Essential Genes in Salmonella enteritidis as Identified by TnAraOut Mutagenesis Jeong Nam Kim et al. UE Concepts et méthodologie en écologie microbienne.

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Transcription de la présentation:

Essential Genes in Salmonella enteritidis as Identified by TnAraOut Mutagenesis Jeong Nam Kim et al. UE Concepts et méthodologie en écologie microbienne 04/11/2011 Florent Yoann Jordan Présenté par M2R Ecologie Microbienne

Contexte Salmonella enteridis  Salmonelle Problème : Bactérie multirésistante aux antibiotiques BUT Recherche de gènes essentiels qui pourraient servir de cible pour de nouveaux antibiotiques contre S. enteridis

TnAraOut TnAraOut Judson & Mekalanos, 2000 Création d’un transposon particulier le TnAraOut P BAD activé par la présence d’Arabinose

TnAraOut TnAraOut Judson & Mekalanos, 2000 Transfert du TnAraOut sous forme plasmidique

E. coli + pNJ17 S. enteritidis + pNJ17 CONJUGAISON Insertion aléatoire de TnAraOut dans le génome, préférentielle- ment dans les régions promotrices Obtention de trois types de mutants P BAD sens + P BAD sens - P BAD sens + Gène non essentiel Gène essentiel Gène essentiel Ara - Ara + Ara - Ara + Ara - Ara + CROISSANCE PAS DE CROISSANCE PHĖNOTYPE RECHERCHĖ

Vérification du phénotype par des courbes de croissance en absence ou en présence d’arabinose Identification des gènes touchés par séquençage S. Enteritidis mutant Extraction ADNg Digestion BglII Auto-ligation => obtention de plasmides TnAraOut + gène essentiel Transformation de coli +culture sur LB KAN Extraction ADNp + Séquençage + BLASTn

Conclusionde l’article Conclusion de l’article 2 sites essentiels trouvés : - atpI et atpB (opéron) codant une ATP synthase - yigP faisant partie d'un opéron agissant dans la voie de biosynthèse d'ubiquinone