x Blast y pour tous
Recherche BLAST 1,2,3,4,5 1.Choisir sa séquence 2.Choisir le programme BLAST 3.Choisir la banque 4.Choisir les paramètres optionnels 5. … et attendre un peu
GO Banque non redondante séquence Domaines conservés
Séquence AC, FASTA ou text
Choisir un programme BLAST
ProgrammeEntréeBanque 1 blastnDNA DNA 1 blastpprotéine protéines 6 blastxDNA protéines 6 tblastnprotéine DNA 36 tblastxDNA DNA
5 CAT CAA 5 ATC AAC 5 TCA ACT 5 GTG GGT 5 TGG GTA 5 GGG TAG … un ADN peut, potentiellement, coder 6 protéines 5 CATCAACTACAACTCCAAAGACACCCTTACACATCAACAAACCTACCCAC 3 3 GTAGTTGATGTTGAGGTTTCTGTGGGAATGTGTAGTTGTTTGGATGGGTG 5
Choix de la banque nr = non-redundant (most general database) dbest = database of expressed sequence tags dbsts = database of sequence tag sites gss = genomic survey sequences htgs = high throughput genomic sequence
OPTIONS Chercher des domaines conservés
OPTIONS Entrez! Filter Scoring matrix Word size Expect organisme
OPTIONS RBP4 vs RBP4 avec option FILTRE
Filtre ON
Filtre OFF
taxonomy database query program
taxonomy
Cut-off:.05? ?
Alignment view
MEUH !