Yoann Beausse Journée Bioinformatique des Génopoles

Présentation au sujet: "Yoann Beausse Journée Bioinformatique des Génopoles"— Transcription de la présentation:

1 Yoann Beausse Journée Bioinformatique des Génopoles Développement d’outils informatiques d’analyse structurale de familles protéiques

2 IBCP, Lyon Equipe ProDom IGBMC, Strasbourg EBI, Hinxton
Gilbert DELEAGE Christophe GEOURJON IBCP, Lyon Daniel Kahn Emmanuel Courcelle Sébastien Carrère Yoann Beausse Equipe ProDom Olivier POCH Julie THOMPSON IGBMC, Strasbourg Rolf APWEILER EBI, Hinxton Soutiens Financiers Programme Bioinformatique Inter Organismes Génopole EU FP4 et FP5

3 La base de données ProDom
ProDom : base de familles de domaines protéiques Génération automatique de la base à partir des banques de données SwissProt et TrEMBL Initiation de la construction par des domaines expertisés Extraction de chaque domaine par recherche de similitudes et regroupement en familles des domaines Mise à disposition via un serveur web graphique

4 Plan Utilisation des structures 3D pour le choix des domaines expertisés Intégration d’outils de visualisation des domaines Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3D Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG

5 SCOP : Structural Classification of Proteins
Utilisation des structures 3D pour le choix des domaines expertisés 1940 familles - Identité Séquence > 30% - Structure/Fonction identique Structure (Fonction?)similaires Structure 2ndaire: Topologie et arrangement Structure 2ndaire (all a, all b, ) SCOP 1.61 44327 domaines <=> entrées PDB 1100 superfamilles 701 repliements 7 classes SCOP : Structural Classification of Proteins

6 SCOP : Structural Classification of Proteins
Utilisation des structures 3D pour le choix des domaines expertisés 1940 familles - Identité Séquence > 30% - Structure/Fonction identique Structure (Fonction?)similaires Structure 2ndaire: Topologie et arrangement Structure 2ndaire (all a, all b, ) SCOP 1.61 44327 domaines <=> entrées PDB 1100 superfamilles 701 repliements 7 classes SCOP : Structural Classification of Proteins 1155 familles SCOP 1.61 ProDom Filtres : - < 500 résidus - familles non uniques - homogénéité de longueur - homogénéité de séquence

7 Plan Utilisation des structures 3D pour le choix des domaines expertisés Intégration d’outils de visualisation des domaines Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3D Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG

8 Intégration d’outils de visualisation des domaines

9 Intégration d’outils de visualisation des domaines

10 Intégration d’outils de visualisation des domaines
Rasmol/RasWin

11 Intégration d’outils de visualisation des domaines
Chime VRML

12 Intégration d’outils de visualisation des domaines
PNG / PS

13 Intégration d’outils de visualisation des domaines
PNG / PS

14 Plan Utilisation des structures 3D pour le choix des domaines expertisés Intégration d’outils de visualisation des domaines Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3D Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG

15 Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3D

16 Modélisation par Swiss-Model Modélisation par Geno3D
Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3D Modélisation par Swiss-Model Modélisation par Geno3D Génopole Lyon

17 Modélisation par Swiss-Model Modélisation par Geno3D
Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3D Modélisation par Swiss-Model Modélisation par Geno3D Génopole Lyon

18 Modélisation par Swiss-Model Modélisation par Geno3D
Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3D Modélisation par Swiss-Model Modélisation par Geno3D Génopole Lyon

19 Plan Utilisation des structures 3D pour le choix des domaines expertisés Intégration d’outils de visualisation des domaines Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3D Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG

20 Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG
Objectif : Proposer les meilleures protéines candidates pour une détermination de structure - Protéines mono-domaine - Aucune information structurale

21 Sélection de protéines mono-domaine
Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG Sélection de protéines mono-domaine Sélection des familles ProDom sur la qualité des alignements multiples - Utilisation de la fonction objective norMD Prise en compte des relations d’homologie entre ces familles Identification des familles possédant des structures 3D connues Rechercher les protéines mono-domaines dans les familles n’ayant pas de lien avec la PDB Génopole de Strasbourg

22 Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG
Critères de sélection Filtres Espèces Recherche des familles ProDom sans liens PDB Affichage des protéines mono-domaine filtres Mots clés Affinage Suggestion de protéines pour une détermination structurale

23 44327 domaines <=> 17406 entrées PDB
Conclusion Chime VRML Intégration d’outils de visualisation Couplage analyse en domaine / modélisation 3D 1940 familles 44327 domaines <=> entrées PDB 1100 superfamilles 701 repliements 7 classes SCOP pour domaines expertisés ProDom-SG : serveur pour la génomique structurale

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