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Plateforme Métabolisme- Metabolome Conseil de la Recherche, 28 octobre 2010.

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1 Plateforme Métabolisme- Metabolome Conseil de la Recherche, 28 octobre 2010

2 Age : Officiellement inaugurée en 2006 Localisation : IBP Personnel (5) : 2 IE, 1 IR, 1 AI, 1 T (CNRS ou UPS) Prestations : isotopiques et métabol(om)iques Tutelle : IFR87 La plante et son environnement ISV INRA Moulon ESE IBP

3 Constitution de la Plateforme fin er spectromètre de masse isotopique (E. Deléens) IE UPS 2 nd spectromètre de masse isotopique (J. Ghashghaie) LCs et TOF-MS (JL Prioul G. Noctor) TOF-MS (G Tcherkez JL Prioul G Noctor) IE CNRS IE UPS AI CNRS IR CNRS (Mvt Int.) T CNRS départ Prestations isotopiques (IBP) Prestations métabolome

4 Types danalyses réalisées Isotopes ( 13 C/ 12 C, 15 N/ 14 N): Gaz ou matière organique (EA-IRMS) ou composéspurifiés (HPLC-EA-IRMS) Extraits dérivés, dans un solvant: GC-C-IRMS. Analyses à façon uniquement. Metabol(om)ique: Analyse TOF dextraits dérivés, dans un solvant : GC-TOF Quantification absolue des amino-acides et pyridine nucléotides: HPLC and UPLC Analyse TOF dextraits aqueux: LC-TOF. Axées surtout sur la spectrométrie de masse TOF ou magnétique

5 Chiffre daffaireFinancement de léquipement (cumulé sur les 6 dernières années soit ) Santé financière de la Plateforme A rajouter en : PRES UniverSud « Réseau métabolome » Techniquement, lentité financière de la Plateforme est une convention du SAIC et donc souffre du non-report des crédits dune année sur lautre Utilisation du chiffre daffaire: fonctionnement, petits renouvellements, réparations

6 Diffusion Site internet Plaquette publicitaire dinformation Séminaires et affiches de présentation Journée IFR87, Journées Inter-IFR, INRA Versailles, Réseau Français de Fluxomique,… Affiliation des articles scientifiques

7 Démarche qualité Plateforme sous démarche-qualité Manuel-qualité et maîtrise documentaire Procédures obligatoires ISO 9001 en place CDD-qualiticien 2 me semestre 2009 (contrat IFR) Amélioration hygiène et sécurité (en cours) Evaluateurs de qualité positifs Questionnaire de satisfaction client (chaque mois de Juin) Suivi de fidélité des clients Qualité scientifique : publications ( , 30 pub. indiquant la Plateforme explicitement ou dans les acknowledgements ) Qualité technique : comparaison danalyses (INRA Versailles, LSCE, fournisseur) Couverture PC&E

8 Thématiques de recherche impliquant de près la Plateforme - Membres du comité exécutif: opération et régulation du métabolisme primaire Bilans isotopiques et respiration (J. Ghashghaie) Fluxomique du métabolisme carboné primaire et respiration (G. Tcherkez) Interactions entre métabolismes du C et N (G. Tcherkez & M. Hodges) Mécanismes réactionnels denzymes-clef (G. Tcherkez) Metabolomique, signalisation oxydative et régulation (G. Noctor) -Autres équipes: caractérisations métaboliques et physiologiques, bilans de carbone des écosystèmes Caractérisation métabolique de mutants développementaux ou respiratoires ( A. thaliana, Maïs, Tabac, etc.): INRA de Versailles et du Moulon, ENS-Lyon, IBP,… Bilans carbonés isotopiques à léchelle de lécosystème et de larbre: ESE, LSCE-CEA Saclay Radioprotection et diagnostic des sites nucléaires: ISRN Qualité et résistance à la sécheresse chez le blé : Arvalis Dynamique de la sédimentation lacustre: Sc. de la Terre UPS

9 Développements envisagés 1- Optimisation informatique Données dacquisition métabolomique Extraction des données Compilation Vérifications, intégration Statistique Résultats client Archivage Base de données Consultable/interrogeable Support et facilitation du traitement de données internes Consultation des plateformes partenaires Réseau Métabolome PRES 2009 ( )

10 2- Spectrométrie RMN à vocation métabolique (et non structurale) IRMS : abondances naturelles, engagements métaboliques inférés, contributions de plusieurs sources de C ou N, etc. Aspect fluxome et compositions isotopiques positionnelles: font défaut Traçage métabolique, interactions 13 C/ 15 N ou 13 C/D, fluxome avec le marquage 13 C, phosphorylome avec la 31 P-RMN, métabolisme in vivo Projet Sésame en cours dévaluation (45% du montant) 55% restants à trouver !

11 Principaux plateaux techniques isotopiquesmétabolomiques fluxomiques/RMN métabolique ULP Strasbourg INRA/UBP Clermont INRA Bordeaux Univ. Bordeaux II Univ. Nantes -Association des différentes techniques sur une même plateforme -La fluxomique en ferait un pôle unique francilien INRA Versailles Caen Univ. Lille CEA Grenoble CEF Montpellier INRA Nancy INA-PG PMM Univ. Marseille Univ. Rennes

12 Conclusion et perspectives Plateforme qui sest bien développée ces dernières années, notamment grâce à lIFR87 et aux collectivités locales (équipement) Autonome pour financer son fonctionnement (sur marge du chiffre daffaire) mais pas pour léquipement. Budget pour équipements supplémentaires ou renouvellement : IFR 87 renouvelé : on verra sur projets (Astre, Sésame, PRES, etc.) devient urgent pour un spectro isotopique (qui a 20 ans) Potentialités du label IBISA ? extrêmes difficultés dappréhender le comité GIS-IBISA et leurs attentes


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