Une Archive ouverte au service des pasteuriens : HAL-PASTEUR hal-pasteur.archives-ouvertes.fr

Sommaire Hal-Pasteur : A quoi ça sert ? S’inscrire dans HAL-Pasteur Déposer une publication Et après un dépôt ?

Hal-Pasteur Qu’est ce que c’est ?

Le libre accès Deux façons de publier en Open Access Encore appelé Open Access, c’est la libre disponibilité en ligne de contenus numériques. -Vous conservez vos droits d’auteur -Vous autorisez la reproduction et la distribution de votre article à condition que votre nom soit cité (usage non commercial) Deux façons de publier en Open Access Les revues en Open access ou articles publiés en Open Access dans des revues commerciales (sous licence creative commons) Les articles sont immédiatement accessibles à tous dès la publication Ex : Public Library of Science (PLOS) L'Open Access par auto-archivage : Les auteurs font des dépôts de leurs manuscrits dans une archive ouverte Ex : HAL-Pasteur, HAL-INSERM… Pubmedcentral (USA)

Politique du libre accès Les instances politiques du monde entier encouragent le libre-accès aux résultats de la recherche qu’elles ont financées : « il importe que les résultats scientifiques de la recherche financée par les pouvoirs publics soient accessibles gratuitement au lecteur sur l'Internet » conseil des ministres européens (23/11/2007) En France, l’Agence Nationale de la Recherche (ANR) encourage les chercheurs à déposer leur publications dans l’archive ouverte HAL. (20/11/2007) En Europe : Un article scientifique écrit dans le cadre d’un projet européen (7ème PCRD 2007-2013) devra être librement accessible sur internet, après une période d’embargo de 6 à 12 mois selon les secteurs. (Les Echos, 09/09/2008) Etats-Unis,depuis le 8 avril 2008 : les chercheurs, dont les recherches sont financées par les NIH, ont l’obligation légale de déposer leurs articles dans PubMed Central, dès acceptation pour publication. L’accès doit être effectif dans un délai maximum de douze mois après la date officielle de publication. Le répertoire des archives ouvertes OpenDOAR recense 1200 archives dans le monde.

Contexte de création de HAL-Pasteur Septembre 2005 : rédaction d’un protocole d’accord inter organisme en vue d’une approche coordonnée au niveau national pour l’archivage ouvert de la production scientifique. Juillet 2006 : signature du protocole d’accord Les signataires (CNRS, INRIA, INSERM, Institut Pasteur, le l’IRD, CPU…) font le choix de HAL comme plate-forme UNIQUE de dépôt. HAL est développé par le CCSD/CNRS depuis 2001 HAL, HAL-INSERM, HAL-Pasteur : des interfaces différentes mais une même plate-forme de dépôt. Mars 2007 : ouverture de HAL-Pasteur

Ce que vous trouvez dans HAL-Pasteur Dans HAL-Pasteur, vous retrouvez tous les dépôts d’articles dont au moins un auteur est affilié à un laboratoire de l’Institut Pasteur. Les articles ont pu être déposés à travers d’autres instances de HAL (hal-inserm, hal…).

Pourquoi déposer ? Pourquoi déposer dans HAL-Pasteur ? Visibilité accrue des travaux de recherche d’un laboratoire ou d’une institution (visible par Google). Libre accès à la connaissance. Pérennité de la production scientifique. Pourquoi déposer dans HAL-Pasteur ? Un outil pour créer les conditions de conservation et de circulation de l’information scientifique produite par les pasteuriens. Un outil au service des chercheurs et de l’institut. HAL-Pasteur c’est :

Politique de dépôt (1) HAL-Pasteur est un outil de communication et de diffusion des connaissances. But : déposer du texte intégral. Le dépôt permet la conservation des manuscrits auteurs acceptés. Il sont stockés au format PDF. L’URL d’un article dans Hal est pérenne, elle peut être citée : http://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-00167563-fr/

Politique de dépôt (2) Les chercheurs peuvent déposer : Les articles en texte intégral acceptés dans des revues à comité de lecture. Des notices bibliographiques si l’éditeur n'autorise pas le dépôt d’un article dans une archive ouverte. Pour connaître la politique de l’éditeur concernant les archives ouvertes consultez le site Sherpa-Romeo. http://www.sherpa.ac.uk/romeo.php

Politique des éditeurs : Sherpa/Romeo Green Can archive pre-print and post-print / Autorise l’archivage pré-print et post-print Blue Can archive post-print (ie final draft post-refereeing) / Autorise l’archivage des post-print seulement Yellow Can archive pre-print (ie pre-refereeing) / Autorise l’archivage des pré-print seulement White Archiving not formally supported / Archivage non autorisé Pré-print : une première version du manuscrit auteur soumise à l’éditeur Post-print : manuscrit auteur accepté pour publication (pas le pdf publié) Il faut déposer le manuscrit auteur dans sa dernière version acceptée par l’éditeur (90% des éditeurs l’autorisent). Un délai (période d’embargo) peut être demandé par l’éditeur pour la mise en ligne de l’article. Pour les articles publiés en open access, la version pdf de l’éditeur peut être déposée immédiatement.

Politique des éditeurs Quelque soit la politique de l’éditeur, déposez votre manuscrit auteur ! Même si l’éditeur ne l’autorise pas (seul 10% des cas) : il sera mis en document caché pour les internautes, mais vous-même y aurez accès. Permet d’archiver ses manuscrits auteurs Permet d’extraire ses listes de publication

Accès à HAL-Pasteur (1) Depuis le site web de la Médiathèque

Accès à HAL-Pasteur (2) Depuis Webcampus Alerte sur les derniers dépôts

L’interface HAL-Pasteur (1) Menus d’accès aux fonctions. Nous contacter, vous informer.

L’interface HAL-Pasteur (2) Il n’est pas nécessaire de s’inscrire pour consulter les articles. Accès à Sherpa Roméo. Informations sur les archives ouvertes.

Hal-Pasteur Comment s’inscrire ?

Créer un compte (1) Avant tout dépôt sur Hal-Pasteur, il est nécessaire de « s’inscrire » sur le serveur.

Créer un compte (2) 8 caractères maximum. Le mot de passe n’est pas lié au mot de passe de messagerie pasteur. Le domaine choisi apparaîtra par défaut lors du dépôt. Si vous déposez vos articles, répondre « oui ». Créer votre compte.

Créer un compte (3) Un courriel est envoyé à l’adresse fournie dans le formulaire.

Modifier son compte Choix de l’interface web 2.0 pour les affiliations auteurs/laboratoires

Hal-Pasteur Comment déposer ?

L’authentification (1) S’authentifier.

L’authentification (2) Vous entrez dans votre environnement personnalisé.

Sélection du type de dépôt Options à utiliser dans la quasi totalité des cas. Sélectionner votre option de dépôt.

Les métadonnées Les champs précédés d’une flèche sont à remplir obligatoirement.

Le PMID et les métadonnées Si le document est déjà référencé dans Pubmed, il suffit d’indiquer son PMID (numéro identifiant Pubmed) et de charger la page. Les champs sont complétés automatiquement.

Le PMID de Pubmed

Les domaines A certains domaines sont associés des sous-domaines. Sélectionner un ou plusieurs domaines.

Politique de l’éditeur Affichage de la politique de l’éditeur (passer la souris sur « green »).

Les contrats de financements Indiquer les contrats de financements notamment ANR Valider cette étape et passer aux affiliations auteurs/labo

Les affiliations auteurs / labos Légende des icônes Liste des auteurs importés de Pubmed. Attention : les laboratoires sont ceux qui ont été affiliés lors des précédents dépôts, ce ne sont pas forcément ceux de la publication.

Modifier / ajouter un auteur Modifier les données de l’auteur. Modifier l’ordre des auteurs. Supprimer d’un auteur. Si on n’importe pas depuis Pubmed, il faut ajouter les auteurs soi-même. Plusieurs possibilités Si le nom de l’auteur est connu de HAL, il apparaîtra dans le menu.

Sélectionner des auteurs à partir d’un labo Vous pouvez sélectionner un ou des auteur(s) à partir d’un laboratoire. Pour cela saisir le nom du laboratoire et cocher les auteurs souhaités.

Ajouter une liste d’auteurs Vous pouvez ajouter des auteurs en saisissant une liste d’auteurs.

Modifier un auteur Afficher les informations relatives à l’auteur, les compléter et modifier si nécessaire. Pour l’auteur correspondant, saisir le courriel et cocher la case « auteur correspondant ». Informations sur le laboratoire Valider les informations auteurs.

Ajouter/supprimer un laboratoire Afficher, ajouter, supprimer un laboratoire. Ces icônes n’apparaissent que si on passe la souris sur le nom du laboratoire.

Ajouter/supprimer un laboratoire (2) Informations sur le laboratoire. Associer le laboratoire à tous les auteurs. Supprimer le laboratoire. Cliquer/glisser la maison pour associer ce laboratoire à un autre auteur.

Ajouter/supprimer un laboratoire (3) Cliquer sur cette icône pour faire apparaître les informations relatives à un auteur et pour pouvoir associer un laboratoire à un auteur. Si le nombre d’auteur est trop important il est possible de ne mettre que les laboratoires des auteurs principaux et des pasteuriens Ajouter un laboratoire en commençant à écrire son nom.

Ajouter/supprimer un laboratoire (4) Pour ajouter un laboratoire commencer à écrire son nom. Si le laboratoire est déjà créé, son nom apparaîtra dans la liste. Sinon il faut créer le laboratoire en cliquant sur ‘nouveau laboratoire’. Attention : tous les laboratoires et unités pasteurs sont connus de HAL. Vous n’avez normalement pas à recréer de nouvelles unités Pasteur hormis pour les unités plus anciennes qui n’existent plus.

Ajouter/supprimer un laboratoire (5) Si vous avez saisi le nom d’un nouveau laboratoire, vous devez renseigner des informations complémentaires. Attention : les intitulés de laboratoire ou d’unité Pasteur ne doivent JAMAIS commencer par « Unité de » ou « Laboratoire de ». Saisir simplement le nom de l’unité, sans mention du nom de département ou de l’Institut. Exemple : Ne pas mettre : «Unité de biochimie cellulaire de l’Institut pasteur » Mettre : « Biochimie cellulaire » Dans « tutelle du laboratoire », on rente les différentes appartenances : Institut Pasteur de Paris, Inserm, CNRS, Université.... Sélectionner dans la liste sinon « Ajouter cette tutelle ». Une fois les informations saisies, cliquer sur ‘Ajouter ce laboratoire’ et valider la notice de l’auteur.

Ajouter/supprimer un laboratoire (6) Une fois les informations saisies, cliquer sur ‘Ajouter ce laboratoire’ et ‘valider’ la notice de l’auteur. Cliquer sur cette icône pour supprimer la tutelle.

Valider les auteurs et affiliations Une fois toutes les informations auteur/labo saisies et validées, passer à l’étape suivante.

Attacher le(s) fichier(s) Sélectionner le type de document à attacher.

Attacher le(s) fichier(s) (2) Cliquer sur « parcourir » puis sélectionner le(s) fichier(s) à attacher.

Attacher le(s) fichier(s) (3) Vous pouvez attacher jusqu’à 5 fichiers. Attention : au type du fichier sélectionné. Un fois les fichiers sélectionnés vous pouvez faire le transfert. La requête peut être assez longue.

Attacher le(s) fichier(s) (4) Les fichiers sont transférés. En cas d’erreur vous pouvez supprimer un fichier. Définir l’origine des fichiers déposés et cocher. Attention aux copyrights des fichiers. Pour vérifier la politique de l’éditeur par rapport au dépôt dans une archive ouverte : consulter SHERPA/RoMEO.

Valider le dépôt Si tout est correct, ‘Déposer’ votre article, sinon retourner à une étape précédente ou annuler le dépôt.

Transfert dans PubMedCentral Votre dépôt peut, si vous le souhaitez, être transféré dans l’archive Pubmedcentral. Conditions : Vous avez déposé votre manuscrit auteur L’article est publié chez un éditeur qui ne dépose pas lui-même dans PMC

Visualisation d’une référence HAL importée dans PubMedCentral

Et après un dépôt ?

La vérification Une fois le dépôt effectué, celui ci n’est pas immédiatement mis en ligne. Une vérification est effectuée : Vérification du contenu : s’agit-il bien d’un article scientifique ? Vérification des métadonnées et des affiliations auteurs/laboratoires. Vérification du copyright. C’est OK La notice et l’article sont immédiatement visibles depuis HAL-Pasteur. Il y a un problème Un message d’erreur est envoyé et une correction vous est demandée.

Visualisation d’une notice Hal-Pasteur

Visualisation d’un PDF Hal-Pasteur

Voir/corriger ses dépôts Article qui vient d’être déposé.

Voir/corriger ses dépôts (2) Article pour lequel des modifications vous sont demandées.

Voir/corriger ses dépôts (3) Pour consulter mes dépôts… Je peux modifier un dépôt. Je peux visualiser le détail d’un dépôt. Liste de mes dépôts acceptés. Je peux transférer la propriété de mon dépôt.

Voir/corriger ses dépôts (4) Pour ajouter le texte intégral, cliquer sur « ajouter le fichier », en sélectionnant votre référence

Pour toutes questions hal-pasteur@pasteur.fr