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Mercredi 22 Octobre 2003 Développement doutils informatiques danalyse structurale de familles protéiques Yoann Beausse Journée Bioinformatique des Génopoles.

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1 Mercredi 22 Octobre 2003 Développement doutils informatiques danalyse structurale de familles protéiques Yoann Beausse Journée Bioinformatique des Génopoles

2 Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003 Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Programme Bioinformatique Inter Organismes Génopole EU FP4 et FP5 Daniel Kahn Emmanuel Courcelle Sébastien Carrère Yoann Beausse Equipe ProDom Soutiens Financiers Gilbert DELEAGE Christophe GEOURJON IBCP, Lyon Olivier POCH Julie THOMPSON IGBMC, Strasbourg Rolf APWEILER EBI, Hinxton

3 Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003 Génopole Toulouse Midi-Pyrénées La base de données ProDom ProDom : base de familles de domaines protéiques Génération automatique de la base à partir des banques de données SwissProt et TrEMBL Initiation de la construction par des domaines expertisés Extraction de chaque domaine par recherche de similitudes et regroupement en familles des domaines Mise à disposition via un serveur web graphique

4 Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003 Génopole Toulouse Midi-PyrénéesPlan 1.Utilisation des structures 3D pour le choix des domaines expertisés 2.Intégration doutils de visualisation des domaines 3.Couplage de lanalyse en domaines avec la modélisation 3D 4. Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG

5 Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003 Génopole Toulouse Midi-Pyrénées 1940 familles - Identité Séquence > 30% - Structure/Fonction identique Structure (Fonction?)similaires Structure 2 ndaire : Topologie et arrangement Structure 2 ndaire ( all, all, ) SCOP domaines entrées PDB 1100 superfamilles 701 repliements 7 classes SCOP : Structural Classification of Proteins 1.Utilisation des structures 3D pour le choix des domaines expertisés

6 Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003 Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Filtres : - < 500 résidus - familles non uniques - homogénéité de longueur - homogénéité de séquence 1.Utilisation des structures 3D pour le choix des domaines expertisés 1940 familles - Identité Séquence > 30% - Structure/Fonction identique Structure (Fonction?)similaires Structure 2 ndaire : Topologie et arrangement Structure 2 ndaire ( all, all, ) SCOP domaines entrées PDB 1100 superfamilles 701 repliements 7 classes SCOP : Structural Classification of Proteins 1155 familles SCOP 1.61 ProDom

7 Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003 Génopole Toulouse Midi-PyrénéesPlan 1.Utilisation des structures 3D pour le choix des domaines expertisés 2.Intégration doutils de visualisation des domaines 3.Couplage de lanalyse en domaines avec la modélisation 3D 4.Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG

8 Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003 Génopole Toulouse Midi-Pyrénées 2.Intégration doutils de visualisation des domaines

9 Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003 Génopole Toulouse Midi-Pyrénées 2.Intégration doutils de visualisation des domaines

10 Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003 Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Rasmol/RasWin 2.Intégration doutils de visualisation des domaines

11 Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003 Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Chime VRML 2.Intégration doutils de visualisation des domaines

12 Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003 Génopole Toulouse Midi-Pyrénées PNG / PS 2.Intégration doutils de visualisation des domaines

13 Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003 Génopole Toulouse Midi-Pyrénées PNG / PS 2.Intégration doutils de visualisation des domaines

14 Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003 Génopole Toulouse Midi-PyrénéesPlan 1.Utilisation des structures 3D pour le choix des domaines expertisés 2.Intégration doutils de visualisation des domaines 3.Couplage de lanalyse en domaines avec la modélisation 3D 4.Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG

15 Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003 Génopole Toulouse Midi-Pyrénées 3.Couplage de lanalyse en domaines avec la modélisation 3D

16 Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003 Génopole Toulouse Midi-Pyrénées 3.Couplage de lanalyse en domaines avec la modélisation 3D Modélisation par Geno3D Modélisation par Swiss-Model Génopole Lyon

17 Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003 Génopole Toulouse Midi-Pyrénées 3.Couplage de lanalyse en domaines avec la modélisation 3D Modélisation par Geno3D Modélisation par Swiss-Model Génopole Lyon

18 Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003 Génopole Toulouse Midi-Pyrénées 3.Couplage de lanalyse en domaines avec la modélisation 3D Modélisation par Geno3D Modélisation par Swiss-Model Génopole Lyon

19 Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003 Génopole Toulouse Midi-PyrénéesPlan 1.Utilisation des structures 3D pour le choix des domaines expertisés 2.Intégration doutils de visualisation des domaines 3.Couplage de lanalyse en domaines avec la modélisation 3D 4.Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG

20 Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003 Génopole Toulouse Midi-Pyrénées 4.Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG Objectif : Proposer les meilleures protéines candidates pour une détermination de structure - Protéines mono-domaine - Aucune information structurale

21 Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003 Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Sélection de protéines mono-domaine Sélection des familles ProDom sur la qualité des alignements multiples - Utilisation de la fonction objective norMD Prise en compte des relations dhomologie entre ces familles Identification des familles possédant des structures 3D connues Rechercher les protéines mono-domaines dans les familles nayant pas de lien avec la PDB 4.Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG Génopole de Strasbourg

22 Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003 Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Filtres Critères de sélection 4.Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG Recherche des familles ProDom sans liens PDB Espèces Mots clés filtres Affichage des protéines mono-domaine Affinage Suggestion de protéines pour une détermination structurale

23 Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003 Génopole Toulouse Midi-PyrénéesConclusion ProDom-SG : serveur pour la génomique structurale Chime VRML Intégration doutils de visualisation Couplage analyse en domaine / modélisation 3D 1940 familles domaines entrées PDB 1100 superfamilles 701 repliements 7 classes SCOP pour domaines expertisés

24 Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003 Génopole Toulouse Midi-Pyrénées


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