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Alicia Gehin, Charlotte Rüger, Carole Cortes. Principe du package ggplot2 Fonctions du packages Les différents Layers Exemples dutilisation.

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1 Alicia Gehin, Charlotte Rüger, Carole Cortes

2 Principe du package ggplot2 Fonctions du packages Les différents Layers Exemples dutilisation

3 Principe du package ggplot2 2 2 Présentation du package graphique ggplot2 Graphique = association dobjets : calques (basé sur Grammaire des graphiques de Wilkinson) Vocabulaire plus intuitif

4 1 ère fonction de base : qplot() 3 3 Présentation du package graphique ggplot2 x, y (fonctions de variables possibles: log (x), log (y)… data main, xlab, ylab, xlim, ylim… (arguments similaires à la fonction plot) arguments définissant la nature du graphique …

5 2 ème fonction de base : ggplot() pour aller plus loin que la fonction qplot() graphique plus complexe 4 4 Présentation du package graphique ggplot2

6 2 ème fonction de base : ggplot() 5 5 Présentation du package graphique ggplot2 Création dun objet ggplot : 2 arguments jeu de données Paramètres esthétiques du graphique : fonction aes() Graph=ggplot(data, aes(x, y, …)) Superposition de calque Graph + layer1 + layer2 …

7 Les différents types de Layers 6 6 Présentation du package graphique ggplot2 geom_x() scale_x() facet_x() stat_x() coord_x() theme_X() position_x()

8 Layers de type geom_x() 7 7 Présentation du package graphique ggplot2 qplot(T15,maxO3,data=ozone) Possibilité dajouter une courbe de tendance qplot(Ne15,maxO3,data=ozone, geom=c("point","smooth"),method=loess,span=1) Nuage de points

9 Layers de type geom_x() 8 8 Présentation du package graphique ggplot2 Boxplot qplot(vent,maxO3,data=ozone, geom="boxplot",outlier.colour = "red") Jitter qplot(vent,maxO3,data=ozone, geom="jitter",colour=vent)

10 Présentation du package graphique ggplot2 qplot(maxO3,data=ozone,geom="histogram", binwidth=10,fill=vent) qplot(maxO3,data=ozone, geom="density", fill=pluie, alpha=I(1/5))) Histogramme Courbe de densité Layers de type geom_x() 9 9,adjust=2

11 Présentation du package graphique ggplot2 Barplot Série temporelle qplot(date,unemploy/pop, data=economics, geom="line" ) Layers de type geom_x() bar=ggplot(ozone,aes(x=vent)) bar+ geom_bar (fill="grey", colour="black") 10

14 Présentation du package graphique ggplot2 Layers de type scale_x() Contrôle lapparence des points et de la légende associée au graphique Mise en correspondance entre les données et les propriétés esthétiques du geom Les propriétés esthétiques de ggplot2 : X : position de x Y : position de y Size : taille dun geom Shape : forme dun geom Linetype : type de ligne dun geom Colour/fill : couleur dun geom Alpha : transparence dun geom, O=transparent… 1=opaque Ggplot2 propose 2 différents scales (continus et discrets) pour la plupart des propriétés esthétiques Graphique: scales représentés 13

15 Layers de type scale_x() 1 1 Présentation du package graphique ggplot2 Contrôle lapparence des points et de la légende associée au graphique qplot(Nombre.annuel.de.jours.de.pluie, Précipitations.de.mai.à.aout, data = pluie, colour = Géographie)

16 Contrôle lapparence des points et de la légende associée au graphique qplot(Overall.quality, Fruity, data = wine, shape =Soil) Présentation du package graphique ggplot2 Layers de type scale_x()

17 dsub 5 & x 5 & y < 6) (d <- qplot(x, y, data=dsub, colour=z)) d + scale_colour_gradient(limits=c(3, 4), low="red", high="white") Présentation du package graphique ggplot2 Layers de type scale_x() 14

18 Le principe : diviser le jeu de données en sous ensembles Cela facilite la comparaison de sous groupes dun jeu de données. Selon si on veut le facteur en ligne ou en colonne syntaxe différente facets = facteur ~. produira un graphique multiple en lignes facets =. ~ facteur produira un graphique multiple en colonnes Présentation du package graphique ggplot2 Layers de type facet_x() 15

19 qplot(Nombre.annuel.de.jours.de.pluie, data = pluie, facets = Géographie ~., geom = "histogram") qplot(Nombre.annuel.de.jours.de.pluie, data = pluie, facets =. ~ Géographie, geom = "histogram") Présentation du package graphique ggplot2 Layers de type facet_x() 16

20 ggplot() + geom_boxplot(data=d,mapping=aes(x=opt, y=time, color=opt)) ggplot() + facet_wrap(~benchmark) + geom_boxplot(data=d, mapping=aes(x=opt, y=time, color=opt)) Présentation du package graphique ggplot2 Layers de type facet_x() 17

21 ggplot() + facet_grid(gc~benchmark) + geom_boxplot(data=d, mapping=aes(x=opt, y=time, color=opt)) Présentation du package graphique ggplot2 Layers de type facet_x() places the panels in a grid with one row for each gc and one column for each benchmark. 18

22 Layers de type stat_x() 19 Présentation du package graphique ggplot2 transformation statistiques des données avant graphique graph=ggplot(cochon, aes(x=Sexe, y=Race)) graph+stat_sum(aes(group=1))

23 Layers de type stat_x() 20 Présentation du package graphique ggplot2 transformation statistiques des données avant de faire le graphique Graph=qplot(Sexe, Lipidesg, data=cochon) graph+stat_summary(fun.data="mean_cl_normal", colour="red")

24 Layers de type coord_x() 21 Présentation du package graphique ggplot2 modification du système des coordonnées graph+coord_flip() coord_trans() graph=ggplot(ozone, aes(vent, fill=vent))+geom_bar() jdd = data.frame(a = abs(rnorm(26)),letters) graph = ggplot(jdd,aes(a,letters)) + geom_point() graph + coord_trans(x = "log10")

25 Layers de type coord_x() 22 Présentation du package graphique ggplot2 graph=ggplot(ozone, aes(x=factor(1), fill=vent))+geom_bar() +coord_polar(theta=« y »)

26 Layers de type theme_x() 23 Présentation du package graphique ggplot2 Permet daméliorer lapparence globale des graphiques en modifiant les couleurs de fond graph+theme_bw () graph+theme_gray () graph=ggplot(ozone, aes(maxO3, fill=vent))+geom_bar() theme_update(plot.background = theme_rect(fill = "yellow"))

27 Exemples dutilisation 24 Présentation du package graphique ggplot2 graph= ggplot(nba.m, aes(variable, Name)) + geom_tile(aes(fill = rescale), + colour = "white") + scale_fill_gradient(low = "white", + high = "steelblue")) Source : learnr (http ://learnr.wordpress.com/)

28 Exemples dutilisation 24 Présentation du package graphique ggplot2 par David Kahle (Rice University) https ://github.com/hadley/ggplot2/wiki

29 Conclusion 25 Présentation du package graphique ggplot2 graphiques plus design et plus complexes code plus intuitif graphique = objet

30 Merci de votre attention !

31 Références https://github.com/hadley/ggplot2/blob/master/R/aes.r plotTutorial.pdf plotTutorial.pdf content/uploads/2011/09/handout_ggplot2.pdf content/uploads/2011/09/handout_ggplot2.pdf


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