L'informatique au LBGI Raymond Ripp Juin 2016

Serveurs Le LBGI dispose de sept serveurs DELL R720 sous Linux Ubuntu. Ils sont équipés de 48, 128, 256 ou 512 GO de mémoires vives et d’environ 250 TO de disques. Ces disques sont presque tous accessibles de toutes les machines par montage NFS. De plus les serveurs ayant tous les mêmes configurations, l’environnement est « identique » partout. Tout devrait fonctionner partout de la même manière. Nous disposons aussi de machines équipées de cartes graphiques performantes pour le calcul sur GPU (Studio et Guepeou) Nous avons également accès aux machines de la platefome bioinformatique de Strasbourg Bistro. Et aux grilles de calcul France Grille et EGI nous donnant accès à des millers de cœurs à travers le monde.

Nos serveurs ena 128 GO 96 TO milex 256 GO 46 TO studio (2 Titan) esxi (VMware) 48 GO 7 TO ouioui 32 GO bipbip octave 8 GO 0 TO biplan 36 TO guepeou (2 Titan) bigboss 16 GO 1000 GO bob biclou 768 GO 12 TO

Esxi (ouioui sous Windows) Les montages NFS /midi /ircad milex /syno /maison /gstock /commun /duplic /tempor /studisk studio ena /data bipbip Mon PC Esxi (ouioui sous Windows) /data octave /mystore

Cachons donc ces liens ... sur ena Sur octave (par exemple) En vrai Une partition est montée sur /commun et exportée pour être montée par les autres. Sur octave (par exemple) /enadisk/commun est un montage nfs existe lien /commun → /enadisk/commun En pratique on utilise toujours /commun Idem pour maison, gstock, duplic, tempor

/home /maison /maison/toto c'est l'endroit physique … /home/toto est mieux !!! Il existe des liens /home → /maison/homeLinks /maison/homeLinks/toto → /maison/toto Bref … il faut toujours écrire /home/toto … et oublier /maison

Utiliser toujours /biolo/chose Contient les programmes de « biologie » En vrai /enadisk/commun/linux/biolo/chose /linux/biolo/chose Utiliser toujours /biolo/chose De même /tools au lieu de /linux/tools (= /commun/linux/tools) /usr/local pour /linux/local (= /commun/linux/local)

/commun En vrai Il faut utiliser /commun/db/catalog/blast /commun/dbsql (pour les postgres et mysql) /commun/linux/biolo local tools Il faut utiliser /blast pour /db/catalog/blast /biolo au lieu de /linux/biolo (= /commun/linux/biolo) /tools au lieu de /linux/tools (= /commun/linux/tools) /usr/local pour /linux/local (= /commun/linux/local)

/genomics/link/bidule /gstock Contient toutes les données de « génomique » Chaque projet est « rangé » quelque part /gstock/bidule ou /gstock/user/bidule ou etc… Utilisez toujours /genomics/link/bidule

/tempor /duplic pour vos grosses données temporaires C’est vous qui gérez mais n’en faites pas un stockage à vie … nettoyez de temps en temps pour dupliquer ce que vous ne voulez pas perdre ;) Idem … nettoyez de temps en temps Stockages ou archivages plus sûrs ailleurs Voir Raymond ou Arnaud pour cela (on a enfin des disques dispos)

Réseau Osiris www.lbgi.fr ssh.lbgi.fr Firewall 24 ports 48 ports 192.168.10.99 courbet 192.168.10.100 renoir 192.168.10.101 noiro 192.168.10.102 pikachu 192.168.10.103 maurice 192.168.10.104 ratafia 192.168.10.105 ordiodile 192.168.10.106 ordianne 192.168.10.107 ordioli 192.168.10.108 centhuit 192.168.10.109 kookabura 192.168.10.110 olo 192.168.10.111 ulu 192.168.10.112 centdouze 192.168.10.113 mozart 130.79.98.118 fire.lbgi.fr 130.79.98.119 ssh.lbgi.fr studio 130.79.98.120 www.lbgi.fr 192.168.10.92 milex 192.168.10.119 studio 192.168.10.130 ena redmine cafetier 192.168.10.131 ena-con 192.168.10.135 studio-con 192.168.10.140 esxi-moby 192.168.10.141 esxi-moby-con 192.168.10.142 moby 192.168.10.143 eyear 192.168.10.144 bipbip1 192.168.10.145 bipbip1-con 192.168.10.146 192.168.10.147 192.168.10.148 octave et DHCP après 192.168.10.150

Jouons avec les noms .lbgi.fr 130.79.98.120 www.lbgi.fr 130.79.98.120 fire.lbgi.fr 130.79.98.118 ssh.lbgi.fr 130.79.98.119 alvinella.lbgi.fr = www.lbgi.fr bioinfo-bistro.lbgi.fr = www.lbgi.fr bistro.lbgi.fr = www.lbgi.fr ciliocode.lbgi.fr = www.lbgi.fr fed.lbgi.fr = www.lbgi.fr ftp.lbgi.fr = lbgi.fr genoret.lbgi.fr = www.lbgi.fr gx.lbgi.fr = www.lbgi.fr gxdb.lbgi.fr = www.lbgi.fr parsec.lbgi.fr = www.lbgi.fr Le site web est automatiquement redirigé en fonction du nom gx.lbgi.fr devient www.lbgi.fr/gx

Montages windows Sur vos pc sous Windows Connecter un lecteur réseau O: \\192.168.10.130\votrelogin M: \\192.168.10.130\maison S: \\192.168.10.130\gstock K: \\192.168.10.130\commun U: \\192.168.10.130\duplic T: \\192.168.10.130\tempor M: permet de voir les copains ;)

Les bonnes pratiques Utiliser /home/toto Utiliser /biolo/machin En faisant éventuellemnt le lien dans /biolo ln -s machin.2.3 machin Y créer un setmachin.com et le mettre dans /biolo/setbiolo.com Y rajouter un petit readme.txt Rajouter une ligne dans le wiki

Les bonnes pratiques (suite) Dans les pages web ne jamais écrire explicitement http://lbgi.fr/chose mais /chose Mutualiser les .php ou .py Par exemple pour gx, fed, genoret, dbgs FedConfig::urlSite() rend /gx ou /fed et du coup j'écris $urlSite/truc/pro.php au lieu de http://lbgi.fr/gx/truc/pro.php Et ça marche sur toutes nos machines avec tous les sites

Faire connaître Créer des web services Des API Les rendre accessibles à tous (/biolo, setbiolo) Créer un (des) fichier de configuration visible Wikili (public) Lbgiki (privé) Attention pas toujours à jour

Merci ?