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INTEGRATION DES PIPELINES D’ANALYSE Projet e-Biogenouest Porteur : Olivier Collin (IRISA) – Animateur : Yvan Le Bras (IRISA) Tester une approche e-Science.

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1 INTEGRATION DES PIPELINES D’ANALYSE Projet e-Biogenouest Porteur : Olivier Collin (IRISA) – Animateur : Yvan Le Bras (IRISA) Tester une approche e-Science en Sciences de la vie Proposer une structuration e-Science dans le Grand Ouest

2 LE PROTOTYPE E-BIOGENOUEST Un environnement virtuel de recherche en sciences de la vie

3 Une application e-Science : Le VRE Environnement de Recherche Virtuel Portail web Données Logiciels Ressources de traitement Utilisateurs Communauté Collaboration Une propriété essentielle : la flexibilité

4 e-infrastructure test : le VRE eBiogenouest

5 HUBzero Portail EMME Portail Galaxy

6 La collaboration Le HUB eBGO HUBzero pour partager les connaissances et gérer les groupes et projets Informations 149 utilisateurs 76 Projets 48 Groupes 531 ressources … RechercherExplorerUploaderAnalyserVisualiserAnalyserVérifierPublierReviewerQuestionnerDiscuterCollaborer

7 La collaboration eBGO : Collaboration

8 La collaboration eBGO : Collaboration Partage de ressources

9 La collaboration eBGO : une porte d’entrée vers l’e-Infrastructure Une porte vers les outils du VRE

10 La collaboration eBGO : Collaborons Groupes, projets, forums, …

11 La collaboration eBGO : Gestion de groupes

12 La collaboration eBGO : Gestion de projets

13 La collaboration eBGO : Gestion de projets Gestion de tâches

14 La collaboration eBGO : Profil de membre

15 La gestion des données et métadonnées RechercherExplorerUploaderAnalyserVisualiserAnalyserVérifierPublierReviewerQuestionnerDiscuterCollaborer EMME suite ISA tools pour enregistrer données et métadonnées Protocoles existant Métabolomique Protéomique Génomique Bio-informatique Protocoles sur mesure Colorimétrie Dosage d’ions plasmatique …

16 La gestion des données et métadonnées EMME suite ISA tools : isacreator configurator Protocoles existant Métabolomique, Protéomique, Génomique Protocoles sur mesure Bio-informatique, Protéomique ICPL, …

17 La gestion des données et métadonnées EMME suite ISA tools : isacreator Login

18 La gestion des données et métadonnées EMME suite ISA tools : isacreator Choix de la configuration

19 La gestion des données et métadonnées EMME suite ISA tools : isacreator Ouverture / création d’un projet

20 La gestion des données et métadonnées EMME suite ISA tools : isacreator Choix d’un projet préexistant

21 La gestion des données et métadonnées EMME suite ISA tools : isacreator Description du projet I..

22 La gestion des données et métadonnées EMME suite ISA tools : isacreator Description d’une étude du projet IS..

23 La gestion des données et métadonnées EMME suite ISA tools : isacreator Description d’une expérience de l’étude du projet ISA

24 La gestion des données et métadonnées EMME suite ISA tools : isacreator Validation de l’ISAtab ISA

25 La gestion des données et métadonnées EMME suite ISA tools : isacreator Conversion de l’ISAtab ISA

26 La gestion des données et métadonnées EMME suite ISA tools : isacreator Création de l’ISArchive ISA

27 L’analyse de données GALAXY by GenOuest pour analyser et partager les données Informations jobs 105 utilisateurs Plus de 800 outils -NGS -Génomique des populations -Génétique quantitative -Protéomique -Nombreux utilitaires -… RechercherExplorerUploaderAnalyserVisualiserAnalyserVérifierPublierReviewerQuestionnerDiscuterCollaborer

28 L’analyse de données Galaxy by GenOuest : Traitement de l’ISArchive Upload de l’ISArchive

29 Un début de structuration e-Science? Galaxy by GenOuest : Récupération des données Téléchargement des données brutes pointées par les URL

30 Un début de structuration e-Science? Galaxy by GenOuest : workflow Présentation du workflow

31 Un début de structuration e-Science? Galaxy by GenOuest : workflow Sélection des fichiers et paramètres d’entrée du workflow

32 Un début de structuration e-Science? Galaxy by GenOuest : Analyse des données Exécution du workflow

33 Pour les scientifiques en sciences de la vie et environnement Optimiser son temps (programmation vs compréhension) Préserver (données et processus analytiques) Accéder, partager et visualiser de n’importe où Une aide à la gestion de projet … Pour les développeurs Faciliter l’utilisation des outils : Bioinfo Recherche Service Accélérer la mise en production Pour la gestion des infrastructures Optimiser l’utilisation (stockage, calcul et réseaux…) Infrastructure pour la donnée infastructure de données Buts

34 Merci de votre attention Y. Le Bras et al. Towards a Life Sciences Virtual Research Environment : an e-Science initiative in Western France. JOBIM Cyril Monjeaud Olivier Collin La plate-forme Bio-informatique GenOuest Le groupe Symbiose IRISA/INRIA GenOuest-Dyliss-Genscale Entrée du VRE : Référence : Projet INCa NGS Rennes : Génomique fonctionnelle intégrée et biomarqueurs -Marie de Tayrac -Jean Mosser Génétique Somatique des Cancers -Alexandra LESPAGNOL -Birama NDIAYE Plateforme Génomique Santé Biogenouest -Marc AUBRY


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