Phénotypes et génotypes de la résistance aux antibiotiques chez Escherichia coli d’origine animale en Tunisie : Multirésistance des isolats aviaires, fond génétique riche et hétérogène   Dhifalli Rym1, Kilani Hajer1, Yolanda Saénz2, Mansouri Riadh1, Mehri Wahib1, Ben Chehida Noureddine1, Abbassi Mohamed Salah1 1Laboratoire de recherche de bactériologie, Institut de la Recherche Vétérinaire de Tunisie, Bab Saadoun, Tunis, Tunisie. 2Unidad de Microbiología Molecular, Centro de Investigación Biomédica de La Rioja, Logroño, Spain

Voies de dissémination des E. coli

LE TRANSFERT DE LA RESISTANCE Traitements et prophylaxie Médecine vétérinaire Médecine humaine Communauté Additifs dans l’alimentation des animaux Hôpital Agriculture Protection des plantes Environnement Utilisation industrielle

OBJECTIFS Etude des gènes codant la résistance aux sulfamides et à la tétracycline Etude de la résistance aux antibiotiques chez: Volaille, Bovin, Ovin Prévalence et caractérisation des structures des intégrons

Matériel & méthodes Sites de prélèvements

148 isolats de E. coli Matériel & méthodes Antibiogramme Isolement sur milieu MacConkey Identification par Mini Galerie des Entérobactéries et Api20E (Bio-Mérieux) Extraction de l’ADN R S I PCR

b- Structures des régions variables des intégrons 3-Détection des gènes de résistance aux antibiotiques: tétracycline : tet(A), tet(B), tet(C) sulfonamides : sul1, sul2, et sul3 4- Etude des intégrons: a- Détection de la présence des integrons de classe 1 et de classe 2 (intI1 + intI2) b- Structures des régions variables des intégrons qacEΔ sul1 Cassette de gène Intégrase Promoteur attC amorce sens amorce anti-sens

Relations génétiques des isolats Matériel & méthodes Relations génétiques des isolats PFGE Digestion enzymatique par XbaI Analyse des pulsotypes selon les critères de Tenover et al, 1995.

Résistance aux antibiotiques Trim/Sulfaméthoxazole Résultats Résistance aux antibiotiques Antibiotique Volaille (N=81) Bovin (N=41) Ovin (N=26) Total (N=148) n (%) % Ciprofloxacine 42 34 (23) Streptomycine 77,7 63,4 42,3 100 (67,5) Acide nalidixique 55,5 2,4 7,7 48 (32,4) Amoxicilline 69,1 12,1 3,8 62 (42) Gentamicine 3,7 3 (2) Tétracycline 90,1 17  19,2 85 (57,4) Trim/Sulfaméthoxazole 71,6 4,9 60 (40,5) Amox /ac.clavul 29,6 25 (16,9) Sulphonamide 80,2 9,7 69 (46,6) Céfotaxime Céftazidime 2 (1,3) Piperacilline 22,2 18 (12,1) Ticarcilline 44,4 36 (24,3) Kanamycine 11,1 9(6)

Résultats

Résultats Une seule souche productrice de BLSE a été détectée à partir de poulet de chair: Premier cas en Tunisie

Etude moléculaire d’une collection de 88 isolats Résultats Etude moléculaire d’une collection de 88 isolats

Gènes de résistance détectés en relation avec des phénotypes de résistance Antibiotiques Gènes détéctés Tetracyclline : 78 souches résistantes 65 Aucun gène (13) Sulfonamide : 67souches résistantes 44 Aucun gène (23) tetC 1 tetA 55 tetB 15 6 sul1 sul3 sul2 1 16 6 31 3 3 1

Prévalence des intégrons Résultats Prévalence des intégrons 60/88 (68%): intégrons+ intI1 : 59 intI2 : 2 intI1 + intI2 : 2

Différents arrangements de gènes cassettes des intégrons de classe 1 Résultats Différents arrangements de gènes cassettes des intégrons de classe 1 Intégron de classe 2 : la structure classique des intégrons classe 2 aadA1 IntI2 dfrA1 sat

Résultats Corrélation entre la résistance aux antibiotiques et la présence des intégrons Antibiotique Pourcentage de résistance en relation avec la présence d’intégron Intégron-positif (%) Intégron-négatif (%) Streptomycine 52,2 25 Acide Nalidixique 42 10,2 Amoxicilline 47,7 18,1 Tétracycline 65,9 22,7 Trim/Sulfam 56,8 11,3 Amoxi/ac.cla 4,5 Sulphonamide 60,2 15,9 Céfotaxime 3,3 3,6 Céftazidime Ticacilline 43,3 35,7 kanamycine 13,3 Ciprofloxacine 46,6 21,4

Corrélation entre la multirésistance et la présence des intégrons Résultats Corrélation entre la multirésistance et la présence des intégrons Nombre de famille d’antibiotique dont les souches sont résistantes <2 3 4 >5 Intégron-positif (n=60) 2 10 16 32 Intégron-négatif (n=28) 12 6

Grande diversité génétique : Les souches ne sont pas clonale Résultats Phylogénie : PFGE Grande diversité génétique : Les souches ne sont pas clonale

Conclusion 1- Résistance élevé à : La streptomycine (67,5%), la tétracycline (57,4%), le sulphonamide (46,6%), l’amoxicilline (42%), aux triméthoprime-sulfaméthoxazole (40,5%) et l’acide nalidixique (30,8%) ; 2- La résistance aux antibiotiques est plus importante chez les isolats aviaires que les isolats d’origine bovine et ovine, probablement liée aux pratiques d’élevages intensifs avicoles et à la forte utilisation des antibiotiques dans ce secteur; 3- Association entre présence d’intégrons et multirésistance aux antibiotiques

Perspectives  Etude génétique approfondie d’une collection plus importante ; Recherche des gènes de virulence pour déterminer la relation virulence-résistance aux antibiotiques ; Etablissement d’un système de surveillance de la résistance aux antibiotiques en médecine vétérinaire. Sensibilisation des responsables du secteur avicole par les problèmes de l’antibiorésistance