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URFIST Rennes, Mars 20091 Introduction à la pratique des logiciels de gestion de références bibliographiques Écoles Doctorales - Nantes Marie-Laure Malingre.

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1 URFIST Rennes, Mars Introduction à la pratique des logiciels de gestion de références bibliographiques Écoles Doctorales - Nantes Marie-Laure Malingre URFIST de Rennes 19 Mars 2009

2 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique Plan 1 - Contexte dutilisation 2 - Définition et applications 3 - Panorama général 4 - Présentation de quelques outils et méthodologie

3 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 1 – Contexte A la base de toute recherche : Le travail de citation Confrontation aux énoncés et travaux précédents, concernant le même sujet ou des sujets connexes crédibilité scientifique Le travail de recherche sappuie sur un réseau de citations qui seront intégrées dans la publication Citations dans le texte Notes de bas de page Bibliographie

4 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 1 – Contexte dutilisation Les principales étapes Recherche documentaire et exploration de la littérature scientifique sur le sujet de recherche Bases de données Recherche dans le web Récupération et stockage de références bibliographiques Constitution dun corpus de références Identification et description précises des documents référencés

5 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 1 – Contexte dutilisation Les principales étapes (suite) : Exploitation des références Citations dans le texte de la thèse et notes de bas de page Élaboration de la bibliographie Réutilisation des références pour dautres travaux : communications à des congrès, articles de revues spécialisées … Mise en forme des références En conformité avec des normes décriture et de présentation

6 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 1 – Contexte dutilisation Les normes : Norme ISO/AFNOR Norme ISO 690 (Norme AFNOR NF Z de 1987 pour les publications imprimées, livres et publications en série, leurs parties composantes et les brevets) Norme (Norme AFNOR Z ) de 1998, pour les documents électroniques Protocoles spécifiques Protocole MLA (Modern Language Association of America) Protocole APA (American Psychological Association) Pratiques mises en œuvre par les universitaires et les étudiants dans leurs travaux Usages mis en place par les éditeurs de livres et de revues

7 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Quest-ce quun logiciel de gestion de références bibliographiques (LGR) ? Un outil spécialisé qui permet principalement : de stocker des références issues d'une recherche documentaire (par saisie manuelle ou import automatisé) d'organiser et de gérer ces références dans une base de données de formater les références selon un style donné de générer automatiquement dans une publication scientifique les citations et la bibliographie ainsi formatées.

8 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Typologies des LGR : Libres ou propriétaires Gratuits ou commerciaux En ligne ou à installer en local Outils individuels ou de partage Outils à forte intégration web ou outils à orientation plus bibliographique Outils professionnels ou plus basiques

9 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Atouts des LGR Pour le stockage et la gestion des références : facilités dexploitation de gros corpus de références par la structuration en base de données Pour la publication : récupération des références lors de lécriture dun texte formatage automatique des références selon les normes décriture en vigueur saisie unique des données et choix dun format dédition Pour le suivi de la recherche documentaire : liens entre la recherche documentaire et la base personnelle

10 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Eléments constitutifs dun logiciel bibliographique : « Grilles de saisie » regroupant dans des zones différenciées = champs, les éléments nécessaires à la description des documents cités description bibliographique mots clés sujet éventuellement notes de lecture Exemple dune grille JabRef

11 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Eléments constitutifs dun logiciel bibliographique (suite) : Modules de récupération de références depuis des bases de données Filtres Fichiers de connexion Exemple des filtres Refworks

12 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Eléments constitutifs dun logiciel bibliographique (suite) : Gestion interne de la base Recherche dans la base Tri des références Modification des références … Exemple de recherche EndNote

13 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Eléments constitutifs dun logiciel bibliographique (suite) : Modèles dédition des références conformes aux normes de publication Styles Exemple des styles Zotero

14 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications Eléments constitutifs dun logiciel bibliographique (suite) : Éléments complémentaires Gestion dobjets (images, graphiques, tableaux) Passerelles vers les traitements de texte Outils de partage des référence Aides à la saisie Lien vers le texte intégral Possibilités dannotation, de notes de lecture Fonctionnalités dexport de la base de références …

15 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Un grand nombre de produits Développement permanent de nouveaux logiciels Evolution et multiplication des fonctions Interfaçage avec les traitements de texte Orientation web … Des outils multi-plateformes ou non

16 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Quelques logiciels professionnels (commerciaux) sont bien connus et utilisés : EndNote ProCite Reference Manager RefWorks édités par Thomson ResearchSoft (ISI) de Thomson Corporation + WriteNote soft.com/ soft.com/ Logiciel en ligne

17 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Il existe un grand nombre dautres logiciels bibliographiques Voir par exemple la liste proposée par Jean-Pierre Lardy (URFIST de Lyon, > Rubrique Ressources pédagogiques):http://urfist.univ-lyon1.fr/ Les logiciels personnels de gestion documentaire Sur le site de Plume, fiches techniques de logicielsPlume Le projet Eclore (en cours) propose de tester 20 logicielsEclore Quelques exemples de logiciels gratuits à télécharger ou à utiliser en ligne Voir diapo suivante

18 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Outils gratuits (références et / ou signets web) En ligne Connotea CiteUlike Bibsonomy WizFolioWizFolio (version de base) HotReference BibMe WikindxWikindx (serveur local) En local Zotero JabRef Bibus Quelques logiciels de bibliographie personnelle

19 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Critères de comparaison et de choix proposés par Sandrine Royer-Devaux de lInstitut Pasteur : Formats de références disponibles (et possibilité den créer de nouveaux) Possibilité de générer une liste de références à partir dun traitement de texte Formats déditions fournis (et possibilité den créer de nouveaux) Possibilité dimporter depuis différentes sources bibliographiques Capacité de la base Outils de recherche et de tri dans les bibliothèques de références Options

20 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Evaluations comparatives « Comparison of reference management software » sur Wikipedia _management_software Lévaluation comparative de Francesco DellOrso : La page de ressources de Fourmi (URFIST de Paris) sur les logiciels de gestion de références bibliographiques

21 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Quelques outils à explorer : Plateformes en ligne CiteUlike Connotea WizFolio Web 2.0 Logiciels à installer en local Zotero JabRef Bibus EndNote

22 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie CiteUlike

23 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils / méthodologie CiteUlike créé en développements ultérieurs Gestion de références en ligne gratuite (sur inscription) Sauvegarde, recherche, et partage de références darticles / STM Fils RSS pour mettre en place une veille sur un thème ou un tag Accès possible aux revues auxquelles CiteUlike est abonné Voir : Bibliographie collaborative avec Wikindx et CiteUlike, par Carole Giansily

24 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils / méthodologie Intégration des références dans CiteUlike 3 modes dintégration des références : Intégration automatisée par la bookmarklet à intégrer dans le navigateur Intégration automatisée à partir dune liste de sommaires dans CiteUlike Intégration manuelle Sources diverses : Sites déditeurs commerciaux (ex: Elsevier, Springer) Agrégateurs (ex: Ingenta, JSTOR) Archives ouvertes (ex: ArXiv) Librairies (ex: Amazon) Edition des références dans diverses normes : Harvard, Nature, Elsevier…

25 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Connotea

26 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Connotea Lancé en 2004 par la revue Nature (Nature Publishing Group) Service en ligne gratuit Création, gestion, partage de sa bibliographie de références en ligne gratuit / accès à lensemble des références partagées dans Connotea Partage de signets dans le monde académique Annotation / Tags Extraction automatique de références bibliographiques Abonnement RSS aux listes des autres utilisateurs ou tags spécifiques Export des références

27 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Import automatique de références possible depuis : Nature.com PubMed PubMed Central Science PloS BioMed Central Supported EPrints repositories Supported Highwire Press publications Supported Highwire Press publications Blackwell Synergy Import par filtres dimport Wiley Interscience Scitation arXiv.org Smithsonian/NASA Astrophysics Data System Smithsonian/NASA Astrophysics Data System Amazon HubMed D-Lib Magazine + autres sources compatibles…

28 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie WizFolio Web 2.0

29 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie WizFolio Web 2.0 https://home.wizfolio.com/ Outil de gestion de références en ligne Version de base gratuite = 100 mb ou 200 références Toutes les fonctionnalités propres à un logiciel de gestion de références bibliographiques Récupération de références à la volée (référence par référence) Localisation du texte intégral (PDF) Intégration avec Word / Windows 68 styles bibliographiques Partage des références Intégration des références dune biliographie depuis le traitement de texte (exportable ensuite au format RIS)

30 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Zotero

31 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Zotero Depuis octobre 2006 Andrew W. Mellon Foundation Center for History and New Media George Mason University Extension du navigateur Firefox (à partir de la version 2.0) Logiciel libre et gratuit, à télecharger à partir du site Projet de serveur Zotero (outil en ligne)

32 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Principales fonctionnalités de Zotero Récupération de données et constitution de la base personnelle Références multiples / Référence par référence Intégration dans les « collections » de la bibliothèque personnelle Liste de sites compatibles (ScienceDirect, SUDOC, Google Scholar, PubMed …) > voir sur la page Capture de documents web (avec métadonnées) et lien au fichier web

33 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Saisie manuelle de références Gestion de la base personnelle Modification de références Recherche dans la base Tri des notices Ajout de notes de lecture Ajout de tags (marqueurs) Export de la bibliothèque de références Lien de deux notices Création dune bibliographie À partir dune collection donnée Formatage dans une style donné (16 styles + page Repository pour les styles : )http://www.zotero.org/styles

34 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Passerelle avec les traitements de texte Avec Word et Open Office Choix dun style Insertion de citations Création dune bibliographie Linterface de Zotero : en 3 panneaux La bibliothèque et ses collections La liste des références dune collection donnée Le détail de la référence sélectionnée + la barre daction et le panneau des marqueurs

35 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Quelques exemples : Bibus Spécificités : (Source Gabriel Gallezot, nov. 2007) Gratuit (GNU GENERAL PUBLIC LICENSE) MultiOS avec quelques spécificités et plusieurs développements à venir Connexion avec MsWord et OOo Import/export avec format Endnote et Bibtex Orienté « Biomed » (connexion Pubmed et EtBlast…)

36 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Source : G. Gallezot

37 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Insertion manuelle de référence Menu Références > Nvelle référence Fenêtre « éditeur de références » Choix du type de doc Champ auteur : Nom1, AB;Nom2, CDI;Nom3, XYZ Choix revues : attention aux abréviations … et à la saisie en général Editer une ref : double-click Source : G. Gallezot

38 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Recherche de références Dans la base « Bibus » Dans Pubmed Le principe des tampons Online/import Source : G. Gallezot

39 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Import / Export Test avec Science Direct, ProQuest, HAL (CCSD), Google Scholar … et dautres bases ou dautres sites (CiteUlike, Connotea) Test via Zotero (utile pour grouper des ref avant export vers Bibus) Echange de Fichier entre utilisateurs : Bibus<>Bibus, EndNote<>Bibus, … Export en HTML > lister une biblio Bien regarder les formats import/export Source : G. Gallezot

40 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Lien avec le traitement de texte Choix à linstallation Possibilité de changer après linstallation Edition > Préférences > Onglet « traitement de texte » ( utiliser lascenseur latéral) Choix du traitement de texte Ouverture du traitement de texte A partir du menu MsWord ou OOo Insérer une citation Source : G. Gallezot

41 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Choix du style Dépend de la communauté scientifique, des revues, de léditeur, … Les styles répandus > Menu « Styles » Liste de styles crées par dautres utilisateurs (« Charger »): Possibilité de créer son(ses) style(s) Edition du style Citations dans le texte Bibliographie en fin de texte Source : G. Gallezot

42 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Quelques exemples : JabRef Quest-ce que JabRef ? Application écrite en Java, utilisant nativement le format Bibtex pour enregistrer ses données Outil gratuit et OpenSource (Licence GPL) Cf. Fiche technique du Cemagref : que_article363.html que_article363.html

43 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Principales fonctionnalités de JabRef Saisie des données dans les champs existant dans BibTeX (Ajout possible des champs personnalisés, génération automatique des clés BibTeX, groupement des entrées, gestion partielle des autorités) Fonctions de recherche Recherche par mots-clés Surlignage de certaines entrées Recherche par groupes / sous-groupes

44 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Imports de données dans JabRef : Dans les formats suivants : BibTeXML, Biblioscape, Biomail, CSA, INSPEC, ISI, JStor (tabulations), Medline, Ovid, REPEC (New Economic Paper), RIS, Refer/EndNote, Scifinder, SilverPlatter, Sixpack Bases : Web of Science (ISI), ScienceDirect et EconLit (RIS), CAB, Francis (SilverPlatter), EndNote (RIS) Option Fetch : recherche sur serveurs distants pour les bases Medline, CiteSeer

45 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie JabRef : Gestion du lien vers le texte intégral depuis la référence (pdf, ps, url, doi) Export : html, BibTeXML, Harvard RTF, EndNote… Citations : Liens vers éditeurs LaTeX Automatisation de lattribution dune étiquette BibTeX de type AuteurDate (icône baguette magique) Insertion de la référence à citer dans un fichier Latex par CTRL-K / CTRL-V {\citeToto2005} Option « Push selection » to WinEdt (éditeur LateX)

46 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Créer une base de références Import de données Fonctions dexport JabRef

47 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Saisie manuelle des données JabRef

48 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Choix du type de référence JabRef

49 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Saisie des données dans les champs JabRef

50 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie présence dune image référence Pour voir une référence dans un style donné Nombre de références affichées sur nombre total Groupes de références EndNote

51 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie EndNote Outil commercial, professionnel Outil en local (+ un module Web lié au Web of Science) Édité par Thomson ResearchSoft (ISI) Site Fournisseur français : Ritme,

52 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Principales fonctionnalités dEndNote Recherche documentaire et constitution de la base : Connexion directe à des bases de données distantes Intégration automatique de références sous EndNote à partir des interfaces de recherche de bases de données Import des fichiers de résultats issus de bases de données via des filtres dimport Récupération de bibliographies rédigées avec un traitement de texte Récupération de bases élaborées sous dautres logiciels bibliographiques

53 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Lorganisation et lexploitation de la documentation personnelle : Gestion des fichiers de références bibliographiques organisés au sein de bases de données, permettant : La saisie manuelle de références (aides à la saisie) et lintégration dobjets (tableaux, graphiques); limport de références Le lien au texte intégral La modification et la mise à jour des références La recherche dans les références Le formatage bibliographique des références Lexport des données sous dautres formats

54 URFIST Rennes, Mars Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils /méthodologie La rédaction et la publication scientifiques : Interface directe avec le traitement de texte Word permettant : de créer des citations dans le texte en cours de rédaction de générer une bibliographie, soit à la suite de larticle rédigé, soit indépendamment de tout texte (possibilité aussi de générer la liste des tableaux, etc.) de choisir un format dédition déterminé = style (correspondant aux normes de présentation bibliographique des revues scientifiques)


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