Plateforme Métabolisme-Metabolome

Présentation au sujet: "Plateforme Métabolisme-Metabolome"— Transcription de la présentation:

1 Plateforme Métabolisme-Metabolome
Conseil de la Recherche, 28 octobre 2010

2 La plante et son environnement
ISV INRA Moulon ESE IBP Tutelle : IFR87 La plante et son environnement Age : Officiellement inaugurée en 2006 Localisation : IBP Prestations : isotopiques et métabol(om)iques Personnel (5) : 2 IE, 1 IR, 1 AI, 1 T (CNRS ou UPS)

3 Constitution de la Plateforme
Prestations isotopiques (IBP) Prestations métabolome fin 1er spectromètre de masse isotopique (E. Deléens) 2nd spectromètre de masse isotopique (J. Ghashghaie) LCs et TOF-MS (JL Prioul G. Noctor) TOF-MS (G Tcherkez JL Prioul G Noctor) IE UPS IE UPS IE CNRS T CNRS AI CNRS départ IR CNRS (Mvt Int.)

4 Axées surtout sur la spectrométrie de masse
Types d’analyses réalisées Isotopes (13C/12C, 15N/14N): Gaz ou matière organique (EA-IRMS) ou composés purifiés (HPLC-EA-IRMS) Extraits dérivés, dans un solvant: GC-C-IRMS. Analyses à façon uniquement. Metabol(om)ique: Analyse TOF d’extraits dérivés, dans un solvant : GC-TOF Quantification absolue des amino-acides et pyridine nucléotides: HPLC and UPLC Analyse TOF d’extraits aqueux: LC-TOF. Axées surtout sur la spectrométrie de masse TOF ou magnétique

5 Financement de l’équipement
Santé financière de la Plateforme Chiffre d’affaire Financement de l’équipement (cumulé sur les 6 dernières années soit €) A rajouter en : PRES UniverSud « Réseau métabolome » Techniquement, l’entité financière de la Plateforme est une convention du SAIC et donc souffre du non-report des crédits d’une année sur l’autre  Utilisation du chiffre d’affaire: fonctionnement, petits renouvellements, réparations

6 Diffusion  Site internet  Plaquette publicitaire d’information  Séminaires et affiches de présentation Journée IFR87, Journées Inter-IFR, INRA Versailles, Réseau Français de Fluxomique,…  Affiliation des articles scientifiques

7 Plateforme sous démarche-qualité
Manuel-qualité et maîtrise documentaire Procédures obligatoires ISO 9001 en place CDD-qualiticien 2me semestre 2009 (contrat IFR) Amélioration hygiène et sécurité (en cours) Couverture PC&E Evaluateurs de qualité positifs Questionnaire de satisfaction client (chaque mois de Juin) Suivi de fidélité des clients Qualité scientifique : publications ( , 30 pub. indiquant la Plateforme explicitement ou dans les acknowledgements) Qualité technique : comparaison d’analyses (INRA Versailles, LSCE, fournisseur)

8 Thématiques de recherche impliquant de près la Plateforme
- Membres du comité exécutif: opération et régulation du métabolisme primaire Bilans isotopiques et respiration (J. Ghashghaie) Fluxomique du métabolisme carboné primaire et respiration (G. Tcherkez) Interactions entre métabolismes du C et N (G. Tcherkez & M. Hodges) Mécanismes réactionnels d’enzymes-clef (G. Tcherkez) Metabolomique, signalisation oxydative et régulation (G. Noctor) Autres équipes: caractérisations métaboliques et physiologiques, bilans de carbone des écosystèmes Caractérisation métabolique de mutants développementaux ou respiratoires (A. thaliana, Maïs, Tabac, etc.): INRA de Versailles et du Moulon, ENS-Lyon, IBP,… Bilans carbonés isotopiques à l’échelle de l’écosystème et de l’arbre: ESE, LSCE-CEA Saclay Radioprotection et diagnostic des sites nucléaires: ISRN Qualité et résistance à la sécheresse chez le blé : Arvalis Dynamique de la sédimentation lacustre: Sc. de la Terre UPS

9 Développements envisagés
1- Optimisation informatique Support et facilitation du traitement de données internes Consultation des plateformes partenaires Réseau Métabolome PRES 2009 ( €) Données d’acquisition métabolomique Base de données Consultable/interrogeable Archivage Extraction des données Compilation Vérifications, intégration Statistique Résultats client

10 2- Spectrométrie RMN à vocation métabolique (et non structurale)
IRMS : abondances naturelles, engagements métaboliques inférés, contributions de plusieurs sources de C ou N, etc. Aspect fluxome et compositions isotopiques positionnelles: font défaut Traçage métabolique, interactions 13C/15N ou 13C/D, fluxome avec le marquage 13C, phosphorylome avec la 31P-RMN, métabolisme in vivo  Projet Sésame en cours d’évaluation (45% du montant) 55% restants à trouver !

11 Principaux plateaux techniques
isotopiques métabolomiques fluxomiques/RMN métabolique Caen Univ. Lille CEA Grenoble CEF Montpellier INRA Nancy INA-PG ULP Strasbourg Univ. Rennes INRA Versailles PMM Univ. Nantes INRA/UBP Clermont Univ. Bordeaux II INRA Bordeaux Association des différentes techniques sur une même plateforme La fluxomique en ferait un pôle unique francilien Univ. Marseille

12 Conclusion et perspectives
 Plateforme qui s’est bien développée ces dernières années, notamment grâce à l’IFR87 et aux collectivités locales (équipement)  Autonome pour financer son fonctionnement (sur marge du chiffre d’affaire) mais pas pour l’équipement.  Budget pour équipements supplémentaires ou renouvellement : IFR 87 renouvelé : on verra sur projets (Astre, Sésame, PRES, etc.) devient urgent pour un spectro isotopique (qui a 20 ans)  Potentialités du label IBISA ? extrêmes difficultés d’appréhender le comité GIS-IBISA et leurs attentes