Contrôle de la qualité du prélèvement à l’arrivée : 31 Oui 2 Non (stable) Souvent, il est écrit ADN et non réellement le tissu 25 oui, 4 Non oui, 0 Non oui, 0 Non Il faut noter l’indication : Arrêté du 27 mai 2013 paru le 7 juin oui, 8 Non Au moins 1 paramètre qualité cité mais pas toujours les « normales » 22 oui, 7 Non Tous les laboratoires sont en hg19 32 oui, 1 Non 2014 Indication : 16 Oui / 11 Non en : 33 Oui et 0 Non oui, 0 Non 2015

2012 : 18 Agilent / 29 = 62 % 2013 : 23 Agilent / 30 = 76 % 2014 : 25 Agilent / 33 = 76 % - 81 % 2015 : 25 Agilent / 33 dont 5 ? (76-90 %) 2012 (29) 25 oui, 4 Non 2013 (30) 29 oui, 1 Non 2014 (33) 32 oui, 1 Non Mention du Fabricant : 33/33 Précision du format de puce : 33/ (33) 32 oui, 1 Non

Renseignements Version du génome 33 / 33 OK Niveau de résolution : de 15 kb à 400 kb Mentionner la résolution théorique / pratique. Pas toujours clair 25 oui, 4 Non 21 oui, 8 Non 30 oui, 0 Non 25 oui, 4 Non 33 oui, 0 Non 2012 (29)2013 (30)2014 (33) 31 oui, 2 Non 33 oui, 0 Non 2015 (33) 32 oui, 1 Non

Partie résultat

Anomalie du patient EEQ Délétion d’environ 2,95 Mb en 5q12.3q13.2 associée à une délétion d’environ 5,59 Mb en 7q21.11q21.12

EEQ 2015 Délétion en 5q12.3q13.2 de 2,95 Mb allant de 65,894,760 à 68,849,653 pb (hg19) Courbe rouge : Patient en Cy5 – Témoin 1 en Cy3 Courbe verte : Témoin 2 en Cy5 – Patient en Cy3

EEQ 2015 Délétion en 7q21.11q21.12 de 5,59 Mb allant de 81,812,527 à 87,407,189 pb (hg19) Courbe rouge : Patient en Cy5 – Témoin 1 en Cy3 Courbe verte : Témoin 2 en Cy5 – Patient en Cy3

Résultat / Notation Résultat conforme –32 Oui –1 Non Hg 19 non obligatoire arr 5q12.3q13.2(65,894,760-68,849,653)x1,7q21.11q21.12(81,812,527-87,407,189)x1 Si pas 2 CNV notés dans la formule : 0 Si un ou les deux CNVs sont interprétés comme bénin : 0 (VOUS ou pathogène accepté. Il n’est pas possible de dire objectivement qui a le plus raison) Concernant les gènes : il faut en citer un. Si un gène noté, même si ce n’est pas le plus pertinent = 1 point. Pas de gène = 0 (Pour les 2 CNVs) 1 laboratoire a rendu 3 CNVs (un en 8q en plus)

Hétérogénéité des commentaires Citation des gènes OMIM sans plus de détail, détail important des gènes impliqués dans des pathologies répertoriées dans OMIM sans forcément de corrélation génotype phénotype l'interprétation des CNV est très/trop détaillée et le non-initié pourrait s'y perdre Les délétions chevauchantes dans la base DECIPHER ne sont pas toujours rapportées Il manque parfois des références bibliographiques. Ex :, pour la délétion sur le 7, Vergult S. et al., 2015 (gène CACNA2D1).

Aider la compréhension du CR Plutôt que « délétion 5q12.3q13.2 » : délétion située sur le bras long d’un chromosome 5 (région 5q12.3-q13.2) de taille X Mb. Plutôt que « délétion 7q21.11q21.12 » : délétion située sur le bras long d’un chromosome 7 (région 7q21.11-q21.12) de taille X Mb

Partie résultat Erreur mineure : espace, virgule Erreur majeure : plus d’une erreur 1 faute de transcription probable 31/ (29) 27 oui, 2 +/ (30) 27 oui, 1 non 2014 (30) 30 oui, 3 non 32 oui, 1 oui 2015 (33) Limite de l’examen : 32 oui 1 non Formule correcte : 21 / erreur mineure : 12 Question expert : Si l'analyse qPCR est envoyée conjointement au compte-rendu ACPA, alors il faudrait peut-être que cela apparaisse dans la formule ISCN ?

Commentaire sur le résultat Citer au moins un gène Interpréter : en relation ou non avec le phénotype Conseil génétique Vérification FISH à privilégier Proposition DPN ? (non côté)

Vérifications, interprétation 32 oui, 1 Non 33 oui, 0 Non 2 ?, 31 Non 30 Oui, 3 Non 31 oui, 2 Non 2015 (33) 2012 (29) 27 oui, 2 Non 26 oui, 3 Non 5 Oui, 24 Non 20 Oui, 9 Non 21 oui, 8 Non 28 oui, 1 Non 2013 (30) 25 oui, 3 Non 28 oui, 2 Non 2 Oui, 25 Non 26 Oui, 2 Non 28 oui, 1 Non 29 oui, 1 Non 2014 (33) 32 oui, 1 Non 3 Oui, 30 Non 30 Oui, 3 Non 32 oui, 1 Non 30 oui, 3 Non 32 oui, 1 Non

Gestion de l’EEQ 2015 –EEQ réalisé dans les temps –Pas de problème d’ADN (quantité, envoi, qualité) Expertise faite rapidement par les experts Mettre les CR en pdf +++ (problème anonymisation et difficulté de lecture parfois)

Non conformité EEQ

Conclusions Anomalies trouvées Guide bonnes pratiques bien suivi –Bien suivi pour le compte rendu à quelques exception Stabilisation des performances des laboratoires

Textes de référence

Indications

Compte rendu HAS / ABM

Remerciements Martine Doco : Certification ACLF, Médifirst, Cyril Sarraustre de Menthiere Experts : –Sophie Brisset, Corinne Metay –Cédric Le Caignec, Boris Keren Equipe ACPA Lyon –Audrey Labalme, Laurence Caine