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Lexemple du « run Auto SEQ-15 18 » correspond au séquençage dun génome bactérien (environ 4Mb) sur une puce 316 (100Mb) et va servir de base à une présentation.

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Présentation au sujet: "Lexemple du « run Auto SEQ-15 18 » correspond au séquençage dun génome bactérien (environ 4Mb) sur une puce 316 (100Mb) et va servir de base à une présentation."— Transcription de la présentation:

1 Lexemple du « run Auto SEQ » correspond au séquençage dun génome bactérien (environ 4Mb) sur une puce 316 (100Mb) et va servir de base à une présentation détaillé des différents composants dun « Report ».

2 - Library Summary: Nombre de millions de bases filtrées et trimmées et reportées dans les fichiers SFF et FASTQ Nombre de millions de bases filtrées et trimmées au sain de reads ayant une accuracy supérieure ou égale à 98% (Q17) Nombre de millions de bases filtrées et trimmées au sain de reads ayant une accuracy supérieure ou égale à 99% (Q20) Nombre de reads filtrées et trimmées indépendant de la longueur et reportées dans les fichiers SFF et FASTQ Longueur moyenne des reads de la librairie filtrée et trimmée et reporté dans les fichiers SFF et FASTQ Longueur maximum des reads de la librairie filtrée et trimmée Indépendant de lalignement Le graphe représente la mesure consensus du signal correspondant à la libération dun H+ après incorporation dun nucléotide, pour les trois premières bases de la clé intégrée au moment de la préparation de la librairie. Histogramme des longueurs de reads trimmées et présentes dans le fichier SFF

3 AQ17 correspond à une précision dau moins 98%, basée sur lalignement par rapport au génome de référence AQ20 correspond à une précision dau moins 99%, basée sur lalignement par rapport au génome de référence (Pour info: AQ30 correspond à une précision dau moins 99,9%, basée sur lalignement par rapport au génome de référence) … Profondeur moyenne de couverture du génome de référence Pourcentage de couverture du génome de référence à partir du séquençage de la librairie Dépendant de lalignement A noter: Cet exemple met en évidence une capacité de séquençage supérieure aux spécificités attendues de la puce (Puce 316/ 100Mb)

4 - Test Fragment Report : Les tests fragments sont des spikes-in aux régions homopolymériques variables (2, 3 ou 4 mer). Ils ajoutés à la librairie et en sont dissociés par leur clé 50AQ17 signifie le nombre de séquences ayant une taille de 50pb minimum avec un taux derreur de 1/50. Ce contrôle qualité est basé sur lalignement. TF_A > 30% et TF_D > 60%

5 50AQ17

6

7 - Ion Sphere TM Particle Identification Summary: Les « Ion Sphere Particle », ou ISP, sont couplées aux aux fragments dADN au cours de lemPCR. Dans lidéal, une ISP sera associée à un seul fragment dADN au sein dun microréacteur demPCR.

8 La « heat map » représente la densité de chargement des puits de la chip par les ISP Nombre total de puits sur la puce 6,337,656 Puits avec ISP 2,927,533 Puits vides Puits avec ISP vivant ( ISP + « clé » ) 2,654,830 Puits avec ISP vivant ( ISP + « clé » ) 2,654,830 Signal trop faible Librairie avec ISP 2, Librairie avec ISP 2, Test fragment 10,074 Test fragment 10,074 (Différentiation de la clé ) clé: ( TCAG )( clé: ATCG )

9 Nombre de séquences ayant franchi lensemble des filtres et reportées dans les fichiers SFF et FASTQ % enrichissement = ( Puits avec ISP ) - Test fragment avec ISP Librairie avec ISP Séquences dont la taille est inférieure à 8 bases (clé de 4 bases inclue) Séquences pour lesquelles le séquençage de la clé ne « match » pas parfaitement Séquences considérées comme ayant plus dun fragment par ISP Séquences ayant une homologie très faible par rapport au génome de référence

10 - Report Information:

11 - Files Links: Formats de sortie du séquençage: fichiers SFF et FASTQ


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