Algorithme de Needleman et Wunsch (programmation dynamique)

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1 Algorithme de Needleman et Wunsch (programmation dynamique)
Cet exemple considère une matrice de scores qui est la matrice identité (1, 0) Suivre la séquence verticale et noter les identités avec la séquence horizontale Algorithme de Needleman et Wunsch (programmation dynamique)

2 1+ max(0,0) coût du gap initial
Cet exemple considère que le coût du gap est nul. Suivre la 1° ligne et additionner en Bij la valeur de la matrice Aij, et le maximum de la valeur B(i-1),j Bi,(j-1), puis remplir de la même façon la première colonne

3 0+ max(0,1) Cet exemple considère que le coût du gap est nul.
Suivre la 1° ligne et additionner en Bij la valeur de la matrice Aij, et le maximum de la valeur B(i-1),j Bi,(j-1), puis remplir de la même façon la première colonne

4 1+ max(1,1)

5 1+ max(2,2)

6

7

8

9

10 Aligner les résidus qui correspondent au score maximal

11 Après un alignement prendre la diagonale.
Ensuite chercher le score maximal, si non sur la diagonale, vers la gauche. Si l’on reste sur la même ligne on aligne à des gaps.

12 Au 3eme 5 on aligne des résidus identiques.
Après un alignement prendre la diagonale. Ensuite chercher le score maximal, si pas vers le haut, vers la gauche. Si l’on reste sur la même ligne on aligne à des gaps.

13 Au 2° 4 on aligne des résidus identiques.
Après un alignement prendre la diagonale.

14 Au 1° 3 on aligne des résidus identiques.
Après un alignement prendre la diagonale.

15 Au 1er 2 on aligne à un gap. On suit la même ligne.

16 Au 2eme 2 on aligne à un résidu identique, on prend la diagonale

17 Au 3eme 2 on aligne à un gap. On aligne un gap et on suit la même ligne.

18 Au 2eme 1 on aligne à un résidu identique, on prend la diagonale

19 L’alignement est terminé