Génétique Animale Vision et attentes vis-à-vis de Bios4Biol
La révolution des technologies de Séquençage La génomique révolutionne la manière de faire de la biologie million milliard Nb séquences en parallèle
La bioinfo : Une priorité pour GA Priorité N°2 du Schéma stratégique du Département GA : « Etudier la plasticité de la structure du génome nécessitant l’acquisition massive de données, la recherche en bioinformatique, l’ingénierie. » Priorité N°3 du Schéma stratégique du Département GA : « Etudier et gérer la composante génétique de la robustesse des animaux : Des caractères aux gènes (l’identification des leviers) »
Les éléments du puzzle Mise en place de SIGENAE Mise en place de plateforme de production de données : GeT PlaGe Partenariat avec la Plateforme Bioinformatique de Genotoul Montage de France Génomique Un CATI commun : Bios4Biol
Une nécessaire complémentarité entre recherche et ingénierie Ingénierie Génomique (plateformes) Ingénierie Génomique (plateformes) Recherche Génomique Recherche Génomique Ingénierie Bioinformatique (plateformes) Ingénierie Bioinformatique (plateformes) Recherche Bioinformatique Recherche Bioinformatique Bios4Biol
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Un nécessaire dialogue entre Biologistes et Bioinformaticiens Biologistes Bioinformaticiens
Suite à ce que j’ai entendu ce matin Statut des données : Données à usage générique : séquence de référence d’un organisme Données à usage spécifique : séquences d’individus de référence (publics ou non) Données à usage unique : clonage positionnel d’un gène d’intérêt. Les choix peuvent être différents. Choix stratégiques : Ce que l’on fait nous (et que l’on se donne les moyens de maintenir) L’adossement à une solution soutenue par d’autres (Ensembl) L’utilisation de solutions toutes faites (cloud commercial)
Une nécessaire complémentarité entre recherche et ingénierie La culture de la qualité : La satisfaction de l’utilisateur La satisfaction de l’ingénieur : Etre utile (répondre au mieux à un besoin) Rester au top dans son domaine (gérer la tension entre production et développements). Aider la recherche en bioinformatique à identifier les goulets d’étranglements nécessitant des développements nouveaux en recherche Recherche Génomique Recherche Génomique Ingénierie Bioinformatique (plateformes) Ingénierie Bioinformatique (plateformes) Recherche Bioinformatique Recherche Bioinformatique
Points d’attention C’est un gros CATI : Risque de fonctionnement à plusieurs cercles, Moins évident coté animation & gouvernance, mais potentiellement plus riche Gouvernance : Mise en commun de forces de départements partageant des mêmes objectifs Auberge espagnole CATI versus PEPI Nécessaire Structuration & Pyramidage
Points d’attention CATI Plateforme(s) CATI ≈ Plateforme CATI ≈ Objet big data génomique pluri Dpts, mais pas CATI unique sur cet objet Gros CATI mais non autosuffisant : nécessaires interactions avec d’autres CATI, d’autres EPST (France Génomique, IFB, Metabohub …). Big Data : Génomique/Bioinfo & Phénotypage & Biostatistiques