BCM311 - TP de biochimie II Automne 2017

Évolution des TPs - vers autonomie BCM111 - TP conventionnel – projet décrit, méthodes données, matériel préparé BCM311 - TP semi autonome – projet décrit, méthodes données

Pourquoi des T.P. semi-autonomes Rendre autonome Apprendre à planifier Apprendre à évaluer des résultats Apprendre de ses erreurs Comprendre ce que vous faites Mime la vraie vie

T.P. semi-autonome - fonctionnement préparation des solutions par équipe par table par groupe entretien des appareils labo partagé avec d'autres cours continu des tiroirs/tâches/tâches par table étiquetage des échantillons entreposés dîner préparation et distribution

Plan de la présentation équipe de support Plan de cours - dans mes mots BCM311 - les séances fonctionnement et ressources formation des équipes pause café sécurité - vidéo

Équipe de support Professeur: Daniel Lafontaine (D8-3064) Coordonnateur: Will Home (D8-2059) Auxiliaires d'enseignement: Jade Degrandmaison (ATCase) Jade Degrandmaison (biomol) Fanny Lapointe (LDH) Techniciennes: Chantal Masse (ATCase+biomol) Lucie Paradis (LDH)

Plan de cours - objectif général faciliter l’acquisition des connaissances sur le métabolisme et les macromolécules biologiques cycle de Cori LDH foie muscle sang

Objectifs spécifiques mieux connaître les grandes voies métaboliques établir les relations qui existent entre ces voies métaboliques connaître et appliquer les techniques modernes de la biochimie

Objectifs spécifiques développer l'esprit d'analyse et de synthèse porter un jugement sur les résultats de ses expériences apprendre à communiquer des informations scientifiques

Les laboratoires journées complètes en laboratoire 3 gros laboratoires de 2-3 jours chacun sujets différents laïus (D7-2016) préparation des solutions manipulations (+analyses) ménage/tâches/tiroir/vérification du cahier dîner

ATCase 2 journées (14 et 21 septembre) préparation de l'enzyme cinétique allostérique

ATCase - contrôle d'activité

ATCase - cinétique Vmax/2 +ATP native +CTP

Biologie moléculaire 3 journées (28 septembre, 5 + 12 octobre) préparation d'ADN plasmidique enzymes de restriction (carte de restriction) PCR gel d'agarose extraction et analyse d’ARN de foie de lapin

Biologie moléculaire - REN et cartes

Biologie moléculaire - PCR

Biologie moléculaire - extraction d'ARNt foie de lapin

Purification de protéines 3 journées (26 octobre, 2 + 9 novembre) extraction et purification de la LDH de lapin homogénéisation précipitation au (NH4)2SO4 colonne d'affinité bleu sepharose comparaison des niveaux dans les tissus "Western blot" (gel SDS-PAGE) gel natif (gel d'activité, isoenzymes)

Purification de protéines - gel SDS-PAGE LDH purifiée

Purification de protéines - gel SDS-PAGE Gel Blot LDH

Purification de protéines - gel natif

Examens deux journées (16 et 23 novembre) examen pratique examen écrit

Pondération En équipe 15% rapport ATCase 15% rapport et comptes rendus LDH 10% comptes rendus biologie moléculaire 5% cahier de laboratoire/comportement Individuel 10% travail de session 10% examen pratique 35% examen écrit À noter: heure de remise est TOUJOURS 8H30 à l'exception des comptes rendus de biologie moléculaire et du travail de session modification de la note: limite d'une semaine après la remise

Pondération - plagiat mentionnez vos sources déclaration d'intégrité

Travail de session protocole pour la purification d’une enzyme Objectifs: travailler individuellement utiliser la littérature scientifique (bien choisir votre article = tiré d'un bon journal ≠ « tiré de The Journal of the Indian Potato Association) analyser un article scientifique voir autres techniques de purification

Travail de session - l'hypothèse votre patron pense faire des études sur l'enzyme assignée vous demande de faire les recherches préliminaires sur les méthodes de purification et de dosage

Travail de session trouvez un article récent (après 1991) sur comment purifier une enzyme assignée faut être de la source originale (c.-à-d. pas de clonage/expression) résumer la méthode de purification résumer la technique pour la doser liste du matériel requis (c.-à-d. non-commun) vérifiez si la protéine a déjà été clonée

Travail de session - organisation 6 sections 1. Introduction 2. Purification (organigramme) 3. Quantification (dosage) 4. Matériel 5. Discussion 6. Documentation

Travail de session - détails Dates attribution 8 septembre approbation de l’article 5 octobre remise 16 novembre À noter: 16 nov = examen pratique 23 nov = examen écrit + rapport LDH

de la même façon… le rapport d'ATCase est à remettre le 5 octobre problème - durant la période des intras solution - commencer tôt (surtout intro et M+M)

Cahier de laboratoire/comportement 5% de la note finale lien direct avec la qualité des rapports organisé + clair rédigé au laboratoire (c.-à-d. protocole + résultats – utilisez des tableaux) faire vérifié + signé avant que vous quittiez voir détails dans les notes de cours

Cahier de laboratoire utilisez des tableaux De quoi ??

Cahier de laboratoire - tableaux C'est quoi ??

Cahier de laboratoire exemples de calculs présence des unités à toutes les étapes réponse claire avec les unités

Cahier de laboratoire si vous faites une erreur...

Fonctionnement et ressources site internet

Fonctionnement - comportement appareils en commun banc paillasse (faire approuver avant de quitter) laїus verrerie

Verrerie verrerie sale pipettes sales

Verrerie enlever les bouchons des bouteilles enlever les pieds des cylindres gradués enlever toutes les étiquettes immédiatement rincer toute trace d’agarose récupération

Verrerie enlever les bouchons des bouteilles enlever les pieds des cylindres gradués enlever toutes les étiquettes immédiatement rincer toute trace d’agarose récupération

Verrerie récupération de verre (alors pas une poubelle) verre brisée éprouvettes jetables

Fonctionnement - ménage quotidien labo partagé avec d'autres cours listes de matériel/tâches au début du cahier (à cocher chaque journée) avant de partir sera vérifié

Fonctionnement - ménage quotidien

Fonctionnement - ménage quotidien

Fonctionnement - ménage quotidien

Fonctionnement - ménage quotidien

Fonctionnement - ménage quotidien labo partagé avec d'autres cours listes de matériel/tâches au début du cahier (à cocher chaque journée) avant de partir sera vérifié embouts ne pas mettre dans le tiroir boîte moitié vide - retournez au buffet boîte vide - remplissez (gants) et envoyer à stériliser

Ménage quotidien Vos solutions sont étiquetées (cours, date, contenu, No d'équipe, initiales) et à 4oC (places désignées par cours et table). Manque d’échantillon = perte de points. La verrerie utilisée est rincée et déposée dans les bacs de verrerie sale. Les boîtes d'embouts vides sont remplies (portez des gants, envoyé à la'stérilisation). Les bacs de glace sont vidés.

Ménage quotidien Les poubelles de table sont vidées (remplacer le sac seulement si sale). Tout matériel se retrouve dans les tiroirs dans les quantités indiquées. Les instruments sont fermés, propres et rangés. Remplir les flacons laveurs. Les paillasses sont propres - désinfectant.

Ménage quotidien Les bancs sont replacés sous les tables. Vos effets personnels partent avec vous. Vos mains sont propres.

Fonctionnement - retards pas tolérés laïus commence à 8h30 (porte sera fermée) remise des travaux - 8h30 (sauf biomol et TS) note = 0 si en retard

Fonctionnement - préparation longues journées arriver préparé: lecture -notes de cours -site web (changements, consignes) -calculs (au besoin) écouter pendant le laїus

Jour 1 - ATCase I lecture préparatif section d’Introduction générale théorie du laboratoire ATCase révision de cinétique (Annexe I, site web) protocoles pertinents (I-III, p. 14-16) télécharger le logiciel GraphPad toujours apporter vos portables solutions à préparer calculs de [carbamyl asparte] pour la courbe standard et [aspartate] pour les dosages

logiciel pour faire les graphiques GraphPad logiciel pour faire les graphiques il faut le télécharger sur votre portable http://aide.med.usherbrooke.ca/cgi-assist/assist?p=126

GraphPad

GraphPad

GraphPad …et simplement suivre les instructions

Jour 1 - ATCase I lecture préparatif section d’Introduction générale théorie du laboratoire ATCase révision de cinétique (Annexe I, site web) protocoles pertinents (I-III, p. 14-16) télécharger le logiciel GraphPad toujours apporter vos portables solutions à préparer calculs de [carbamyl asparte] pour la courbe standard et [aspartate] pour les dosages

Jour 1 - ATCase I lecture préparatif section d’Introduction générale théorie du laboratoire ATCase révision de cinétique (Annexe I, site web) protocoles pertinents (I-III, p. 14-16) télécharger le logiciel GraphPad toujours apporter vos portables solutions à préparer calculs de [carbamyl asparte] pour la courbe standard et [aspartate] pour les dosages

Jour 1 - préparation du cahier achat noms, # équipe, # des pages, table de matières/tâches/inventaire titre date objectif référence protocole écrit AU LABORATOIRE

Fonctionnement - sécurité acides-bases entreposage de concentrés produits chimiques centrifuges et rotors

Sécurité – évitez les situations semblables

Sécurité - analyse de risques 4 questions à poser avant une expérience Quels sont les risques? Quelles sont les pires choses qui pourraient arriver? Comment est-ce que je dois me préparer? Quels sont: -les mesures de précaution -les outils de sécurité -l’équipement de protection à prévoir pour minimiser les risques?

Sécurité - personnelle porte de sarrau obligatoire porte de lunettes de sécurité obligatoire 1 minuteur/étudiant (cellulaire)

Sécurité - personnelle porte de pantalons longs porte de soulier à talons plats et fermées aux 2 bouts (sandales) port de gants appropriés (au besoin, jamais avec le bruleur, changez-les souvent)

Fonctionnement - sécurité vente été hier et aujourd'hui à 8h D8-2019 6 ou 8 $ 14$ 22/23$ (régulières; par-dessus) (nitrile, bte de 250)

Sécurité - personnelle brûlure chimique - NaOH 1M (brûlure grave en moins de 15 secondes)

Fonctionnement - sécurité - ressources SSMTE (santé et sécurité en milieu de travail et d'études)

Fonctionnement - sécurité règlements (p. Introduction-10) BCM111: Annexe 4 - sécurité en laboratoire Internet: http://santesecuritebiologie.espaceweb.usherbrooke.ca Installations évacuation 811

Fonctionnement - sécurité règlements (p. Introduction-10) BCM111: Annexe 4 - sécurité en laboratoire Internet: http://santesecuritebiologie.espaceweb.usherbrooke.ca Installations évacuation Vidéo: « Sécurité en laboratoire » (30 min) 811

Sécurité - cellulaires en labo

Sécurité - cellulaires en labo Dans le plan du cours « Le défaut de respecter les consignes de sécurité entraînera automatiquement une pénalité de 5 points applicable sur la note finale pour une première infraction…»

Compte rendu LDH I - solutions 1 par équipe (p.LDH-69) remettre la semaine prochaine (8h30)

Compte rendu LDH I - solutions 1 par équipe (p.LDH-67) remettre la semaine prochaine (8h30) Attention quantités (faut que ça soit réalisable, au besoin utiliser des solutions mères, etc.) certaines solutions peuvent être utilisées comme solutions mères détails de la préparation précautions à prendre

Compte rendu LDH I - solutions plusieurs solutions sont dans du Tris-Cl 50mM pH 7,4 (et seulement 10 ml est demandé) simplement dissoudre le peu de grammes du produit requis dans ce tampon ne pas peser le Tris de nouveau à chaque reprise respecter le volume demandé

Solutions dans TRIS-Cl 50 mM pH 7,4 Ex.: 10 ml de Tris-Cl 50 mM pH 7,4 / NADH 1mM 10 ml Tris-Cl 50 mM pH 7,4 7,1 mg NADH et non 60,6 mg Tris Dissoudre dans <10 ml, ajuster pH à 7,4, compléter le volume à 10 ml avec de l'eau. Pas évident avec 10 ml !

Dilutions 1/5 et 1:5 même chose = 1 volume + 4 volumes solvant, car on voit le mot dilution Solutions 1:5 si on voit le mot solution (e.g. pour CCM) 1:5 = 1 part + 5 parts des 2 composées (c.-à-d. un rapport des volumes) Ex. solvant pour CCM des lipides en BCM111 30 : 34 : 8 : 35 CHCl3 Et2O H20 triéthylamine

Rappels - semaine prochaine remettre compte rendu LDH#1 (1/équipe) apporter vos portables télécharger GraphPad sur vos portable (instructions dans les notes de cours) calculs de [carbamyl asparte] et [aspartate] avoir vos lunettes de sécurité, gants. sarraus et minuteurs cahier

BCM311 - Questions ? Automne 2013 Automne 2017

Formation des équipes formations des équipes pause de 15 min vidéo sur sécurité en laboratoire