Validation d’un test moléculaire automatisé de faible coût pour le suivi de l’infection par le virus de l’hépatite B en Afrique et en Asie du Sud-Est ANRS 12327 Projet AC12 Coordonateur Sud: Dramane KANIA Coordonateur Nord: Edouard TUAILLON 1

Objectifs Evaluer un test générique de quantification de l’ADN VHB par PCR utilisant une plateforme d'extraction/amplification ouverte en France, en Afrique et en Asie du Sud-Est Analyser les performances du test moléculaire générique en fonction des génotypes VHB (A, B, C, D, E) circulants en Afrique de l’Ouest, en Afrique Centrale, en Asie du Sud Est et en France 2

Etude multicentrique sur plateforme PCR ouverte 3

Equipe de recherche Groupe de travail AC11/AC12 Virologie Pays/Laboratoire Responsable scientifique FRANCE INSERM U1058, Montpellier Edouard Tuaillon Virologie CHU de Rouen Jean-Christophe Plantier EA3620 Virologie, hôpital Necker- Enfants Malades, Paris Christine Rouzioux AFRIQUE Burkina Faso (Centre Muraz, Bobo-Dioulasso) Dramane Kania Cameroun (Centre Pasteur, Yaoundé) Richard NJOUOM Côte d’Ivoire (CEDRES/PACCI, Abidjan) Thomas D’AquinTONI Mali (SEREFO/USTTB) Issiaka Almoustapha MAIGA Sénégal (Bactério-Viro CHU A. Dantec, Dakar) Coumba Touré Kane Togo (BIOLIM/FSS/UL, Lomé) Anoumou DAGNRA ASIE Cambodge (Institut Pasteur, Phnom Penh) François ROUET Thaïlande (IRD UMI 174, Chiang Mai) Nicole Ngo-Giang-Huong Vietnam (Laboratoire VIH, Ho Chi Minh) LE D. Hoang Chuong 4

Echantillons biologiques Echantillons de bio-banques +++ Collection d’échantillons en prospectif (pratique clinique habituelle dans le pays) Note d’information Consentement Exclusion de prélèvements de patients traités avec 3TC, TDF ou FTC Total 1000 échantillons (100 échantillons/site) pour la validation clinique 5

Algorithme 1: Démarche de sélection des échantillons et de validation de la technique PCR temps réel générique pour les laboratoires ayant une collection de prélèvements caractérisés pour l’ADN VHB en technique commerciale Quantification ADN VHB PCR en temps réel générique ADN VHB détectable avec diff. <0.5 Log10 ADN VHB non-détectable Résultats ADN VHB Pos Concordants Résultats discordants Génotypage VHB Explication des cas de discordance avec diff. ≥0.5 Log10 détectable Résultats ADN VHB nég 50% des échantillons Echantillons avec résultats CV ADN VHB par test Roche ou Abbott ADN VHB Positifs N = 50-70 échantillons ADN VHB Négatifs N = 30-50 échantillons Collection d’échantillons caractérisés pour l’ADN VHB en dehors de l’étude 6

PCR en temps réel générique Résultats discordants Quantification ADN VHB PCR en temps réel générique ADN VHB détectable avec diff. <0.5 Log10 ADN VHB non-détectable Résultats ADN VHB Pos Concordants Résultats discordants Génotypage VHB Explication des cas de discordance avec diff. ≥0.5 Log10 ADN VHB Pos ADN VHB Nég détectable Résultats ADN VHB nég 50% des échantillons Collection d’échantillons non caractérisés pour l’ADN VHB* Algorithme 2 : Démarche de sélection des échantillons et de validation de la technique PCR temps réel générique pour les laboratoires ayant une collection de prélèvements non caractérisée pour l’ADN VHB Technique Roche ou Abbott Sélection 70 AgHBs positifs 30 AgHBs négatifs Dépistage sérologique VHB (AgHBs) 7

Tests virologiques PCR en temps réel générique (Kania et al. J. Virol. Methods 2014) Cible: gène S Production en kit de réactifs partenariat Omunis/Biocentric Composition de la trousse: Une gamme plasmide Un témoin d’extraction/amplification 8

Validation des PCR générique Validation technique/analytique (Montpellier et Rouen en France) limites de détection (standard OMS ou Accrometrix) reproductibilité (inter-essai) et repétabilité (intra-essai) Validation clinique sur des échantillons cliniques sélectionnés dans les différents pays Sensibilité et spécificité, Corrélation et concordance impact de la diversité génétique du VHB sur les performances de la technique. 9

Détermination du génotype Protocole utilisé au laboratoire de Virologie de Rouen (2 PCR + Séquençage des amplicons) plasmas/sérums de CV >100 UI/ml Gène pol du VHB Supervision du laboratoire de Rouen Transfert de technologie au autres sites 10

Détermination du génotype 50% des positifs concordants (Test 1+ /Test 2+ avec différence CV <0,5 Log10 100% échantillons discordants Test 1+ /Test 2; Test 1- /Test 2+ ou Test 1+ /Test 2+ avec différence CV ≥0,5 Log10 50% des positifs concordants (Test 1+ /Test 2+ avec différence CV <0,5 Log10) 11

Retombées attendues Validation sur le terrain en Afrique et en Asie d’un test générique de PCR en temps réel de détection/quantification de l’ADN VHB Transfert de technique dans les pays du Sud par la mise à disposition dans les sites ANRS, d’un kit de PCR en temps réel ADN VHB adapté au contexte socio- économique des pays à ressources limitées ; Aide au diagnostic et au suivi virologique de l’hépatite B en particulier des sujets VIH-VHB co-infectes dans les pays à ressources limitées. 12