Atelier germes IAS 1 Dr Thierry Fosse& Dr Nicolas Degand Microbiologie - Hygiène Université de Nice- CHU Nice fosse@unice.fr & degand.n@chu-nice.fr

ENP. 2017 prévalence des germes les plus représentés (1) Cf ENP* 2017 prévalence des germes les plus représentés (1) Cf. tableau Agents infectieux * ENP Enquête Nationale de Prévalence Etude des infections associées aux soins un jour donné tous les cinq ans dans un échantillon représentatif des établissements.

ENP 2017 prévalence des germes les plus représentés (2)

ENP 2017 résistance aux antibiotiques (1)

ENP 2017 résistance aux antibiotiques (2)

Tendances ENP 2012 vs ENP 2017 http://invs.santepubliquefrance.fr/Dossiers-thematiques/Maladies-infectieuses/Infections-associees-aux-soins/Surveillance-des-infections-associees-aux-soins-IAS/Surveillance-en-incidence#panel1

Généralités : bactéries d’intérêt médical

Généralités : bactéries d’intérêt médical 3 exemples de bactéries d’intérêt médical : Staphylococcus aureus Pseudomonas aeruginosa Escherichia coli

Généralités : bactéries d’intérêt médical Staphylococcus aureus : habitat, pouvoir pathogène Commensal du rhinopharynx Nombreux facteurs de virulence (coagulase, toxines) Nb: S. aureus ≠ Staphylocoques à coagulase négative Espèce pathogène responsable d’infections : localisées suppurées (panaris, impétigo, furonculoses) Infections systémiques (choc toxique staphylococcique) Toxi-infections alimentaires (enterotoxines) Pneumonie nécrosante (production de leucocidine de Panton-Valentine= PVL) Mais aussi: Endocardite infectieuse aigue, infections ostéo- articulaires…

Généralités : bactéries d’intérêt médical Staphylococcus aureus : caractères bactériologiques Sensibilité aux antibiotiques: SASM (sensible aux bêta-lactamines) - Mais production d’une pénicillinase dans 90% des cas (résistance à la pénicilline G et à l’amoxicilline) SARM (production du gène mecA conférant une résistance croisée à toutes les bêta-lactamines) - Epidémiologie des SARM: cf. chapitre spécifique

Généralités : bactéries d’intérêt médical Staphylococcus aureus : caractères bactériologiques – cocci Gram + en amas (tous les Staphylocoques) – Pigmentation « dorée » des colonies en culture S. aureus ≠ Staphylocoques « blancs »

Généralités : bactéries d’intérêt médical Pseudomonas aeruginosa : habitat, pouvoir pathogène Espèce environnementale : Ubiquitaire : Eau douce stagnante, sol, végétaux Environnement hospitalier: Eau, éviers, humidificateurs, respirateurs A l’origine d’infections opportunistes Bactériémies (contexte nosocomial, immunodépression) infections sur matériel (Biofilm) Infections pulmonaires: mucoviscidose, BPCO Otite maligne externe Infections des brûlés Surinfections de plaies chroniques (ulcères, escarres)

Généralités : bactéries d’intérêt médical Pseudomonas aeruginosa: caractères bactériologiques – Bacille gram négatif long, fin – Etat frais : mobilité +++ (de type polaire, rectiligne)

Généralités : bactéries d’intérêt médical Pseudomonas aeruginosa: caractères bactériologiques En culture: bactérie aérobie stricte Optimum thermique: 30°C Colonies métalliques Pigment vert: Pyoverdine Colonies mucoïdes (biofilm)

Généralités : bactéries d’intérêt médical Pseudomonas aeruginosa: caractères bactériologiques Résistance à de nombreux antibiotiques (et certains antiseptiques) – Parfois situations complexes d’antibiothérapie (multi-résistance) Très nombreux facteurs de virulence (dont Pyoverdine, enzymes, toxines, etc…)

Généralités : bactéries d’intérêt médical Escherichia coli : habitat, pouvoir pathogène Espèce commensale du tube digestif (entérobactérie) Espèces pathogènes à l’origine d’infections le + souvent communautaires : Urinaires (cystites, pyélonephrites, prostatites) Digestives (péritonite, angiocholite, infection liquide d’ascite) Méningite néonatale (Escherichia coli sérogroupe K1) Souches entéroinvasives (EIEC) (diarrhée glairo-sanglante) souches productrices de shiga-toxines (EHEC) responsable du SHU (Syndrome hémolytique et urémique) Mais aussi infections nosocomiales (infections sur sondes, empyèmes post-opératoires, PAVM etc…)

Généralités : bactéries d’intérêt médical Escherichia coli: caractères bactériologiques – Examen direct: BGN « bipolaire » – Etat frais : mobilité péritriche

Généralités : bactéries d’intérêt médical Escherichia coli: caractères bactériologiques En culture: bactérie aéro-anaérobie Optimum thermique à 37°C (commensal de l’homme) Sensibilité aux antibiotiques: variable (fonction d’acquisition de gènes de résistance) Phénotype sauvage sensible à tout Phénotype BMR par acquisition de bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE) Cf. chapitre spécifique: épidémiologie des BMR

Généralités : bactéries d’intérêt médical Staphylococcus aureus Pseudomonas Escherichia coli catégorie commensal saprophyte habitat rhinopharynx environnement (eaux stagnantes) tube digestif Gram cocci Gram + en amas BGN long et fin BGN "bipolaire" mobilité immobile mobilité "polaire" mobilité péritriche respiration Aérobie-anérobie Aérobie strict

Reception / Enregistrement Coloration de MGG: Analyse cytologique Coloration de Gram: Visualisation des bactéries Ensemencement Incubation: 37°C pendant 2-15 jours (aérobiose, anaérobiose)

le diagnostic bactériologique au bloc opératoire Analyse des cultures : Etudes des colonies bactériennes isolées Culture de S. aureus Culture de P. aeruginosa Culture de E. coli (milieu enrichi non selectif) (milieu enrichi non selectif) (milieu enrichi non selectif) Description morphologique: taille, pigmentation, hémolyse Identification des bactéries d’intérêt médical Réalisation d’antibiogramme à partir des colonies isolées

le diagnostic bactériologique au bloc opératoire Identification bactérienne: – spectrométrie de masse 1 colonie bactérienne isolée Obtention d’un spectre de masse spécifique d’espèce Ici: identification: Escherichia coli

le diagnostic bactériologique au bloc opératoire Antibiogramme: colonies isolées ensemencées sur milieu de culture En présence d’antibiotiques colonies isolées antibiotiques (disques) milieu de culture pour antibiogramme

diamètres d’inhibition Distribution des disques antibiotiques Lecture des diamètres d’inhibition Incubation 18h - 24h (37 °C ) Inhibition de la croissance bactérienne visible (bactériostase) Catégorisation clinique en fonction du diamètre d’inhibition « I » : intermédiaire « R »: Résistant « S »: Sensible

Technique dépistage: exemple milieu MRSA select (BioRad) Milieu à forte concentration en sels Mélange antibiotique-antifongique Substrat chromogène, clivé par une enzyme spécifique de S aureus → colonies roses = SARM

Quelles sont les espèces bactériennes saprophytes de la peau potentiellement contaminantes? Staphylococcus epidermidis Staphylococcus aureus Staphylococcus saprophyticus Propionibacterium acnes Micrococcus luteus Acinetobacter lwoffi

Staphylococcus epidermidis Staphylococcus aureus Quelles sont les espèces bactériennes saprophytes de la peau potentiellement contaminantes? Staphylococcus epidermidis Staphylococcus aureus Staphylococcus saprophyticus Propionibacterium acnes Micrococcus luteus Acinetobacter lwoffi A, D, E et F

Infection et geste invasif Mr X, 72 ans Infiltration de corticoïdes retard dans l’articulation de l’épaule (arthrose) au cabinet du rhumatologue 5 jours plus tard : arthrite de l’épaule, culture positive à SASM (S. aureus sensible méticilline) Traitement chirurgical, antibiothérapie de plusieurs mois, séquelles articulaires Infection nosocomiale? Responsabilité de ce germe? Orientation thérapeutique et prise en charge hygiène?

Documentation microbiologique Mr Z, 22 ans Accident de moto sur le périphérique de Bordeaux Perte de connaissance, fractures multiples Intubation sur la voie publique par le SAMU, transfert en réanimation 3 jours plus tard : pneumopathie sous ventilation mécanique à S. aureus et H. influenzae Infection nosocomiale? Responsabilité de ces germes? Orientation thérapeutique et prise en charge hygiène?

Cas clinique n°3 Patient de 60 ans hospitalisé en unité de soins intensifs de cardiologie depuis 3 semaines après chirurgie cardiaque (pose de prothèses valvulaires) Présente des douleurs au niveau du point d’entrée d’un cathéter veineux au pli du coude droit Examen: rougeur, exsudat purulent au niveau du point d’entrée, fièvre à 39°c, frissons, tension 120/90. Infection nosocomiale? Comment mettre en évidence le germe responsable? Orientation thérapeutique et prise en charge hygiène?

Cas clinique n°3 Epidémiologie des infections à S. aureus: En ville: le plus souvent oxacillino-sensible (traitement probabiliste par pénicilline M) A l’hôpital: souvent oxacillino-résistant (traitement probabiliste par pénicilline M à adapter à l’antibiogramme indispensable): aucune béta-lactamine n’est utilisable En cas d’oxacillino-résistance, les résistances associées sont fréquentes (fluoroquinolones..) Si SARM mesures hygiène spécifiques

Infections urinaires Patiente De..Si.. (F) 81 ans Ehpad EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE DES URINES Origine : Urine 2°jet EXAMEN DIRECT : Aspect légérement trouble Leucocytes >1.000.000 /ml Hématies absence Coloration de Gram nombreux(ses) bacilles gram- CULTURE : positive Compte de Kass : 10*6 UFC /ml Escherichia coli résistance céphalosporines 3ème génération Infection nosocomiale? Responsabilité de ce germe? Mécanisme de résistance? Orientation thérapeutique et prise en charge hygiène?

Infections urinaires Patiente Br..Jo.. (F) 85 ans Hospitalisé SSR depuis 30j EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE DES URINES Origine : Urine par sonde à demeure EXAMEN DIRECT : Aspect légérement trouble Leucocytes 75.000 /ml Hématies absence Coloration de Gram Très nombreux(ses) bacilles gram- CULTURE : positive Compte de Kass : 10*6 UFC /ml Escherichia coli résistance céphalosporines 3ème génération Infection nosocomiale? Responsabilité de ce germe? Mécanisme de résistance? Orientation thérapeutique et prise en charge hygiène?