Bases de données mito pb conceptuels et pb ergonomiques.

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1 Bases de données mito pb conceptuels et pb ergonomiques

2 BDD: pourquoi ? BDD: pourquoi ? ° incontournable : imposée par le financeur pour la tutelle politico-technocratique, BDD = - preuve que le demandeur a le matériel d’étude. - pré-structuration logique du travail - Saisie chiffrée de l’activité et des besoins ° BDD déjà présentes à l’état +/- sauvage Administration, DSI… personnelles: tableaux word, excel … ° puisque BDD incontournable:  autant la rendre fonctionnelle pour objectifs médico-scientifiques?

3 Objectifs médico-scientifiques d’une BDD mito pour CRMR  retrouver facilement des dossiers, des résultats, à partir de critères divers.  partager l’information en réseau local (+/- multicentrique)  Recherche clinique: requêtes basiques, analyse croisée, extraction d’ensembles syndromiques, corrélations gen/phen…  (+ si affinité: substitution totale au dossier)

4 Contraintes  Logiques  techniques  Financières  Humaines

5 Contraintes humaines persuader l’utilisateur que persuader l’utilisateur que - pas un « travail de secrétariat » - pas compliquer sa vie: * substitution à base perso pour travail # * insertion naturelle dans son emploi du temps * gains de temps divers * facilitation relations inter-disciplines - ratio investissement/rentabilité: favorable à court terme  période d’adaptation accompagnée

6 Adapter BDD aux impératifs humains: quelle durée raisonnable par dossier ?  Limiter nombre d’onglets/ items à renseigner  Structuration logique  Ne renseigner que les items informatifs pour ce dossier  «un onglet= une page (surface plein écran)»  Cliquer plutôt que dactylographier  Ouverture automatique de menus optionnels  Objectif pour primo-consultant: 5 mn ?

7 « Temps Utile par Dossier »: dépend du site Sites de référence (ex NEM) quatre onglets = quatre informateurs : ° onglet « infos générales »: secrétariat (?) ° onglet Clinique:clinicien (couplage à consult ) ° onglet Imagerie: radiologue (couplage à CR radio ) ° onglet Bioch spécialisée-BM: Biologiste (couplage à rendu de résultat) Site où un seul PH renseigne la BDD: possibilité de ne renseigner que les entités génériques possibilité de ne renseigner que les entités génériques

8 Contraintes logiques Mitochondrie = - pathologie polymorphe, multisystémique, intensité variable - Multiplicité des fonctions biologiques - Limites imprécises: -Maladies OXPHOS Diabète(s)Diabète(s) ParkinsonParkinson Sclérose latérale amyotrophique, CMTSclérose latérale amyotrophique, CMT CancersCancers Inflammations génétiques…Inflammations génétiques… - atteinte primitive/ atteinte secondaire ?  nombre élevé d’items cliniques de dossiers

9 Apoptosis and mitochondria Peut on délimiter la pathologie mitochodriale?

10 BDD mito Concepts ergonomie gènes nucléaires -Option 1: dactylographier le gène, mémorisé dans un thésaurus international entré dans la base. Non disponible! - Option 2 listing alphabétique des gènes N à destinée mito  menu déroulant avec 2000 entités?.. -Option 3 Catégories génériques de gènes  combien de catégories, lesquelles ?

11 Gènes nucléaires: comment catégoriser les fonctions mitochondriales? - Catégorie princeps: CR s-u enzym assemblage, régulation.. - Machinerie mtDNA et transcrits replication/reparation/transcription mtDNA Translation : Processing tRNA, ribosomal proteins … - Fonctionnement mitochondrial canaux ioniques/potentiel membranaire targeting/ translocation de petites molécules de protéines de protéines fusion, fission, déplacement - Fonctions cellulaires à maillons mitochondriaux Apoptose homéostasie calcium homéostasie ROS (reactive oxygen species)

12 BDD existantes: gdes caractéristiques fusion ou interopérabilité?  BDD « C Béroud/P Reynier » biochimie corrélations gen/phen dossiers résolus simplicité ergonomique, plasticité  BDD microsoft (Access) unicentre: Bicêtre, Nice..  BDD Grenoble : ?  BDD Cemara option DHOS pour saisie activité CRMR recherche génétique à p de phénotypes

13 Diverses bases existantes  Bases 4D en langage SQL:  interopérabilité théorique Condition n°1: entités sémantiques identiques +/- facile: bioch, enzymo, gènes.. Difficultés: clinique

14 Base Cemara Mito  quatre onglets ° onglet « infos générales »: secrétariat (?) ° onglet Clinique:clinicien (couplage à consult ) ° onglet Imagerie: radiologue (couplage à CR radio ) ° onglet Bioch spécialisée-BM: Biologiste (couplage à rendu de résultat)

15 Base Cemara Mito  Clinique: quelles sont les entrées pertinentes?