Marie-Laure Malingre URFIST de Rennes 19 Mars 2009 Introduction à la pratique des logiciels de gestion de références bibliographiques  Écoles Doctorales - Nantes Marie-Laure Malingre URFIST de Rennes 19 Mars 2009 URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique Plan 1 - Contexte d’utilisation 2 - Définition et applications 3 - Panorama général 4 - Présentation de quelques outils et méthodologie URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 1 – Contexte A la base de toute recherche : Le travail de citation Confrontation aux énoncés et travaux précédents, concernant le même sujet ou des sujets connexes crédibilité scientifique Le travail de recherche s’appuie sur un réseau de citations qui seront intégrées dans la publication Citations dans le texte Notes de bas de page Bibliographie URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 1 – Contexte d’utilisation Les principales étapes Recherche documentaire et exploration de la littérature scientifique sur le sujet de recherche Bases de données Recherche dans le web Récupération et stockage de références bibliographiques Constitution d’un corpus de références Identification et description précises des documents référencés URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 1 – Contexte d’utilisation Les principales étapes (suite) : Exploitation des références Citations dans le texte de la thèse et notes de bas de page Élaboration de la bibliographie Réutilisation des références pour d’autres travaux : communications à des congrès, articles de revues spécialisées … Mise en forme des références En conformité avec des normes d’écriture et de présentation URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 1 – Contexte d’utilisation Les normes : Norme ISO/AFNOR Norme ISO 690 (Norme AFNOR NF Z 44-005 de 1987 pour les publications imprimées, livres et publications en série, leurs parties composantes et les brevets) Norme 690-2 (Norme AFNOR Z 44-005-2) de 1998, pour les documents électroniques Protocoles spécifiques Protocole MLA (Modern Language Association of America) Protocole APA (American Psychological Association) Pratiques mises en œuvre par les universitaires et les étudiants dans leurs travaux Usages mis en place par les éditeurs de livres et de revues URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Qu’est-ce qu’un logiciel de gestion de références bibliographiques (LGR) ? Un outil spécialisé qui permet principalement : de stocker des références issues d'une recherche documentaire (par saisie manuelle ou import automatisé) d'organiser et de gérer ces références dans une base de données de formater les références selon un style donné de générer automatiquement dans une publication scientifique les citations et la bibliographie ainsi formatées. URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Typologies des LGR : Libres ou propriétaires Gratuits ou commerciaux En ligne ou à installer en local Outils individuels ou de partage Outils à forte intégration web ou outils à orientation plus bibliographique Outils professionnels ou plus basiques URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Atouts des LGR Pour le stockage et la gestion des références : facilités d’exploitation de gros corpus de références par la structuration en base de données Pour la publication : récupération des références lors de l’écriture d’un texte formatage automatique des références selon les normes d’écriture en vigueur saisie unique des données et choix d’un format d’édition Pour le suivi de la recherche documentaire : liens entre la recherche documentaire et la base personnelle URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique : « Grilles de saisie » regroupant dans des zones différenciées = champs, les éléments nécessaires à la description des documents cités description bibliographique mots clés sujet éventuellement notes de lecture Exemple d’une grille JabRef URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) : Modules de récupération de références depuis des bases de données Filtres Fichiers de connexion Exemple des filtres Refworks URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) : Gestion interne de la base Recherche dans la base Tri des références Modification des références … Exemple de recherche EndNote URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) : Modèles d’édition des références conformes aux normes de publication Styles Exemple des styles Zotero URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) : Éléments complémentaires Gestion d’objets (images, graphiques, tableaux) Passerelles vers les traitements de texte Outils de partage des référence Aides à la saisie Lien vers le texte intégral Possibilités d’annotation, de notes de lecture Fonctionnalités d’export de la base de références … URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Un grand nombre de produits Développement permanent de nouveaux logiciels Evolution et multiplication des fonctions Interfaçage avec les traitements de texte Orientation web … Des outils multi-plateformes ou non URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Quelques logiciels professionnels (commerciaux) sont bien connus et utilisés : EndNote ProCite Reference Manager RefWorks édités par Thomson ResearchSoft (ISI) de Thomson Corporation + WriteNote http://thomsonisiresearchsoft.com/ Logiciel en ligne http://www.refworks.com URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Il existe un grand nombre d’autres logiciels bibliographiques Voir par exemple la liste proposée par Jean-Pierre Lardy (URFIST de Lyon, http://urfist.univ-lyon1.fr/ > Rubrique Ressources pédagogiques): Les logiciels personnels de gestion documentaire Sur le site de Plume, fiches techniques de logiciels Le projet Eclore (en cours) propose de tester 20 logiciels Quelques exemples de logiciels gratuits à télécharger ou à utiliser en ligne Voir diapo suivante URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Quelques logiciels de bibliographie personnelle Outils gratuits (références et / ou signets web) En ligne Connotea CiteUlike Bibsonomy WizFolio (version de base) HotReference BibMe Wikindx (serveur local) En local Zotero JabRef Bibus URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Critères de comparaison et de choix proposés par Sandrine Royer-Devaux de l’Institut Pasteur : Formats de références disponibles (et possibilité d’en créer de nouveaux) Possibilité de générer une liste de références à partir d’un traitement de texte Formats d’éditions fournis (et possibilité d’en créer de nouveaux) Possibilité d’importer depuis différentes sources bibliographiques Capacité de la base Outils de recherche et de tri dans les bibliothèques de références Options URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Evaluations comparatives « Comparison of reference management software » sur Wikipedia http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software L’évaluation comparative de Francesco Dell’Orso : http://www.burioni.it/forum/ors-bfs/index.html La page de ressources de Fourmi (URFIST de Paris) sur les logiciels de gestion de références bibliographiques http://www.ext.upmc.fr/urfist/fourmi/fourmibiblio.htm URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Quelques outils à explorer : Plateformes en ligne CiteUlike Connotea WizFolio Web 2.0 Logiciels à installer en local Zotero JabRef Bibus EndNote URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie CiteUlike URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils / méthodologie CiteUlike http://www.citeulike.org/ créé en 2004 + développements ultérieurs Gestion de références en ligne gratuite (sur inscription) Sauvegarde, recherche, et partage de références d’articles / STM Fils RSS pour mettre en place une veille sur un thème ou un tag Accès possible aux 13 480 revues auxquelles CiteUlike est abonné Voir : Bibliographie collaborative avec Wikindx et CiteUlike, par Carole Giansily http://pistlr.lirmm.fr/IMG/pdf/Giansily-Wikindx-CiteUlike-23-11-07.pdf URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils / méthodologie Intégration des références dans CiteUlike 3 modes d’intégration des références : Intégration automatisée par la bookmarklet à intégrer dans le navigateur Intégration automatisée à partir d’une liste de sommaires dans CiteUlike Intégration manuelle Sources diverses : Sites d’éditeurs commerciaux (ex: Elsevier, Springer) Agrégateurs (ex: Ingenta, JSTOR) Archives ouvertes (ex: ArXiv) Librairies (ex: Amazon) Edition des références dans diverses normes : Harvard, Nature, Elsevier… URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Connotea URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Connotea http://www.connotea.org/ Lancé en 2004 par la revue Nature (Nature Publishing Group) Service en ligne gratuit Création, gestion, partage de sa bibliographie de références en ligne gratuit / accès à l’ensemble des références partagées dans Connotea Partage de signets dans le monde académique Annotation / Tags Extraction automatique de références bibliographiques Abonnement RSS aux listes des autres utilisateurs ou tags spécifiques Export des références URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Import automatique de références possible depuis : Nature.com PubMed PubMed Central Science PloS BioMed Central Supported EPrints repositories Supported Highwire Press publications Blackwell Synergy Import par filtres d’import Wiley Interscience Scitation arXiv.org Smithsonian/NASA Astrophysics Data System Amazon HubMed D-Lib Magazine + autres sources compatibles… URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie WizFolio Web 2.0 URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie WizFolio Web 2.0 https://home.wizfolio.com/ Outil de gestion de références en ligne Version de base gratuite = 100 mb ou 200 références Toutes les fonctionnalités propres à un logiciel de gestion de références bibliographiques Récupération de références à la volée (référence par référence) Localisation du texte intégral (PDF) Intégration avec Word / Windows 68 styles bibliographiques Partage des références Intégration des références d’une biliographie depuis le traitement de texte (exportable ensuite au format RIS) URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Zotero URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Zotero Depuis octobre 2006 Andrew W. Mellon Foundation Center for History and New Media George Mason University Extension du navigateur Firefox (à partir de la version 2.0) Logiciel libre et gratuit, à télecharger à partir du site http://www.zotero.org Projet de serveur Zotero (outil en ligne) URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Principales fonctionnalités de Zotero Récupération de données et constitution de la base personnelle Références multiples / Référence par référence Intégration dans les « collections » de la bibliothèque personnelle Liste de sites compatibles (ScienceDirect, SUDOC, Google Scholar, PubMed …) > voir sur la page http://www.zotero.org/index.php/translators Capture de documents web (avec métadonnées) et lien au fichier web URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Saisie manuelle de références Gestion de la base personnelle Modification de références Recherche dans la base Tri des notices Ajout de notes de lecture Ajout de tags (marqueurs) Export de la bibliothèque de références Lien de deux notices Création d’une bibliographie À partir d’une collection donnée Formatage dans une style donné (16 styles + page Repository pour les styles : http://www.zotero.org/styles ) URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Passerelle avec les traitements de texte Avec Word et Open Office Choix d’un style Insertion de citations Création d’une bibliographie L’interface de Zotero : en 3 panneaux La bibliothèque et ses collections La liste des références d’une collection donnée Le détail de la référence sélectionnée + la barre d’action et le panneau des marqueurs URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Quelques exemples : Bibus http://bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Page Spécificités : (Source Gabriel Gallezot, nov. 2007) Gratuit (GNU GENERAL PUBLIC LICENSE) MultiOS avec quelques spécificités et plusieurs développements à venir Connexion avec MsWord et OOo Import/export avec format Endnote et Bibtex Orienté « Biomed » (connexion Pubmed et EtBlast…) URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Source : G. Gallezot URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Source : G. Gallezot Insertion manuelle de référence Menu Références > Nvelle référence Fenêtre « éditeur de références » Choix du type de doc Champ auteur : Nom1, AB;Nom2, CDI;Nom3, XYZ Choix revues : attention aux abréviations … et à la saisie en général Editer une ref : double-click URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Source : G. Gallezot Recherche de références Dans la base « Bibus » Dans Pubmed Le principe des tampons Online/import URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Source : G. Gallezot Import / Export Test avec Science Direct, ProQuest, HAL (CCSD), Google Scholar … et d’autres bases ou d’autres sites (CiteUlike, Connotea) Test via Zotero (utile pour grouper des ref avant export vers Bibus) Echange de Fichier entre utilisateurs : Bibus<>Bibus, EndNote<>Bibus, … Export en HTML > lister une biblio Bien regarder les formats import/export URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Source : G. Gallezot Lien avec le traitement de texte Choix à l’installation Possibilité de changer après l’installation Edition > Préférences > Onglet « traitement de texte » ( utiliser l’ascenseur latéral) Choix du traitement de texte Ouverture du traitement de texte A partir du menu MsWord ou OOo Insérer une citation URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Source : G. Gallezot Choix du style Dépend de la communauté scientifique, des revues, de l’éditeur, … Les styles répandus > Menu « Styles » Liste de styles crées par d’autres utilisateurs (« Charger »): http://bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Bibus_Styles , http://www-cbd.ups-tlse.fr/imagerie/tech/bibus/index.php Possibilité de créer son(ses) style(s) Edition du style Citations dans le texte Bibliographie en fin de texte URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Quelques exemples : JabRef Qu’est-ce que JabRef ? Application écrite en Java, utilisant nativement le format Bibtex pour enregistrer ses données Outil gratuit et OpenSource (Licence GPL) Cf. Fiche technique du Cemagref : http://ist.cemagref.fr/tutoriaux_de_gestion_bibliographique_article363.html URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Principales fonctionnalités de JabRef Saisie des données dans les champs existant dans BibTeX (Ajout possible des champs personnalisés, génération automatique des clés BibTeX, groupement des entrées, gestion partielle des autorités) Fonctions de recherche Recherche par mots-clés Surlignage de certaines entrées Recherche par groupes / sous-groupes URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Imports de données dans JabRef : Dans les formats suivants : BibTeXML, Biblioscape, Biomail, CSA, INSPEC, ISI, JStor (tabulations), Medline, Ovid, REPEC (New Economic Paper), RIS, Refer/EndNote, Scifinder, SilverPlatter, Sixpack Bases : Web of Science (ISI), ScienceDirect et EconLit (RIS), CAB, Francis (SilverPlatter), EndNote (RIS) Option Fetch : recherche sur serveurs distants pour les bases Medline, CiteSeer URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie JabRef : Gestion du lien vers le texte intégral depuis la référence (pdf, ps, url, doi) Export : html, BibTeXML, Harvard RTF, EndNote… Citations : Liens vers éditeurs LaTeX Automatisation de l’attribution d’une étiquette BibTeX de type AuteurDate (icône baguette magique) Insertion de la référence à citer dans un fichier Latex par CTRL-K / CTRL-V {\citeToto2005} Option « Push selection » to WinEdt (éditeur LateX) URFIST Rennes, Mars 2009

Créer une base de références Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie JabRef Créer une base de références Import de données Fonctions d’export URFIST Rennes, Mars 2009

Saisie manuelle des données Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie JabRef Saisie manuelle des données URFIST Rennes, Mars 2009

Choix du type de référence Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie JabRef Choix du type de référence URFIST Rennes, Mars 2009

Saisie des données dans les champs Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie JabRef Saisie des données dans les champs URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie présence d’une image EndNote Groupes de références référence Pour voir une référence dans un style donné URFIST Rennes, Mars 2009 Nombre de références affichées sur nombre total

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie EndNote Outil commercial, professionnel Outil en local (+ un module Web lié au Web of Science) Édité par Thomson ResearchSoft (ISI) Site http://www.endnote.com Fournisseur français : Ritme, http://www.ritme.com URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Principales fonctionnalités d’EndNote Recherche documentaire et constitution de la base : Connexion directe à des bases de données distantes Intégration automatique de références sous EndNote à partir des interfaces de recherche de bases de données Import des fichiers de résultats issus de bases de données via des filtres d’import Récupération de bibliographies rédigées avec un traitement de texte Récupération de bases élaborées sous d’autres logiciels bibliographiques URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie L’organisation et l’exploitation de la documentation personnelle : Gestion des fichiers de références bibliographiques organisés au sein de bases de données, permettant : La saisie manuelle de références (aides à la saisie) et l’intégration d’objets (tableaux, graphiques); l’import de références Le lien au texte intégral La modification et la mise à jour des références La recherche dans les références Le formatage bibliographique des références L’export des données sous d’autres formats URFIST Rennes, Mars 2009

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie La rédaction et la publication scientifiques : Interface directe avec le traitement de texte Word permettant : de créer des citations dans le texte en cours de rédaction de générer une bibliographie, soit à la suite de l’article rédigé, soit indépendamment de tout texte (possibilité aussi de générer la liste des tableaux, etc.) de choisir un format d’édition déterminé = style (correspondant aux normes de présentation bibliographique des revues scientifiques) URFIST Rennes, Mars 2009