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BIOS – – 2009.11.25 Mise en œuvre Projet RosEST Développements Sebastien Carrere, LIPM Thibaut Hourlier, LIPM Coordination.

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1 BIOS – – Mise en œuvre Projet RosEST Développements Sebastien Carrere, LIPM Thibaut Hourlier, LIPM Coordination Mohammed Bendahmane, ENS Lyon Jerome Gouzy, LIPM

2 BIOS – – Calendrier 18/05/2009 : Mail de Fabrice contacté par M. Bendahmane 18/05/2009 : Mail de Fabrice contacté par M. Bendahmane 16/07/2009 : Réunion à Toulouse MB, JG, SC 16/07/2009 : Réunion à Toulouse MB, JG, SC Présentation du projet BIOS et portail Tournesol (JG,SC) Présentation du projet BIOS et portail Tournesol (JG,SC) Présentation du projet RosEST (MB) Présentation du projet RosEST (MB) 27/08/2009 : Fin clustering + Mapping Solexa (JG) 27/08/2009 : Fin clustering + Mapping Solexa (JG) 09/09/2009 : Première version du portail R.chinensis 09/09/2009 : Première version du portail R.chinensis 02/10/2009 : Livraison du portail + BIOS-ROSA 02/10/2009 : Livraison du portail + BIOS-ROSA

3 BIOS – – BIOS / RNA-seq Données Données Pas de génome de référence Pas de génome de référence Très peu de données au NCBI Très peu de données au NCBI 1banque EST 1794 ESTs 1banque EST 1794 ESTs 11 mRNA 11 mRNA 1 librairie librairie librairies Solexa 13 librairies Solexa Analyses Analyses Assemblage des données Solexa avec edena Assemblage des données Solexa avec edena Merging des clusters edena avec les GenBank Merging des clusters edena avec les GenBank Compendium Compendium Clustering TGICL UniGene Clustering TGICL UniGene Prediction de peptides FRAMEDP Prediction de peptides FRAMEDP Mapping Solexa sur les UniGene (max: 3MM; best) Mapping Solexa sur les UniGene (max: 3MM; best)

4 BIOS – – Résultats Résultats clusters clusters Filtre 2 membres + consensus > 100nt contigs Filtre 2 membres + consensus > 100nt contigs codent pour un peptide au moins codent pour un peptide au moins Mapping Solexa sur les contigs: Mapping Solexa sur les contigs: 41% des reads sont mappées 41% des reads sont mappées contigs ont au moins 1 lecture Solexa contigs ont au moins 1 lecture Solexa contigs ont au moins 10 lectures Solexa contigs ont au moins 10 lectures Solexa contigs ont au moins 50 lectures Solexa contigs ont au moins 50 lectures Solexa BIOS / RNA-seq

5 BIOS – – Portail Nécessité d'accéder aux annotations fonctionnelles Nécessité d'accéder aux annotations fonctionnelles Approche gène candidat Approche gène candidat Pas/peu de ressources existantes Pas/peu de ressources existantes GDR GDR

6 BIOS – – Portail - analyses Clusters Clusters FrameDP FrameDP Blastn vs. contigs R.chinensis Blastn vs. contigs R.chinensis Blastx vs. TAIR9 Blastx vs. TAIR9 Blastx « PubMed » Blastx « PubMed » Blastx vs. Swiss-Prot Blastx vs. Swiss-Prot Peptides Peptides Analyse en domaines InterPro Analyse en domaines InterPro annotation automatique, termes GO associés annotation automatique, termes GO associés Blastp vs. peptides R.chinensis (familles multigeniques potentielles) Blastp vs. peptides R.chinensis (familles multigeniques potentielles) Blastp vs. TAIR9 Blastp vs. TAIR9 Blastp « PubMed » Blastp « PubMed » Blastp vs. Swiss-Prot Blastp vs. Swiss-Prot

7 BIOS – – Portail - rendu

8 BIOS – –

9 Portail – outils

10 BIOS – – Intégration Portail BIOS Portail BIOS

11 BIOS – – Intégration BIOS Portail BIOS Portail

12 BIOS – – Bilan Sur 3 mois on peut contruire une solution relativement complète lorsque la quantité de données nest pas gigantesque. Sur 3 mois on peut contruire une solution relativement complète lorsque la quantité de données nest pas gigantesque. pour le moment pas vraiment de feedback utilisateur, on avait prévu de faire une formation en octobre mais pas eu le temps pour le moment pas vraiment de feedback utilisateur, on avait prévu de faire une formation en octobre mais pas eu le temps Les portails annotation fonctionnelle sont indispensables pour exploiter les données. Les portails annotation fonctionnelle sont indispensables pour exploiter les données. – Ils sont généralement sites spécifiques (chacun a plus ou moins le sien) – ils doivent être couplés à BIOS (authentification croisée) Next step: automatisation de la génération du portail pour pouvoir proposer une solution complète (a discuter si cest dans ou hors du scope de BIOS) Next step: automatisation de la génération du portail pour pouvoir proposer une solution complète (a discuter si cest dans ou hors du scope de BIOS)


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