Mutations

Mutations Ponctuelles Faux Sens Neutre Synonyme/Silencieuse : Changement de base qui ne change PAS l’acide aminé Ex. AGG → CGG tous deux Arg Non-Synonyme - Conservée: Changement de base qui change l’acide aminé pour un autre semblable Même charge et forme Ex. AAA → AGA Lys à Arg tous deux sont basiques

Mutations Ponctuelles Faux Sens Non-Synonyme – Semi-conservée: Changement de base qui change l’acide aminé à un semblable Même forme différente charge Ex. CGC → CUC Arg (Polaire) à Leu (non polaire) Non-Synonyme – Non-conservée: Changement de base qui change l’acide aminé à un différent Différente forme et charge

Mutations ponctuelles Nonsense : Changement de base qui cause la création d’un codon d’arrêt prémature dans l’ORF Cause la terminaison prémature de la traduction Protéine tronquée Indel – Insertion ou déletion d’une seule base dans ORF Change le cadre de lecture Change la séquence protéique Peut causer la terminaison prématuré

Homologues Homologues nucléotidiques Homologue protéiques Séquences d’ADN qui partage plus de 70% d’identité Homologue protéiques Séquences protéiques qui partage plus de 25% d’identité

Homologues Orthologues : Paralogues : Homologues retrouvé dans différents organismes qui ont ancêtre commun Duplication suivie spéciation Paralogues : Homologues retrouvé dans la même espèces Duplication avant la spéciation

Eléctrophorèse sur gel de Polyacrylamide avec Dodecylsulfate (SDS-PAGE)

Introduction Test standard pour déterminer la présence et le poids moléculaire des protéines Utilisé en biochimie, génétique, médecine d’enquête et biologie moléculaire Système de SDS PAGE de Laemmli introduit dans les les années 1970

Principe Séparation des protéines dans un champ électrique Migration dans un milieu semi-solide de l’anode à la cathode Les protéines migrent à différentes vitesse d’après leurs tailles moléculaires

Sds-coated large proteins migrate slowly through the gel matrix and small proteins migrate quickly through the matrix The nearer the band to the well, the larger the molecular size of protein

Qu’est-ce que le SDS? Détergent dodecylsulfate de sodium (SDS) chargé négativement Utilisé pour dénaturer et linéarisé les protéines Attribue une charge négative uniforme aux protéines

Qu’est-ce que le PAGE Le polyacrylamide est utilisé pour faire un gel; une matrice de pores qui permet aux molécules de migrer à différentes vitesse La taille des pores et déterminée par la concentration d’acrylamide Le plus élevé est la concentration le plus petit sont la taille des pores

Visualisation des bandes de protéines Coloration au bleu de coomassie Méthode traditionelle qui implique la coloration suivie d’une décoloration afin de retirer la coloration de fond du gel Méthode la plus commune et la moins sensible Limite ~100ng de protéines

Applications Determiner la pureté d’échantillon protéiques Déterminer le poids moléculaire des protéines Quantifier les protéines Application immunologiques

Examen final – 3 heures 10 questions de bioinfo– 10 points 5 calculs – 10 points 5 questions théoriques – 5 points 2 sur 3 problèmes – 20 points chaque 5 parties/problème Problème boni – 5 points

Problèmes Problème 1 Problème 2 Transcription/Traduction Analyse northern Expression protéique Problème 2 Marqueurs d’ADN RFLPs et VNTRs

Problèmes (suite) Problème 3 Problème boni Tm et stringence Hybridation Clonage Ligations et transformations Problème boni Analyse Southern Cartographie de restriction Enzymes de restriction