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Biogenouest Avril 2014. Le réseau des plates-formes du Grand Ouest en sciences du vivant et de lenvironnement Réseau interrégional : Bretagne et Pays.

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1 Biogenouest Avril 2014

2 Le réseau des plates-formes du Grand Ouest en sciences du vivant et de lenvironnement Réseau interrégional : Bretagne et Pays de la Loire Directeur : Christian Diot (Inra) Quest-ce que Biogenouest ? Avec le soutien de :

3 Mutualiser les ressources et les compétences Participer de manière collective à lévolution technologique Soutenir la recherche en sciences du vivant et la création de nouvelles entreprises de biotechnologie Participer à des programmes de recherche européens Attirer des chercheurs Missions et objectifs

4 Petit historique… Création du Réseau National des Génopoles (RNG) via un appel d'offres dans le cadre du programme national "Génomique" : instituts régionaux 'sans murs' qui développent et gèrent des plates-formes technologiques associées à des projets à grande échelle. Ils intègrent un ou des programmes de formation en génomique, un fort pôle de bio-informatique et les structures de valorisation adéquates Labellisation par le Ministère de la recherche de OUEST-genopole ® Dissolution du RNG qui fédérait les 8 génopoles françaises Création du GIS IBiSA "Infrastructures en Biologie Santé et Agronomie", instance de coordination des plates- formes de recherche en sciences du vivant OUEST-genopole ® devient la structure de relais du GIS IBiSA en régions pour la Bretagne et les Pays de la Loire OUEST-genopole ® ouvre son dispositif aux plates-formes en Sciences du vivant et ne se restreint plus à la génomique et la post-génomique, et devient Biogenouest Biogenouest sengage sur les questions liées à lenvironnement Signature de la convention du Groupement dintérêt scientifique (GIS) OUEST-genopole ® Biogenouest fête ses 10 ans

5 Groupement dintérêt scientifique (GIS) créé en novembre 2002 par 11 membres fondateurs et des organismes associés Organisation juridique Anses CNRS Ifremer Inra Inria Inserm Université d'Angers Université de Bretagne Occidentale Université de Bretagne Sud Université de Nantes Université de Rennes 1 Agrocampus Ouest Irstea CHU dAngers, Brest, Nantes et Rennes Ecole nationale supérieure Cachan Bretagne Ecole nationale supérieure de chimie de Rennes (ENSCR) Telecom Bretagne Oniris Groupe d'étude et de contrôle des variétés et des semences (Snes/Geves) Université Pierre et Marie Curie (Paris VI)

6 Instances de Biogenouest Comité directeur Assure la mise en oeuvre des décisions, le suivi permanent de lactivité du GIS et de ses différentes instances, etc. Cellule d'animation Anime et coordonne les activités de Biogenouest Conseil scientifique Propose la politique scientifique, les orientations à long terme et leur évolution, la déclinaison des moyens nécessaires à la mise en œuvre de ces orientations, etc. Conseil scientifique Propose la politique scientifique, les orientations à long terme et leur évolution, la déclinaison des moyens nécessaires à la mise en œuvre de ces orientations, etc. Conseil de groupement Définit la stratégie, veille à la cohérence des actions mises en œuvre et approuve le programme des activités de Biogenouest. Conseil de groupement Définit la stratégie, veille à la cohérence des actions mises en œuvre et approuve le programme des activités de Biogenouest. Comité des axes technologiques Commission valorisation Commission formation Instance d'évaluation et de conseil Comité dexperts extérieurs Instance d'évaluation et de conseil Comité dexperts extérieurs

7 Budget de Biogenouest Fort soutien des 2 Régions depuis 2001 : env. 1 M / an / Région Un soutien de lEtat via IBiSA

8 Budget de Biogenouest Budget global 2013 : (Régions Bretagne & Pays de la Loire, IBiSA) 94% du budget à destination des plates-formes (Organismes et Universités) 6% pour le fonctionnement de Biogenouest (Postes communication et qualité, budget animation)

9 Le réseau Biogenouest 4 thématiques et près de 70 unités de recherche

10 68 unités de recherche en Sciences du vivant en Bretagne et Pays de la Loire Accès privilégié au réseau des plates-formes technologiques Destinataires des informations diffusées au sein du réseau Visibilité grâce à lannuaire en ligne sur Unités membres de Biogenouest

11 Le réseau Biogenouest 6 axes technologiques et 29 plates-formes 20 plates-formes labellisées IBiSA 14 plates-formes certifiées ISO 9001

12 Plates-formes technologiques Définition par Biogenouest Une plate-forme est le regroupement sur un ou plusieurs sites des équipements et des moyens humains destinés à offrir à une communauté dutilisateurs des ressources technologiques de haut niveau. La plate-forme sengage à une ouverture large a minima au niveau inter-régional, non seulement aux équipes du site, mais aussi aux expérimentateurs extérieurs, quel que soit leur rattachement (organismes publics, entreprises…). Critères essentiels : Ouverture Originalité et innovation (développement technologique) Formation

13 Acquisition d'équipements collectifs de haute technologie Recrutement de personnels hautement qualifiés : ingénieurs spécialisés dans plusieurs domaines des biotechnologies Développement de compétences spécifiques (veille technologique, R&D…) Organisation de journées danimation et de formations destinées aux chercheurs (mini-colloques, rencontres, sessions technologiques…) Ouverture au monde industriel : partenariats commerciaux, collaborations scientifiques, prestations de services… Offres des plates-formes Règles pour une utilisation optimale : Accessibilité garantie pour les unités membres de Biogenouest : min. 50% Comité scientifique Management de la qualité Gestion de l'information (site web)…

14 Le réseau des plates-formes Protéomique Plate-forme Protéomique - RennesPlate-forme Protéomique Impact - NantesImpact Génomique Biogenouest Génomique - Nantes, Rennes & RoscoffBiogenouest Génomique Bio-imagerie MRic - RennesMRic PRISM - RennesPRISM H2P2 - RennesH2P2 MicroPICell - NantesMicroPICell Cyclotron Arronax - NantesCyclotron Arronax Neurinfo - RennesNeurinfo Cytogénétique moléculaire - Le RheuCytogénétique moléculaire APEX - NantesAPEX Analyse structurale et Métabolomique BiBS - NantesBiBS Corsaire Angers, Brest, Nantes, Rennes & Roscoff Bio-informatique IFB Grand Ouest :IFB Grand Ouest GenOuest, BiRD et ABiMS Nantes, Rennes & Roscoff Exploration fonctionnelle Vectorisation virale et non virale Production de vecteurs viraux - NantesProduction de vecteurs viraux SynNanoVect - Rennes & BrestSynNanoVect Transgenèse et modèles animaux Transgenèse Xénope - RennesTransgenèse Xénope TRIP - NantesTRIP LGA – NantesLGA Criblage et analyses fonctionnelles Cardiex - NantesCardiex ImPACcell - Rennes ImPACcell Biodimar - BrestBiodimar KISSf - RoscoffKISSf CHEM-Symbiose - NantesCHEM-Symbiose

15 14 plates-formes Biogenouest sont certifiées ISO 9001 Biogenouest affirme une volonté dexcellence, de transparence et dinnovation vis-à-vis de la société et de lensemble de ses partenaires publics ou privés. Sur 20 plates-formes Biogenouest labellisées IBiSA, 14 sont certifiées ISO 9001 soit 70% (contre 35% au niveau national) Management de la qualité Novembre ère plate-forme certifiée Mars plates-formes certifiées

16 Les missions de lingénieur Qualité de Biogenouest : Management de la qualité Missions de l'Ingénieur Qualité Conduire les plates- formes à la certification Soutenir les plates- formes certifiées Participer aux réunions des réseaux Qualité Former et communiquer Animer le réseau des Responsables Qualité de Biogenouest

17 Projets fédérateurs : soutien de thèmes unificateurs et dapproches transdisciplinaires autour des plates-formes technologiques Vectorisation non virale (2006 – 2008) Génome, adaptation et environnement : effets dun stress sur une large échelle évolutive (de la bactérie à lhomme) (2006 – 2008) Biologie intégrative (2009 – 2011) e-Biogenouest (2012 – 2014) : Olivier Collin et Yvan Le Bras Une initiative e-science de la communauté Biogenouest pour favoriser le développement de projets exploitant les nouvelles technologies de l'information et de la communication (calcul à haute performance, cloud, gestion et exploitation des données…). Journées technologiques par les plates-formes Conférences scientifiques (8 par an) Gen2Bio, le congrès annuel Biotech organisé par Biogenouest Animation scientifique

18 Le rendez-vous annuel des chercheurs de lOuest et des entreprises biotech, pour : Présenter les avancées scientifiques des travaux menés au sein de Biogenouest et les perspectives pour l'avenir Accélérer les projets de développement en découvrant loffre de services des laboratoires et plates-formes technologiques Faire connaissance avec les entreprises innovantes du secteur Elargir son offre en rencontrant ses futurs partenaires Découvrir de nouveaux prospects, initier des alliances et des contacts privilégiés Gen2Bio Gen2Bio 2015 le 26 mars à La Baule !

19 Favoriser le développement des biotechnologies à partir des laboratoires de recherche et des plates-formes, en sappuyant sur les structures existantes Mutualiser les pratiques Développer les projets de valorisation à laide dun ensemble de services et moyens en réseau Professionnaliser les plates-formes et en faciliter laccès aux entreprises Valorisation

20 Quelques exemple de partenariats industriels sur 2012 : Affilogic, Amaxa, Artimmun, Atlab pharma, Atlantic Bone Screen, Berthold Technologies, Biofortis, Biogen Idec, Biopredic International, Bioprojet-Biotech, Biotrial, Bristol Myers-Squibb, C.Ris Pharma, Cameca, Cargill, Cerfac, Cisbio, Clean Cells, Codif, Cytoo, Diana Food, Effimune, Eli Lilly, Epsilon Chimie, ERI europe, genOway, Goémar, Guerbet, Hemarina (Roscoff), HTL Biotechnologies, In-Cell-Art, InVivo Nutrition et santé animale, Kelia, Lafarge, Les fromageries Bel, ManRos Therapeutics, Mauna Kea technologies, Neovax, Neurokin, Noscira, Novartis, Nutrinov, OMT, Pasquier, Pellenc, Photonlines, Roche, Sanofi-Aventis, Sojasun, Sorin groupe, Steba Biotech S.A., Straticell, TCL pharma, Timac Agro international, Unilever, Vectalys, Végénov, Venometech, Xenoblis … Valorisation

21 Fondateur et soutien depuis 2004 à lEcole de lADN des Pays de la Loire Plus de 2500 stagiaires / an Une centaine de professionnels / an (agents des EPST, associations de malades, enseignants de léducation nationale, commerciaux des équipementiers …) Une offre de formation à lannée par les plates-formes A destination des doctorants (écoles doctorales) A destination de la communauté académique et des industriels Organisée et proposée directement par les plates-formes Proposée par les services de formation continue des universités Formation

22 Chaque plate-forme propose des formations à ses utilisateurs : Formation

23 5 formations doctorales sont proposées en 2014 : Formation bio-informatique Formation à létude des interactions moléculaires Formation en analyse de la structure des biopolymères aux différentes échelles Formation à la microscopie Formation au fonctionnement de la plate-forme Transgenèse Rat (TRIP Nantes) Formation

24 Communication interne Fédérer les unités de recherche autour dun réseau commun Amener les équipes de recherche à mieux se connaître Accompagner les plates-formes dans leurs actions en lien avec Biogenouest Communication externe Accroître la visibilité et la lisibilité de Biogenouest à lextérieur Faire connaître les activités et programmes de recherche de Biogenouest Faire rayonner les biotechs du Grand Ouest Communication

25 Outils de communication Retrouvez-les sur Plaquette Biogenouest Livrets des plates-formes (Recherche et Entreprises) Mais aussi : Agenda et actu, newsletter, communiqués de presse, conférences… Annuaire en ligne des unités Biogenouest Rapport dactivités 2012 Carte interactive des plates-formes

26 Plus d'infos sur…

27 Une volonté de partager et de concourir à lexcellence scientifique Un besoin de mutualiser les outils technologiques pour mieux répondre aux problématiques de recherche Des plates-formes multi-sites et multi-activités Des thématiques axées sur des secteurs économiques locaux forts : Mer - Agro - Santé Un soutien fort des Régions Une bonne coordination inter-régionale et une équipe danimation opérationnelle Les clés du succès de Biogenouest

28 Equipe danimation Véronique Blin - Ingénieur Qualité Démarche qualité et certification Roxanne Amelot – Chargée de communication Communication interne et externe Jocelyne Le Seyec - Chargée de mission Animation des plates-formes et animation scientifique Eric Mathieu - Chargé de mission Animation des volets Valorisation et Formation Marilène Vallois - Secrétaire de direction Christian Diot - Directeur

29 Merci de votre attention !

30 30 ANNEXES Titre présentation | Nom de la réunion | Lieu, date

31 Plate-forme Biogenouest Génomique Biogenouest Génomique met à la disposition de la communauté scientifique les outils nécessaires pour mener à bien des projets de génomique structurale et/ou fonctionnelle dans les domaines de la mer, de lagronomie, de lenvironnement et de la santé. Elle fonctionne en étroite collaboration avec les plates-formes de bio-informatique de lIFB Grand Ouest pour le traitement, lanalyse et le stockage des données. Genomer Génomique Santé Génomique environnementale et fonctionnelle Génomique Nantes EXPERTISE SCIENTIFIQUE Séquençage (classique et massif) ; Génotypage (classique et ultra haut débit) ; Analyses d'expression (par puce ou par séquençage massif) ; Analyses de méthylation ; Analyses CNA ; Analyse de données (préliminaires ou expertes) pour ces différentes applications. Responsable : Philippe VANDENKOORNHUYSE

32 Plate-forme Protéomique La plate-forme protéomique offre un ensemble de technologies de pointe dédiées à lanalyse des protéomes, depuis l´identification de protéines jusqu'à la prise en charge complète de programmes protéomiques de grande ampleur. EXPERTISE SCIENTIFIQUE La plate-forme travaille sur tous les systèmes biologiques. Elle propose de répondre à vos questions biologiques grâce à la maîtrise dun panel complémentaire de technologies et de savoir-faire spécifiques : Préparation d'échantillons biologiques Préfractionnement sur gel ou chromatographique Electrophorèse 1D/2D Protéomique Shotgun, Top-down, middle-down Analyses différentielles (DIGE, ICPL) Analyses de modifications post-traductionnelles Imagerie MALDI Plate-forme Protéomique Responsable : Charles PINEAU

33 Plate-forme « Impact » La plate-forme IMPACT offre un ensemble de technologies de pointe dédiées à l'étude globale des interactions moléculaires depuis le criblage à haut débit jusqu'à leur caractérisation et l'analyse structure-fonction par un ensemble d'approches biophysiques. Plate-forme Impact EXPERTISE SCIENTIFIQUE Profiling : Etude du profil dexpression de protéines - Analyse de la modulation des modifications post-traductionnelles de protéines : phosphorylation, ubiquitination, SUMOylation glycosylation... Technologies associées : Puces à protéines, SPR Imaging, Alpha surefire. Criblage : Criblage modèle dédié à létude de la fonctionnalité de récepteurs membranaires - Criblages de chimiothèques sur la base de modèles. Technologies associées : SPR, BRET FRET, Label free, Alpha screen. Caractérisation - Validation : Validation de linteraction protéine/ligand - Détermination de laffinité - Etude des paramètres thermodynamiques. Technologies associées : SPR, iTC, Label free, fluorescence. Contrôle qualité : Analyse de lintégrité structurale ou de la fonctionnalité - Evaluation de la pureté des protéines. Responsable : Pierre WEIGEL

34 Plate-forme de production de vecteurs viraux La plate-forme de production de vecteurs viraux a développé et validé des procédés de production et caractérisation de 2 types majeurs de vecteurs viraux de transfert de gènes : les adénovirus et les virus adéno- associés. Destinés à des applications in vitro et in vivo, ces vecteurs sont régulièrement utilisés pour évaluer ou moduler l'expression d'un gène dans un modèle cellulaire ou pour étudier des stratégies thérapeutiques en cancérologie, pour le traitement de maladies génétiques, acquises ou dégénératives. Le groupe R&D de la plate-forme développe des outils biologiques et des procédés de production et purification de vecteurs viraux compatibles avec une utilisation en clinique humaine (contraintes GMP). Plate-forme de production de vecteurs viraux Responsable : Philippe MOULLIER

35 Plate-forme SynNanoVect La plate-forme « SynNanoVect » propose : Une large gamme de vecteurs synthétiques efficaces aussi bien in vitro quin vivo pour le transfert de constructions dacides nucléiques et de molécules thérapeutiques Un service de caractérisation et de formulation des nanocomplexes Un système dimagerie du petit animal par bioluminescence et fluorescence Des évaluations pré-cliniques (toxicité et inflammation) Un plateau technique délectroporation Plate-forme SynNanoVect Responsables : Tristan MONTIER et Thierry BENVEGNU

36 Plate-forme Transgenèse Xénopes La plate-forme propose à toute équipe de recherche la possibilité d'utiliser les modèles xénopes (X. laevis et X. tropicalis) pour ses travaux. Les animaux adultes, embryons, têtards, ovocytes sont produits au centre. Le plateau de recherche propose différentes prestations : Création de lignées transgéniques Mutagenèse Criblage phénotypique Microinjection dans l'ovocyte et criblage électrophysiologique d'ovocytes microinjectés Etc. Plate-forme Transgenèse Xénopes Responsable : Daniel BOUJARD

37 Plate-forme TRIP La plate-forme « Transgenic Rats and Immunophenomics Platform Nantes » (TRIP-Nantes) propose : Production à façon et en routine de rats transgéniques par microinjection embryonnaire de fragments dADN ou de vecteurs lentiviraux Génération de rats KO/KI par microinjection embryonnaire de nucléases spécifiques de gènes (Zinc- Finger Nucleases, TALE nucléases, Méganucléases, CRISPR-Cas9 nucléases) Génotypage (PCR, qPCR, southern blot, LAM-PCR) Cryoconservation dembryons transgéniques Immunophénotypage et analyse de la réponse immune de rats génétiquement modifiés Plate-forme TRIP Responsable : Ignacio ANEGON

38 Plate-forme LGA Le LGA (laboratoire des grands animaux) est spécialisé dans la chirurgie expérimentale de modèles pré-cliniques de transplantation, ainsi que dans diverses procédures chirurgicales et/ou immunomonitorage sur porcs et primates. Le laboratoire est ouvert à la recherche, à l'enseignement mais également à des tests réglementaires in vivo. Il est spécialisé dans la chirurgie, en particulier dallo et de xénotransplantation rénale dans des modèles pré- cliniques, mais également dans dautres procédures chirurgicales (test de nouvelles techniques, nouveaux matériels, etc.) et enfin l'immunomonitorage des animaux en expérimentation. Plate-forme LGA Responsable : Gilles BLANCHO

39 Plate-forme Cardiex Cardiex est une plate-forme d'exploration fonctionnelle sur le petit animal. Elle offre les moyens techniques et lexpertise pour lanalyse de nouvelles voies thérapeutiques ou nutritionnelles, depuis la validation de cibles dintérêt jusquà lévaluation de molécules en pharmacologie de sécurité : Exploration fonctionnelle des pathologies cardiovasculaires, métaboliques, musculaires, digestives, respiratoires et cancéreuses sur le petit animal Validation à un niveau pré-clinique de nouvelles cibles dintérêt thérapeutique Evaluation des effets thérapeutiques ou protecteurs de molécules ou de composés alimentaires Caractérisation des effets dun produit : identification de son action, des organes cibles, des doses actives Plate-forme Cardiex Responsable : Flavien CHARPENTIER

40 Plate-forme ImPACcell La plate-forme ImPACcell propose un service danalyse du contenu cellulaire par l'image (HCS/HCA) pour détecter, analyser et quantifier des phénomènes biologiques tels que la toxicité, la motilité cellulaire, le cycle cellulaire, l'apoptose, la perturbation de voies de signalisation au niveau cellulaire et dans des petits organismes. Elle est configurée autour de 3 plateaux : Plateau automatisé de cultures et de tests cellulaires Plateau de microscopie automatisée pour l'analyse multifactorielle et multiparamétrique d'images Plateau de bioscreening de molécules exogènes basé sur l'étude de différentes lignées cellulaires adhérentes sur support pour culture cellulaire (plaques de 6 à 384 puits). Plate-forme ImPACcell Responsable : Anne CORLU

41 Plate-forme Biodimar BIODIMAR offre un savoir-faire en extraction, purification et analyses de biomolécules d'origine marine : Collecte déchantillons ou dorganismes marins et mise à disposition de biomasse ou dextraits Purification de molécules Screening dactivités biologiques Lyophilisation, broyage, extraction, concentration Analyses physico-chimiques Détermination d'activités enzymatiques spécifiques Plate-forme Biodimar Chargée de projets : Elise PETIT-RODAT

42 Plate-forme KISSf La plate-forme spécialisée de criblage dinhibiteurs de protéines kinases « KISSf » (pour Kinase inhibitor specialized screening facility) offre un service d'évaluation à moyen débit (2500 composés/jour) de la bioactivité de composés chimiques. En utilisant un panel de kinases, les analyses réalisées permettent d'évaluer les propriétés thérapeutiques de molécules d'intérêt. Plate-forme KISSf Responsable : Sandrine RUCHAUD

43 Plate-forme CHEM-Symbiose La plate-forme CHEM-Symbiose est compétente pour la synthèse de molécules organiques à différentes échelles allant du milligramme à la dizaine de grammes. CHEM-Symbiose vous propose la préparation de molécules non commerciales (ou trop onéreuses) décrites dans la littérature, ou danalogues, répondant à une nécessité de recherche ponctuelle. Cette plate-forme a aussi pour objectif daccompagner des projets de recherche collaboratifs en préparant des molécules originales pour linnovation thérapeutique ou la validation de concept. Plate-forme CHEM-Symbiose Responsable : Jacques LEBRETON

44 Plate-forme MRic La plate-forme dimagerie MRic s'articule autour de 3 plateaux techniques : MRic-Photonics : microscopie de fluorescence pour le vivant, FRAP, FRET, FLIM, FCS MRic-TEM : cytologie ultrastructurale, immunomicroscopie électronique, coloration négative, cryo- microscopie électronique MRic-NANO : imagerie chimique et isotopique à haute résolution Plate-forme MRic Responsable : Claude PRIGENT

45 Plate-forme PRISM La plate-forme rennaise dimagerie et spectroscopie structurale et métabolique (PRISM) propose : Imagerie fonctionnelle et morphologique in vivo pour le petit animal et lanimal moyen Chirurgie interventionnelle guidée par limage Imagerie appliquée à la physiologie animale Imagerie des bio-produits par Résonance magnétique Spectrométrie RMN haute résolution et HR-MAS : structures et interactions moléculaires Diffusion moléculaire par RMN à gradient de champ appliquée aux milieux poreux Plate-forme PRISM La plate-forme PRISM est articulée en 4 composantes : Ani-Scans - Imagerie multi- modalité appliquée au modèle porc Agro-Scans - IRM multi-échelle et RMN en agronomie et agro- alimentaire Bio-Scans - IRM et SRM du petit animal et applications cliniques Bio-RMN - Spectroscopie RMN structurale et biologique Responsable : François MARIETTE

46 Plate-forme H2P2 La plate-forme dhistopathologie H2P2 met à disposition de la communauté scientifique les outils dhistologie classiques : Congélation, fixation, inclusion de tissus, coupes fines au microtome et cryostat, coloration, immuno-histochimie, hybridation in situ sur coupes de tissus, etc. Et des technologies plus innovantes telles que : La microdissection laser Le tissue multi array (TMA) Plate-forme H2P2 Responsable : Alain FAUTREL

47 Plate-forme MicroPICell La plate-forme MicroPICell propose un ensemble de prestations axées autour de limagerie cellulaire à fluorescence et de lhistologie. La plate-forme propose : La visualisation et quantification de fluorescence sur cellules adhérentes ou tissus Des mesures intracellulaires de flux ionique Lévaluation de linteraction protéine/protéine Le criblage à haut débit (HCS) Le Tissue micro array Des techniques histologiques Plate-forme MicroPICell Responsable : Jacques LE PENDU

48 Cyclotron Arronax Le cyclotron ARRONAX est un accélérateur de particules qui produit de radioisotopes innovants, mais également de médicaments radioactifs à finalités diagnostique (imagerie TEP) et thérapeutique (radiothérapie vectorisée). Cyclotron ARRONAX Responsable : Jacques BARBET

49 Plate-forme Neurinfo La plate-forme d'imagerie et de neuroinformatique (Neurinfo) offre des ressources d'acquisition, de gestion et de traitement d'images pour le développement et la valorisation d'activités de recherche clinique, méthodologique et technologique : Plate-forme NEURINFO Réalisation, suivi et coordination du volet imagerie IRM détudes de recherche clinique et de recherche fondamentale menées sur la plate-forme Mise au point des protocoles dacquisition IRM et optimisation des séquences Acquisition des données Mise au point doutils de traitement de données et exploitation des données Gestion des données, etc. Responsable : Christian BARILLOT

50 Plate-forme Cytogénétique moléculaire Loutil principal de la plate-forme est lHybridation in situ en fluorescence (FISH) sur préparation chromosomique en mitose, méiose et fibres dADN. Le pouvoir de résolution de la FISH permet une analyse fine de la structure des chromosomes. Plate-forme Cytogénétique moléculaire La plate-forme met à disposition un savoir-faire en matière d'hybridation in situ fluorescente (FISH) sur chromosomes en mitose et en méiose : Localisation sur les chromosomes de séquences d'ADN répétée (FISH) Hybridation génomique in situ (GISH) qui permet la différentiation des chromosomes parentaux chez des structures hybrides interspécifiques ou polyploïdes Localisation et organisation physique de clones BAC sur les chromosomes (BAC- FISH) sur chromosomes en mitose et en méiose (stade pachytène) pour une résolution plus fine Le BAC-Fiber-FISH sur fibres d'ADN peignées permet l'analyse d'arrangements de séquences et lidentification de la longueur physique en kilobases. Responsable : Olivier CORITON

51 Plate-forme Apex La plate-forme dexpertise en anatomie pathologique pour la recherche (APEX) apporte à la communauté scientifique une expertise en histopathologie animale et en phénotypage tissulaire et cellulaire. Pour évaluer limpact dune maladie ou dun agent exogène sur lorganisme, APEX combine une exploration morphologique tissulaire à celle par bio-imagerie en fluorescence. Plate-forme Apex Responsable : Marie-Anne COLLE

52 Plate-forme BIBS La plate-forme BIBS propose de caractériser la structuration à différentes échelles des biopolymères dans des systèmes biologiques (organes de plantes, algues…) ou recomposés (aliments, matrices alimentaires…). Elle permet de décrire précisément larchitecture des systèmes, en lien avec leurs propriétés biologiques, fonctionnelles ou technologiques. Plate-forme BIBS Ses outils analytiques permettent de déterminer et caractériser les compositions et la variabilité en biopolymères (GC, GCMS), les structures moléculaires (spectrométries de masse, RMN), les interactions (RMN, microscopie à force atomique), les assemblages et la localisation (microscopies optiques, électroniques, macrovision). Responsable : Hélène ROGNIAUX

53 Plate-forme Corsaire La plate-forme « Corsaire » repose sur le fonctionnement en réseau de plateaux analytiques aux champs de compétences technologiques et thématiques complémentaires, offrant la possibilité de réaliser des : Analyses ciblées de métabolites Profils métaboliques Empreintes métaboliques Approches métabolomiques Caractérisations structurales de métabolites Les compétences analytiques et méthodologiques développées au sein des différents plateaux permettent de proposer des analyses approfondies, qualitatives ou quantitatives, sur une très large gamme de famille de métabolites extraits de matrices biologiques dorigines diversifiées (animale, végétale, microbienne). Plate-forme Corsaire Responsable : Alain BOUCHEREAU et Michel KREMPF

54 Plate-forme IFB Grand Ouest L'éventail de l'offre technique de la Plate-forme de Bio- informatique du Grand Ouest se compose de 4 grands volets : Le développement de méthodes et outils : recherche de nouveaux algorithmes et de nouvelles méthodes qui seront exploités par les chercheurs. Un service bio-informatique, qui propose un environnement outillé complet : une infrastructure matérielle (e.g. : 2000 coeurs) et logicielle, bases de données, chaines de traitements (Galaxy, Mobyle…), etc. La formation pour la maîtrise des méthodes, outils et environnements bio informatiques. Laccompagnement de projets de bio-analyse, sur des données issues de diverses technologies (séquençage nouvelle génération (NGS), puces à ADN, etc.). Plate-forme IFB Grand Ouest ABiMS GenOuest BiRD Responsable : Audrey Bihouée et Christophe Caron


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