45 unités expérimentales L’INRA Les hommes et les femmes de l’INRA (2016) Agents rémunérés par l’Inra 8042 titulaires 5312 contractuels 13354 184 unités de recherche 45 unités expérimentales Chercheurs Ingénieurs Techniciens 1847 2639 3556 Doctorants Stagiaires 2050 2360 Présentation RFSA, 18 Janvier 2018

13 départements scientifiques L’INRA 17 centres 13 départements scientifiques BAP - Biologie & amélioration des plantes EA - Environnement & agronomie SPE - Santé des plantes & environnement EFPA - Écologie des forêts, prairies & milieux aquatiques GA - Génétique animale PHASE - Physiologie animale & systèmes d’élevage SA - Santé animale CEPIA - Caractérisation & élaboration des produits issus de l’agriculture AlimH - Alimentation humaine MICA - Microbiologie & chaîne alimentaire MIA - Mathématiques & informatiques appliquées SAD - Sciences pour l’action & le développement SAE2 - Sciences sociales, agriculture & alimentation, espace & environnement Présentation RFSA, 18 Janvier 2018

Le département Santé Animale à l’INRA 18 unités de recherche, 3 unités Expé, 2 unités mixtes technologiques, 7 centres 1200 agents (750 INRA, 450 partenaires) 13 partenaires dont les 4 Ecoles Nationales Vétérinaires, Cirad, l’Anses, les universités, l’EPHE. Nos objectifs Produire les connaissances pour garantir la santé et le bien-être des animaux et la santé de l’Homme (zoonose) pour augmenter les performances économique, environnementale, sociale et sanitaire des élevages. Présentation RFSA, 18 Janvier 2018

Des dispositifs expérimentaux uniques Présentation RFSA, 18 Janvier 2018

Nos recherches en Santé Animale Les maladies de production, les maladies infectieuses animales et zoonotiques (=partagées entre Homme et Animal): Approche Une Santé - One Health Toxicologie (expositions des Animaux et de l’Homme aux toxiques environnementaux – Mycotoxines, pesticides, etc…) Animaux d’élevage (Bovins, Ovins, Porcins, Volailles, Lapins, Poissons, Equins), animaux comme modèle de maladies humaines, animaux comme sources de maladies humaines (faunes sauvages) Présentation RFSA, 18 Janvier 2018

Nos recherches en Santé Animale Trois champs thématiques disciplinaires CT1: Agents pathogènes, Vecteurs arthropodes Dangers chimiques Objectif: décrire les agents responsables de processus pathologiques & infectieux CT3: Epidémiologie et dynamique des processus infectieux et pathologiques Objectif: Comprendre les processus pathologiques & infectieux à l’échelle des populations CT2: Interactions hôte/agresseurs et adaptations réciproques Objectif: décrire le dialogue entre les agents pathogènes et leurs hôtes Présentation RFSA, 18 Janvier 2018

Nos recherches en Santé Animale 4 priorités transversales:  Priorité transversale 1 : Comprendre, anticiper et gérer l’émergence des agents pathogènes (Surveillance en temps réel, sans a priori, haut débit)  Priorité transversale 2 : Limiter la diffusion des résistances aux anti-infectieux (Vaccination, effet santé du microbiote, usage raisonné des AB …)  Priorité transversale 3 : Renforcer la composante environnementale dans les approches « One Health » (Effet des changements globaux, …)  Priorité transversale 4 : Renforcer les approches prédictives au service de la gestion de la santé des troupeaux (Biologie des systèmes) Un enjeu : Augmenter l’impact de nos recherches en associant la société et les parties prenantes à la définition des enjeux et priorités de nos recherches (Innovation, sciences participatives)

Nos finalités et Innovations possibles Gène/molécules Moduler la réponse immunitaire pour contrôler les maladies (vaccination, microbiote, bien être animal…) Population Outils de diagnostics (haut débit, précoce, à la ferme) Proposer des solutions médicamenteuses éco-compatibles Effet de toxiques alimentaires: Biomarqueurs d’exposition Participer à la diminution de l’usage des antibiotiques (alternatives et usage raisonné – médecine de précision) Proposer des Outils d’aide à la décision (éleveurs, vétérinaires, politiques) Gestion Intégré de la Santé Animale – One Health

L’INRA: un acteur mondial de la recherche sur le microbiote en santé humaine et animale Départements : Microbiologie et Chaine alimentaire (MICA), Génétique Animale (GA), Santé Animale (SA), Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage (PHASE), avec l’expertise de “MetaGenoPolis” (MGP).

Leadership de l’INRA sur la thématique du microbiote intestinal

Les rôles essentiels du microbiote intestinal chez l’Homme … et les animaux d’élevage Développement de l’intestin et du système immunitaire. Digestion: apport de métabolites essentiels contribuant à la régulation du métabolisme et de la physiologie. Immunité: contribution à sa régulation. Effet « barrière » : contre la colonisation par des pathogènes / pathobiome Comportement/ Psychologie: interactions avec le cerveau.

Le séquençage haut-débit: une révolution méthodologique pour l’étude du microbiote La culture in vitro Une méthode utile mais lourde, et très sélective; 2/3 des bactéries intestinales seraient anaérobies donc non/ difficilement cultivables. Le séquençage à haut-débit de l’ADN L’étude de l’ADN au contraire permet d’accéder à tous les micro-organismes présents; 2 méthodes sont utilisées actuellement: Le séquençage du gène de l’ARN ribosomique 16S Ou approche 16S. On peut identifier la bactérie d’origine de chaque séquence 16S, donc reconstituer la composition en bactéries du microbiote. Approche couramment employée. Le séquençage complet de l’ADN (le métagénome), qui permet de reconstituer tous les gènes présents. Approche beaucoup plus fine et complète, mais qui nécessite de constituer un métagénome de référence: ce que l’INRA fait. Plateforme @bridge, INRA Jouy-en-Josas

Projets phares MetaHIT : un premier métagénome intestin humain construit dans le cadre du consortium MetaHit (coordonné par l’INRA) PigletBiota (2014-2018) : étude de l’influence du microbiote intestinal et de la génétique de l’hôte sur la robustesse des porcelets au sevrage MetaChick (2016-2018) : construction du métagénome intestinal de référence pour la poule De nombreux nouveaux projets (ciblés santé-maladies infectieuses): Pathobiome: nouveau paradigme / pathogènes versus commensal Microbiotes (pulmonaire, intestinal, peau) dans résistance aux infections (volailles, veau, poisson (poisson axénique), etc…)