X Blast y pour tous. Recherche BLAST 1,2,3,4,5 1.Choisir sa séquence 2.Choisir le programme BLAST 3.Choisir la banque 4.Choisir les paramètres optionnels.

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Transcription de la présentation:

x Blast y pour tous

Recherche BLAST 1,2,3,4,5 1.Choisir sa séquence 2.Choisir le programme BLAST 3.Choisir la banque 4.Choisir les paramètres optionnels 5. … et attendre un peu

GO Banque non redondante séquence Domaines conservés

Séquence AC, FASTA ou text

Choisir un programme BLAST

ProgrammeEntréeBanque 1 blastnDNA DNA 1 blastpprotéine protéines 6 blastxDNA protéines 6 tblastnprotéine DNA 36 tblastxDNA DNA

5 CAT CAA 5 ATC AAC 5 TCA ACT 5 GTG GGT 5 TGG GTA 5 GGG TAG … un ADN peut, potentiellement, coder 6 protéines 5 CATCAACTACAACTCCAAAGACACCCTTACACATCAACAAACCTACCCAC 3 3 GTAGTTGATGTTGAGGTTTCTGTGGGAATGTGTAGTTGTTTGGATGGGTG 5

Choix de la banque nr = non-redundant (most general database) dbest = database of expressed sequence tags dbsts = database of sequence tag sites gss = genomic survey sequences htgs = high throughput genomic sequence

OPTIONS Chercher des domaines conservés

OPTIONS Entrez! Filter Scoring matrix Word size Expect organisme

OPTIONS RBP4 vs RBP4 avec option FILTRE

Filtre ON

Filtre OFF

taxonomy database query program

taxonomy

Cut-off:.05? ?

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