Introduction aux logiciels de gestion de références bibliographiques Formations doctorales Nantes (Ecoles Doctorales SCE CEI DEGEST) Février / Mars 2012 SCD / URFIST Bretagne Pays de la Loire Marie-Laure Malingre URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique Plan 1 - Contexte d’utilisation 2 - Définition et applications 3 - Panorama général 4 - Présentation de quelques outils et méthodologie URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 1 – Contexte d’utilisation A la base de toute recherche : Le travail de citation Confrontation aux énoncés et travaux précédents, concernant le même sujet ou des sujets connexes crédibilité scientifique Le travail de recherche s’appuie sur un réseau de citations qui seront intégrées dans la publication Citations dans le texte Notes de bas de page Bibliographie URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 1 – Contexte d’utilisation Les principales étapes Recherche documentaire et exploration de la littérature scientifique sur le sujet de recherche Bases de données Recherche dans le web Récupération et stockage de références bibliographiques Constitution d’un corpus de références Identification et description précises des documents référencés URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 1 – Contexte d’utilisation Les principales étapes (suite) : Exploitation des références Citations dans le texte de la thèse et notes de bas de page Élaboration de la bibliographie Réutilisation des références pour d’autres travaux : communications à des congrès, articles de revues spécialisées … Mise en forme des références En conformité avec des normes d’écriture et de présentation URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 1 – Contexte d’utilisation Les normes : Norme ISO/AFNOR Norme ISO 690 (Norme AFNOR NF Z 44-005 de 1987 pour les publications imprimées, livres et publications en série, leurs parties composantes et les brevets) Norme 690-2 (Norme AFNOR Z 44-005-2) de 1998, pour les documents électroniques Protocoles spécifiques Protocole MLA (Modern Language Association of America) Protocole APA (American Psychological Association) Pratiques mises en œuvre par les universitaires et les étudiants dans leurs travaux Usages mis en place par les éditeurs de livres et de revues URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Qu’est-ce qu’un logiciel de gestion de références bibliographiques (LGR) ? Un outil spécialisé qui permet principalement : de stocker des références et / ou signets web issus d'une recherche documentaire (par saisie manuelle ou import automatisé) ou d’autres outils bibliographiques d'organiser et de gérer ces références, ainsi que le document correspondant dans une base de données de formater les références selon un style donné de générer automatiquement dans une publication scientifique les citations et la bibliographie ainsi formatées. d'exporter le corpus de références, de le publier sur le web et dans certains cas, de partager ses références. URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Atouts des LGR Pour le stockage et la gestion des références : facilités d’exploitation de gros corpus de références par la structuration en base de données Pour la publication : récupération des références lors de l’écriture d’un texte formatage automatique des références selon les normes d’écriture en vigueur saisie unique des données et choix d’un format d’édition Pour le suivi de la recherche documentaire : liens entre la recherche documentaire et la base personnelle URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Dans la perspective d’un travail de recherche, leur utilisation permet de : Sauvegarder et archiver très rapidement des références, sans avoir à toutes les saisir. Les manipuler facilement grâce à une base de données. Produire sa bibliographie au format souhaité et en changer automatiquement le style pour une autre publication. Partager et accéder en ligne à ses références. Bénéficier des références diffusées en ligne par les autres utilisateurs. Gagner du temps pour son travail de recherche. URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Typologies des LGR : Libres ou propriétaires Gratuits ou commerciaux En ligne ou / et application à installer en local Outils individuels ou de partage Outils autonomes ou à forte intégration web ou outils à orientation plus bibliographique Outils orientés références bibliographiques ou outils intégrant références et signets Multiplateformes ou PC / Mac / Linux URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique : « Grilles de saisie » regroupant dans des zones différenciées = champs, les éléments nécessaires à la description des documents cités description bibliographique mots clés sujet éventuellement notes de lecture Exemple d’une grille JabRef URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) : Fonction de récupération automatique directe de références depuis des bases de données Exemple de Papers URFIST Rennes 12

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) : Modules de récupération de références depuis des bases de données Filtres Fichiers de connexion Exemple des filtres Refworks URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) : Gestion interne de la base Recherche dans la base Tri des références Modification des références … Exemple de recherche EndNote URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) : Modèles d’édition des références conformes aux normes de publication Styles Exemple des styles Zotero URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) : Éléments complémentaires Gestion d’objets (images, graphiques, tableaux) Passerelles vers les traitements de texte Gestion du texte intégral Outils de partage des référence Aides à la saisie Possibilités d’annotation, de notes de lecture Fonctionnalités d’export de la base de références … URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Un grand nombre de produits Développement permanent de nouveaux logiciels Evolution et multiplication des fonctions Interfaçage avec les traitements de texte Orientation web … Des outils multi-plateformes ou non URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Quelques logiciels professionnels (commerciaux) sont bien connus et utilisés : EndNote / EndNote Web http://www.endnote.com/ Reference Manager http://www.refman.com/ Procite http://www.procite.com/ RefWorks édités par Thomson Reuters Logiciel en ligne http://www.refworks.com URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Il existe un grand nombre d’autres logiciels bibliographiques Sur le site de Plume, fiches techniques de logiciels 2008/2009 : projet Eclore, test sur un panel de logiciels de gestion de références bibliographiques Sur Form@doct (http://guides-formadoct.ueb.eu/) , un guide sur les LGR Quelques exemples de logiciels gratuits à télécharger ou à utiliser en ligne Voir diapo suivante URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Quelques outils gratuits (références et / ou signets web) En ligne Bibsonomy Connotea CiteUlike WizFolio (version de base) BibMe Mixte Mendeley (+ version de bureau) Zotero (+ synchronisation des données en ligne) En local JabRef BibDesk (pour mac) Bibus Papers URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils   Que peut-on comparer ? Les sources depuis lesquelles il est possible d'importer des références. Les styles disponibles pour formater automatiquement la bibliographie. La possibilité de créer ou d'adapter des modèles d'import, de publication. Les modalités d'interaction avec les traitements de texte. La prise en compte et la gestion du texte intégral pour le document référencé. Les possibilités de partage des références et leur gestion en ligne. Les possibilités d'export et d'échange avec d'autres outils bibliographiques. URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Reference Manager Overview, Martin Fenner, 19 septembre 2010. Licence CC : BY. Source : GOBBLEDYGOOK, PLoS BLOGS URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Evaluations comparatives Base Eclore http://eclore.veille.inist.fr/-/Eclore/?Eclore=interro « Comparison of reference management software » sur Wikipedia http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software L’évaluation comparative de Francesco Dell’Orso : http://www.burioni.it/forum/dellorso/bms-dasp/ URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Première découverte de quelques outils : Plateformes en ligne CiteUlike Connotea Bibsonomy Mendeley Logiciels à installer en local Zotero EndNote URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils / méthodologie CiteUlike http://www.citeulike.org/ créé en 2004 (Université de Manchester) + développements ultérieurs Gestion de références en ligne gratuite (sur inscription) Sauvegarde, recherche, et partage de références d’articles dans des bibliothèques personnelles ou de groupes Fils RSS pour mettre en place une veille sur un thème + Watchlist Accès direct aux 13 508 revues auxquelles CiteUlike est abonné Export vers Zotero possible URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie CiteUlike URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie 3 modes d’intégration des références : Intégration automatisée par bookmarklet à intégrer dans le navigateur Intégration semi-automatisée en copiant l’URL dans CiteUlike Intégration manuelle Sources diverses : Sites d’éditeurs commerciaux (ex: Elsevier, Springer) Agrégateurs (ex: Ingenta, JSTOR) Archives ouvertes (ex: ArXiv) Librairies (ex: Amazon) Faiblesses Ne sait pas intégrer un lot de références Google Scholar : inégal même avec le bookmarklet avancé Ne marche pas pour les catalogues de bibliothèque Springer Link : ne marche pas toujours avec les chapitres de ebooks Ne gère pas la collection en sous collection Tri pas possible par tag URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Créer un compte Dans le menu principal : Browser button Ajouter le bouton : « Post to CiteUlike » ou « Advanced bookmarklet » A partir de la page d’accueil, onglet CiteUlike choisir Browser Button Intégrer le bouton avancé : advanced bookmarklet Voir en bas de cette page les sites compatibles Please note we can only find articles from peer-reviewed journals URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Le bouton « Post to CiteUlike » ajoute la référence à la bibliothèque personnelle Faire un exercice avec une référence à partir de Springer link ou Science direct Montrer mode semi-automatique Post an URL et manuel Post manually Montrer la barre des tâches de My library : Search Export Sort Montrer une référence, et la possibilité de l’intégrer dans un traitement de texte My CiteUlike Portal : Montrer les fonctionnalités de partage Recommandations, Neighbours etc. URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Edition des références dans diverses normes : Harvard, Nature, Elsevier…

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Connotea URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie http://www.connotea.org/ Lancé en 2004 par la revue Nature Service en ligne gratuit Gestion et partage de sa bibliographie en ligne Accès à l’ensemble des références partagées dans Connotea Partage de signets dans le monde académique Annotation / Tags Extraction automatique de références bibliographiques Abonnement RSS aux listes d’autres utilisateurs ou tags spécifiques Export possible Voir dans Site Guide la liste des sites compatibles (en bas de page) Automatic collection of bibliographic information Ni catalogue ni ScienceDirect Wikipedia OK URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Import depuis toute page web Import direct de références (plutôt domaines scientifiques) depuis : Nature.com PubMed PubMed Central Science PloS BioMed Central Supported EPrints repositories Supported Highwire Press publications Blackwell Synergy Import par reconnaissance du DOI Wiley Interscience Scitation arXiv.org Smithsonian/NASA Astrophysics Data System Amazon HubMed D-Lib Magazine + autres sources compatibles… URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Installation des boutons Connotea dans la barre personnelle du navigateur « Add to Connotea » Ou « Add Connotea Comments » : Installer le bouton Bookmarklets URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Intégration de signets en cours de navigation Cliquer sur « Add to Connotea » Page web courante URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Bibsonomy, http://www.bibsonomy.org (Université de Kassel, Allemagne) Signets Références URFIST Rennes

Mendeley, http://www.mendeley.com/ Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Mendeley, http://www.mendeley.com/ URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Installer Mendeley Desktop Créer son compte sur le site de Mendeley Installer Web Importer URFIST Rennes

Détail des références et notes Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Mendeley Desktop Barre d’outils Recherche Collections Détail des références et notes Liste des références Filtres URFIST Rennes

Bibliothèque Mendeley en ligne Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Bibliothèque Mendeley en ligne URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Importer des références depuis Google Scholar : Afficher les résultats de la requête Dans les favoris / signets, sélectionner Import to Mendeley Importer les références souhaités en cliquant sur « Import » On peut aussi importer à partir des PDF (Add Folder) URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Produire sa bibliographie Sélectionner un style : View > Citation style et glisser/déposer les références ou les copier URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Produire sa bibliographie Sélectionner un style : View > Citation style et glisser/déposer les références ou les copier URFIST Rennes

Citer en écrivant : plug in Word et Open Office Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Citer en écrivant : plug in Word et Open Office URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie WizFolio Web 2.0, http://wizfolio.com/ URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie WizFolio Web 2.0 https://home.wizfolio.com/ Outil de gestion de références en ligne Version de base gratuite = 100 mb ou 200 références Toutes les fonctionnalités propres à un logiciel de gestion de références bibliographiques Récupération de références à la volée (référence par référence) Localisation du texte intégral (PDF) Intégration avec Word / Windows 68 styles bibliographiques Partage des références Intégration des références d’une biliographie depuis le traitement de texte (exportable ensuite au format RIS) URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Zotero URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Zotero Depuis octobre 2006 Andrew W. Mellon Foundation Center for History and New Media George Mason University Extension du navigateur Firefox + maintenant version autonome + serveur en ligne Logiciel libre et gratuit, à télecharger à partir du site http://www.zotero.org URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Principales fonctionnalités de Zotero Récupération de données et constitution de la base personnelle Références multiples / Référence par référence Intégration dans les « collections » de la bibliothèque personnelle Liste de sites compatibles (ScienceDirect, SUDOC, Google Scholar, PubMed …) > voir sur la page http://www.zotero.org/translators Capture de documents web (avec métadonnées) et lien au fichier web URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Saisie manuelle de références Gestion de la base personnelle Modification de références Recherche dans la base Tri des notices Ajout de notes de lecture Ajout de tags (marqueurs) Export de la bibliothèque de références Lien de deux notices Création d’une bibliographie À partir d’une collection donnée Formatage dans une style donné (styles par défaut + page Repository pour les styles : http://www.zotero.org/styles ) URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Passerelle avec les traitements de texte Avec Word et Open Office Choix d’un style Insertion de citations Création d’une bibliographie L’interface de Zotero : en 3 panneaux La bibliothèque et ses collections La liste des références d’une collection donnée Le détail de la référence sélectionnée + la barre d’action et le panneau des marqueurs URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Quelques exemples : JabRef Qu’est-ce que JabRef ? Application écrite en Java, utilisant nativement le format Bibtex pour enregistrer ses données Outil gratuit et OpenSource (Licence GPL) Cf. Fiche technique du Cemagref : http://ist.cemagref.fr/tutoriaux_de_gestion_bibliographique_article363.html URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Principales fonctionnalités de JabRef Saisie des données dans les champs existant dans BibTeX (Ajout possible des champs personnalisés, génération automatique des clés BibTeX, groupement des entrées, gestion partielle des autorités) Fonctions de recherche Recherche par mots-clés Surlignage de certaines entrées Recherche par groupes / sous-groupes URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Imports de données dans JabRef : Dans les formats suivants : BibTeXML, Biblioscape, Biomail, CSA, INSPEC, ISI, JStor (tabulations), Medline, Ovid, REPEC (New Economic Paper), RIS, Refer/EndNote, Scifinder, SilverPlatter, Sixpack Bases : Web of Science (ISI), ScienceDirect et EconLit (RIS), CAB, Francis (SilverPlatter), EndNote (RIS) Option Fetch : recherche sur serveurs distants pour les bases Medline, CiteSeer URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie JabRef : Gestion du lien vers le texte intégral depuis la référence (pdf, ps, url, doi) Export : html, BibTeXML, Harvard RTF, EndNote… Citations : Liens vers éditeurs LaTeX Automatisation de l’attribution d’une étiquette BibTeX de type AuteurDate (icône baguette magique) Insertion de la référence à citer dans un fichier Latex par CTRL-K / CTRL-V {\citeToto2005} Option « Push selection » to WinEdt (éditeur LateX) Vers Word : option « copier la clé bibtex » par clic droit sur les références sélectionnées URFIST Rennes

Créer une base de références Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie JabRef Créer une base de références Import de données Fonctions d’export URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Quelques exemples : Bibus http://bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Page Spécificités : (Source Gabriel Gallezot, nov. 2007) Gratuit (GNU GENERAL PUBLIC LICENSE) MultiOS avec quelques spécificités et plusieurs développements à venir Connexion avec MsWord et OOo Import/export avec format Endnote et Bibtex URFIST Rennes 57

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Source : G. Gallezot URFIST Rennes 58

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie EndNote Outil commercial, professionnel Outil en local (+ un module Web lié au Web of Science) Édité par Thomson Reuters) Site http://www.endnote.com Fournisseur français : Ritme, http://www.ritme.com URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Principales fonctionnalités d’EndNote Recherche documentaire et constitution de la base : Connexion directe à des bases de données distantes Intégration automatique de références sous EndNote à partir des interfaces de recherche de bases de données Import des fichiers de résultats issus de bases de données via des filtres d’import Récupération de bibliographies rédigées avec un traitement de texte Récupération de bases élaborées sous d’autres logiciels bibliographiques URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie L’organisation et l’exploitation de la documentation personnelle : Gestion des fichiers de références bibliographiques organisés au sein de bases de données, permettant : La saisie manuelle de références (aides à la saisie) et l’intégration d’objets (tableaux, graphiques); l’import de références Le lien au texte intégral / gestion du texte intégral La modification et la mise à jour des références La recherche dans les références Le formatage bibliographique des références L’export des données sous d’autres formats URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie La rédaction et la publication scientifiques : Interface directe avec le traitement de texte Word et Open Office, permettant : de créer des citations dans le texte en cours de rédaction de générer une bibliographie, soit à la suite de l’article rédigé, soit indépendamment de tout texte (possibilité aussi de générer la liste des tableaux, etc.) de choisir un format d’édition déterminé = style (correspondant aux normes de présentation bibliographique des revues scientifiques) URFIST Rennes

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie présence d’une image EndNote Groupes de références référence Pour voir une référence dans un style donné URFIST Rennes Nombre de références affichées sur nombre total