NOTIONS EN BACTERIOLOGIE GENERALE 2ème partie UE.2.10.S1 Dr Christine VENOT, biologiste Laboratoire GCS de Saintonge

Généralités – définitions Le diagnostic bactériologique ensemble de moyens permettant de confirmer que étiologie infectieuse est d'origine bactérienne.

DIAGNOSTIC DIRECT : DIAGNOSTIC INDIRECT : mise en évidence de la bactérie elle-même DIAGNOSTIC INDIRECT : mise en évidence de la réponse de l'organisme à l'infection par la présence d'anticorps spécifiques

DIAGNOSTIC DIRECT : prescription du clinicien : réaliser un examen cytobactériologique Ex : E.C.B.U. Examen Cyto-Bactériologique des Urines

DIAGNOSTIC DIRECT : les étapes au labo Examen direct JO examen macroscopique 2. Culture permet d’’isoler la bactérie J+2/+4 ce qui permettra l'identification ainsi que l’étude de sa sensibilité aux antibiotiques, antibiogramme.

Les étapes du diagnostic direct aspect macroscopique présence de leucocytes polynucléaires présence de bactéries : coloration de gram

Examen macroscopique :

Trouble : urine, LCR, liquide pleural ou articulaire

Hématique : urine, LCR, liquide pleural ou articulaire

Consistance : Exemple d'une selle liquide.

Examen macroscopique Examen microscopique Coloration de GRAM Etat frais Coloration de GRAM

Une préparation est obtenue avec le dépôt d'une goutte du prélèvement entre lame et lamelle, -présence de bactéries - appréciation semi-quantitative (rares, peu nombreux, nombreux, très nombreux...) ou mieux quantitative, exprimée par nombre d'éléments / mm3 ou ml ou par champ.

coloration de Gram = oriente le diagnostic

Examen après coloration de Ziehl-Neelsen: Les bacilles acido-alcoolo-résistants (BAAR) compte tenu de la composition de leur paroi sont détectés spécifiquement. Il s'agit du groupe des mycobactéries dont le bacille tuberculeux (Bacille de KOCH/BK) colorées en rouge sur un fonds bleu. EXAMEN /colorant fluorescent (auramine )

 Recherche de leucocytes (polynucléaires neutrophiles): après coloration bleu de methylène ou MGG:

Premières conclusions: Les éléments récoltés de l'examen macroscopique et surtout microscopique fournissent souvent des arguments diagnostiques de très forte présomption qui vont permettre la mise en route d'une thérapeutique adaptée. La culture ou l'isolement de l'agent causal sera, cependant, essentielle. Elle permettra l'identification ultérieure mais aussi de préciser sa sensibilité aux antibiotiques (Antibiogramme).

Examen macroscopique Examen microscopique Coloration de GRAM Etat frais/leucocytes Coloration de GRAM Examens « directs » macroscopiques et microscopiques rendu J0

Diagnostic direct "examen cyto-bactériologique" = demande J0 Examen macroscopique J0 Examen microscopique etat frais J0 après coloration Mise en culture identification J+2/J+4 antibiogramme

Identification Par ensemencement d'une galerie biochimique adaptée / automates

ANTIBIOGRAMME

DIAGNOSTIC DIRECT : La bactérie entière = identification + antibiogramme 2. Un constituant (produits) de la bactérie : . ADN bactérien par PCR, . Capsule : «antigène soluble du pneumocoque dans les urines »

DIAGNOSTIC DIRECT : mise en évidence de la bactérie elle-même DIAGNOSTIC INDIRECT : mise en évidence de la réponse de l'organisme à l'infection par la présence d'anticorps spécifiques

DIAGNOSTIC INDIRECT : sérologie  réponse de l'organisme à l'infection par la présence d'anticorps spécifiques IgG et IGM Il se base sur les conséquences induites chez l'hôte (réaction immunologique), à savoir la production d'anticorps IgM et IgG. La réaction immunitaire ne se développe qu'à partir d'un délai, de l'ordre de 8 à 10 jours.  peu utilisé pour les bactéries intérêt uniquement pour les bactéries de croissance difficile Exemple : treponema pallidium = syphilis

Notion de résistance bactérienne ANTIBIOGRAMME Notion de résistance bactérienne - Antibiogramme - Spectre clinique - les Bactéries MultiRésistantes BMR

Disques imprégnés d’ATB Absence de croissance = sensible Croissance Bactérienne = résistant Disques imprégnés d’ATB Antibiogramme = détermination de la sensibilité d’une bactérie aux antibiotiques

Réponses de l'antibiogramme à pour but le classement en catégorie clinique au nombre de trois 1/ SENSIBLE 2/ INTERMEDIAIRE 3/ RESISTANT

SENSIBLE: Les souches S , probabilité de succès thérapeutique est acceptable. On doit s'attendre à un effet thérapeutique dans le cas d'un traitement à dose habituelle par voie générale. RESISTANT: Les souches R , forte probabilité d'échec thérapeutique. On doit s'attendre à un echec thérapeutique INTERMEDIAIRE: Les souches I, succès thérapeutique est imprévisible. forment un ensemble hétérogène pour lequel la seule valeur de la CMI n'est pas prédictive

Les résistances ne s'expriment pas toujours. Interprétation de l'antibiogramme (données brutes) Les résistances ne s'expriment pas toujours. L'étude des mécanismes de résistance permet d'établir des profils de résistance. Identification de souches difficiles à identifier.

SPECTRE CLINIQUE DES ANTIBIOTIQUES (SCA) L'antibiogramme n'est pas nécessaire si il y a prise en compte du spectre clinique des antibiotiques (SCA), Pour deux classes thérapeutique (habituellement sensibles et modérément sensibles) le recours à l'antibiogramme n'est pas nécessaire, cela implique qu'il n'y aura pas d'examen cytobactériologique. La prescription d'un antibiotique sans antibiogramme prend alors en compte la faible probabilité de la présence d'un mécanisme de résistance

Ainsi 4 classes sont proposées au clinicien par espèce bactérienne: - HABITUELLEMENT SENSIBLE - MODEREMENT SENSIBLE - INCONSTAMMENT SENSIBLE - RESISTANTE

Demander un examen cyto-bactériologique avec antibiogramme est un acte quotidien, banalisé, Mais la prescription n'est pas toujours nécessaire, compte tenu de la quasi-certitude d'avoir une souche sensible aux antibiotiques.

«Je suis très inquiet à l’idée de ce qu’il adviendrait d’une population indemne jusqu’ici, si un nouvel agent infectieux, venu d’ailleurs, venait à s’y propager.» « Les maladies infectieuses ne disparaîtront jamais. Il en naîtra toujours de nouvelles; il en disparaîtra lentement quelques unes; celles qui subsisteront ne se montreront plus sous la forme que nous connaissons aujourd’hui… » Le destin des Maladies Infectieuses.1926 et 1935

Avant la découverte de la pénicilline G

Après la découverte de la penicilline G

BACTERIES MULTI RESISTANTES Aux ANTIBIOTIQUES

Les BMR ne sont plus sensible qu’à un faible nombre d’antibiotiques d’ ou risque d’impossibilité de traitement Nécessité de maitriser leur dissémination

Enjeu de santé public Le problème n’est pas que celui de l’infection mais celui de la dissémination Proportion élevée en France

Qui sont elles?

niveau de l’implication des soins dans la transmission 2 types de BMR selon le niveau de l’implication des soins dans la transmission BMR Endémiques responsables d’épidémies BMR sporadiques (rares) Autres BMR

 Acinetobacter baumanii BMR Endémiques  Staphylococcus aureus Résistant à la Méticilline SARM ou « staph Meti-R »  Entérobactéries BLSE «  E-BLSE » BMR sporadiques  Acinetobacter baumanii  Entérocoques R aux Glycopeptiques ERG Autres BMR  Entérobactéries Hyper productrice de céphalosporinase  Pseudomonas aeruginosa « pyo »

devient elles résistantes? Comment devient elles résistantes? Pression de sélection des ATB = création Dissémination

France Consommation d’antibiotique élevée en France… à l’hôpital aussi

Consommation d’Antibiotiques Pression de sélection sur les bactéries Apparition de multi résistance.

Déterminants génétiques

Déterminants génétiques Acquisition de R = acquisition d’un gène de résistance MUTATION CHROMOSOMIQUE Acquisition de matériel génétique

MUTATION CHROMOSOMIQUE 15% des R acquises Naturelles, Rares, Spontanées Spécifiques : 1 ATB / 1espèce bactérienne Sensible à la pression de sélection des ATB Apparaît sous traitement dans la population initiale Peu de transmission

Effet de la pression de sélection sur l’émergence de mutants

Antibiotique 2h

Antibiotique 4j

Déterminants génétiques MUTATION CHROMOSOMIQUE Acquisition de matériel génétique

Acquisition de matériel génétique 85% des R acquises résistances Associées à +sieurs ATB N’apparaît pas dans la population initiale Capacité > à disséminer épidémies

Transfert de matériel génétique par Conjugaison bactérienne

Effet de la pression de sélection sur l’acquisition de résistance par transfert

Effet de la pression de sélection sur l’acquisition de résistance par transfert

Effet de la pression de sélection sur l’acquisition de résistance par transfert

Effet de la pression de sélection sur l’acquisition de résistance par transfert

Transfert

Antibiotique 2h

Antibiotique 4j

sensible résistant

devient elles résistantes? Comment devient elles résistantes? Pression de sélection des ATB = création Dissémination

Dissémination par manuportage Réservoirs : excrétas : selles, urines E-BLSE, ERG écoulement, plaie SARM Fosses nasales SARM Transmission par manuportage contact direct avec patient, matériel de soins partagé, environnement proche Autre patient

Facteurs de risque d’acquisition de BMR présence dans la même unité de porteurs de BMR longue durée de séjour nombre et durée des procédures invasives ratio charge de travail en soins/personnel inadéquat

Mode de transmission Multiples vecteurs de résistances Bactéries Eléments transférables portant les gènes de R Mobilité des patients entre les Hôpitaux, entre les Hôpitaux et les collectivités (EHPAD..) Multiplications des voyages et des échanges …..mondialisation des BMR

Klebsielle pneumoniae résistante aux carbapenemes Grèce et Israël

E faecium résistant à la Vanco

SARM Staphylococcus Aureus Résistant à la Meticilline

E. Coli R aux C3G

Que faire?

Que faire? Sélection / création Bon usage des antibiotiques

Dissémination / Transmission Que faire? Dissémination / Transmission Procédures d’hygiène

Que faire? dissémination Réservoir Transmission manuportée Précautions standards Hygiène des mains / SHA Ou sont elles?... - Le plus souvent, on ne connait pas les patients porteurs de BMR : colonisation des fosses nasales, du colon … pas de signes cliniques - Pas de dépistage systématique

Que faire? dissémination Réservoir Transmission manuportée Précautions standards Hygiène des mains / SHA BMR identifiée Précautions complémentaires type contact à définir avec l’Hygiéniste : - BMR émergente? Épidémiogène? - résidants EHPAD / Long séjour ?

Bien connaitre, pour mieux maîtriser…