Génétique et Evolution des Maladies Infectieuses (GEMI)

Présentation au sujet: "Génétique et Evolution des Maladies Infectieuses (GEMI)"— Transcription de la présentation:

1 Génétique et Evolution des Maladies Infectieuses (GEMI)
Thierry de Meeûs Génétique et Evolution des Maladies Infectieuses (GEMI) UMR CNRS/IRD 2724, UR IRD 165 Equipe Evolution des Systèmes Symbiotiques Sous-Equipe Structure Génétique et Adaptations dans les Systèmes Symbiotiques Centre IRD de Montpellier 911 Avenue d'Agropolis, B.P 34394 Montpellier Cedex 5, France. Tel (33) Secrétariat (33) Fax (33)

2

3 Méthodes directes Méthodes indirectes

4

5 Proportions de Hardy-Weinberg
f( ) = + = p f( ) = q f( ) = p² ; f( ) = 2pq ; f( ) = q²

6 Altérations des proportions de Hardy Weinberg
Déficits en hétérozygotes Taenia solium Nasonia vitripenis Endogamies Sous dominance Effet Wahlund Rh-Rh- Rh+Rh- Homogamie Causes techniques Allèles nuls Dominance des allèles courts

7 Altérations des proportions de Hardy Weinberg
Excès d'hétérozygotes Superdominance Hétérogamie Anémie falciforme et Plasmodium falciparum HLA Clonalité Candida albicans Biais de dispersion sexe spécifique Ixodes ricinus Hétérosis Schistosoma

8 Les F-Statistics de Wright
Fis Fst Estimations RAPPEL: Variance: s² = [1/n].Si[(xi-x)²] ; s² = [1/(n-1)].Si[(xi-x)²] Estimateurs f et θ de Weir & Cockerham

9 Déséquilibres de liaison
Locus 2 11 12 13 14 22 23 24 33 34 44 n 11/11 11/12 11/13 11/14 … 12/11 12/12 12/13 12/14 13/11 13/12 13/13 13/14 14/11 14/12 14/13 14/14 15 15/11 15/12 15/13 15/14 etc… 25 35 45 55 Locus 1 Mesures multilocus

10 Structure d'une Population Taille des Unités de Reproduction
Migration

11 Génétique des populations d' Ixodes ricinus et borréliose de Lyme en Suisse
B. burgdorferi B. valaisiana B. garinii B. afzelii

12 Déficits en hétérozygotes
0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 IR8 IR25 IR27 IR32 IR39 All f ( F is estimator) -1 -0.75 -0.5 -0.25 0.25 0.5 0.75 1 109 111 113 115 117 119 121 123 125 127 129 131 Allele size F is (partials) 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1 111 113 115 117 119 121 123 125 127 129 131 Allele size F is pi's balanced pi's bell shaped pi's decreasing pi's increasing pi's randomised

13  Distribution sexe spécifique du polymorphisme
Biais de dispersion sexe spécifique des tiques  B. burgdorferi B. valaisiana B. garinii B. afzelii

14 Détection des Borrelia dans les tiques
Pour Borrelia burgdorferi P =0.012 ss 0.08 0.07 B. burgdorferi 0.06 0.05 0.04 Prévalence of 0.03 0.02 F M Sex of the tick

15 Détection des borrélies dans les tiques
Pour Borrelia afzelii Saines Infectées Saines Infectées 

16 Schistosoma mansoni et ses hôtes (rat et mollusque) en Guadeloupe
Vers adultes (couple) dans la veine mésenthérique. La femelle est contenue dans le canal gynécophore du mâle Œuf évacué avec les selles de l’hôte définitif Eclosion d’une larve aquatique: miracidium Reproduction sexuée Biomphalaria glabrata mollusque d’eau douce hôte intermédiaire Emission massive de cercaires clonales Reproduction asexuée Rattus rattus (rat noir) infecté lors d’un "bain" Zone de transmission Site de transmission (arrière mangrove) Région d’étude

17 Co-structures génétiques
Jacquot Belle-Plaine Dans-Fond Geffrier Bubelloy

18 Structuration sexe spécifique locale des schistosomes

19 Génétique des populations des Organismes clonaux
ou partiellement clonaux Fis -1 Loci C=1, Nm small Fst0.5 Fis -1 Loci C=1, Nm not small Fst<<0.5 Fis -1 Loci C=[ ], Nm small Fst>>0.5 Fis -1 Loci C=[ ], Nm not small

20 Structuration de Candida albicans chez des patients HIV+ de Côte d'Ivoire