Génétique et Evolution des Maladies Infectieuses (GEMI) Thierry de Meeûs Génétique et Evolution des Maladies Infectieuses (GEMI) UMR CNRS/IRD 2724, UR IRD 165 Equipe Evolution des Systèmes Symbiotiques Sous-Equipe Structure Génétique et Adaptations dans les Systèmes Symbiotiques Centre IRD de Montpellier 911 Avenue d'Agropolis, B.P. 64501 34394 Montpellier Cedex 5, France. Tel (33) 4 67 41 63 10 Secrétariat (33) 4 67 41 61 97 Fax (33) 4 67 41 62 99 E-mail: demeeus@mpl.ird.fr http://gemi.mpl.ird.fr/cepm/SiteWebESS/Fr/deMeeus/EnseignMeeus.html

Méthodes directes Méthodes indirectes

Proportions de Hardy-Weinberg f( ) = + = p f( ) = q f( ) = p² ; f( ) = 2pq ; f( ) = q²

Altérations des proportions de Hardy Weinberg Déficits en hétérozygotes Taenia solium Nasonia vitripenis Endogamies Sous dominance Effet Wahlund Rh-Rh- Rh+Rh- Homogamie Causes techniques Allèles nuls Dominance des allèles courts

Altérations des proportions de Hardy Weinberg Excès d'hétérozygotes Superdominance Hétérogamie Anémie falciforme et Plasmodium falciparum HLA Clonalité Candida albicans Biais de dispersion sexe spécifique Ixodes ricinus Hétérosis Schistosoma

Les F-Statistics de Wright Fis Fst Estimations RAPPEL: Variance: s² = [1/n].Si[(xi-x)²] ; s² = [1/(n-1)].Si[(xi-x)²] Estimateurs f et θ de Weir & Cockerham

Déséquilibres de liaison Locus 2 11 12 13 14 22 23 24 33 34 44 n 11/11 11/12 11/13 11/14 … 12/11 12/12 12/13 12/14 13/11 13/12 13/13 13/14 14/11 14/12 14/13 14/14 15 15/11 15/12 15/13 15/14 etc… 25 35 45 55 Locus 1 Mesures multilocus

Structure d'une Population Taille des Unités de Reproduction Migration

Génétique des populations d' Ixodes ricinus et borréliose de Lyme en Suisse B. burgdorferi B. valaisiana B. garinii B. afzelii

Déficits en hétérozygotes 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 IR8 IR25 IR27 IR32 IR39 All f ( F is estimator) -1 -0.75 -0.5 -0.25 0.25 0.5 0.75 1 109 111 113 115 117 119 121 123 125 127 129 131 Allele size F is (partials) 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1 111 113 115 117 119 121 123 125 127 129 131 Allele size F is pi's balanced pi's bell shaped pi's decreasing pi's increasing pi's randomised

 Distribution sexe spécifique du polymorphisme Biais de dispersion sexe spécifique des tiques  B. burgdorferi B. valaisiana B. garinii B. afzelii

Détection des Borrelia dans les tiques Pour Borrelia burgdorferi P =0.012 ss 0.08 0.07 B. burgdorferi 0.06 0.05 0.04 Prévalence of 0.03 0.02 F M Sex of the tick

Détection des borrélies dans les tiques Pour Borrelia afzelii Saines Infectées Saines Infectées 

Schistosoma mansoni et ses hôtes (rat et mollusque) en Guadeloupe Vers adultes (couple) dans la veine mésenthérique. La femelle est contenue dans le canal gynécophore du mâle Œuf évacué avec les selles de l’hôte définitif Eclosion d’une larve aquatique: miracidium Reproduction sexuée Biomphalaria glabrata mollusque d’eau douce hôte intermédiaire Emission massive de cercaires clonales Reproduction asexuée Rattus rattus (rat noir) infecté lors d’un "bain" Zone de transmission Site de transmission (arrière mangrove) Région d’étude

Co-structures génétiques Jacquot Belle-Plaine Dans-Fond Geffrier Bubelloy

Structuration sexe spécifique locale des schistosomes

Génétique des populations des Organismes clonaux ou partiellement clonaux Fis -1 Loci C=1, Nm small Fst0.5 Fis -1 Loci C=1, Nm not small Fst<<0.5 Fis -1 Loci C=[0.999-0.99], Nm small Fst>>0.5 Fis -1 Loci C=[0.99-0.95], Nm not small

Structuration de Candida albicans chez des patients HIV+ de Côte d'Ivoire