INVESTIGATION D’UN EPISODE EPIDEMIQUE DU HYGIENE ET ECOLOGIE MICROBIENNE Année 2018-2019

POURQUOI INVESTIGUER UNE EPIDEMIE ? Son éclosion n’est pas le fait du hasard Elle traduit un déséquilibre entre l’agent, l’hôte et l’environnement Il faut comprendre ce qu’il s’est passé pour Maîtriser l’épidémie Améliorer les connaissances sur la maladie Maîtriser les risques « Eduquer » à la prévention des épidémies

PREAMBULE Epidémies d’IAS = 2 à 5% des IAS Situations de crise => AGIR VITE ! (biais de mémoire) Intérêts de l’investigation : Stopper l’épidémie Prévenir un nouvel épisode Améliorer la connaissance des voies de transmission des agents infectieux lors des soins Réactualiser des pratiques Impliquer les soignants dans la prévention des épidémies

PREAMBULE - 2 Stopper l’épidémie Prévenir un nouvel épisode Mettre en place des mesures de contrôle Mettre en place des mesures de prévention Quoi ? Pourquoi ?

Parfois un bon épisode épidémique change plus les comportements que bien des formations…

DE LA NECESSITE A INVESTIGUER Gravité potentielle (morbidité, mortalité) Risque de diffusion Conséquences en termes d’activité de soins (arrêt d’une activité, fermeture temporaire d’une unité de soins); à l’heure de la T2A… Conséquences médico-légales (responsabilité de l’établissement ou du professionnel de santé) La nécessité de la mise en place d’un système d’intervention spécifique en cas d’IN s’impose pour plusieurs raisons : La gravité potentielle en termes de morbidité et de mortalité attribuables; Le potentiel d’extension en l’absence de maîtrise de la diffusion; Les conséquences en termes d’activité de soins (arrêt d’une activité, fermeture temporaire d’une unité de soins); Les conséquences médico-légales éventuelles en termes de responsabilité de l’établissement de soins.

Epidémie d’IAS : facteurs favorisants - 1 Concentration importante de patients à haut risque d’infection Etat général du patient Age > 60 ans Affection grave ou état infectieux antérieur Grabataires, immunodéprimés, traitements immunosuppresseurs Antibiothérapie à large spectre Gestes invasifs

Epidémie d’IAS : facteurs favorisants - 2 Non respect des mesures élémentaires d’hygiène Type d’établissement : CHU et CH Type de service : chirurgie, réanimation, grands brûlés, néonatologie

Quelques définitions Investigation Source Mode de transmission Processus rapide, limité dans le temps Différent du système de surveillance et de la recherche scientifique Source Point d’émergence de l’agent en cause Ponctuelle ou persistante Source commune ou transmission humaine ? Mode de transmission Support contribuant à la diffusion de l’agent pathogène Eau, aliment, air, homme, DM, etc.

Définition de l’épidémie - 1 Plus d’un cas d’une maladie (infection) en un temps et un lieu donnés qu’à l’accoutumée Plus Combien ? Plus = trop ? Existe-t-il un seuil d’alerte ? Infection connue ou non ? Unités de lieu et de temps définies Accoutumée : suppose un niveau de base connu

Définition de l’épidémie - 2 Augmentation temporo-spatiale du nombre d’infections causées par un même agent infectieux (caractère clonal pour une souche bactérienne ou fongique, même sérotype ou génotype pour un virus) lors d’une exposition à une même source ou lors de l’existence d’une transmission croisée, dans le même espace géographique pendant une période de temps définie. Prévenir et surveiller les IAS – Sept 2010

Définition de l’épidémie - 3 Augmentation significative de la fréquence d’une maladie au-delà de ce qui est observé habituellement. Le concept d’épidémie ne repose donc pas sur des critères microbiologiques mais sur des critères épidémiologiques.

EXEMPLES Epidémie de gastro-entérite à Salmonella enteritidis secondaire à une contamination alimentaire touchant 50% de patients d’une unité ayant consommé le même menu Infections à Enterobacter sakazakii chez des nouveau- nés ayant consommé du Pregestimil® préparation pour alimentation des nourrissons Nombre inhabituellement élevée d’ISO dans un service de chirurgie, avec des germes différents, en relation avec une mauvaise désinfection du site opératoire Cas groupés de séroconversion pour le virus de l’hépatite B ou de l’hépatite C dans des centres de dialyse en relation avec le non-respect des précautions standard

répond également aux critères de définition d’une épidémie La survenue d’au moins 2 cas groupés dans le temps et l’espace d’une infection nosocomiale « remarquable » : par sa rareté ou sa gravité ou par le fait que le micro-organisme responsable soit identique dans chaque cas répond également aux critères de définition d’une épidémie

ATTENTION : ne pas confondre Epidémies vraies Pseudo épidémies = augmentation artificielle du nombre de cas observés et qui peuvent être liées à une erreur de diagnostic, à un changement de la définition de cas dans le cadre d’une surveillance ou au changement de modalités de prélèvements ou de techniques au niveau du laboratoire.

Epidémie légionellose ? NON : Antigène urinaire !!

Cas Région Tranche d’âge Sexe Date Site isolement Raison du prélvt Un exemple d’épidémie «nationale » à Salmonella enterica subspecies diarizonae Cas Région Tranche d’âge Sexe Date Site isolement Raison du prélvt 1 Sud Ouest 50-60 M 01 2008 Biopsie médiastin systématique 2 Paris 70-80 F KTA 3 Intra artic. 4 60-70 02 2008 Hématome paroi abdo. 5 03 2008 KTVC 6 Nord Ouest Nv-né ? 05 2008 Liq. Gastr. 7 20-30 04 2008 Liq.pleural 8 Sud Est KTO 9 Nord Est Crachats 10 Plaie cutanée

NON : CONTAMINATION DE GELOSES Hypothèses ? Alimentaire ? Transmission de personne à personne ? Transmission nosocomiale ? Matériel chirurgical commun contaminé ? NON : CONTAMINATION DE GELOSES DE MOUTON

Objectifs de l’investigation Evaluer le problème Décrire l’épidémie Déterminer la population à risque Formuler des hypothèses Proposer des mesures de contrôle Déterminer l’agent responsable Localiser la source Identifier le mode de transmission

Objectifs de l'investigation - 2 Dédramatiser la situation !!! Informer Communiquer Dépassionner les débats Déculpabiliser les acteurs Une cellule de crise peut être nécessaire En interne À l’extérieur

Etapes de l’investigation PHASE DESCRIPTIVE Evalue les « a priori » sur la cause éventuelle Quelle(s) hypothèse(s) tester ? PHASE ANALYTIQUE Recherche étiologique Tester les hypothèses

LES 10 ETAPES Phase descriptive Phase analytique Affirmer la réalité de l’épidémie Confirmer le diagnostic Définir les cas Identifier les cas et collecter les information Décrire l’épidémie (temps, lieu, personne) Formuler les hypothèses Tester les hypothèses Vérifier la cohérence biologique Communiquer les résultats Mettre en place les mesures de contrôles et de prévention Phase descriptive Phase analytique

PREPARER L’INVESTIGATION Apprécier le contexte Géographique, médiatique, institutionnel, politique,.. Prévoir qui doit être informé de la situation Partenaires, autorités,.. Rechercher de la documentation Estimer les moyens disponibles pour investiguer Répartir le travail Obtenir des autorisations officielles

ETAPE 1 : AFFIRMER L’EXISTENCE D’UNE EPIDEMIE Observer N cas observés > N cas attendus sur le même lieu et la même période Comparer Attendus = données de la surveillance Enquêtes hospitalières, laboratoires, etc. Attention Aux variations saisonnières Notifications accrues Diagnostic plus fréquent (technique) Augmentation de la population Pseudo infection (contamination de laboratoire)

AUTHETIFIER l’EPIDEMIE Repérer le cas index (1er cas apparent) Rechercher les cas dans la période qui a précédé le cas index et compter le nombre de patients hospitalisés pendant cette période => Calcul du taux d’incidence endémique et du taux d’incidence épidémique

ETAPE 2 : CONFIRMER LE DIAGNOSTIC Rencontrer les médecins Examiner quelques patients Revoir des dossiers Visiter les laboratoires Revoir les procédures Confirmer les résultats Elimine les erreurs Améliore la perception du problème Augmente la crédibilité

Confirmation du diagnostic Examens de laboratoire Sérologie Isolement de l’agent causal, typage Tous les cas n’ont pas besoin d’être confirmés, il suffit d’observer Mêmes signes cliniques dans tous les cas 10 à 20% de cas vérifiés par examens de laboratoire Exemples : épidémies de grippe ou de gastro entérites virales

ETAPE 3 : DEFINIR LES CAS Etape fondamentale Définition d’un cas Outil pour le décompte de cas = base de l’investigation Repose sur plusieurs critères objectifs Cliniques simples et précis (et/ou) Paracliniques / biologiques (examens de certitude) Epidémiologiques (Temps Lieu Personne)

Remarques - 1 Risques liés au choix de la définition Inclure des faux cas – trop sensible Exclure des vrais cas – trop spécifique Des critères simples et précis font en général les meilleures définitions de cas en évitant des symptômes non spécifiques comme malaises, maux de ventre, etc. Peuvent évoluer au cours de l’épisode

Remarques - 2 Pour des maladies connues Pour des maladies mal connues Prendre la définition officielle internationale (ex : la rougeole) Pour des maladies mal connues Privilégier la sensibilité de la définition Plusieurs niveaux de certitude Certain ou confirmé Probable : critères cliniques et épidémiologiques Possible ou indéterminés : critères cliniques seuls

Exemple Epidémie de salmonellose à S.enteritidis Cas certain : diarrhée + fièvre > 38°5 + douleurs abdominales + culture positive Cas probable : diarrhée + fièvre > 38°5 + douleurs abdominales Cas possible : 2 des 3 signes ci-dessus

ETAPE 4 : RECHERCHER LES CAS TRAVAIL DE TERRAIN Sources d’information : Signalements internes Services de soins Laboratoires Établissements d’aval Recueil d’informations (1 questionnaire / cas) Démographiques Cliniques et biologiques Temporelles Toutes informations jugées UTILES (FR, exposition commune)

Exemple : syndrome hémolytique et urémique (SHU) 2011 22/06/2011 : signalement de l’HIA Bordeaux 6 cas de diarrhée sanglante et 2 cas de SHU admis aux urgences entre le 16 et le 21/06/2011 7 cas hospitalisés dont 2 en néphrologie au CHU Alerte ARS et InVS Contexte : Epidémie d’infection à E.coli 0104:H4 En Allemagne : 4321 cas dont 852 SHU et 50 décès Dans 13 autres pays de l’EU : 76 cas dont 49 SHU et 1 décès Quelques cas aux EU et Canada

Définition de l’infection à E.coli producteur de toxines (STEC) Diarrhée sanglante 5 à 8% évolution vers un SHU Lésions rénales 1/3 des cas Réservoir : TD des bovins Transmission : alimentaire, contact inter humain, contact avec bovins Incubation : 3 à 8 jours Touche surtout enfants En France : 100 cas > 15 ans /an – surtout les 0-2 ans

Phase descriptive 24/06 : résultats des 1ères investigations 2 cas confirmés à STEC 0104:H4 Enquête exploratoire : source de l’infection possible – repas commun lors de la journée portes ouvertes du 8/06/2011 du centre de loisirs de la petite enfance à Bègles – eau ou aliments Large médiatisation de l’annonce des résultats Déclenchement d’une alerte européenne

Phase descriptive Définition des cas : Population d’études Participant aux portes ouvertes Présentant un SHU ou une diarrhée sanglante ou une diarrhée avec > 3 selles /j d’au moins 2 jours Début de signes entre le 8 et 23/06 Confirmation des cas par isolement STEC 0104:H4 ou sérologie Population d’études Tous les participants (200 personnes) Envoi d’un courrier d’information le 28/06

ETAPE 5 : DECRIRE L’EPIDEMIE ORGANISER LES DONNEES : TLP Nombre de cas , taux d’attaque (confirme l’épidémie) Temps : courbe épidémique Lieu : Distribution géographique Personne : Caractéristiques individuelles RIGUEUR

TEMPS – courbe épidémique Début et fin de l’épidémie – durée Distribution des cas e onction du temps Identification des pics Appréciation de l’évolution de l’épidémie Premières hypothèses Nature de l’agent Source Mode de transmission Période de contamination Période d’incubation

Pic Cas index début fin Durée

Exemples de courbes épidémiques Nb de cas Source commune brève : présence d’un pic épidémique Source commune intermittente : plusieurs pics Transmission croisée : pas de pic Possibilité de courbes mixtes : source commune puis transmission inter-humaine (Exemple : TIAC à hépatite A)

Exemple : spondylodiscite à M Exemple : spondylodiscite à M. xenopi Courbe épidémique selon la date d’intervention 20

Tableau synoptique

LIEU Où sont hospitalisés les patients ? Où ont-ils été exposés ? hôpital, service, chambre Où ont-ils été exposés ? Bloc, consultation, radiologie, etc. Positionner sur une carte Nuage de points Identifier les zones à risque Identifier les personnes exposées

Répartition spatiale des cas

PERSONNES : caractéristiques individuelles Age, sexe, antécédents (facteurs de risque), motif d’hospitalisation, provenance, décès, antibiothérapie, procédures invasives Numérateur : cas Dénominateur : population hospitalisée pendant la période Calcul du taux d’attaque : cas/population Identification des populations à risque

Informations selon le type d’infection Pneumopathie Assistance respiratoire, trachéotomie, aspirations trachéales, maladie pulmonaire chronique, fibroscopie, etc.. Infection urinaire : Sondage à demeure ou itératifs

Informations selon le type d’infection Infections du site opératoire Site anatomique de l’intervention Durée de l’intervention Lieu de l’intervention Opérateur(s) Bactériémies Cathéters veineux ou artériels, centraux ou périphériques Sonde urinaire, respiratoire, gastrique Alimentation parentérale Immunodépression

En parallèle : enquête environnementale Alimentaire Eau, milieux liquides Air Dispositifs médicaux Audits de pratiques Prélèvements environnementaux et/ou chez le personnel

Enquête microbiologique - 1 Prélèvements orientés sur les sources ou réservoirs présumés Patients, environnement (surfaces, air, eau), personnel Exemples

Enquête microbiologique - 2 Typage du micro-organisme Confrontation des souches isolées chez les malades et de la source Souche unique ou souches multiples Marqueurs épidémiologiques Phénotypiques Génotypiques Phénotypiques : s’adressent à un élément de la structure bactérienne Biotypie Sérotypie Lysotypie Bactériocinotypie Toxinitypie Antibiotypie Génotypiques : moléculaires Profil plasmidique Électrophorèse des protéines Ribotypage Typage par PCR (Polymerase Chaine Reaction)

Exemple du SHU 169 personnes interrogées sur les 173 identifiées 102 femmes (60%) et 67 hommes (40%) – 81 enfants et 88 adultes 24 cas épidémiques Taux d’attaque : 14% (18% femmes, 9% hommes) 18 femmes et 6 hommes ; 2 enfants et 22 adultes 7 SHU, 5 diarrhée sanglante, 12 diarrhée 10 cas confirmés 0104:H4, 8 cas hospitalisés, 0 décès

Distribution des 24 cas selon la date de début des signes Cas confirmé 0140:H4 Cas Buffet 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22

ETAPE 6 : FORMULER UNE HYPOTHESE A partir Des informations descriptives (T L P) : éléments sur la localisation, caractérisation des groupes à risque, arguments sur la nature de la source De la connaissance de la maladie D’une étude exploratoire sur quelques cas Pour expliquer L’agent causal Sa source Sa transmission ou le véhicule La durée d’exposition Les facteurs favorisant la maladie

ETAPE 7 : TESTER l’HYPOTHESE Mettre en évidence l’exposition spécifique, le véhicule et la source 2 approches possibles : Cas témoins Cohorte rétrospective Questionnaire standardisé : expositions Confirmation éventuelle par la biologie

Enquête cas témoins Témoins issus de la même population que les cas (attention définition des cas) 1 à plusieurs témoins par cas Même questionnaire pour les cas et les témoins Comparaison des fréquences d’exposition (TE ou taux d’exposition)chez les cas vs les témoins Calcul de l’odds ratio et son IC à 95% OR = TE cas / TE témoin Ne mesure pas le taux d’attaque par exposition

Etude cohorte Calcul du taux d’attaque (TA) chez les exposés et les non exposés Comparaison directe : mesure du Risque Relatif et son IC à 95% RR = TA exposés / TA non exposés Faisable quand la population à risque est connue

Exemple SHU : enquête cohorte Variable RR CiI95% p Graines germées Gaspacho Carottes Eau en bouteille Mayonnaise Poivron vert Sexe 4,2 2,4 2,3 2,0 1,7 0,4 1,1 1,7-10,0 0,9-6,4 0,8-7,1 0,8-5,2 0,8-3,3 0,1-1,3 0,4-3,3 0,001 0,082 0,135 0,139 0,145 0,151 0,809 Type de graines germées Fenugrec Moutarde Roquette 5,1 1,9 2,3-11,1 0,6-6,0 0,000 0,268 0,153

ETAPE 8 : VERIFIER LA COHERENCE BIOLOGIQUE Forte association exposition – maladie Chronologie Relation temporelle Confronter les résultats Des observations cliniques Des examens biologiques Des études épidémiologiques Des test statistiques

ETAPE 9 : REDIGER UN RAPPORT Indispensable Oblige à faire la synthèse et permet d’apprécier le travail effectué Doit présenter les conclusions Permet de communiquer (en interne et en externe) Permet de proposer des recommandations Document légal (si plainte)

Rédaction d’un rapport et rétro-information Rapport écrit détaillé de l’ensemble de l’investigation Importance des notes d’étapes Objectifs Référence Document médico-légal Document pédagogique Publication scientifique

C’est souvent le rapport écrit qui décide les autorités à mettre en œuvre les mesures de prévention « mémoire » en santé publique Met en valeur le travail fait La rédaction est propice à la réflexion, soulever d’autres questions, d’autres idées Outil pédagogique Énumère les recommandations utilisables par les décideurs

ETAPE 10 : MESURES DE CONTROLE Ne pas attendre la fin de l’investigation Générales et parfois spécifiques Contrôle de: La source La transmission Le véhicule (produit, DM) La population à risque

Exemple SHU – mesures prises Mesures de prévention 25/06 : information des urgentistes/libéraux par l’ARS sur la CAT face à une diarrhée sanglante 27/06-04/07 : recommandations de ne pas consommer de graines germées Rappel des mesures d’hygiène et du risque de transmission secondaire Mesures de contrôle Suspension jusqu’au 31/10 de mise su le marché de lots de fenugrec importés d’Egypte entre 2009 et 2011 Retrait, destruction et suspension des graines et fèves d’Egypte distribuées sur le territoire EU avant 07/07

Mesures de prévention orientées en fonction des hypothèses - 1 Dans tous les cas : respect des précautions standard (hygiène des mains+++) Transmission croisée Mesures d’isolement adaptées en fonction du site infecté et du mode de contamination (PCC , PCR) Notion de « cohorting » Personnel dédié, sectorisation temporaire Fermeture de lits, d’unités ? Transfert de patients? Mesures d’isolement en fonction du site infecté et du mode de contamination (« aérien », « goutelettes », « contact »)

Mesures de prévention orientées en fonction des hypothèses - 2 Source commune intermittente ou brève Mesures de prévention orientées par la nature et l’écologie du micro-organisme Origine alimentaire (Ex : salmonelles) Éviction des aliments suspects Origine = dispositif médical Prélèvement et mise hors circuit

Mesures de prévention orientées en fonction des hypothèses - 3 Milieux liquides (Ex : bacille pyocyanique, EPC) Vérification ± condamnation des points d’eau Vérification des flacons d’antiseptiques, de désinfectants et des solutés de perfusion Utilisation d’un matériel à usage unique Origine aérienne (Ex : Aspergillus) Fermeture ou isolation des parties du bâtiment où sont survenus les cas (importance de la répartition spatiale)

Mesures de prévention orientées en fonction des hypothèses - 4 Contamination des surfaces Exemple: cas groupés d’infections respiratoires à A.baumannii en réanimation Transfert des patients et/ou fermeture du service pour entretien complet des locaux

Evaluation des mesures prises Nécessite de maintenir la surveillance des IN sur le lieu de survenue de l’épidémie durant quelques semaines ou quelques mois Vérifier l’arrêt de l’épidémie Détecter précocement une récidive Evaluation des procédures mise en œuvre Audit(s)

Mesures administratives - 1 Signalement externe * ARS qui transmet le signalement à SPF CCLIN Après avis du praticien hygiéniste IN à caractère « rare » ou « particulier » par rapport aux données épidémiologiques locales, régionales ou interrégionales * loi n°98-535 du 01/07/1998 relative au renforcement de la veille sanitaire décret n°2001-671 du 26/07/2001 et circulaire n°21 du 22/01/2004

Mesures administratives - 2 Déclaration obligatoire des maladies inscrites sur la liste (légionellose, TIAC, hépatite B aiguë…) Information des personnes Circulaire n°21 du 22/01/2004 Dans 4 situations A l’entrée dans l’établissement, systématiquement En fonction du niveau de risque des soins délivrés Lors de l’acquisition d’une infection nosocomiale Lors de l’exposition de plusieurs patients au même risque infectieux

Cas groupés d’épidermolyse bulleuse chez des nouveau-nés Un exemple d’épidémie Cas groupés d’épidermolyse bulleuse chez des nouveau-nés

Fin 08/2005 : signalement de 5 cas d’impétigo bulleux depuis mai chez des nouveau-nés Gravité clinique modérée – 1 souche de S.aureus Dépistage de tous les nouveau-nés à partir de septembre 2005

Hypothèses sur le réservoir Environnement Matériel Portage parmi le personnel Manuportage Contamination directe ou indirecte

Mesures ? Correctives Recherche étiologique Renforcement de l’hygiène des mains Renforcement du bionettoyage et de l’entretien du matériel Recherche étiologique Prélèvements du personnel Prélèvements environnementaux Audits de pratiques

Dépistage des nouveau-nés asymptomatiques 86 prélevés – 18 colonisés (21%) 4 porteurs de la souche épidémique dont 2 épidermolyses Nb de cas : 2 en mai 1 en juin 1 en juillet 1 fin août 3 en septembre dont 1 non lié

Résultats des investigations - environnement Souche présente dans : une chambre commune à 2 cas (barre de lits – matelas) 1 baignoire contaminée Mesures Fermeture de la chambre Changement du matelas Désinfection et détartrage de la baignoire Prélèvements de contrôle avant réutilisation

Autres investigations Audits : RAS Prélèvements du personnel 82 prélevés dont 16 porteurs de S.aureus (19,5%) 1 porteur de la souche épidémique qui a été en contact avec les enfants infectés

Un soignant porteur Recherche d’un foyer primitif (ORL, cutané) • Décontamination nasale par mupirocine + douche antiseptique 3 jours de suite • Hygiène des mains ++ • Dépistage et traitement du conjoint • Surveillance régulière (prélèvements)

Bilan fin septembre 2005 Soignant identifié et décontaminé Réservoirs environnementaux éliminés Arrêt du dépistage des nouveau-nés

Surveillance du soignant Octobre 2005 : prélèvement positif Décontamination (mupirocine + douches) • Décembre 2005 : prélèvement négatif • Janvier 2006 : prélèvement positif Portage chronique et intermittent Arrêt des prélèvements de contrôle Recommandations : Hygiène des mains ++ (SHA) Port de masque systématique

6 juin 2006 : nouveau cas ! Nouveau-né : précautions contact + TTT Soignant : toujours porteur consciencieux en matière d’hygiène Décontamination mupirocine + douche Traitement systémique : Bactrim per os Arrêt de travail jusqu’à la négativation des prélèvements

Début septembre 2006 : toujours porteur Quelle conduite à tenir ? Éviction? Changement de poste? Et le secret médical?