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CHERCHEUR DE METAPHASES APPLIED SPECTRAL IMAGING Hôpital Necker-Enfants Malades Histologie, Embryologie et Cytogénétique Pr Vekemans Colloque ATC-20/21.

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1 CHERCHEUR DE METAPHASES APPLIED SPECTRAL IMAGING Hôpital Necker-Enfants Malades Histologie, Embryologie et Cytogénétique Pr Vekemans Colloque ATC-20/21 Septembre 2010 Chevallier Suzanne Gegas Laëtitia

2 CHERCHEUR DE METAPHASES APPLIED SPECTRAL IMAGING Colloque ATC-20/21 Septembre 2010 Chevallier Suzanne Gegas Laëtitia Hôpital Necker-Enfants Malades Histologie, Embryologie et Cytogénétique Pr Vekemans

3 CHERCHEUR DE METAPHASES APPLIED SPECTRAL IMAGING Colloque ATC-20/21 Septembre 2010 Chevallier Suzanne Gegas Laëtitia Hôpital Necker-Enfants Malades Histologie, Embryologie et Cytogénétique Pr Vekemans

4 CHERCHEUR DE METAPHASES APPLIED SPECTRAL IMAGING Colloque ATC-20/21 Septembre 2010 Chevallier Suzanne Gegas Laëtitia Hôpital Necker-Enfants Malades Histologie, Embryologie et Cytogénétique Pr Vekemans

5 CHERCHEUR DE METAPHASES APPLIED SPECTRAL IMAGING Colloque ATC-20/21 Septembre 2010 Chevallier Suzanne Gegas Laëtitia Hôpital Necker-Enfants Malades Histologie, Embryologie et Cytogénétique Pr Vekemans

6 Post-natal 1200 caryotypes sang, sang, fibroblastes. fibroblastes. Pré-natal 800 caryotypes liquide amniotique, liquide amniotique, villosités choriales, villosités choriales, sang fœtal. sang fœtal. Onco-hématologique 1200 caryotypes sang, sang, moelle, moelle, ponctions. ponctions. Moléculaire 2000 FISH préparations cytogénétiques, préparations cytogénétiques, apposition de tissus, apposition de tissus, cryocoupes, cryocoupes, coupes paraffinées. coupes paraffinées. Au commencement, il y avait… Avant larrivée du Chercheur (2008)

7 2 techniciens détachés à linformatique et la gestion du matériel.

8 Comment dégager du temps pour suivre lévolution de la discipline ? Développer la CGH-array. Développer la CGH-array. Réduire létape chronophage de recherche des métaphases Réduire létape chronophage de recherche des métaphases qui occupe 60% du temps technique. qui occupe 60% du temps technique. Acquérir un Chercheur ! Acquérir un Chercheur !

9 Cahier des charges publié en 2008 Peut traiter tous les types de préparations du laboratoire, Peut traiter tous les types de préparations du laboratoire, Travaille aussi bien en lumière transmise quen épi-fluorescence, Travaille aussi bien en lumière transmise quen épi-fluorescence, Permet la recherche de métaphases et dinterphases, Permet la recherche de métaphases et dinterphases, Sadapte au mieux à lorganisation existante, Sadapte au mieux à lorganisation existante, Fonctionne via le réseau de lhôpital. Fonctionne via le réseau de lhôpital. Solution globale...

10 Présentation du chercheur

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12 Applications en cytogénétique post-natale : mode « tout automatique ».

13 Configuration de linstallation Chercheur de Métaphases Stations de traitements RESEAU institutionnel (APHP) Serveur de fichiers RESEAU du l abo. Etiquettes code à barres Archivage (1 image tiff=1 megaocte) S.G.L (système de gestion de labo.) Transmission des données patients (800 Go/ an)

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15 1. Installation des lames sur le plateau.

16 2.Mise en place du plateau dans le chargeur.

17 3.Mise en route de SCANVIEW, le logiciel de Scan.

18 4.START…le technicien peut rentrer chez lui !

19 5.Chargement du plateau sur la platine et lecture des codes à barres de chaque lame. Le code à barres permet lidentification du patient et lassociation entre la lame et le type de paramètres de lecture à appliquer.

20 6.Les lames sont scannées à lobjectif 10 par balayages gauche-droite sur la surface définie. Le temps de scan dépend du nombre déléments présents sur la lame : environ 4 minutes pour 1000 éléments. environ 4 minutes pour 1000 éléments.

21 7.Lhuile est distribuée et étalée automatiquement.

22 8.Les 30 premières métaphases classées par « qualité » sont relocalisées à lobjectif 100 de façon automatique : environ 15 secondes par métaphase. Dés la relocalisation terminée, le plateau est replacé dans le chargeur. Les métaphases capturées sont accessibles sur le logiciel de traitement (Bandview).

23 Applications en cytogénétique moléculaire.

24 1.Recherche de métaphases au DAPI à lobjectif 10. Relocalisation des métaphases à lobjectif 100 avec la séquence de filtres paramétrée.

25 2.Recherche des objets à lobjectif 63 et capture simultanée des objets correspondant aux critères morphologiques dun noyau avec la séquence de filtres et suivant le nombre de plans paramétrés. Durée très variable et fonction de la densité cellulaire (20 à 40 min/plage dHIS) Durée très variable et fonction de la densité cellulaire (20 à 40 min/plage dHIS)

26 3. Analyse automatique du nombre de signaux. Présentation des résultats sous forme graphique. 4. Nécessité dune relecture. Résultats bruts : Résultats après relecture :

27 Lautomatisation de la FISH en pratique Temps de rendu dun dossier FISH automatisé 1h10. Temps de rendu dun dossier FISH automatisé 1h10. Scan métaphasique (10 min) + scan interphasique (40 min) + analyse des données (20 min) = 1h10 ! Acceptable uniquement pour les dossiers non urgent (scan pendant la nuit). 20 % des dossiers nécessitent une relecture manuelle. 20 % des dossiers nécessitent une relecture manuelle. (scan inexploitable : pb. de foccus, de surexposition) Lautomatisation est inadaptée quand on doit répondre dans lurgence ou à un nombre restreint déchantillons !

28 1 an après linstallation (2010). Bilan global Mise en place difficile, Mise en place difficile, Amélioration de lergonomie et facilitation de la validation médicale, Amélioration de lergonomie et facilitation de la validation médicale, Cet automate nous a permis daffronter la rigueur budgétaire. Cet automate nous a permis daffronter la rigueur budgétaire.

29 Pré-natal nutilise pas le chercheur : paramètres de capture à améliorer, pas de fusion possible sur les métaphases « éclatées ». nutilise pas le chercheur : paramètres de capture à améliorer, pas de fusion possible sur les métaphases « éclatées ». Onco-hématologique fonctionnement en « semi-automatique », fonctionnement en « semi-automatique », augmentation de lactivité à moyen humain constant. augmentation de lactivité à moyen humain constant. Moléculaire Moléculaire pas de gain de temps, pas de gain de temps, aucune urgence, aucune urgence, qualité du rendu de résultat. qualité du rendu de résultat. Au bout du compte, il y a… Bilan secteur par secteur Post-natal fonctionnement en « tout automatique », fonctionnement en « tout automatique », maintien de lactivité malgré la perte dun poste de technicien. maintien de lactivité malgré la perte dun poste de technicien.

30 Pour une automatisation sans « douleur » Apprendre une méthode de relaxation collective ! Apprendre une méthode de relaxation collective ! Bien sentourer : Bien sentourer : Détacher un référent, choisir un fabricant ayant un SAV disponible, proche géographiquement et parlant français. Détacher un référent, choisir un fabricant ayant un SAV disponible, proche géographiquement et parlant français. Anticiper lautomatisation : Anticiper lautomatisation : Standardisation et homogénéisation des techniques entre les différents secteurs (plage et densité détalement, numérotation des dossiers), mise en place détiquettes code à barres. Standardisation et homogénéisation des techniques entre les différents secteurs (plage et densité détalement, numérotation des dossiers), mise en place détiquettes code à barres. Tester en condition réelle : Tester en condition réelle : fonctionnement via le réseau informatique, compatibilité avec les antivirus et systèmes dexploitations institutionnels. fonctionnement via le réseau informatique, compatibilité avec les antivirus et systèmes dexploitations institutionnels.

31 Bon courage à tous ceux qui se lancent dans un projet dautomatisation.

32 Le chercheur est plus efficace quun technicien Sauf si on supprime le technicien.

33 Un paramétrage très accessible… La création des profils de pilotage et dacquisition du chercheur se fait par emboitement de paramètres gigognes définissant les différentes actions à exécuter. ClassifieurApplication RégionProbe Template Process

34 En modifiant les sous-paramètres ont peut créer des profils à linfini. Et sadapter ainsi facilement aux différents prélèvements et techniques du laboratoire.


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