LES FLORES

L’environnement est loin d’être stérile : Évolution des germes en fonction de l’atmosphère Flores dépendent du type d’organe et de sa situation par rapport à l’extérieur (flores digestives, oropharyngées, vaginale…) Il existe des flores de l’environnement : air – terre - eau

IMPORTANCE DE LA CONNAISSANCE DES FLORES Concerne médecin, biologiste, infirmière : Lors des prélèvements : ne pas contaminer le malade ni le prélèvement  choix de l’antiseptique, hémoculture, ECBU Si pénétration de cette flore (plaie, perforation d’organe…) : antibiothérapie probabiliste adaptée à la flore résiduelle Intérêt en chirurgie : prophylaxie Ex organisation eu bloc opératoire : Changer de vêtements : flore extérieure (air, eau, hôpital…) Surchaussure : flore du sol Lavage des mains : flore cutanée, avec de l’eau filtrée : flore de l’eau Air purifié : flore aérienne Masque : flore oropharyngée  Adapter au mieux les règles d’hygiène

ROLE DES FLORES Digestion Villosités intestinales Stimulation du système immunitaire Effet barrière

FLORES HUMAINES

1 gouttelette de salive = 1 mm3  100.000 germes FLORE DIGESTIVE Salive Streptocoques alpha (salivarius, mitis…) – lactobacilles – pneumocoque Neisseiria Anaérobies : x10 aérobies Levures : Candida albicans Protozoaires : Trichomonax tenas, Endolimax gingivalis….  108 germes/ml Flore rhinopharyngée Idem + : staphylocoques Staphylocoque aureus : portage 30 %) Pneumocoque : 15 à 30 % Haemophilus : 20 % Streptocoque A : 15 % 1 gouttelette de salive = 1 mm3  100.000 germes

Duodéno-jejunum Estomac Colon Ileon Augmentation des anaérobies  102 à 104 germes /ml Estomac pH acide : bactéricidie (sauf BAAR) Problème si achlorydrie : comme la salive  10 à 100 germes/ml Colon Bactéries : 40 % du poids des selles Environ 400 espèces différentes (99 % anaérobies) Rapport ana/aérobies : duodénum : 1/1 iléon : 10/1 colon : 10 à 10 000/1 Aérobies sont les pathogènes  109 à 1011 germes/ g de selles Ileon Anaérobies +++ : Bacteroïdes Sterptocoque, entérobactéries 105 à 108 germes/ml Contenu de l’intestin grêle : 1 litre  Soit 108 germes

FLORE RESPIRATOIRE FLORE CUTANÉE Stérile à partir de la trachée Zones sèches : 102 à 104/cm2 Zones humides : 105 à 106 /cm2 Surface corporelle 2m2 108 germes sur tout le corps Résidents : corynébactéries – staphylocoque epidermidis – propionibacterium acnes… Candida (autres que albicans) Acariens Transitoire : hospitalière – pathogènes – résistance aux antibiotiques

FLORE VAGINALE pH acide : bactéricidie Lactobacilles (flore de Döderlein) Staphylocoques coagulase négative, corynébactéries Entérobactéries – streptocoques… Levures : candida Portage streptocoque B : 20 à 30 %

FLORES DE L ’ENVIRONNEMENT Eau : potable :< 100 germes/ml égouts : 105 à 107 /ml Aliments : < 100 germes /g Air : pur (Chamonix) : < 5 UFC/m3 /hôpital : 200 à 500 UFC /m3 vestaires : 103 à 105 /m3 Surfaces : propres : 5 à 50 /25 cm2 sales : 1000 à 2000/cm2 Terre : 106 à 109 /g (putréfaction) HOMO CONTAMINUS 10 fois plus de bactéries que de cellules Rhinopharynx : ½ litres rejetés par jour

MALADE PERSONNEL AIR SUPPORT INERTE SUJET PREDISPOSE

FLORES ET INFECTIONS 3 grandes classes pathogènes : intrinsèque contagion réservoir : homme malade ex : tuberculose - lèpre - syphilis - choléra - peste - fièvre typhoïde - méningocoque - gonocoque commensaux : réservoir : homme sain gradient de potentiel pathogène non spécifiques saprophytes : pathogènes possibles tétanos - gangrène gazeuse - légionellose - aspergillose

Donc infection quand : le bon germe au bon endroit en quantité suffisante Malade Virulence

MECANISME DE L ’INFECTION

RESERVOIR Modes de transmission Direct : Respiratoire Fécal oral Sexuel Vecteurs Indirect : eau, aliments, matériels souillés….. Horizontale ou verticale

INVASION adhésion  adhésines (pili, fimbriae) récepteurs cellulaires (muqueuses et biomatériaux) ubiquitaires : mannose, collagène, fibronectine, ganglioside M spécifiques d ’un tissu ou d ’un organe : duodénum et jéjunum pour E coli et choléra iléon pour salmonelle multiplication :  colonisation  formation d’un biofilm (biomatériaux)

pénétration du tissu : est alors une porte d’entrée une invasine bactérienne entre en contact avec son récepteur, une intégrine cellulaire ex : shigella au niveau de la zone de contact, modification du cytosquelette==> pseudopodes ==> ingestion de la bactérie doit se déplacer : nécessité de flagelles enzymes détruisant le tissu pour progresser : protéases - collagénases - fibrinolysines - hyaluronidases formation de galeries : par production de gaz (C perfringens) dissémination : gagnent le sang, la lymphe, les ganglions  tous les organes fixation là où existent des récepteurs lésions tissulaires (toxines, enzymes, réponse de l’hôte)

PRODUCTION DE TOXINES exotoxines multiplication locale du germe, sécrétion d’une substance (protéique) diffusant dans l’organisme, et responsable de la maladie action à faible dose sont thermolabiles ex : tétanos - choléra - diphtérie - scarlatine - TIAC (Staphylocoque aureus - botulisme) action sur une cible : ex AMPc activité endopeptidase (empêche sortie neuromédiateur) : botulisme, tétanos désorganise la membrane cytoplasmique (cytolysine) : pneumolysine, shiga like, listérioysine O signal transmembranaire (superantigène): interaction sur macrophages et lymphocytes T ==> production de cytokines +++ (fièvre, choc toxique, vomissements… endotoxines proviennent de la dégradation de la membrane externe du germe (BGN surtout ) : LPS thermostable activation du système immunitaire (activation du complément, production de cytokines+++, activation de la coagulation)

MECANISMES DE DEFENSES

Non spécifiques - Innés Barrière cutanéo-muqueuse effet barrière des flores : empêche la multiplication physique : est quasi imperméable chimique : destruction des germes (acidité, lysozyme, bile...) Elimination des germes  évacuation du bol alimentaire (selles) flux des urines tapis muco ciliaire de l’arbre respiratoire hygiène (lavage régulier) desquamation

Réponse inflammatoire Action : vasodilatation chimiotactisme  phagocytose

Induction de la production de protéines de l’inflammation (hépatique) : CRP – fibrinogène – haptoglobine…. Action directe sur les germes Formation d’une coque fibrineuse Interféron : résistance aux virus Activation du complément : activation en cascade de plusieurs enzymes, pour former une macromolécule  Conséquences cliniques et biologiques : 4 signes cardinaux locaux de l’inflammation : rougeur – oedème – chaleur – douleur - NFS : hyperleucocytose Augmentation de la vitesse de sédimentation augmentation des protéines de l’inflammation (CRP : bactéries ; interféron : virus)

Spécifiques : immunité humorale et cellulaire Fièvre Déclenchée par les substances liées au germe, ou par les mécanismes de défense Inhibe la croissance bactérienne, diminue le métabolisme si pénétration : gagne le tissu lymphoïde Spécifiques : immunité humorale et cellulaire DONC INFECTION SI : perte de substance cutanée (brûlés - escarres - plaies...) injection (KT - SAD - piqûres d’insectes...) destruction de la flore (antibiothérapie) diminution des défenses (déficits acquis ou congénitaux)

Sources Endogènes : surtout si SAD, KT… Exogènes - manuportage : fréquent, peu médiatisé endémique (respect des règles d’hygiène..) « indicateurs » : BMR - environnement : très médiatisé, rare air (aspergillus) – eau (légionelles) matériel mal décontaminé aliments (TIAC) contamination des antiseptiques, produits sanguins …

? HOSPITALISATION Infection nosocomiale Flore exogène Flore endogène Acquisition (transmission croisée) portage colonisation HOSPITALISATION infection Flore exogène Flore endogène Flore hospitalière ? Infection nosocomiale