11° réunion du réseau AChroPuce / DESC Paris, le 14 juin 2017

2) EEQ et Accréditation Programme Delphine Fauvert

Martine Doco Damien Sanlaville 3) EEQ ACPA 2017 Programme Martine Doco Damien Sanlaville

Objectifs de l’EEQ Voir si les laboratoires / biologistes Trouvent le ou les CNVs importants en cliniques Savent interpréter médicalement ces CNVs Suivent les recommandations

Deux EEQ ACPA prénatal sur données brutes : pas de parties techniques ACPA post natal

ACPA prénatal Une première réussie non sans difficulté Production des données Agilent Illumina Exception : Affymetrix : un seul labo : envoi de l’ADN Données Agilent réalisées sur une puce 60k custom (PréCytoNEM)

Difficultés Envoi des données : gros fichiers. Fichier ftp HCL mais données disponibles seulement 10 jours. Nécessité d’envoyer les données à 3 reprises Demande des CNVs du sujet de référence. Technique sans « témoin ». Puce designée pour avoir le minimum de CNV polymorphe. Fréquent de ne pas avoir de CNV. Pour Agilent : Nécessité du fichier design (xml) Difficulté pour installer le fichier (clavier US)

Démarche de Certification Signé par tous les experts

Démarche de Certification Remplis par deux laboratoires : fiche de synthèse

Textes de référence

Textes de référence

Compte rendu HAS / ABM

Textes de référence

Introduction EEQ ouvert à tous en 2017 Conservation du même mode de fonctionnement Laboratoires publics / privés, ACLF et non ACLF Tous les documents sur le forum : moins de problèmes pratiques

Organisation Trouver deux patients Post natal : essai sur un autre tissu que les lymphocytes : cas de foetopath (Patient Dr Jaillard, CHU de Rennes). Extraction sur tissu (assez d’ADN 130 microgrammes) Pré natal : Cas du CHU de Lyon Nécessité d’une pré inscription (L. Caine) Préparation quantité suffisante d’ADN Envoie des ADN Notice explicative et lettre « clinique » Gestion des laboratoires non ACLF OK Pas de test sur plateforme SNP Test par 2 laboratoires Bon déroulement Merci aux experts pour la rapidité

EEQ 2017 Phase de pré inscription Post natal : 40 laboratoires Pré natal : 36 laboratoires Envoi de 40 ADN Phase inscription / soumission / expertise : mêmes dates

EEQ 2017 Post natal Prénatal 40 laboratoires ont souhaité participer 40 laboratoires ont soumis (1 dossier exclu : compte rendu non chargé) Prénatal 36 laboratoires ont souhaité participer 36 laboratoires ont soumis (1 dossier avec problème)

Prospectif sur données fournies EEQ ACPA DPN 2017 Prospectif sur données fournies

Expertise par 2 groupes d’experts (2 x 2) 2 Superviseurs 36 dossiers à expertiser 35 dossiers notés (1 problème technique) Résultats Expertise par 2 groupes d’experts (2 x 2) 2 Superviseurs

Pré analytique / qualité Tous les laboratoires ont pu réaliser l’EEQ 2016 (32) 2017 (35) 32 oui, 0 Non 35 oui, 0 Non Indication : 2016 : 27 Oui / 5 Non; 2017 : 35 Oui / 0 Non Il faut noter l’indication : Arrêté du 27 mai 2013 paru le 7 juin 2013 2016 (32) 2017 (35) 32 oui, 0 Non 35 oui, 0 Non Au moins 1 paramètre qualité cité mais pas toujours les « normales »

Renseignements Version du génome 35 / 35 OK 2016 (32) 2017 (35) 30 oui, 2 Non 33 oui, 2 Non 2016 (32) 2017 (35) 32 oui, 0 Non 35 oui, 0 Non Version du génome 35 / 35 OK Mentionner la résolution théorique / pratique. Pas toujours clair

Partie résultat

Exemple de profil sur une puce 8x60 PréCytoNEM Délétion en 17q12 de 1,3 Mb allant de 34,817,422 bp à 36,168,104 bp (hg19) Courbe rouge : Patient en Cy5 – Témoin 1 en Cy3 Courbe verte : Témoin 2 en Cy5 – Patient en Cy3 Tolérance +/-400 kb

Contenu en gènes Délétion en 17q12 de 1,3 Mb allant de 34,817,422 bp à 36,168,104 bp (hg19) Gène HNF1B

EEQ ACPA prénatal Formule ISCN 2013 et 2016 accepté Ne pas sanctionner si l’hétérozygotie a été notée, mais aussi ne pas sanctionner si il n’a pas été noté : A discuter Tolérance +/- 400 kb Si CNV en 17q interprété en CNV bénin : 0 Respect du guide des bonnes pratiques

Formules acceptées Pour les bornes, cela dépend de la puce et si les personnes ont décrites la perte avec la taille max ou taille min. ISCN 2013 et 2016 accepté arr[hg19] 17q12(34,815,551-36,244,358)x1 ou arr[GRCh37] 17q12(34815551_36244358)x1

6 / 35 ont mentionné l’hétérozygotie = 17 % 2° CNV Délétion hétérozygote incluant le gène ACACA responsable d’un déficit en Acetyl-CoA carboxylase (maladies métaboliques de transmission autosomique récessive ). Si non noté : non sanctionné Si noté : non sanctionné Identification d’un statut d’hétérozygote A indiquer ? 6 / 35 ont mentionné l’hétérozygotie = 17 %

Formule correcte : 29 / erreur mineure : 6 Partie résultat 2016 (32) 2017 (35) 27 oui, 2 +/- 35 oui, 0 non Erreur mineure : espace, virgule Erreur majeure : plus d’une erreur 1 faute de transcription probable Formule correcte : 29 / erreur mineure : 6 2016 : Formule correcte : 26 / erreur mineure : 10 2016 (32) 2017 (35) 31/32 35/35

Commentaire sur le résultat Citer au moins un gène Interpréter : en relation ou non avec le phénotype Caractère pathogène ou non Conseil génétique Vérification FISH à privilégier Proposition DPN ?

Proposition de commentaire L’étude en ACPA sur l’ADN extrait des amniocytes non cultivés a permis de mettre en évidence une délétion en 17q12 d’environ 1,3 Mb allant de la position génomique 34,817,422 bp à 36,168,104 bp (hg19). Cette délétion comprend le gène HNF1B dont l’haplo insuffisance a été rapportée chez des patients avec des kystes rénaux et un diabète de type MODY 5. Ce CNV peut expliquer le phénotype mis en évidence chez le foetus. Il est donc pathogène. Ce CNV est à vérifier en FISH. Un conseil génétique et une étude des parents sont nécessaires.

Vérifications, interprétation 2016 (32) 2017 (35) 32 oui, 0 Non 30 oui, 5 Non 32 oui, 0 Non 35 oui, 0 Non 26 oui, 6 Non 35 oui, 0 Non 22 oui, 10 Non 33 oui, 2 Non 1 Oui, 31 Non 3 Oui, 32 Non 32 Oui, 0 Non 35 Oui, 0 Non

Gestion de l’EEQ 1° EEQ DPN sur données Plusieurs problèmes d’organisation à régler Possibilité de proposer l’EEQ à plus de laboratoires (pas de quantité d’ADN limitant)

Conclusions Anomalies trouvées Guide bonnes pratiques bien suivi Bonnes performances des laboratoires Très bon résultat (moyenne labo à 17,81)

40 laboratoires ont soumis 1 dossier exclu (pas de CR) EEQ ACPA post natal 2017 40 laboratoires ont soumis 1 dossier exclu (pas de CR)

Pas le prénom du fœtus Pas de DDN foetus

Pré analytique / qualité Tous les laboratoires ont pu analyser les données d’ACPA 2016 (36) 2017 (39) 2014 (33) 2015 (33) 36 oui, 0 Non 39 oui, 0 Non 33 oui, 0 Non 33 oui, 0 Non Souvent, il est écrit ADN et non réellement le tissu Indication : 16 Oui / 11 Non en 2013 2017 : 38 Oui et 1 Non Il faut noter l’indication : Arrêté du 27 mai 2013 paru le 7 juin 2013 2016 (36) 2017 (39) 2014 (33) 2015 (33) 35 oui, 1 Non 36 oui, 3 Non 32 oui, 1 Non 33 oui, 0 Non Au moins 1 paramètre qualité cité mais pas toujours les « normales » La version du génome est toujours indiquée

Mention du Fabricant : 39/39 Précision du format de puce : 39/39 2016 (36) 2017 (39) 2014 (33) 2015 (33) 35 oui, 1 Non 37 oui, 2 Non 32 oui, 1 Non 32 oui, 1 Non Mention du Fabricant : 39/39 Précision du format de puce : 39/39 2012 : 18 Agilent / 29 = 62 % 2013 : 23 Agilent / 30 = 76 % 2014 : 25 Agilent / 33 = 76 % - 81 % 2015 : 25 Agilent / 33 dont 5 ? (76-90 %) 2016 : 27 Agilent / 36 (75 %) 2017 : 33 Agilent / 39 (84 %) (5 Illumina, 1 Affymétrix)

Renseignements 2016 (36) 2017 (39) 2014 (33) 2015 (33) 36 oui, 0 Non 39 oui, 0 Non 33 oui, 0 Non 33 oui, 0 Non 2016 (36) 2017 (39) 2014 (33) 2015 (33) 35 oui, 1 Non 39 oui, 0 Non 31 oui, 2 Non 32 oui, 1 Non Mentionner la résolution théorique / pratique. Pas toujours clair

Partie résultat

Anomalie du patient EEQ Duplication d’environ 5,6 Mb en 8q12.1q12.3 associée à une Délétion en 15q11.2 d’environ 414 kb et Délétion en 16p13.2 d’environ 80 kb Pas de sanction si absence des CNvs en 15q et 16p

Anomalies Duplication en 8q12.1-q12.3 de 5,6 Mb allant de 59,011,668 bp à 64,635,848 bp (hg19) : Obligatoire sinon 0 Délétion en 15q11.2 de 414 kb allant de 22,765,628 bp à 23,179,948 bp (hg19) : Facultatif mais si non noté mettre une remarque Délétion en 16p13.2 de 80 kb allant de 8,878,007 bp à 8,958,942 bp (hg19) : non obligatoire, diagnostic hétérozygotie

EEQ postnatal 2017 (foetopath) Duplication en 8q12. 1-q12 EEQ postnatal 2017 (foetopath) Duplication en 8q12.1-q12.3 de 5,6 Mb allant de 59,011,668 bp à 64,635,848 bp (hg19) Courbe rouge : Patient en Cy5 – Témoin 1 en Cy3 Courbe verte : Témoin 2 en Cy5 – Patient en Cy3

EEQ postnatal 2017 (foetopath) Délétion en 15q11 EEQ postnatal 2017 (foetopath) Délétion en 15q11.2 de 414 kb allant de 22,765,628 bp à 23,179,948 bp (hg19) Courbe rouge : Patient en Cy5 – Témoin 1 en Cy3 Courbe verte : Témoin 2 en Cy5 – Patient en Cy3

EEQ postnatal 2017 (foetopath) Délétion en 16p13 EEQ postnatal 2017 (foetopath) Délétion en 16p13.2 de 80 kb allant de 8,878,007 bp à 8,958,942 bp (hg19) Courbe rouge : Patient en Cy5 – Témoin 1 en Cy3 Courbe verte : Témoin 2 en Cy5 – Patient en Cy3

EEQ ACPA postnat Prénom de la mère accepté Si pas de notion de fœtus dans le commentaire ou une lettre d’accompagnement : sanctionner Seul le CNV gain en 8q apporte 2 points. Si non mentionné 0 point. Pas de pénalité si les autres CNVs ne sont pas mentionnées Formules ISCN 2013 et 2016 acceptées Tolérance +/- 400 kb Si CNV en 8q interpréter en CNV bénin : 0 Respect du guide des bonnes pratiques

Formule arr[hg19] 8q12.1q12.3 (59,011,668-64,635,848)x3,15q11.2(22,765,628-23,179,948)x1,16p13.2(8,878,007-8,958,842)x1 arr[GRCh37] 8q12.1q12.3(59011668_64635848)x3,15q11.2(22765628_23179948)x1,16p13.2(8878007_8958942)x1

CNVs

Formule correcte : 29 / erreur mineure : 6 / majeure 2 Partie résultat 2016 (36) 2017 (39) 2014 (30) 2015 (33) 35 oui, 1 non 39 oui, 0 non 30 oui, 3 non 32 oui, 1 non Erreur mineure : espace, virgule Erreur majeure : plus d’une erreur 1 faute de transcription probable Formule correcte : 29 / erreur mineure : 6 / majeure 2 2016 : Formule correcte : 26 / erreur mineure : 10 36/39 complète, 3/39 incomplète

Commentaire sur le résultat Citer au moins un gène Interpréter : en relation ou non avec le phénotype Caractère pathogène ou non Conseil génétique Vérification FISH à privilégier Proposition DPN ?

Proposition de commentaire L’étude en ACPA sur l’ADN extrait du muscle a permis d’identifier 2(3 ?) CNV : - Une duplication d’environ 5,6 Mb en 8q12.1q12.3 comprenant plusieurs gènes OMIM dont le gène CHD7. Ces gènes sont connus pour être pathogène en haploinsuffisance. Néanmoins cette duplication participe probablement au phénotype. - Une délétion d’environ 414 kb en 15q11.2 entre BP1 et BP2. Ces délétions ont été rapporté comme facteurs de susceptibilité dans les troubles du neuro-développement. - Une délétion d’environ 84kb en 16p13.2 incluant PMM2 et ABAT. Le fœtus est donc hétérozygote pour le CDG1a. Il est nécessaire de vérifier ce(s) CNVs,d’étudier les parents et faire un conseil génétique.

Vérifications, interprétation 2016 (36) 2017 (359 2014 (33) 2015 (33) 34 oui, 2 Non 35 oui, 4 Non 32 oui, 1 Non 32 oui, 1 Non 36 oui, 0 Non 35 oui, 0 Non 32 oui, 1 Non 33 oui, 0 Non 26 oui, 10 Non 39 oui, 0 Non 32 oui, 1 Non 32 oui, 1 Non 35 oui, 1 Non 35 oui, 4 Non 30 oui, 3 Non 31 oui, 2 Non 4 Oui, 32 Non 1 Oui, 38 Non 3 Oui, 30 Non 2 ?, 31 Non 36 Oui, 0 Non 39 Oui, 0 Non 30 Oui, 3 Non 30 Oui, 3 Non

Conclusions Anomalies trouvées Guide bonnes pratiques bien suivi Bonnes performances des laboratoires : Très bon résultat (moyenne labo à 18,05) Stabilisation des performances des laboratoires

Remarques des experts sur les EEQ

Remarques des experts Il est nécessaire de faire apparaître clairement dans le CR que le CNV est pathogène (ou probablement pathogène accepté aussi). Ceci afin de respecter le guide des bonnes pratiques concernant la classification des CNV. L'interprétation médicale du CNV qui doit apparaître clairement sur le CR et pas uniquement sur la lettre d'accompagnement.

Remarques des experts Remarque (sans pénaliser) sur la nécessité de faire apparaître que la délétion est hétérozygote et intercalaire. Peut-être faudrait-il le mentionner sur le GBP ACPA. Il serait bien que l'âge gestationnel apparaisse sur le CR du DPN : à discuter lors de la journée du réseau.

Remarques des experts Clarifier la notion de résolution: en effet il nous semble important de différencier le degré de résolution moyen (fournisseur) du seuil de détection ou des paramètres d'analyse (nombre d'oligos consécutifs). A discuter lors de la journée du réseau. La recherche d'une contamination maternelle n'est pas toujours mentionnée : à discuter lors de la journée du réseau. Rappeler que le signataire doit apparaître sur le CR

Remerciements Martine Doco, Jean Michel Dupont… : Certification ACLF, Médifirst, Cyril Sarraustre de Menthiere Experts : Sophie Brisset, Lucie Tosca, Aurélie Coussement, Claire Beneteau Chantal Missirian, Véronique Satre, Boris Keren, (Sandra Chantot), Cédric Le Caignec Equipe ACPA Lyon Audrey Labalme, Eudeline Alix, Laurence Caine