Basic Erol Baud Olivia Wavre Florence Puces à ADN Basic Erol Baud Olivia Wavre Florence
Plan de la présentation Introduction Historique Rappel sur l’ADN Principe général d’une puce Puces à ADN Microarray spottée Puce Affymetrix® Applications Conclusion
Historique 1953 Découverte de la structure de l’ADN par Watson et Crick Le principe de fonctionnement d’une puce brevetée par Edwin Southern Développement des puces ADN par Davis & Brown Affymetrix commercialise une puce ADN
Rappel sur l’ADN Génome humain : ~ 30000 gênes
Principe général d’une puce Extraction ↓ Transcription Amplification Marquage Sonde + cible Hybridation Lavage Résultat
Puces à ADN Membrane en nylon Taille des spots : 0.5-1mm Densité : quelques centaines de spots/cm2 Lame de verre à revêtement chimique Taille des spots : ~100μm Densité : 1000-10000 spots/cm2 Lame de verre à revêtement chimique Taille des spots : ~20μm Densité : jusqu’à 250000 spots/cm2
Microarray spottée Taille des spots : ~100μm Densité : 1000-10000 spots/cm2 Sondes : ADNc ou long oligonucléotides (30-70 bases) Cibles : ADNc avec marquage fluorescent (Cy3 et Cy5)
Microarray spottée - Fabrication Greffage des sondes pré-synthétisées directement sur le support Adressage électrochimique
Microarray spottée - Hybridation
Puce Affymetrix® Taille des spots : ~20μm Densité : 250000 spots/cm2 Sondes : Oligonucléotides courts (20-25 bases) Cibles : ARNc avec marquage fluorescent (biotine)
Puce Affymetrix® - Fabrication Synthèse des sondes in situ Par photolitographie
Puce Affymetrix® - Hybridation
Applications
Conclusion Révolution technologique Rapidité et efficacité Amélioration? Problèmes d’éthique?
Références www.cea.fr Les puces à ADN en hématologie, John De Vos, unité de thérapie cellulaire, CHU Montpellier 1-2_Avancees-Biologie-moleculaire www.affymetrix.com Remerciements à Alexandre Kuhn du Laboratoire de neurogénomique fonctionnelle